Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Les plages sableuses constituent une frontière mobile et poreuse entre l'océan ouvert et la terre. La compréhension de la circulation dans les nappes de plage est importante pour une variété de processus physiques, biologiques et chimiques. On cherche à caractériser in-situ la dynamique souterraine sous la zone de swash. Le site atelier est la plage microtidale de Rousty (Camargue, France). L'étude, réalisée sur 48h les 13 et 14 décembre 2014, fait partie d'une plus grande campagne de mesure visant à caractériser la réponse hydro-morphologique de la plage de Rousty à une saison hivernale. La période présentée ici correspond à la phase de déclin d'une tempête modérée. La stratégie retenue dans le cadre de ce projet a été de déployer un réseau de15 capteurs de pression enterrés sous la zone de swash. Les caractéristiques des vagues incidentes, à la fois au large et dans la zone de surf interne, ont été mesurées conjointement à l'utilisation d'un LiDAR terrestre haute fréquence permettant de suivre la surface libre et l'évolution du lit sableux à haute fréquence sur la zone de swash. L'analyse des données moyennées dans le temps a mis en évidence la présence d'un schéma de circulation relativement robuste sous la zone de swash, qui se décale vers le large en suivant la descente du niveau moyen et la diminution de l'activité des vagues. La tendancedominante est un écoulement vers le large, avec une intensité maximale de l'ordre de 0.1mm/s modulé par des infiltrations et exfiltrations dans les parties hautes et basses de la zone de swash, respectivement. L'analyse haute fréquence à des événements de swash sélectionnés ont mis en évidence uncycle souterrain caractéristique.
XIV èmes Journées Nationales Génie Côtier – Génie Civil
toulon, France

hal-01357778
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01357778

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Spermatogenesis in mammals is a complex biological function including cellular processes such as proliferation, meiosis and differentiation, aiming to the production of male gametes in the testis. If the seminiferous epithelium is well described in terms of organization and cellular morphology of cells that compose it, the processes by which undifferentiated diploid germ cells enter meiosis and give haploid cells that undergo many morphological transformations, are not fully decrypted. These processes rely on the coordinated and sequential expression of genes, including specific products for each stage of germ cell development These gene products are essential at each key stage of spermatogenesis. Transcriptomics since the 1990s, and proteomics since the 2000s have contributed to the improved. understanding of these mechanisms. A long term proteomic study aiming at characterizing the proteomes of Sertoli cells and germ cells, and a recent study that characterized and quantified the transcriptome of isolated rat testicular cells at high resolution using de novo sequencing of transcripts (RNA-Seq), have been the basis of my thesis work. The latter study showed the accumulation of long non-Coding RNAs (lncRNAs) and testicular unannotated transcripts (TUTs) at meiotic and post-Meiotic stages of spermatogenesis in the rat. In this context, my thesis work aimed at validating the coding potential of many genes expressed in germ cells using RNA-Seq combined with shotgun proteomics, a so-Called PIT (Proteomics Informed by transcriptomics) approach. In this approach, the protein sequences translated from the transcripts assembled by RNA-Seq in the different testicular cell types are integrated into a custom database of protein sequences used to query mass spectrometry data obtained from proteins of meiotic and post-Meiotic cells. The PIT approach showed that 69 TUTs or lncRNA (corresponding to 44 loci) code for proteins in meiotic cells and post meiotic cells, and we confirmed experimentally the meiotic and post-Meiotic expression for two new transcripts encoding for VAMP9, a protein of the SNARE family, and a new testicular enolase T-ENOL. The post-Meiotic expression of T-ENOL protein was confirmed by immunohistochemistry using a polyclonal antibody raised against the recombinant protein. This approach also allowed us to identify new isoforms of known proteins, specific to each stage of spermatogenesis. Germ cells and Sertoli cells maintain a dialogue which is necessary to the success of spermatogenesis and spermiogenesis. Another part of my work aimed at identifying membrane proteins, in germ cells and residual bodies, that may be involved in the dialogue between Sertoli cells and germ cells, using a ICPL relative quantification proteomic approach. The ICPL analysis enabled us to establish a list of 166 proteins whose expression is differential between pachytene spermatocytes, round spermatids and residual bodies. Their differential expression suggests that these proteins may play a role in spermiogenesis. Thanks to the Gene Ontology annotations, a list of 8 proteins with a putative role in signal transduction, cell recognition or differentiation, thus potentially involved in the dialogue between Sertoli and germ cells was drawn. In addition, I provided a first proteome of rat Sertoli cells, germ cells and residual bodies obtained by shotgun proteomics.
La spermatogenèse chez les mammifères est une fonction biologique complexe incluant des processus de prolifération cellulaire, de méiose et de différenciation uniques visant à la production des gamètes mâles au sein du testicule. Si l’épithélium séminifère est bien décrit sur le plan de son organisation et de la morphologie des cellules qui le composent, les processus par lesquels les cellules germinales diploïdes indifférenciées entrent en méiose pour donner ensuite des cellules haploïdes subissant par la suite de nombreuses transformations morphologiques, ne sont pas totalement décryptés. Ils reposent sur l’expression coordonnée et séquentielle de gènes dont les produits spécifiques de chaque stade de développement des cellules germinales sont essentiels aux étapes clés de la spermatogenèse. La transcriptomique depuis les années 1990 et la protéomique depuis les années 2000 ont contribué à l’amélioration de la connaissance de ces mécanismes. Une étude protéomique visant à caractériser par des approches systématiques et différentielles les protéomes des cellules de Sertoli et de la lignée germinale, et d’autre part une étude récente, réalisée dans notre unité, qui a permis de caractériser et de quantifier le transcriptome des cellules testiculaires isolées de rat en utilisant le séquençage de novo des transcrits (RNA-Seq), ont été à la base de mes travaux de thèse. Cette dernière étude a mis en évidence l’accumulation de longs ARNs non codants (lncRNAs) et de transcrits testiculaires non annotés (TUTs) aux stades méiotique et post- méiotique de la spermatogenèse chez le rat. Dans ce contexte, mon travail a consisté à valider le potentiel codant de nombreux gènes exprimés dans les cellules germinales par une approche dite PIT (Proteomics Informed by Transcriptomics) couplant protéomique Shotgun et RNA-Seq. Dans ce type d’approche, les séquences protéiques déduites des transcrits des différents types cellulaires, assemblés par RNA-Seq, sont intégrées dans une base personnalisée de séquences protéiques utilisée pour interroger les données de spectrométrie de masse obtenues à partir de protéines de cellules méiotiques et post-Méiotiques. L’approche PIT a permis de montrer que 69 TUTs ou lncRNA (correspondant à 44 loci) codent pour des protéines dans les cellules méiotiques et post méiotiques. L’expression post-Méiotique de deux nouveaux transcrits, l’un codant pour la protéine VAMP9, une protéine de la famille SNARE, et l’autre pour une nouvelle énolase T-ENOL a pu être confirmée. L’expression post-Méiotique de T-ENOL a été confirmée par immunohistochimie à l’aide d’un anticorps polyclonal produit contre la protéine recombinante. Cette approche nous a également permis d’identifier de nouvelles isoformes de protéines connues spécifiques de chaque stade de la spermatogenèse. Les cellules germinales et les cellules de Sertoli entretiennent le dialogue nécessaire au bon déroulement de la spermatogenèse. Une autre partie de mon travail a consisté à identifier des protéines membranaires des cellules germinales et des corps résiduels, susceptibles d’intervenir dans le dialogue entre les cellules de Sertoli et les cellules germinales, par une approche protéomique de quantification relative ICPL. Cette approche a permis d’établir une liste de 166 protéines différentiellement exprimées entre les spermatocytes pachytène, les spermatides rondes et les corps résiduels, qui sont susceptibles de jouer un rôle dans la spermiogénèse. Grâce aux annotations de le Gene Ontology, j’ai pu établir une liste de 8 protéines ayant un rôle supposé dans la transduction du signal, la reconnaissance cellulaire ou bien la différenciation. Par ailleurs, j’ai pu établir par protéomique Shotgun un premier protéome des cellules de Sertoli, des cellules germinales et des corps résiduels chez le rat.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127389

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2014REN1S064
tel-01127389
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Éditeur(s) : Institut national agronomique Paris Grignon
Résumé : The flat oyster Ostrea edulis L. is the indigenous oyster of the Atlantic as well as the Mediterranean coasts of Europe. Its commercial exploitation dates back to Antiquity but its breeding is now threatened by two parasitic protozoa, among which Bonamia ostreae. Various aspects of the genetics of this species' natural and farmed populations have been studied with the aid of microsatellite markers. At first, the implementation and the screening of two partial genomic libraries made it possible to identify 28 new microsatellite loci. Analysis of the segregation of 12 of these loci and of two enzymatic loci shows that most microsatellite loci are transmitted in a Mendelian way, but some loci have significant segregation distortions. Moreover, seven linkage groups, of which four contain at least two markers, were identified in Ostrea edulis. The genetic variability of three populations selected for one or two generations for resistance to Bonamia ostreae was analysed with the aid of 5 microsatellite loci. In spite of the absence of genealogical data, we have shown that these selected populations were descended from a very low number of founding genitors (from 3 to 15 depending on the population) and for two populations, we were able to reconstruct the genealogy and the relationships between the individuals were identified. These selected populations have, in addition to a very low genetic variability, real and at times high levels of consanguinity. These results have a significant implication for the continuation of the selection programme (consanguinity management, augmentation of genetic variability by introducing wild genitors). The geographical structuring of the genetic variability of natural populations of Ostrea edulis has been analysed with the aid of 5 microsatellite loci on a sampling covering almost the entire distribution area of the species (from Norway to the Adriatic Sea). The results are consistent with those published in the literature and using enzymatic markers. The populations show a low level of differentiation that could correspond to a model of isolation by distance. The Atlantic populations, which have a reduced polymorphism, could be descended from post-glacial recolonisation from Mediterranean populations that had survived the glaciations of the Quaternary Period. The current distribution of flat oyster populations is surely also subject to anthropogenic activities. Finally, the genetic bases of the heterozygosis-growth correlation were studied in a natural population with the aid of enzymatic and microsatellite markers. Although leads favouring the direct contribution of enzymatic loci have been found, biases in the sampling design make it impossible to come to a formal conclusion. However, this study has made it possible to show that the capture of individuals over a short period (around ten days) leads to a sampling of a population descended from a very low number of founding genitors, in contradiction with the generally accepted idea that marine bivalve populations are large panmictic populations with significant, efficient numbers. These results confirm in a natural population the observations of a significant reduction of efficient sizes in hatchery populations.
L'huître plate Ostrea edulis L. est l'huître indigène des côtes européennes aussi bien atlantiques que méditerranéennes. Son exploitation commerciale remonte à l'Antiquité mais son élevage est aujourd'hui menacé par deux protozoaires parasites dont Bonamia ostreae. Différents aspects de la génétique des populations naturelles et cultivées de cette espèce ont été étudiés à l'aide de marqueurs microsatellites. Dans un premier temps, la réalisation et le criblage de deux banques génomiques partielles ont permis l'identification de 28 nouveaux locus microsatellites. L'analyse de la ségrégation de 12 de ces locus et de deux locus enzymatiques montre que la plupart des locus microsatellites sont transmis de façon mendélienne, mais certains locus présentent des distorsions de ségrégation importantes. Par ailleurs, sept groupes de liaison dont quatre contiennent au moins deux marqueurs ont été identifiés chez Ostrea edulis. La variabilité génétique de trois populations sélectionnées depuis une ou deux générations pour une résistance à Bonamia ostreae a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites. Malgré l'absence de données généalogiques, nous avons montré que ces populations sélectionnées étaient issues d'un très faible nombre de géniteurs fondateurs (de 3 à 15 selon les populations) et pour deux populations, la généalogie a pu être reconstituée et les liens de parenté entre les individus ont été identifiés. Ces populations sélectionnées présentent, outre une très faible variabilité génétique, des niveaux de consanguinité réels et parfois élevés. Ces résultats ont une implication importante pour la continuation du programme de sélection (gestion de la consanguinité, augmentation de la variabilité génétique par introduction de géniteurs sauvages). La structuration géographique de la variabilité génétique des populations naturelles d'Ostrea edulis a été analysée à l'aide de 5 locus microsatellites sur un échantillonnage couvrant presque toute l'aire de répartition de l'espèce (de la Norvège à la Mer Adriatique). Les résultats sont cohérents avec ceux publiés dans la littérature et utilisant des marqueurs enzymatiques. Les populations montrent un niveau de différenciation faible qui pourrait correspondre à un modèle d'isolement par la distance. Les populations atlantiques, qui présentent un polymorphisme réduit, pourraient être issues de recolonisation post-glaciaire à partir de populations méditerranéennes ayant survécu aux glaciations du Quaternaire. La répartition actuelle des populations d'huître plate est certainement aussi soumise aux actions anthropiques. Enfin, les bases génétiques de la corrélation hétérozygotie-croissance ont été étudiées dans une population naturelle à l'aide de marqueurs enzymatiques et microsatellites. Bien que des pistes en faveur de la contribution directe des locus enzymatiques aient été trouvées, des biais dans le dispositif expérimental ne permettent pas de conclure de façon formelle. Cependant, cette étude a permis de montrer que le captage d'individus sur une faible période (une dizaine de jours) conduit à l'échantillonnage d'une population issue d'un nombre très réduit de géniteurs fondateurs, en contradiction avec l'idée reçue que les populations de bivalves marins sont de larges populations panmictiques à effectif efficace important. Ces résultats confirment dans une population naturelle les observations de réduction importante des tailles efficaces dans des populations d'écloserie.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1998/these-1919.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1919/

Éditeur(s) : Université Nice Sophia Antipolis
Résumé : The Lesser Antilles is a case study of a very slow subduction (~2 cm/yr) of an old oceanic lithosphere (~84-100 Ma). The region presents a relatively low seismic activity, especially along the interplate contact, and the seismic hazard associated with a possible mega-thrust earthquake is still poorly known. This PhD thesis is a first step toward assessing the ability of the Lesser Antilles subduction zone to produce such a large subduction event. To do so, it aims at constraining the downdip width of the interplate's seismogenic zone. The lack of coverage of permanent seismological stations is a major limitation in the exploration of the Lesser Antilles subduction zone. It is due to the presence of only small aligned islands at far distances from the potentially seismogenic interplate area. Several oceanographic cruises were therefore planned that notably allowed the repeated deployment of ocean bottom seismometers; some of them being left for a few months of background seismicity recording. This thesis specifically focuses on two sets of wide-angle seismic data acquired offshore the Dominica and Martinique islands. From their analysis 3D and 2D tomographic models were produced respectively over the forearc region and across the whole subduction complex. These models constrain the plates' seismic structure as well as their geometry. They allow the discussion of how the imaged structures affect the subduction processes and give a first estimation of the downdip width of the seimogenic zone, defined as the segment of the interplate between the backstop and the upper plate's Moho. The joint interpretation of seismic models and earthquake localizations then refine this first assessment. Epicenter distribution from height months of seismic recording shows indeed that seismicity concentrates within the inner forearc region. The strong velocity gradient that characterize its basement suggests it is denser and more rigid than the more deformable outer forearc basement. The updip limit of the seismogenic zone could then lie arcward of the backstop at the contact of the interplate and the seaward end of the inner forearc crust. At depth, interplate earthquake mechanisms are observed between 35 and 45 km depth and interpreted to have occurred at the downdip limit of the seismogenic zone. The latter could reach a depth over 10,km deeper than the contact of the upper plate's Moho with the interplate, and therefore lie within the mantle wedge. All together, these results imply a large downdip width of the seismogenic zone (~70 km) offshore the Dominica and Martinique islands. Further work is, however, needed in order to fully comprehend the ability of the Lesser Antilles subduction zone to produce a possible mega-thrust earthquake. This would necessitate the evaluation of seismic coupling at the interplate contact and the possible segmentation of the seismogenic zone, for instance, due to the subduction of oceanic ridges.
Les Petites Antilles présentent un contexte géodynamique caractérisé par la subduction à très faible vitesse (~2 cm/an) d'une lithosphère océanique âgée (~84-100 Ma). L'activité sismique y est relativement faible, notamment à l'interplaque, où l'aléa sismique lié à un éventuel séisme de méga-chevauchement reste encore mal contraint. Cette thèse se veut être une première étape dans l'évaluation de la capacité de la zone de subduction des Petites Antilles à générer un tel évènement. Dans ce but, ces travaux tentent d'appréhender l'extension en profondeur du domaine sismogène de l'interplaque. Le manque de couverture des stations sismologiques permanentes est un inconvénient majeur dans l'exploration des Petites Antilles. Il s'explique en raison du peu de terres émergées et de leur éloignement de la zone potentiellement sismogène de l’interplaque. La région a donc fait l'objet de plusieurs campagnes océanographiques qui ont permis, notamment, le déploiement de sismomètres fond de mer (OBS); certains instruments étant restés immergés plusieurs mois afin de procéder à une écoute de la sismicité. Les travaux réalisés au cours de cette thèse se sont focalisés sur deux jeux de données de sismique grand-angle acquis au large des îles de la Dominique et de la Martinique. Leur analyse a permis la construction de modèles tomographiques 3D et 2D respectivement à l'échelle de l'avant-arc et de l'ensemble de la subduction. Ces modèles renseignent sur la structure sismique des plaques en convergence ainsi que sur leur géométrie. Ils permettent de discuter le rôle de la structure dans le fonctionnement de la subduction et d’obtenir une première estimation de l'extension en profondeur de la zone sismogène en considérant la portion de l'interplaque comprise entre le butoir et le Moho de la plaque supérieure. Dans un second temps, l'interprétation conjointe des modèles tomographiques et des localisations des séismes locaux a permis d'affiner cette estimation. Huit mois d'enregistrement de la sismicité montrent en effet une concentration des épicentres dans la région interne de l’avant-arc. Celle-ci présente un socle épais, à fort gradient de vitesse interprété comme plus dense et rigide que le socle de la région externe de l'avant-arc, plus déformable. La limite amont de la zone sismogène pourrait donc se situer en retrait de la position du butoir au contact de l'interplaque et de la limite entre ces deux zones de l'avant-arc. En profondeur, des mécanismes interplaques sont observés entre 35 et 45 km et interprétés comme des marqueurs de la limite aval de la zone sismogène. Cette dernière pourrait donc atteindre une profondeur jusqu'à 10 km supérieure à la limite précédemment évoquée et se trouver, par conséquent, au contact du manteau lithosphérique. L'ensemble de ces résultats suggèrent une extension en profondeur de la zone sismogène (i.e une largeur) de près de 70 km face aux îles de la Dominique et de la Martinique. Ces travaux doivent cependant être poursuivis afin d’évaluer pleinement la capacité de la zone de subduction des Petites Antilles à générer un éventuel séisme de méga-chevauchement. Le taux de couplage à l'interplaque doit être précisé ainsi que sa possible segmentation en lien, par exemple, avec à l'entrée en subduction des rides océaniques.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00172/28335/26628.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00172/28335/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Le découpage en Petites Régions Agricoles en Guadeloupe, défini dans les années 1980, sert encore aujourd’hui de référence pour spatialiser et analyser les données du Recensement Général Agricole. Ce zonage, essentiellement basé sur l’occupation du sol ne rend plus compte de la réalité du terrain. Les productions agricoles ayant spatialement évolué, et en particulier depuis 1980, la question de l’opérationnalité de ces découpages se pose donc aujourd’hui. Face à ce constat, il est nécessaire de se baser sur un nouveau zonage défini selon des critères naturels stables : le Zonage AgroEcologique. Ce dernier a été retenu et élaboré sous SIG sur la base de l’analyse des données disponibles et selon une méthodologie commune à ce type de zonage, employant une superposition de couches d’informations géographiques multicritères et multiscalaires. Ce travail d’analyse, de conception et de réalisation technique a abouti à un découpage en 23 zones agroécologiques pour la Guadeloupe, chacune décrite précisément selon les critères constitutifs du zonage. Ce nouveau découpage apporte des plus-values intéressantes comme une robustesse et une durée de validité élevée mais il n’est qu’un préalable et doit être confronté aux données et au terrain pour en certifier la validité. Il permettra, à terme, une meilleure comparabilité des données agricoles dans le temps et l’espace. Il facilitera aussi la conception de projets de développement agricole plus cohérents aux regards des potentialités agroécologiques des territoires.
2. Colloque international des utilisateurs du SIG
Meknès, Morocco

hal-01601460
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01601460
PRODINRA : 383269

Résumé : This report includes a qualitative and descriptive approach of the oyster and mussel industries in the European Community. This report compares the structure of production, the marketsn the professional organisation, competition for the resource, legislation and support systemat the community levell. Technical and statistical datas are summarized to représent the structure of the industry, the trade flows and the main evolutions of the two industries in the EC. A summary of the county reports gives an overview of the present state of the industry in each country and suggest a first evaluation of constraints and prospects. [NOT CONTROLLDED OCR]
Ce rapport comprend une approche descriptive et qualitative du secteur conchylicole traditionnel (moules et huîtres) dans la Communauté Européenne. Il aborde les aspects production, marché, organisation, réglementation, système d'aide dans les différents pays par une analyse comparative des secteurs, complétée par une synthèse chiffrée des données techniques et statistiques. Une vision d'ensemble des flux et de l'évolution des deux filières dans la Communauté est ainsi présentée. Un résumé des rapports nationaux évalue l'organisation, les contraintes et les perspectives du secteur dans chacun des pays. [OCR NON CONTRÔLE]

Droits : 1993 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1993/rapport-4176.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/1993/sup-4176.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4176/

Éditeur(s) : HAL CCSD Institut Henri Poincaré-Nonlinéaire Publications
Résumé : International audience
Depuis quelques décennies, l'énergie éolienne connaît une croissance considérable. Cependant cette énergie est dépendante de la vitesse du vent variant en intensité sur des échelles de temps qui incluent l'année, la journée à quelques secondes. Il est donc fondamental de bien parvenir à comprendre et décrire le caractère non-linéaire et stochastique de ces fluctuations dans la production électrique issue des éoliennes. L'objectif de ce travail est de caract'eriser les fluctuations d'une série temporelle de production éolienne. Dans un premier temps, nous vérifions l'utilisation de la loi de Taylor, relation de puissance entre l'écart-type et la moyenne. Cette relation fut observée en écologie, en finance, dans les sciences du vivant et pour des données de traffic internet. De récents travaux fournissent des hypothèses d'explication quant à l'origine de cette loi cite{Agata2010,Kendall2011}. L'exposant alpha caractérise le type de dynamique du processus considéré et varie entre 1/2 et 1. Dans notre cas d'étude, l'estimation de l'exposant alpha est proche de 1. Quand alpha=1, les processus considérés sont à invariance d'échelle cite{eisler2008}. Pour mettre en évidence les propriétés d'invariance d'échelle de notre série temporelle, nous effectuons une analyse multifractale pour estimer la fonction exposant d' échelle l'aide des moments d'ordre $q$ de l'incrément temporel des données de production éolienne $Delta P=P(t+ au)-P(t)$, telle que $<(Delta P_ au)^q>simeq au^{zeta(q)}$ cite{Schertzer1997}. La fonction $zeta(q)$ est concave et non-linéaire: plus elle est concave, plus la série analysée sera intermittente. Nous montrons que la série temporelle de la production éolienne considérée est intermittente et possède des propriiétés multifractales. De plus le modèle de cascades aléatoires log-normal se révèle pertinent pour décrire ces fluctuations.
Compte-rendus de la 15ème Rencontre du non-linéaire

hal-01527884
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01527884

Éditeur(s) : HAL CCSD Société géologique de France
Résumé : International audience
The central part of the Gulf of Lions shoreline is characterized by many coastal wetlands that resulted from the interaction between a process of shoreline regularization by migrations of littoral barriers and a slow filling of the back-barrier areas by the riverine and marine inputs. Analyses of Late-Holocene deposits with a very high-resolution multi-proxy study of two sediment cores, allow us to reconstruct the evolution of this coastal system. Two main Holocene sediment units are identified overlying a Pliocene carbonate continental formation. The lower unit consists of sandy and pebbly marine sediments deposited around 7800 B.P., during the final stand of the last sea level rise. Just above, the upper unit displays lagoonal grey clay silts with shells and some intercalated layers of silty sands related to paleostorm events. The age model was established from radiocarbon dating, for the oldest part of the core. Over the last century, sedimentation rates were calculated using the CFCS Pb-210 model, together with Cs-137 data. Radiocarbon data show an increase in he accumulation rate from the base to the top of cores. Marine sand units related to the last transgressive deposit allow to refine the curve of Holocene post-glacial sea level rise. Sedimentological and faunal analyses associated with chronological data provide a means for reconstructing the Late-Holocene paleoenvironments along this part of the coast and suggest that the final closure of the coastal lagoon by the sandy barrier occurred at around 730 +/- 120 yr cal B.P. The beginning of this closure, together with the progradation of the coastal plain, could be responsible for the decline in economic activity of the Lattara harbour during the Roman period.
La partie centrale du littoral du golfe du Lion est caractérisée par de nombreuses lagunes qui résultent de l'interaction entre un processus de régularisation du trait de côte par migration de barrières littorales et d'un lent remplissage des zones situées en arrière des barrières par des apports continentaux et marins. Les analyses des dépôts tardi-holocènes avec une étude multi-traceurs à très haute résolution de deux carottes sédimentaires nous permettent de reconstruire l'évolution de ce système côtier. Deux unités sédimentaires holocènes sont identifiées recouvrant une formation pliocène carbonatée. L'unité inférieure est constituée de sables et de galets d'origine marine déposés vers 7800 B.P., durant les stades ultimes de la dernière remontée marine. Audessus, l'unité supérieure montre des dépôts d'argile et de silt gris coquilliers d'origine lagunaire, dans lesquels sont intercalés des niveaux de sable silteux révélant la présence d'événements de tempêtes. Le modèle d'âge est établi à partir de dates radiocarbones pour les parties les plus anciennes des archives sédimentaires, tandis que pour le dernier siècle, les taux de sédimentation sont calculés en utilisant le modèle CFCS pour le 210Pb, associé aux données de 137Cs. Les données 14C montrent une augmentation du taux d'accumulation depuis la base jusqu'en surface des carottes. Les unités de sables marins liées aux dépôts de la dernière transgression marine permettent de préciser la courbe post-glaciaire de remontée du niveau marin. Les analyses sédimentologiques et faunistiques associées aux données chronologiques fournissent une méthode permettant de reconstituer les paléoenvironnements littoraux tardi-holocènes dans la zone d'étude et suggèrent que la fermeture finale de ces lagunes par le cordon sableux survient autour de 730 ± 120 ans cal B.P. Le début de cette fermeture, associée à la une progradation deltaïque, pourrait être responsable du déclin des activités économiques du port de Lattara durant la période Romaine.
EISSN: 1777-5817

halshs-00740923
https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00740923
DOI : 10.2113/gssgfbull.181.1.27

Résumé : The main aim of the CAMP project (2009-2011) is to estimate the efficient connectivity between the Marine Protected Areas (MPA) of the South-West Indian Ocean (SWIO). For that purpose, we use a population genetics approach on 3 reef fishes: Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. The overall goal of the project is to provide new elements to MPA managers that will contribute to design the best network of MPAs in the SWIO. In the first year of the project, most of the time was spent to sample fishes. Based on collaborations with 5 international and national partners, we succeed to sample more than 1100 fishes within 12 sites of the SWIO. More than 850 of the 1100 fishes were already sequenced. The development of third microsatellite libraries is under-going and should be available for the 2nd part of the year 2010. The second year of the project (2010) will focus on the end of the sampling in the SWIO as well as doing most of the genetic analysis of the samples collected in 2009 (microsatellit analysis) and in 2010 (mtDNA sequencing). At the end of the second year, we expect to be able to do a first regional analysis of the genetic structure of these reef fishes population. Then, in 2011, the project team will elaborate some recommendations to MPAs managers on the basis of the whole genetic dataset
L’objectif principal du projet CAMP (2009-2011) est d’estimer la connectivité effective entre les Aires Marines Protégées (AMP) du sud ouest de l’océan Indien (SOOI) par le biais de la génétique des populations de 3 modèles biologiques : Epinephelus merra, Lutjanus kasmira et Myripristis berndti. L’objectif final est de fournir des éléments de réflexion aux gestionnaires afin de contribuer significativement au dessin du réseau des AMPs dans le SOOI. La première année du projet a été consacrée essentiellement à l’échantillonnage. Basé sur une coopération avec nos 5 partenaires nationaux et internationaux, cet échantillonnage a permis de collecter plus de 1100 échantillons de tissus de ces 3 espèces de poissons répartis dans 12 sites du SOOI. Sur ces 1100 poissons, plus de 850 séquences d’ADN mitochondrial ont d’ores et déjà été effectuées. En parallèle, le développement des banques microsatellites pour les 3 espèces est en cours et devrait être disponible pour à la mi 2010. La deuxième année du projet (2010) aura pour objectif de poursuivre l’échantillonnage sur l’ensemble du SOOI et de réaliser les analyses microsatellites des échantillons collectés en 2009 ainsi que les séquences des échantillons collectés en 2010. Au terme de cette deuxième année, une analyse de la structure génétique de ces populations de poissons de récifs pourra être menée, suivie en 2011 de l’élaboration d’aides à la gestion sur la base de l’ensemble des données acquises dans le cadre de ce projet.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/18710.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21086/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Geothermal energy is considered as a green and infinite energy source at human scale. Currently, the yield of geothermal power plants is limited to temperatures of the operating fluid which 350 °C. From tectonic and volcanic activity at mid-ocean ridges, Iceland is a location where supercritical fluid extraction (T> 375 °C) can considered for the near future. Exploiting such fluids could theoretically multiply by a factor of ten the electrical power delivered by geothermal wells. Can such fluids circulate at the base of brittle oceanic crust? This work investigates the petrophysical properties of basalts in order to constrain geophysical observations in Iceland and predict the behavior of very high temperature geo-hydrothermal reservoirs. The first approach consisted in studying the physical properties of rocks that have hosted deep hydrothermal circulations at oceanic ridges. The study of these rocks at ODP Site 1256 shows that the porosity measured both in the field and in the lab is associated with amphibolite facies alteration minerals (T> 500 ° C). The second approach was to recreate in the laboratory the conditions of pressure, temperature and pore fluid pressure of high temperature to supercritical hydrothermal systems to predict the mechanical and electrical properties of basalts under these conditions. The mechanical results indicate that the brittle/ductile transition occurs at a temperature of about 550° C, where a strong permeability decrease is expected. The implementation and calibration of a new cell for measuring electrical conductivity at high temperature provide the first results for the interpretation of geophysical data. When applied to basaltic crustal conditions in Iceland, these results indicate that hydrothermal fluids could circulate, at least temporarily, in a supercritical state up to 5 km depth.
La géothermie est considérée comme une source d'énergie propre et inépuisable à échelle humaine. Actuellement, le rendement des centrales géothermiques est limité à l'exploitation de fluides de températures inférieures à 350 °C. L'association de l'activité tectonique et volcanique aux dorsales océaniques fait de l'Islande un lieu où l'extraction de fluides supercritiques (T> 375 °C) peut être envisagée. Cette exploitation pourrait multiplier par dix la puissance électrique délivrée par le système géothermal. Ces fluides peuvent-ils circuler dans la croûte océanique ? Ce travail propose de contraindre les observations géophysiques et de prédire le fonctionnement des réservoirs géo-hydrothermaux de très haute température par l'étude des propriétés physiques des basaltes. La première approche est focalisée sur l'étude de roches ayant accueilli une circulation hydrothermale par le passé. L'étude de ces roches au site ODP 1256, montre que leur porosité est associée à la présence de minéraux d'altération hydrothermale du facies amphibolite (T> 500 °C). La seconde approche a consisté à recréer, en laboratoire, les conditions des systèmes hydrothermaux, à très haute température, afin de prédire les propriétés mécaniques et électriques des basaltes dans ces conditions. Les résultats mécaniques indiquent que la transition fragile/ductile, souvent associée à une forte décroissance de perméabilité, intervient à une température d'environ 550 °C. La mise en place d'une cellule de mesure de la conductivité électrique de haute température a fourni les premiers résultats utiles à l'analyse des données géophysiques. Appliqués aux conditions de la croûte basaltique Islandaise, ces résultats indiquent que des fluides hydrothermaux pourraient circuler au moins transitoirement à l'état supercritique jusqu'à ~ 5 km de profondeur.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00591798

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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The Lesser Antilles is an area of high volcanic and earthquake activity, characterized by a 1000 km convergence zone resulting from the Atlantic plate subduction under the Caribbean plate with a slow convergent motion (2 cm/year). With five years of available data, the CDSA data base presents a more homogeneous vision of Lesser Antilles arc seismicity and allows detecting low seismic activity zones, in the north near the Virgin Islands, and in the south between St-Lucia and Grenada. The accuracy improvements of location is used to better study the relationship between tectonic structures and seismicity, to better define the subduction slab geometry, and to analyse the spatial variations of the Gutenberg-Richter law b-value. Concerning the 21 november 2004 Les Saintes earthquake, EMS98 intensities in Les Saintes islands were evaluated from an individual request and hypocenter relocalisations of the Les Saintes earthquake and the biggest aftershock of 14 february 2005 were made using a method of master/slave in order to contrain the seismic source of the mainchock. As seismic hazard assessment depends from strong ground motion generated by earthquakes, the last part of this work concerns modeling accelerometric records of the Les Saintes earthquakes, combining a composite source model with an empirical Green Function technique. In our study, we used Les Saintes aftershocks as Empirical Green Function.
L'arc des Petites Antilles situé sur la bordure nord-est de la plaque Caraïbe, résulte d'un phénomène de subduction, les plaques américaines plongeant sous celle de la Caraïbe avec une vitesse de 2 cm/an. Les Antilles Françaises représentent la région française où le risque sismique est le plus important. Ce travail dont l'objectif est d'améliorer la connaissance de l'aléa sismique dans les Antilles Françaises, repose sur les données du Réseau Accélérométrique Permanent (RAP) et sur celles du « Centre de Données des Antilles Françaises ». L'analyse de ces données permet de mieux contraindre la sismicité de l'arc. Deux zones de très faible sismicité sont mises en évidence : au nord près des Iles Vierges et au sud entre Sainte-Lucie et Grenade. D'autres points sont aussi résolus : imagerie de la subduction le long de l'arc, relations entre la sismicité superficielle et la tectonique active, variations de la pente (b-value) de la loi de Gutenberg-Richter. Le séisme majeur du 21 novembre 2004 Mw=6.3 est au cœur des deux derniers chapitres. Plusieurs aspects y sont présentés : macrosismicité avec l'évaluation d'intensités EMS98 obtenues du dépouillement de formulaires individuels recueillis pour les Iles des Saintes, et relocalisation par la méthode de maître/esclave du choc principal et de sa plus forte réplique du 14 février 2005, de façon à mieux contraindre l'imagerie de la source du choc principal, étape primordiale pour la dernière partie portant sur la modélisation des signaux du choc principal des Saintes. Nous tentons dans cette dernière partie de modéliser les enregistrements de mouvements forts avec une approche semi-empirique en se basant sur un modèle stochastique large-bande et proposons l'utilisation de plusieurs Fonctions de Green Empiriques (FGE) sélectionnées parmi les répliques du séisme des Saintes.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00409021

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Résumé : (i) La pertinence du thème est attestée par la richesse de la littérature internationale qui lui est consacrée. 11 convient au demeurant de noter la présence de publications de l'IFREMER dans ce même domaine. Les principaux acquis procèdent généralement d'approches descriptives, permettant de disposer à ce jour d'un inventaire quasi exhaustif des différents outils de gestion classiquement mis en oeuvre. D'ores et déjà il apparaît que la question de la transférabilité de mesures de gestion (e.g QIT, Licence, PME...) soulève plusieurs interrogations: cohérence juridique, acceptabilité, contrôle, coûts, efficience... Mais surtout, poser l'étude de la régulation en termes d'analyse du comportement d'un système élargit le champ des investigations au delà du domaine habituel de l'halieutique. C'est cette complexification de la problématique qui a principalement nourri la réflexion du groupe. (ii) En plus des travaux scientifiques produits sous ce thème, l'IFREMER, du fait de ses missions, se doit de répondre aux diverses sollicitations d'avis et d'expertise; pour ce qui concerne les ressources halieutiques cette charge incombe au Département RH. En outre, celui-ci a été amené à assurer un ensemble de tâches récursives (échantillonnage, statistiques de pêche et autres collectes de données) fortement consommatrices de temps, de moyens et contraignant à la dispersion géographique. Enfin, en tant qu'acteur du système de gestion, l'IFREMER s'est trouvé soumis à une certaine réserve quant à l'évaluation du système lui même, y compris son éventuelle remise en cause, ainsi qu'à des clauses limitatives pour l'exploitation et la valorisation des données. Aujourd'hui, près de 80 % de l'activité du Département sont dévolus à la réalisation d'études destinées à fournir des avis en réponse aux demandes émanant par exemple du CIEM, du CSTP, des COREMODE, des divers Comités Professionnels, des Etats Régionaux de la Ressource, et à s'impliquer dans des dossiers tels que les SMVM, le système de gestion en Méditerranée, les POP, les Plans Sectoriels, les conflits d'espace spécifiques (extraction de granulats, aquaculture) (1). La nature et la diversité de ces questions reflètent: -le statut d'interlocuteur privilégié de l'IFREMER; -la complexification des interactions pour l'accès ou l'usage des ressources marines; -la position centrale du thème de la régulation. [OCR NON CONTRÔLE]

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1992/rapport-4235.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4235/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag/EDP Sciences
Résumé : Le développement de modèles de dynamique forestière adaptés aux forêts tropicales humides est compliqué par la très grande diversité spécifique caractérisant ces forêts. Les modélisateurs ont souvent eu recours, pour simplifier le problème, à des techniques de regroupement d'espèces. Il existe des méthodes diverses de regroupement, qui relèvent de trois grands types de stratégie : (i) stratégie écologique subjective, (ii) stratégie écologique basée sur l'analyse de données, (iii) stratégie des processus de dynamique populationnelle. Dans le cadre des deux premières stratégies, une espèce est affectée à un groupe et un seul alors que dans le cadre de la troisième, des groupes d'espèces sont définis pour chacun des processus de dynamique (recrutement, croissance, mortalité) pris séparément, et chaque espèce est affectée à trois groupes. Dans la littérature, on trouve peu d'exemples de congruence ou de convergence entre les groupes définis par ces différentes méthodes. Ceci peut être expliqué par l'indépendance existant entre les caractères utilisés pour fabriquer tel ou tel groupe, ou encore par la grande variabilité intra-spécifique de ces caractères. Nous argumentons et concluons sur le fait que le recours à la stratégie des processus de dynamique paraît être la meilleure pour construire des groupes d'espèces adaptés à la prédiction de la dynamique des forêts tropicales.
ISSN: 1286-4560

hal-01032060
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032060
DOI : 10.1051/forest:2005084

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
Contexte La qualité de l’air ambiant dans les enceintes de transports ferroviaires souterrains (EFS) est caractérisée par des particules en suspension riches en métaux, majoritairement du fer, et en carbone, dont la concentration massique est très supérieure à celle mesurée dans l’air ambiant extérieur aux EFS. Cependant, les risques sanitaires chez les travailleurs des EFS liés aux polluants chimiques de l’air présents dans ces enceintes ferroviaires ont été peu étudiés. Dans ce contexte, l’Anses a été saisie afin de dresser un état des connaissances et réaliser une évaluation des risques sanitaires (ERS) chez les travailleurs des EFS. Méthodes Un groupe de travail pluridisciplinaire a analysé les études publiées jusqu’en décembre 2014 et des données communiquées par les exploitants de transport. L’ERS a porté sur les travailleurs de l’exploitation, l’organisation du transport et des services, et des commerces qui exercent une activité durant les horaires de trafic des rames de voyageurs. L’exposition chronique des travailleurs a été estimée à partir des données de concentration inhalée en particules (PM2,5 et PM10), en éléments métalliques, en carbone, en hydrocarbures aromatiques polycycliques particulaires et en hydrocarbures aromatiques monocycliques, issues d’une campagne transversale de métrologie individuelle de la RATP. Cette exposition estimée a ensuite été comparée à une valeur toxicologique de référence (VTR ajustée, VLEP, NOAECHEC) pour calculer un indicateur de risque. Résultats Les risques sanitaires en lien avec les éléments métalliques évalués individuellement semblent négligeables. Concernant l’exposition chronique aux particules, une inflammation des voies respiratoires et des effets consécutifs à cette inflammation sont probables, sur la base d’un effet démontré par une étude de toxicité aiguë chez l’animal. Par analogie avec les particules de l’air ambiant extérieur, des effets délétères sont attendus sur la santé cardiovasculaire et respiratoire en lien avec l’exposition chronique de ces travailleurs aux particules des EFS. L’ERS présente néanmoins des incertitudes notables compte tenu notamment du corpus d’études épidémiologiques assez peu informatif et de l’absence d’étude toxicologique d’exposition chronique. Conclusion Des effets sanitaires sont attendus en relation avec l’exposition chronique des travailleurs à la pollution de l’air des EFS. Des travaux sont recommandés pour combler les lacunes des connaissances sur la toxicité à long terme des particules de l’air de ces enceintes ferroviaires, mais également sur l’exposition de certaines catégories de travailleurs de la maintenance vraisemblablement plus exposés
ISSN: 1775-8785

hal-01331986
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01331986
DOI : 10.1016/j.admp.2016.03.448
PUBMED : 26334607

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The recent accumulation of genomic sequence data has shown that gene evolution is not strictly tree-Like. Many evolutionary processes, like exon shuffling, gene fusion or nonhomologous recombination remodel genes by creating composite structures that are made from parts with different evolutionary histories. The development of sequence similarity networks provides an analytical framework to study the impact of these processes on molecular evolution, by structuring the resemblance relationships between sequences and by formalizing, in terms of graph theory, the detection of composite genes (intransitive triplets) and gene families (clique minimal separators). The size of current data sets, typically several million sequences, has also required the development of new tools and methods: sequence comparison parallelization, large networks visualization with Louvain communities and large cycles identification. When applied to eukaryotic and viral genome data sets, these methods have shown that composite genes are found throughout cellular organisms and mobile genetic elements. Proportionally, composite genes are more numerous in eukaryotic genomes; in absolute number, they are more numerous in viruses. In the latter, composite genes functional distribution is biased (enrichment of genes families that are essential for the perpetuation of the viral cycle), and the various parts of composite genes sometimes even originate from the genetic material of different viral classes. More generally, the extent of combinatorial processes, by unravelling other evolutionary bonds than homology bonds in the strictest sense, legitimates a pluralistic study of similarity relationships between sequences.
L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en termes de graphes la détection de gènes (triplets intransitifs) et de familles de gènes (cliques minimales séparatrices) composites. La taille des jeux de données actuels, de l’ordre de plusieurs millions de séquences, a également requis le développement de nouveaux outils et méthodes : parallélisation des comparaisons de séquences, visualisation de très grands réseaux par simplification en communautés de Louvain et identification de grands cycles. Appliquées à des jeux de données de génomes eucaryotes et viraux, ces méthodes ont démontré la présence de gènes composites dans tout le vivant et les éléments génétiques mobiles. En proportion, les gènes composites sont plus nombreux dans les génomes eucaryotes ; en nombre absolu, ils sont plus nombreux à être portés par des virus. Chez ces derniers, la distribution fonctionnelle des gènes composites est biaisée (enrichissement dans les familles essentielles pour la perpétuation du cycle viral), et les éléments des gènes composites trouvent même parfois leurs origines dans le matériel génétique de classes virales différentes. Plus généralement, l’étendue des processus combinatoires, en révélant des liens évolutionnaires autres que les liens d’homologie au sens fort, justifie une étude pluraliste des relations de similarité entre séquences.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379

NNT : 2014PA066358
tel-01127379
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379/file/2014PA066358.pdf

Résumé : L'analyse des structures dures/calcifiées des organismes aquatiques (poissons, mollusques, cephalopodes...) constitue souvent la base d'études en écologie /biologie des populations et plus particulièrement dans l'étude du fonctionnement des populations. Leur analyse apporte des données telles que l'âge et la croissance, indispensables au développement de modèles en dynamique de populations (stock-recrutement, individus centrés, CMR) et permettent de prendre en compte la variabilité biologique. Ces structures dures sont aussi utilisées pour des caractérisations génétique et environnementale de l'individu. De fait, l'utilisation de ces structures contribue au développement et à la mise en œuvre de méthodes permettant une caractérisation plus précise de l’individu et une meilleure intégration du niveau individuel au fonctionnement des populations. Enfin, l'archivage de ces structures et/ou des données issues de leur analyse permet de constituer un jeu de données historiques fiable pour étudier l'impact du changement climatique. Dans ce contexte, il importe de pouvoir renforcer les études sur ces structures et leur utilisation en écologie halieutique, et de connaître les démarches utilisées par la communauté scientifique française. C'est ce qui est proposé dans le cadre de ce workshop dont un programme thématique vous est joint. Couplant conférences et tables rondes, ce séminaire doit permettre de discuter des aspect techniques des différentes utilisations de ces structures dures et des méthodes de validation développées ou à mettre en place dans le cas de certaines de ces utilisations. Il devrait permettre aussi de fédérer la communauté scientifique française qui travaille sur les pièces calcifiées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00174/28518/26884.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00174/28518/

Résumé : Suite à la mission d'expertise réalisée en 1999, un programme d'extension de la surveillance RNO aux Antilles à été décidé en Comité de Pilotage. Les opérations en routine ont débuté fin 2001. En octobre 2002 les intervenants du RNO "hydrologie" ont donc accumulé presque un an de résultats. Les premières analyses d'huîtres du RNO "matière vivante" sont en cours. Il était donc nécessaire de procéder à la formation des agents à l'utilisation de l'outil Quadrige de façon à leur permettre de saisir les résultats dans la base de données et à les en extraire. Cette mission a été réalisée par Christian Bonnet pour les aspects Quadrige et Didier Claisse pour les aspects thématiques. Les objectifs de la présente mission de formation Quadrige étaient multiples : (a) Regrouper tous les intervenants antillais sur un même site de façon à ce qu'ils bénéficient d'une formation homogène et qu'ils s'approprient collectivement Quadrige pour parler entre eux un langage commun par la suite. (b) Vérifier sur chaque site le bon fonctionnement des connexions au serveur Ifremer et encadrer une saisie-extraction type de façon à consolider les acquis en tenant compte des particularités locales. (c) Utiliser le temps éventuellement disponible pour régler certains problèmes de terrain ou d'organisation.

Droits : 2002 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00016/12750/9682.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00016/12750/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
Symbioses with the dinoflagellate Symbiodinium are widespread among marine invertebrates and protists, especially in nutritionally demanding habitats, such as tropical coral reefs, where they play a major role in ecosystem survival. Moreover, apart from corals and sea anemones, many of the Symbiodinium species and clades involved in these partnerships remain to be characterized. This study provides new insights into nudibranch and sponge associations with Symbiodinium by sequencing regions of the Symbiodinium 28S rDNA and the host mitochondrial COI oxidase. Specimens were sampled between 2011 and 2013 from locations around the islands of Moorea and Tahiti, French Polynesia. Our results revealed that some of the sponges and nudibranchs harbored typical Symbiodinium from clade B or C while others harbored new, undescribed Symbiodinium-like dinoflagellates. A detailed analysis of the different life stages of the nudibranch Phestilla lugubris and of its specific coral prey, Porites rus, suggests a prey-predator horizontal transfer of the symbiont and its vertical inheritance from the parent to the eggs.
Les symbioses à zooxanthelles, dinoflagellés du genre Symbiodinium, sont largement répandues chez les invertébrés marins et les protozoaires, notamment dans les eaux oligotrophes, où ils jouent un rôle important dans la survie des récifs coralliens. De plus, excepté chez les coraux et les anémones, les différentes espèces et clades de Symbiodinium impliqués dans ces associations restent à être caractérisés. Notre étude, grâce à l’utilisation des marqueurs génétiques 28S ADNr des Symbiodinium et la sous-unité 1 de la cytochrome oxydase mitochondriale (COI) de l’hôte, procure de nouvelles données quant aux associations des éponges et des nudibranches avec les Symbiodinium. L’échantillonnage a eu lieu autour de Moorea et de Tahiti (Polynésie française), entre 2011 et 2013. Nos résultats révèlent que certaines espèces d’éponges et de nudibranches possèdent les clades B et C communément retrouvés, chez les coraux notamment, alors que d’autres présentent de nouveaux dinoflagellés « Symbiodinium-like ». Une analyses détaillée des Symbiodinium à différents stades du cycle de vie du nudibranche corallivore Phestilla lugubris et de son corail hôte Porites rus suggèrent l’existence d’un transfert horizontal de Symbiodinium proie–prédateur et un transfert vertical du parent P. lugubris à ses œufs.
ISSN: 1631-0691

hal-01145518
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01145518
DOI : 10.1016/j.crvi.2015.01.005

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
The "South-Dominica" archaeological mission of the French ministry of foreign affairs has started work in 2005. Designed to enlighten the archaeological terra incognita dominicana, this research has essentially been dedicated to the early ceramic occupation of the island. Our work has been based on the analysis of the few collections already existing, on systematic survey campaigns and on an important test pit program. This lecture will be concentrating on the presentation of the Soufrière site excavation. The Soufriere site, found in the seventies, is composed of an important early cedrosan saladoid occupation covered by volcanic deposits. The data obtained during this excavation, associated with other results of the "South Dominica" archaeological mission, incites us to think about a revision of the territories associated to the complexes in the Lesser Antilles.
La mission archéologique "Sud-Dominique" du ministère français des affaires étrangères a débuté ses travaux en 2005. Destinées à en finir avec la terra incognita dominicana archéologique, ces recherches sont essentiellement consacrées à l'étude du premier peuplement agro-céramique de l'île. Le travail de la mission archéologique repose sur l'étude de séries anciennes, des campagnes de prospections systématiques et un important programme de sondages. Notre présentation se concentrera sur la fouille que nous avons menée du site de Soufrière dans le sud de la Dominique. Ce gisement identifié dans les années 1970 correspond à une importante occupation saladoïde cedrosane ancienne qui a été recouverte par des dépôts volcaniques. Les données obtenues lors de cette fouille associées à l'ensemble des résultats obtenus en 3 années par la mission archéologique Sud-Dominique nous incitent à nous interroger sur la nécessité d'une révision des territoires associés à la notion de complexe dans les Petites Antilles.
XXII Conference of the International Association of Caribbean Archaeology
Kingston, Jamaica

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
hal-00961335
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00961335
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00961335/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00961335/file/soufriA_repaperfinal.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Several major earthquakes have struck the 2500 km long Himalayan range during the past century. However, both the maximum size of such earthquakes and the probability of occurrence of a magnitude 9 megaquake are still a mater of debate. In this framework it is of key importance to investigate the lateral segmentation of the Himalayan arc in order to deepen our understanding of the mechanisms that control such events as well as their extents. Besides the remarkably uniform tectonic set-up and the fact that most studies on the Himalayas have focused on Central Nepal, several indications of along strike changes can be gathered.This thesis brings new constraints on lateral variations of crustal structure and of deformation between western Nepal (~80°E) and eastern Bhutan (~92°E).The first part of this thesis focuses on the lateral variations of crustal structure. In the past three years we have carried out four land gravity campaigns. We have established 366 new gravity measurement points to fill the data gaps in central and western Nepal as well as in Bhutan. This new dataset, together with available seismological data, is used to constrain thermo-mechanical models of the bending of the India plate underneath the Himalayas. While the inferred crustal geometry does not exhibit major along-strike variations over central and eastern Nepal, the shorter wavelength flexure of the lithosphere in Bhutan is associated with a weaker upper mantle rheology.The second part focuses on the lateral variations of recent deformation in the Himalayas. Fifteen years of paleoseismological investigations have extended the catalogue of major Himalayan events over the last millennium. Combining these information with secular loading, we assess the spatial and temporal stress changes on the Main Himalayan Thrust along the orogen over the last nine centuries. Our calculations indicate that inter-seismic loading has now nearly overcome the Coulomb stress decrease caused by the great ~1100 medieval earthquake. Our results also point out that the 1897 Shillong plateau earthquake does not have a major influence on the stress accumulated on the Main Himalayan Thrust since then. In order to better characterize active tectonics in the Bhutan Himalayas where no studies were done so far, we carried out a morphotectonic analysis in the south-central part of the kingdom. We show that the same amount of Holocene deformation is accommodated on the frontal thrust in Bhutan as on the neighbouring portions of the Himalayan arc. We also find evidences for two major (M>8) earthquakes on this thrust in the Bhutan Himalayas during the last millennium. Our results therefore show that Bhutan cannot be considered as a seismic gap. They also challenge the interpretation of one single ~1100 medieval mega-event that would have ruptured the Main Frontal Thrust from central Nepal to eastern Bhutan.
Au cours du dernier siècle, plusieurs séismes majeurs ont affecté l'Himalaya. Cependant, la taille maximale de ces événements et la probabilité d'occurrence de méga-séismes avec des magnitudes proches de 9 sont toujours matière à débat. L'étude de la segmentation de l'arc Himalayen est donc primordiale afin de comprendre les mécanismes qui contrôlent ces séismes ainsi que leur extension spatiale. La compréhension du cycle sismique en Himalaya est aujourd'hui essentiellement basée sur des études menées au Népal central, ce qui limite notre connaissance de son fonctionnement tri-dimensionnel. Ce travail de thèse permet d'apporter de nouvelles contraintes sur les variations latérales de la déformation crustale dans la zone comprise entre l'ouest Népal (~80°E) et l'est Bhoutan (~92°E). La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude des variations latérales de la structure lithosphérique. Quatre campagnes gravimétriques ont été réalisées entre 2010 et 2012. Elles ont permis d'étendre le réseau gravimétrique Népalais jusqu'à l'ouest Népal et d'établir le premier réseau gravimétrique Bhoutanais. Ce nouveau jeu de données, combiné avec les données sismologiques disponibles, permet de contraindre des modèles thermo-mécaniques de la flexure de la plaque Indienne sous l'Himalaya. Les résultats suggèrent qu'il n'existe pas de variations latérales majeures du comportement mécanique de la lithosphère Indienne entre le centre et l'est Népal contrairement au Bhoutan où une rigidité flexurale plus faible est nécessaire pour expliquer les données.La deuxième partie de cette thèse est consacrée à l'étude des variations latérales des déformations récentes dans le prisme Himalayen. Les études paléosismologiques menées depuis 15 ans en Himalaya ont permis d'étendre le catalogue des événements majeurs sur le dernier millénaire. En intégrant à la fois les contraintes disponibles sur ces séismes majeurs et le chargement séculaire, nous étudions les variations spatiales et temporelles de l'état de contrainte du chevauchemlent Himalayen principal le long de l'arc. Nos calculs montrent que même dans la cas où un méga-séisme se serait produit en ~1100 en Himalaya, le chargement séculaire a quasiment compensé la chute de contrainte associée. Les modèles montrent aussi que le séisme du Shillong ne joue pas un rôle majeur sur les contraintes accumulées sur le chevauchement Himalayen depuis 1897 au niveau du Bhoutan. Enfin, nous présentons les premières contraintes sur la tectonique active au Bhoutan. L'étude morphotectonique réalisée au centre du Sud-Bhoutan a permis de montrer que la majeure partie de la déformation Holocène est accommodée au niveau du front Himalayen, comme au Népal. Nous montrons aussi des évidences de ruptures de surface avec des décalages verticaux de plusieurs mètres associés à deux séismes majeurs sur le dernier millénaire. Ces évidences remettent en cause l'interprétation d'un méga-séisme en ~1100.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01002381

NNT : 2013MON20074
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01002381/file/35970_BERTHET_2013_archivage_cor.pdf