Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : In the new context of the agro-ecological transition, present agricultural systems will have to produce more and better in a more constraint world. Mixed crop livestock systems (MCLS) represent sound alternative ways to progressively achieve these goals through crop-livestock integration (CLI). CLI exploits the synergies between cropping and livestock systems through organic fertilization with manure or plant association, use of crop residues to feed livestock, .... It offers many opportunities to improve productivity, as well as to increase resource use efficiency and improve the resilience of the whole farming system. In the scientific literature, authors advocate the interest of MLCS and CLI, based on theoretical considerations, modelling and empirical evidence from local case studies. But these studies do not clearly identify the respective roles of diversity of activities and CLI management practices in improving performances at the level of the whole farming system. Our aim was thus to assess CLI at farm scale in a range of MCLS and to explain farm performances by analyzing the combination of activities and the level of integration. We conducted our analyses in Guadeloupe, (French West Indies), where MCLS and CLI are complex but important challenges for local agricultural. In order to analyze CLI in a holistic and systemic way, we applied a method traditionally used in ecology, ecological network analysis, to study the structure, functioning and performance of agrosystems. This method was implemented on a range of Guadeloupian MCLS where CLI practices where identified. Nitrogen was retained to conduct the analysis due to its central role for both animal and vegetal productions. The ENA method allows an estimation of productivity, resilience, efficiency, productivity and self- sufficiency of the flows network. Our results show that 1/ efficiency and resilience appear correlated to the complexity and intensity of the network of flows; 2/ efficiency and resiliency are positively correlated when we consider them in terms of N flows; 3/ in the Guadeloupian context, CLI concerns mainly specific practices, as feeding pigs with a wide range of crop residues and organic fertilization of small market gardens and plots used to grow tubers. But at whole system level, CLI remains rare and mainly depends on conventional management practices as mineral fertilization and animal complementation of some farming activities as sugar cane, cattle breeding and banana. Moreover, the combination of productions implemented determines the potential of CLI and related performances linked to relative N efficiency of each production. Consequently, performance and especially efficiency and self-sufficiency depend more on the nature of the activity than on CLI management practices. There is still a gap between theoretical studies and CLI in practice, even though CLI is more complicated than simple flows and provides other services and functions. Dans le nouveau contexte de la transition agro-écologique, les systèmes agricoles actuels devront produire plus et les améliorer dans plus de monde de contrainte. Les systèmes mélangés de bétail de culture (MCLS) représentent des manières alternatives saines d'atteindre progressivement ces buts par l'intégration de culture-bétail (CLI). Le CLI exploite les synergies entre l'emblavage et les systèmes de bétail par la fertilisation organique avec l'association d'engrais ou d'usine, utilisation des résidus de culture d'alimenter le bétail,?. Il donne beaucoup d'occasions d'améliorer la productivité, aussi bien que d'augmenter l'efficacité d'utilisation de ressource et d'améliorer la résilience du système d'exploitation agricole entier. Dans la littérature scientifique, les auteurs préconisent l'intérêt de MLCS et de CLI, basé sur des considérations théoriques, modeler et des preuves empiriques des études de cas locales. Mais ces études n'identifient pas clairement les rôles respectifs de la diversité des activités et des pratiques de gestion de CLI en améliorant des interprétations au niveau du système d'exploitation agricole entier. Notre but était ainsi d'évaluer le CLI à l'échelle de ferme dans une gamme de MCLS et d'expliquer des interprétations de ferme en analysant la combinaison des activités et du niveau de l'intégration. Nous avons réalisé nos analyses en Guadeloupe, (des Antilles françaises), où MCLS et le CLI sont des défis complexes mais importants pour agricole local. Afin d'analyser le CLI d'une manière holistique et systémique, nous avons appliqué une méthode traditionnellement employée en écologie, analyse réseau écologique, pour étudier la structure, le fonctionnement et l'interprétation des agrosystems. Cette méthode a été appliquée sur une chaîne de Guadeloupian MCLS où des pratiques en matière de CLI où identifiée. L'azote a été maintenu pour réaliser l'analyse due à son rôle central pour les productions animales et végétales. La méthode d'ENA permet une évaluation de la productivité, de la résilience, de l'efficacité, de la productivité et de l'autosuffisance du réseau d'écoulements. Nos résultats prouvent que 1 efficacités et résiliences semblent corrélées avec la complexité et l'intensité du réseau des écoulements ; 2 efficacité et élasticité sont franchement corrélés quand nous les considérons en termes d'écoulements de N ; 3 dans le contexte de Guadeloupian, CLI concerne principalement des pratiques spécifiques, en tant que les porcs de alimentation par un large éventail de résidus de culture et de fertilisation organique de petits jardins du marché et complots employés pour cultiver des tubercules. Mais à au niveau système entier, le CLI demeure rare et dépend principalement des pratiques de gestion conventionnelles en tant que complémentation minérale de fertilisation et d'animal de quelques activités agricoles comme canne à sucre, élevage et banane. D'ailleurs, la combinaison des productions mises en application détermine le potentiel du CLI et des interprétations relatives liés à l'efficacité relative de N de chaque production. En conséquence, l'interprétation et particulièrement l'efficacité et l'autosuffisance dépendent davantage de la nature de l'activité que sur des pratiques de gestion de CLI. Il y a toujours un espace entre les études et le CLI théoriques dans la pratique, quoique le CLI soit plus compliqué que des écoulements simples et fournisse d'autres services et fonctions.
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V16247

Éditeur(s) : EUTIC : le réseau international et interdisciplinaire pour les Enjeux et Usages des Technologies de l'Information et de la Communication EUTIC : le réseau international et interdisciplinaire pour les Enjeux et Usages des Technologies de l'Information et de la Communication
Extrait de : "Les écosystèmes numériques et la démocratisation informationnelle" : colloque, les 3 et 4 novembre 2015. Université des Antilles
Description : A la croisée des réseaux sociaux, la radio, comme d'autres médias, a intégré ces nouveaux moyens d'expression directe. Bruno Bonu, de l'Université Montpellier 3, propose une communication qui porte sur l'usage des sms dans une émission « Tutta la città ne parla » de la radio publique italienne Rai Radio 3. Nous analyserons dans le cadre de l'Analyse de Conversation, le traitement interactionnel de la part de l'animatrice et de l'invité d'un sms arrivé pendant l'émission produite en direct. Nous interrogerons comment à partir d'un message forcément condensé par les contraintes de production des SMS, les participants arrivent à déployer le thème proposé par l'auditeur, au moyen de procédures de transformation sémantique dans l'interaction. Nous mettrons ainsi en évidence l'élaboration interactive de l'écosystème numérique de la radio.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V15412
V15412

Éditeur(s) : A.P.F.OM : Association des Peuples des Fleuves Oyapock-Maroni AIHP-GEODE : Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine/Géographie- Développement Environnement de la Caraïbe Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation APHGG : Association des Professeurs d'Histoire-Géographie de Guyane
Extrait de : "Les marronnages et leurs productions sociales, culturelles dans les Guyanes et le bassin caribéen du XVIIème au XXème siècle : bilans et perspectives de recherche" : colloque pluridisciplinaire, du 18 au 21 novembre 2013. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Colloque « Les marronnages et leurs productions sociales, culturelles dans les Guyanes et le bassin caribéen du XVIIème au XXème siècles : bilans et perspectives de recherche ; descendants de Marrons et d?Amérindiens dans les Amériques : quelle citoyenneté ? »
Siècle(s) traité(s) : 21
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V15096

Éditeur(s) : CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Réel merveilleux, réalisme merveilleux, réalisme magique et baroque (III)" : journée d'étude, le 7 mai 2015. Université des Antilles et de la Guyane
Description : L'influence du concept du réalisme merveilleux élaboré par Jacques Stéphen Alexis est considérable, tant sur les écrivains que dans la recherche universitaire. Les études académiques actuelles mentionnent fréquemment l'écrivain Gary Victor parmi les héritiers du réalisme merveilleux haïtien. Depuis quelques années, celui-ci est considéré comme l'un des auteurs les plus prolifiques et les plus lus en Haïti. Dans son importante production littéraire figure un cycle de romans policiers qui comportent le péritexte intriguant de «polar vaudou». Cette communication vise à proposer une lecture de ces textes au regard du concept élaboré par Jacques Stéphen Alexis tel que nous le comprenons. Envisagé comme un courant artistique cherchant à restituer la vision haïtienne du monde, le réalisme merveilleux de Jaques Stéphen Alexis s'inscrit également dans une perspective engagée. En littérature, Alexis appelle au renouvellement des genres dans une optique haïtienne afin de guider « le peuple » dans ses luttes. D'une part, je montrerai comment les oeuvres de Gary Victor ? en particulier Les cloches de la Brésilienne (2006), Saison de porcs (2009) et Soro (2011) ? illustrent parfaitement ce remaniement des modèles littéraires et se doublent d'une dimension critique. Oscillant entre respect des codes, réadaptations au contexte haïtien, renversements du genre policier et intégration d'autres formes de discours (en particulier celui de la lodyans), les polars de Victor s'en prennent aux stéréotypes littéraires, tant indigénistes qu'occidentaux. D'autre part, je tenterai de circonscrire le versant « vaudou » de ces textes, à l'aide du concept de réalisme grotesque approfondi par Rémi Astruc. Dès lors, nous verrons apparaître, derrière le masque du polar, toute la puissance symbolique du mythe, non plus traditionnel mais résolument moderne et propre à Gary Victor.

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V15203

Éditeur(s) : Sector Público Agrícola, Instituto de Ciencia y Tecnología Agricolas Sector Público Agrícola, Instituto de Ciencia y Tecnología Agricolas ( Guatemala )
Résumé : (Statement of Responsibility) Peter E. Hildebrand.
(Bibliography) Includes bibliographical references (p. 15).
"Presented at the Seminar on the Improvement of Farm Production Systems, ... Bamako, Mali, 20 Febr.-1 Mar, 1978."
"February 1978."
Typescript (photocopy).
Guatemala

433605809

Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : The Creole pig has always been part of the rural and suburban landscape of Martinique. Currently, this breed is not integrated into a research and conservation program. The Natural Park of Martinique Region (PNRM) has the objective to maintain and valorize the genetic heritage of Martinique?s Creole pig and develop a niche business. Based on PNRM knowledge, some Creole pigs live freely in the mountains in the North, in the South coast and in a few disparate traditional breeders located in the countryside. It is essential to carry out an inventory of the local pig population to propose a scheme for conservation and economic development. In order to favour the appropriation of the Creole pig niche, the PNRM, as a decision maker, acts in a systemic and holistic way by considering the whole Martinican territory and the pig sub-sector: producers involved in the COOPMAR pig farmers? cooperative, researchers of INRA (FWI), the food chain and at least (in a second phase) the consumers and the Martinican society. First of all, the pig farmers are involved (private family farms and specialised pig producers). Researchers and technicians from PNRM and INRA- URZ (Animal production research unit) and INRA-PTEA (Tropical platform in animal experimentation) are performing experimental studies both in controlled conditions and in farms, in order to: i) determine phenotypic and genetic characteristics of Martinique?s Creole pigs in comparison with other pig breeds from the Caribbean area; ii) help at designing genetic management to maintain the population and avoiding inbreeding; iii) help at defining feeding management by a) establishing, at the whole territorial food chain, an inventory of co or by-products available for pig feeding; b) implementing experimental studies in technology for conservation; c) implementing feeding and growing experiments and finally iv) help at defining eco-friendly production systems a) aiming at generate an adequate revenue and b) focusing on ecosystem services such as meat quality, socio-cultural services and circular economy. Le porc créole a toujours fait partie du paysage rural et suburbain de la Martinique. Actuellement, cette race n'est pas intégrée dans un programme de recherches et de conservation. Le parc naturel de la région de la Martinique (PNRM) a l'objectif pour maintenir et valoriser l'héritage génétique du porc créole de la Martinique et pour développer des créneaux. Basé sur la connaissance de PNRM, quelques porcs créoles vivent librement dans les montagnes dans le nord, dans la côte sud et chez quelques éleveurs traditionnels disparates situés dans la campagne. Il est essentiel d'effectuer un inventaire de la population locale de porc pour proposer un plan pour la conservation et le développement économique. Afin de favoriser l'appropriation du créneau créole de porc, le PNRM, comme décideur, agit d'une manière systémique et holistique en considérant tout le territoire de la Martinique et sous-secteur de porc : producteurs impliqués dans la coopérative d'agriculteurs de porc de COOPMAR, les chercheurs d'AICN (FWI), la chaîne alimentaire et au moins (dans une deuxième phase) les consommateurs et la société Martiniquaise. Tout d'abord, les agriculteurs de porc sont impliqués (les fermes privées de famille et les producteurs de porc spécialisés). Les chercheurs et les techniciens de PNRM et AICN URZ (unité de recherches de production animale) et INRA-PTEA (plate-forme tropicale chez l'expérimentation animale) réalisent des études expérimentales dans des conditions commandées et dans les fermes : i) déterminent des caractéristiques phénotypiques et génétiques des porcs créoles de la Martinique en comparaison d'autres races de porc à partir du secteur des Caraïbes ; ii) aide à concevoir la gestion génétique pour maintenir la population et à éviter l'endogamie ; iii) aide à définir la gestion de alimentation a) en établissant, à la chaîne alimentaire territoriale de totalité, à un inventaire de Co ou aux sous-produits disponibles pour l'alimentation de porc ; b) mise en oeuvre des études expérimentales en technologie pour la conservation ; c) mettant en application des expériences de alimentation et croissantes et finalement iv) aide à définir viser qui respecte l'environnement des systèmes de production a) produisent de à revenu approprié et b) se concentrant sur des services d'écosystème tels que la qualité de viande, des services socioculturels et l'économie circulaire.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16263

Éditeur(s) : CRILLASH : Centre de recherches interdisciplinaires en lettres, langues, arts et sciences humaines CRILLASH : Centre de recherches interdisciplinaires en lettres, langues, arts et sciences humaines
Résumé : Enseignement scolaire des langues au travers des questions de culture d'enseignement et culture d'apprentissage. Denise Delgado présente la diversité des modèles d'intégration scolaire des élèves allophones en Guyane et en République dominicaine. Elle analyse notamment la formation des enseignants, la production de ressources adaptées et la prise en compte de la diversité.
République dominicaine
Guyane Française
Haïti
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Éditeur(s) : INRA : Institut National de la Recherche Agronomique Université des Antilles. Service commun de la documentation
Extrait de : 52e congrès annuel de la Société caribéenne des plantes alimentaires / 52nd annual meeting of the Caribbean food crops society (CFCS), du 10 au 16 juillet 2016. INRA, CFCS
Description : In the Global South, improvement of agricultural outputs is eagerly awaited. While by 2050, its population will double areas devoted to agriculture will decrease exacerbating undernutrition of the poor. Unfortunately, the demand for fresh locally-produced meat products is not satisfied yet in the tropics. So, efficiency in animal productions is essential to allow coverage of protein nutritional needs of people, both in quality and quantity. In the Caribbean territories mixed farming systems are the most common farming systems (about 80%) and can constitute a solution to reach food sovereignty in such limited and isolated spaces. Lessons to be learned from these systems involve improving animal performance while respecting the natural balance with environment and maintaining the multi-functionality of plants and animals. Firstly, the natural (or selected) comfort zone of animal and plants must fit with the farm conditions, insuring thereby animal survival and welfare. Enhancement of adaptation to stresses (biotic, abiotic and socio- economic) in species or animal genotypes is a key element implying their equilibrium with the farm environment. This approach underpins for the farmer an integrated management of animal health, nutrition, genetics, reproduction, in close relationship with other compartments of the farming system. Secondly, animal adaptation may be completed by resilience ability within systems. Animals have to produce although facing stresses. Finally, the animal must be efficient that is to say must reconcile physiological functions of production, reproduction with adaptation functions. This optimization leads to decreased inputs and to overall efficiency of mixed farming systems at the end. The aim of the breeder is to choose the animal producing the best balance between output-reproduction-adaptation, at the individual or the flock scale combining genetic and physiological diversity. The underlying idea is to give to humans and animals their right place in the food chain taking into account the farmers? skills and wills. This idea is included in the agroecological approach and may give guidelines for food sovereignty worldwide.
Siècle(s) traité(s) : 21
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V16318

Éditeur(s) : CRILLASH : Centre de Recherches Interdisciplinaires en Lettres, Langues, Arts et Sciences Humaines
Extrait de : "Regards croisés dans la Caraïbe", le 5 mars 2010. Université des Antilles et de la Guyane
Description : Enseignement scolaire des langues au travers des questions de culture d'enseignement et culture d'apprentissage. Denise Delgado présente la diversité des modèles d'intégration scolaire des élèves allophones en Guyane et en République dominicaine. Elle analyse notamment la formation des enseignants, la production de ressources adaptées et la prise en compte de la diversité.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Provenance : Université des Antilles et de la Guyane. Service commun de la documentation
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HASHe27ef5654fc57d9fbee834

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Spermatogenesis in mammals is a complex biological function including cellular processes such as proliferation, meiosis and differentiation, aiming to the production of male gametes in the testis. If the seminiferous epithelium is well described in terms of organization and cellular morphology of cells that compose it, the processes by which undifferentiated diploid germ cells enter meiosis and give haploid cells that undergo many morphological transformations, are not fully decrypted. These processes rely on the coordinated and sequential expression of genes, including specific products for each stage of germ cell development These gene products are essential at each key stage of spermatogenesis. Transcriptomics since the 1990s, and proteomics since the 2000s have contributed to the improved. understanding of these mechanisms. A long term proteomic study aiming at characterizing the proteomes of Sertoli cells and germ cells, and a recent study that characterized and quantified the transcriptome of isolated rat testicular cells at high resolution using de novo sequencing of transcripts (RNA-Seq), have been the basis of my thesis work. The latter study showed the accumulation of long non-Coding RNAs (lncRNAs) and testicular unannotated transcripts (TUTs) at meiotic and post-Meiotic stages of spermatogenesis in the rat. In this context, my thesis work aimed at validating the coding potential of many genes expressed in germ cells using RNA-Seq combined with shotgun proteomics, a so-Called PIT (Proteomics Informed by transcriptomics) approach. In this approach, the protein sequences translated from the transcripts assembled by RNA-Seq in the different testicular cell types are integrated into a custom database of protein sequences used to query mass spectrometry data obtained from proteins of meiotic and post-Meiotic cells. The PIT approach showed that 69 TUTs or lncRNA (corresponding to 44 loci) code for proteins in meiotic cells and post meiotic cells, and we confirmed experimentally the meiotic and post-Meiotic expression for two new transcripts encoding for VAMP9, a protein of the SNARE family, and a new testicular enolase T-ENOL. The post-Meiotic expression of T-ENOL protein was confirmed by immunohistochemistry using a polyclonal antibody raised against the recombinant protein. This approach also allowed us to identify new isoforms of known proteins, specific to each stage of spermatogenesis. Germ cells and Sertoli cells maintain a dialogue which is necessary to the success of spermatogenesis and spermiogenesis. Another part of my work aimed at identifying membrane proteins, in germ cells and residual bodies, that may be involved in the dialogue between Sertoli cells and germ cells, using a ICPL relative quantification proteomic approach. The ICPL analysis enabled us to establish a list of 166 proteins whose expression is differential between pachytene spermatocytes, round spermatids and residual bodies. Their differential expression suggests that these proteins may play a role in spermiogenesis. Thanks to the Gene Ontology annotations, a list of 8 proteins with a putative role in signal transduction, cell recognition or differentiation, thus potentially involved in the dialogue between Sertoli and germ cells was drawn. In addition, I provided a first proteome of rat Sertoli cells, germ cells and residual bodies obtained by shotgun proteomics.
La spermatogenèse chez les mammifères est une fonction biologique complexe incluant des processus de prolifération cellulaire, de méiose et de différenciation uniques visant à la production des gamètes mâles au sein du testicule. Si l’épithélium séminifère est bien décrit sur le plan de son organisation et de la morphologie des cellules qui le composent, les processus par lesquels les cellules germinales diploïdes indifférenciées entrent en méiose pour donner ensuite des cellules haploïdes subissant par la suite de nombreuses transformations morphologiques, ne sont pas totalement décryptés. Ils reposent sur l’expression coordonnée et séquentielle de gènes dont les produits spécifiques de chaque stade de développement des cellules germinales sont essentiels aux étapes clés de la spermatogenèse. La transcriptomique depuis les années 1990 et la protéomique depuis les années 2000 ont contribué à l’amélioration de la connaissance de ces mécanismes. Une étude protéomique visant à caractériser par des approches systématiques et différentielles les protéomes des cellules de Sertoli et de la lignée germinale, et d’autre part une étude récente, réalisée dans notre unité, qui a permis de caractériser et de quantifier le transcriptome des cellules testiculaires isolées de rat en utilisant le séquençage de novo des transcrits (RNA-Seq), ont été à la base de mes travaux de thèse. Cette dernière étude a mis en évidence l’accumulation de longs ARNs non codants (lncRNAs) et de transcrits testiculaires non annotés (TUTs) aux stades méiotique et post- méiotique de la spermatogenèse chez le rat. Dans ce contexte, mon travail a consisté à valider le potentiel codant de nombreux gènes exprimés dans les cellules germinales par une approche dite PIT (Proteomics Informed by Transcriptomics) couplant protéomique Shotgun et RNA-Seq. Dans ce type d’approche, les séquences protéiques déduites des transcrits des différents types cellulaires, assemblés par RNA-Seq, sont intégrées dans une base personnalisée de séquences protéiques utilisée pour interroger les données de spectrométrie de masse obtenues à partir de protéines de cellules méiotiques et post-Méiotiques. L’approche PIT a permis de montrer que 69 TUTs ou lncRNA (correspondant à 44 loci) codent pour des protéines dans les cellules méiotiques et post méiotiques. L’expression post-Méiotique de deux nouveaux transcrits, l’un codant pour la protéine VAMP9, une protéine de la famille SNARE, et l’autre pour une nouvelle énolase T-ENOL a pu être confirmée. L’expression post-Méiotique de T-ENOL a été confirmée par immunohistochimie à l’aide d’un anticorps polyclonal produit contre la protéine recombinante. Cette approche nous a également permis d’identifier de nouvelles isoformes de protéines connues spécifiques de chaque stade de la spermatogenèse. Les cellules germinales et les cellules de Sertoli entretiennent le dialogue nécessaire au bon déroulement de la spermatogenèse. Une autre partie de mon travail a consisté à identifier des protéines membranaires des cellules germinales et des corps résiduels, susceptibles d’intervenir dans le dialogue entre les cellules de Sertoli et les cellules germinales, par une approche protéomique de quantification relative ICPL. Cette approche a permis d’établir une liste de 166 protéines différentiellement exprimées entre les spermatocytes pachytène, les spermatides rondes et les corps résiduels, qui sont susceptibles de jouer un rôle dans la spermiogénèse. Grâce aux annotations de le Gene Ontology, j’ai pu établir une liste de 8 protéines ayant un rôle supposé dans la transduction du signal, la reconnaissance cellulaire ou bien la différenciation. Par ailleurs, j’ai pu établir par protéomique Shotgun un premier protéome des cellules de Sertoli, des cellules germinales et des corps résiduels chez le rat.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127389

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2014REN1S064
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127389/file/2014REN1S064.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Society for the Study of Reproduction
Résumé : International audience
Spermmotility notably depends on the structural integrity of the flagellum and the regulation ofmicrotubule dynamics. Although researchers have started to use " omics" techniques to characterize the human sperm's molecular landscape, the constituents responsible for the assembly, organization, and dynamics of the flagellum microtubule have yet to be fully defined. In this study, we defined a core set of 116 gene products associated with the human sperm microtubulome (including products potentially involved in abnormal ciliary phenotypes and male infertility disorders). To this end, we designed and applied an integrated genomics workflow and combined relevant proteomics, transcriptomics, and interactomics datasets to reconstruct a dynamic interactome map. By further integrating phenotypic information, we defined a disease-interaction network; this enabled us to highlight a number of novel factors potentially associated with altered sperm motility and male fertility. Lastly, we experimentally validated the expression pattern of two candidate genes (CUL3 and DCDC2C) that had never previously been associated with male germline differentiation. Our analysis suggested that CUL3 and DCDC2C's products have important roles in the sperm flagellum. Taken as a whole, our results demonstrate that an integrated genomics strategy can highlight relevant molecular factors in specific sperm components. This approach could be easily extended by including other " omics" data (from asthenozoospermic men, for example) and identifying other critical proteins from the human sperm microtubulome. Summary Sentence Although researchers have started to use "omics" techniques to characterize the human sperm's molecular landscape, the constituents responsible for the assembly, organization, and dynamics of the flagellum microtubule have yet to be fully defined.
ISSN: 0006-3363

hal-01515563
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01515563
DOI : 10.1095/biolreprod.116.143479
PUBMED : 28395323

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The present study addresses the question of increasing need in water supply. One line of research consists in investigating karst aquifers that represent significant water supplies for the areas around the Mediterranean. This work aims at developing a methodology of predictive evaluation of karst distribution and karst thickness within the carbonate massifs. It is based on the study of the Tethysian carbonate platform from the area of Montpellier, South of France. This area underwent a polyphased, complex, tectonic evolution, involving successive karst forming events. The approach is based on the relationships between eustacy and geodynamics, on one hand, and base-level variation recorded within palaeokarsts, on the other hand. Sedimentary fill of palaeokarsts allows to identify distinct karstification phases and sometimes to date them. It is a marker of base-level variations, which we attempt to quantify, that is responsible for karst formation and karst filling and sealing. For three palaeokarsts of regional extent, we analyze : karst sedimentary-fill, the distribution along upstream-downstream profile, the vertical extension of palaeokarsts, indicative of the base-level lowering. - The " Bauxite palaeokarst " results from the two-stage evolution of the " Isthme Durancien " : i) Bauxitic weathering of the Neocomian cover over the southern Massif Central , related to an inversion during Barremian ; ii) ≥1600 m uplift and exhumation during Aptian-Albian, inducing erosion of alterites, upstream, and deposition of detrital bauxites, downstream. - The " Early Paleocene palaeokarsts with marine sedimentary-fill " indicate base level variations of more than 350m in the upstream area. It is suggested here that such base-level variations, exceeding eustacy and recorded in tabular undeformed series, result from desiccation-flooding events in an endoreic silled basin. - The " Miocene palaeokarst with Cevennes-sourced sediment-fill " records a Serravalian-Tortonian base-level drop, depicted by canyon incision in the hinterland of the Gulf of Lion Margin. Uplift values of ≥ 400m upstream, about 250m in an intermediate area and 10's of m downstream, are measured. The present 3D geometry and distribution of carbonate massifs (exposed and covered) are modeled in the study area, from the Cevennes to the Mediterranean. The 3D geological model integrates seismic reflection, borehole and gravimetric data. Tectonic restoration of a N-S section, extracted from the 3D model, allows to reconstruct paleo-base-levels with respect with the carbonate massifs, at different stages of deformation and successive phases of karstification. The 3D paleo-flows through carbonates across the study area, are thus constrained, especially during the Messinian desiccation stage. Application of the results to hydrogeology leads to the following : - Uplift of upstream hinterland (Cretaceous, Miocene) produces large amplitude karsts, but they do not make significant reservoirs. - Karstification responsible for the development of important and deep karst reservoirs is related to desiccation of endoreic basins (early Paleocene and Messinian). - Theses two events have produced two main deep karst reservoirs, with a gravimetric signature : (1) Upstream of Montpellier Thrust, between Pic St Loup, Les Matelles Fault and Hérault Basin, a deep karsts developed over 900m thickness in the Malm limestone, during Paleocene. (2) Downstream (south) of Montpellier Thrust, the coastal karsts extend offshore over more than 10km, they are sealed by a thick Miocene to Quaternary cover, and they result from the Messinian event.
Cette étude s'inscrit dans un contexte de demande croissante en ressources en eau, conduisant à mieux contraindre et estimer la distribution des aquifères karstifiés qui représentent une ressource importante, notamment sur le pourtour méditerranéen. Le but de ce travail est d'élaborer une méthode prédictive de la distribution de la karstification et de l'épaisseur de massifs carbonatés karstifiés, notamment pour les karsts profonds. La méthodologie est développée à partir de l'étude des karsts de la plateforme carbonatée téthysienne du Languedoc montpelliérain; région qui a subi une histoire tectonique complexe et polyphasée, entrainant des phases de karstification successives. Elle est basée sur la compréhension des relations entre eustatisme, géodynamique et niveau de base, enregistrées par les paléokarsts de la région. Le remplissage sédimentaire des paléokarsts permet d'identifier les épisodes de karstification et de les dater ; c'est un marqueur des variations -que l'on cherche à quantifier- du niveau de base local responsable de la formation et du comblement des karsts. On analyse 3 paléokarsts d'extension régionale dont on peut étudier : le remplissage karstique, la distribution le long de profils amont-aval et l'extension verticale indicatrice de l'amplitude de l'abaissement du niveau de base dont il est issu. On en déduit les causes géodynamiques à l'origine de leur formation: - Le " paléokarst des bauxites " à remplissage caractéristique, résulte de l'évolution en 2 phases de " l'Isthme Durancien " : altération bauxitique de la couverture néocomienne sur le sud du Massif Central, liée à une inversion au Barrémien, suivi d'une surrection ≥ 1600m à l'Aptien-Albien, causant l'érosion des altérites en amont et le dépôt des bauxites détritiques en aval. - Le " paléokarst à remplissage marin paléocène inférieur " indique des variations du niveau de base local ≥350m dans la zone amont sud-cévenole. On propose que ces variations de niveau de base d'amplitude très supérieures aux variations eustatiques et dans une zone faiblement déformée, résultent d'assèchements et d'ennoiements d'un bassin endoréique à seuil. - Le " paléokarst à remplissage détritique d'origine cévenole ", enregistre la chute du niveau de base au Serravalien-Tortonien, qui se traduit par l'incision de canyons dans l'arrière-pays de la marge du Golfe du Lion. On détermine une surrection de plus de 400 mètres à l'amont, près de 250m dans les blocs faillés intermédiaires et quelques dizaines de mètres dans la zone avale. En parallèle, on établit la géométrie et la distribution actuelles des massifs carbonatés dans la zone d'étude (y compris sous couverture), en construisant un modèle géologique 3D, des Cévennes à la Méditerranée. On intègre les données de sismique réflexion, de forages et les données gravimétriques. La restauration tectonique séquentielle d'une coupe Nord-Sud extraite du modèle géologique permet d'appréhender la position des paléo-niveaux de base par rapport aux massifs carbonatés, pour chaque époque de karstification. On déduit l'organisation 3D des paléo-écoulements à travers la géométrie complexe des massifs carbonatés languedociens, notamment pendant l'évènement messinien. En terme d'évaluation de la ressource en eau, on déduit que: - Les surrections de l'arrière-pays (Crétacé " moyen ", Miocène) produisent des karsts de grande amplitude, mais ne constituent pas de réservoirs significatifs. - La karstification à l'origine de réservoirs exploitables importants et profonds est créée par l'assèchement de bassins endoréiques, qui ont affecté la région au Paléocène inférieur et au Messinien . - Ces deux évènements sont à l'origine de deux principaux réservoirs karstiques profonds qui ont une signature gravimétrique : (1) En amont du chevauchement de Montpellier, entre le Pic Saint Loup, la faille des Matelles et le bassin de l'Hérault, le karst profond se développe sur une épaisseur atteignant 900m, et est attribuée à l'événement du Paléocène. (2) Au Sud du chevauchement de Montpellier les karsts côtiers s'étendent jusqu'à plus de 10 km au large, scellés par une épaisse couverture Miocène et Plio-Quaternaire, et résultent de l'événement Messinien.
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Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Ethnopharmacological relevancePsidium acutangulum Mart. ex DC is a small tree used by the Wayana Amerindians from the Upper-Maroni in French Guiana for the treatment of malaria.Aim of the studyIn a previous study, we highlighted the in vitro antiplasmodial, antioxidant and anti-inflammatory potential of the traditional decoction of P. acutangulum aerial parts. Our goal was then to investigate on the origin of the biological activity of the traditional remedy, and eventually characterize active constituents.Materials and methodsLiquid-liquid extractions were performed on the decoction, and the antiplasmodial activity evaluated against chloroquine-resistant FcB1 ([3H]-hypoxanthine bioassay) and 7G8 (pLDH bioassay) P. falciparum strains, and on a chloroquine sensitive NF54 ([3H]-hypoxanthine bioassay) P. falciparum strain. The ethyl acetate fraction (D) was active and underwent bioguided fractionation. All the isolated compounds were tested on P. falciparum FcB1 strain. In vitro anti-inflammatory activity (IL-1β, IL-6, IL-8, TNFα) of the ethyl acetate fraction and of an anti-Plasmodium active compound, was concurrently assessed on LPS-stimulated human PBMC and NO secretion inhibition was measured on LPS stimulated RAW murine macrophages. Cytotoxicity of the fractions and pure compounds was measured on VERO cells, L6 mammalian cells, PBMCs, and RAW cells.ResultsFractionation of the ethyl acetate soluble fraction (IC50 ranging from 3.4 to <1 µg/mL depending on the parasite strain) led to the isolation of six pure compounds: catechin and five glycosylated quercetin derivatives. These compounds have never been isolated from this plant species. Two of these compounds (wayanin and guaijaverin) were found to be moderately active against P. falciparum FcB1 in vitro (IC50 5.5 and 6.9 µM respectively). We proposed the name wayanin during public meetings organized in June 2015 in the Upper-Maroni villages, in homage to the medicinal knowledge of the Wayana population. At 50 µg/mL, the ethyl acetate fraction (D) significantly inhibited IL-1β secretion (−46%) and NO production (−21%), as previously observed for the decoction. The effects of D and guiajaverin (4) on the secretion of other cytokines or NO production were not significant.ConclusionsThe confirmed antiplasmodial activity of the ethyl acetate soluble fraction of the decoction and of the isolated compounds support the previous results obtained on the P. acutangulum decoction. The antiplasmodial activity might be due to a mixture of moderately active non-toxic flavonoids. The anti-inflammatory activities were less marked for ethyl acetate fraction (D) than for the decoction.
ISSN: 0378-8741

hal-01313006
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DOI : 10.1016/j.jep.2016.04.053

Éditeur(s) : HAL CCSD Geological Society of America
Résumé : International audience
Integrated Ocean Drilling Program Expedition 313 continuously cored uppermost Eocene to Miocene sequences on the New Jersey shallow shelf (Sites M27, M28, and M29). Previously, 15 Miocene (ca. 23-13 Ma) seismic sequence boundaries were recognized on several generations of multichannel seismic profi les using criteria of onlap, downlap, erosional truncation, and toplap. We independently recognize sequence boundaries in the cores and logs based on an integrated study of core surfaces, lithostratigraphy and process sedimentology (grain size, mineralogy, facies, and paleoenvironments), facies successions, stacking patterns, benthic foraminiferal water depths, downhole logs, core gamma logs, and chronostratigraphic ages. We use a velocitydepth function to predict the depths of seismic sequence boundaries that were tested by comparison with major core surfaces, downhole and core logs, and synthetic seismograms. Using sonic velocity (core and downhole), core density, and synthetic seismograms, we show that sequence boundaries correspond with acoustic impedance contrasts, although other stratal surfaces (e.g., maximum fl ooding and transgressive surfaces) also produce refl ections. Core data are suffi cient to link seismic sequence boundaries to impedance contrasts in 9 of 12 instances at Site M27, 6 of 11 instances at Site M28, and 8 of 14 instances at Site M29. Oligocene sequences have minimal lithologic and seismic expression due to deep-water locations on clinoform bottomsets. Miocene sequences (ca. 23-13 Ma) were sampled across several unconformity clinothems (prograding units) on topset, foreset, and bottomset locations. Excellent recovery allows core-seismic integration that confi rms the hypothesis that unconformities are a primary source of impedance contrasts. Our core-seismic-log correlations predict that key seismic surfaces observed in other sub surface investigations without core and/or well logs are stratal surfaces with sequence stratigraphic signifi cance.
EISSN: 1553-040X

insu-00946235
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-00946235
DOI : 10.1130/GES00858.1

Résumé : Actions menées de 1994 à 1998 au sein du conservatoire de souches : 1. Résultats des importations, acclimatation et hybridation. a) Rappel des conditions d'introduction de nouvelles souches. L'importation de toute espèce est conditionnée par les résultats d'une enquête préliminaire dont l'objet est de rechercher les exigences écologiques de l'espèce et la situation épidémiologique dans son milieu d'origine. Le travail du LGP et de ses partenaires a été partagé en différentes actions: 1. Recherche de contacts dans divers pays étrangers, en vue de l'importation d'huîtres présentant des caractéristiques intéressantes. 2. Importation : L'importation se fait selon les normes du CIEM (Conseil International pour l'Exploration de la Mer) : contrôles pathologiques sur les lots d'animaux importés, confinement en salle de quarantaine des géniteurs avec stérilisation systématique des eaux de rejet, sacrifice des géniteurs après la production de la première génération. 3. Production d'une première descendance: La ponte est également réalisée en salle de quarantaine. Des contrôles pathologiques auront lieu tout au long de l'élevage. 4. Contrôle des performances : ils se font, dans un premier temps, uniquement au laboratoire avec stérilisation des eaux de rejet. Cette caractérisation intègre différentes approches : résistance aux parasites présents dans le milieu français, caractères quantitatifs (poids, taille, rendement, vitesse de croissance), polymorphisme enzymatique ou ADN, tests physiologiques (mesure de la respiration, du rendement d'assimilation ... ). 5. Hybridation: Des hybridations entre espèces ont été tentées, avec contrôle par marqueurs génétiques. 6. Conservatoire de souches : Les générations F1 des différentes espèces ont systématiquement été conservées. Une salle a été spécialement équipée au LGP dans cet objectif.

Droits : 1998 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12907.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/12922.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15520/

Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : International audience
BACKGROUND: Estrogen receptors (ER) α and β are found in both women and men in many tissues, where they have different functions, including having roles in cell proliferation and differentiation of the reproductive tract. In addition to estradiol (E2), a natural hormone, numerous compounds are able to bind ERs and modulate their activities. Among these compounds, phytoestrogens such as isoflavones, which are found in plants, are promising therapeutics for several pathologies. Glyceollins are second metabolites of isoflavones that are mainly produced in soybean in response to an elicitor. They have potentially therapeutic actions in breast cancer by reducing the proliferation of cancer cells. However, the molecular mechanisms driving these effects remain elusive. METHODS: First, to determine the proliferative or anti-proliferative effects of glyceollins, in vivo and in vitro approaches were used. The length of epithelial duct in mammary gland as well as uterotrophy after treatment by E2 and glyceollins and their effect on proliferation of different breast cell line were assessed. Secondly, the ability of glyceollin to activate ER was assessed by luciferase assay. Finally, to unravel molecular mechanisms involved by glyceollins, transcriptomic analysis was performed on MCF-7 breast cancer cells. RESULTS: In this study, we show that synthetic versions of glyceollin I and II exert anti-proliferative effects in vivo in mouse mammary glands and in vitro in different ER-positive and ER-negative breast cell lines. Using transcriptomic analysis, we produce for the first time an integrated view of gene regulation in response to glyceollins and reveal that these phytochemicals act through at least two major pathways. One pathway involving FOXM1 and ERα is directly linked to proliferation. The other involves the HIF family and reveals that stress is a potential factor in the anti-proliferative effects of glyceollins due to its role in increasing the expression of REDD1, an mTORC1 inhibitor. CONCLUSION: Overall, our study clearly shows that glyceollins exert anti-proliferative effects by reducing the expression of genes encoding cell cycle and mitosis-associated factors and biomarkers overexpressed in cancers and by increasing the expression of growth arrest-related genes. These results reinforce the therapeutic potential of glyceollins for breast cancer.
ISSN: 1478-811X

hal-01560288
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01560288
DOI : 10.1186/s12964-017-0182-1
PUBMED : 28666461

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag (Germany) Springer Verlag
Résumé : International audience
Replenished axial melt lenses at fast-spreading mid-oceanic ridges may move upward and intrude into the overlying hydrothermally altered sheeted dikes, resulting in high-grade contact metamorphism with the potential to trigger anatexis in the roof rocks. Assumed products of this process are anatectic melts of felsic composition and granoblastic, two-pyroxene hornfels, representing the residue after partial melting. Integrated Ocean Drilling Program Expeditions 309, 312, and 335 at Site 1256 (eastern equatorial Pacific) sampled such a fossilized oceanic magma chamber. In this study, we simulated magma chamber roof rock anatectic processes by performing partial melting experiments using six different protoliths from the Site 1256 sheeted dike complex, spanning a lithological range from poorly to strongly altered basalts to partially or fully recrystallized granoblastic hornfels. Results show that extensively altered starting material lacking primary magmatic minerals cannot reproduce the chemistry of natural felsic rocks recovered in ridge environments, especially elements sensitive to hydrothermal alteration (e.g., K, Cl). Natural geochemical trends are reproduced through partial melting of moderately altered basalts from the lower sheeted dikes. Two-pyroxene hornfels, the assumed residue, were reproduced only at low melting degrees (<20 vol%). The overall amphibole absence in the experiments confirms the natural observation that amphibole is not produced during peak metamorphism. Comparing experimental products with the natural equivalents reveals that water activity (aH2O) was significantly reduced during anatectic processes, mainly based on lower melt aluminum oxide and lower plagioclase anorthite content at lower aH2O. High silica melt at the expected temperature (1000–1050 °C; peak thermal overprint of two-pyroxene hornfels) could only be reproduced in the experimental series performed at aH2O = 0.1.
ISSN: 0010-7999

hal-01174139
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01174139
DOI : 10.1007/s00410-015-1136-5

Éditeur(s) : Littoral 2004, Aberdeen, Scotland, UK, September 2004
Résumé : NAMIBIE (a french acronym for Integrated Multimedia Navigator Within Coastal Environment Data Bases) is a specific tool which first concept has been established by Ifremer and has been developped by an association between research in the field of coastal environment, innovation in the field of new information and communication technologies and services in the field of coastal integrated management and impact studies. The objectives of this tool are to facilitate research, direct access and display of relevant multimedia coastal integrated data and information according to an interactive, widely opened and playfull interface. The principles are based upon the fact that sustainable decision making needs an optimized unterstanding of coastal processes and better consultation between actors. In this purpose the development of the tool has considered that the end-user should and could be free to look after the data and the information he needs for a particular site or environment of interest and for a specific ICZM question according to easy navigation interfaces. That is why NAMIBIE concept is based upon : - a coherent 3D representation of the coasts (i.e. from catchement areas to continental shelf and deep sea), which considers a coherent DEM from land to sea and textural representation of the environment using satellite imagery textural displays, - a 3D navigator which allows the user to fly or dive over and within the coastal environment of interest, - a multimedia database (text, graphs, image, maps, geographic objects, modelling results...) specific to the territory of interest, - an interactive interface which helps in finding relevant information associated to specific questions. The technologies used include VRML data format, integration of standard GIS format (shp, grid, img) within the navigator, integration and display of modelling data. The production chain is realized in C++ and Java scripts allow dialogue between web pages and 3D windows. Applications are presented on the coasts of Languedoc Roussillon region (French Mediterranean border) in the framework of ICZM problematics

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00089/20055/17696.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00089/20055/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The mangroves play a vital role in the ecological balance. They provide marine ecosystem resources and are involved in its stabilization and in the coastal protection. They constitute the growth areas of many species that feed marine species and particularly shrimp. We develop a standard fishery model by integrating mangroves area into the analysis. The extended model shows that mangrove plays animportant role in shrimp production and data related to it are well supported by the model. We analyze the e¤ects of mangrove on open access of the French Guiana shrimp fishery and show that mangrove is not the only factor that plays a vital role in the French Guiana shrimp fishery.
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01383024

hal-01383024
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01383024
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01383024v2/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01383024/file/Diop%20et%20al.%20%282016%29.pdf

Éditeur(s) : Elsevier Science Inc
Résumé : Based on multi-sensor optical remote sensing techniques, more than 80 medium and high spatial resolution satellite images were used for studying the turbidity patterns of Danube Delta waters. During a selected 4-year temporal coverage (2006 to 2009), the turbidity gradients were simultaneously analyzed in the delta plain lakes and in the Black Sea western-northwestern coastal zone. Two distinct, but complementary, methodologies for retrieving turbidity were employed, one for the lakes and the other for the coastal zone. After comparing the turbidity satellite-derived turbidity products with in-situ measurements, the inter-comparability of the products was independently verified. Then, through an integrative analysis, the initial hypothesis of turbidity control by the Danube River inputs was tested in both areas (Delta plain and coastal zone). Seasonal turbidity patterns were identified together with the mechanisms responsible for its important temporal and spatial variability. Reciprocal contributions derived from the association of multi-scale satellite products were highlighted. (C) 2013 Elsevier Inc. All rights reserved.
Remote Sensing Of Environment (0034-4257) (Elsevier Science Inc), 2013-05 , Vol. 132 , P. 86-101

Droits : 2013 Elsevier Inc. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00135/24622/23607.pdf
DOI:10.1016/j.rse.2013.01.009
http://archimer.ifremer.fr/doc/00135/24622/