Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Understanding of the mechanisms driving diversification of species is a significant way to improve the management of ecosystems, predict the impacts of climate change and understand the actual and past biodiversity level. The aim of this thesis is to understand and comprehend genetic mechanisms behind the diversification of species in the presence of gene flow. This thesis is focused on the biological model Symphonia globulifera, which presents two ecotypes: the S.globulifera, specialist of seasonally flooded lowlands and S.sp1, specialist of terra firme. These two ecotypes show low genetic differentiation, despite the presence of two apparent phenotypes. A first part of this thesis was to test the presence of local adaptation of this using reciprocal transplant experiment gardens, allowing the understanding of the ecotypes distributions in their natural habitats. Then, this local adaptation in the presence of gene flow, directed me to the regulation of gene methylation in order to see the role this brand of epigenetics can have in the divergence of the ecotypes. In a third part of the thesis, new generation sequencing of the transcriptome ecotypes in reciprocal gardens transplantations allowed me to show the evidence of gene regulation to differentiate the ecotypes. This work thesis is based on phenotype records data, AFLP genotyping and high-throughput sequencing of the transcriptome, in order to show the important value of gene regulation in the divergence of the locally adapted ecotypes, and a weak role of DNA methylation in the establishment of local adaptation.
Connaitre et appréhender les mécanismes de la diversification des espèces est important pour la gestion des écosystèmes, la prévision des impacts des changements climatiques et la compréhension de la biodiversité actuelle et passée. Le but de cette thèse est de comprendre et de déceler les mécanismes génétiques à l’origine de la diversification des espèces en présence de flux de gènes. Cette thèse se focalise sur le modèle biologique Symphonia globulifera, qui compte deux écotypes : le S.globulifera spécialiste de la terra firme et le S.sp1, spécialiste des bas-fonds. Ces deux écotypes montrent une faible différenciation génétique, malgré la présence de deux phénotypes différents.Une première étape a été de mettre en évidence la présence d’une adaptation locale au sein de cette espèce, par le biais d’une expérimentation de jardins de transplantation réciproques, permettant d’expliquer la répartition des écotypes dans leur habitat naturel. Ensuite, dans le but d’identifier les mécanismes sous-jacent à cette adaptation locale, j’ai testé l’hypothèse que la méthylation des gènes pourrait être une marque de l’épigénétique contribuant à la divergence des écotypes, par l’utilisation d’enzyme sensibles à la méthylation dans un protocole de génotypage AFLP. Enfin, un séquençage haut-débit du transcriptome des écotypes en jardins de transplantation réciproques m’a permis de mettre en évidence une expression différentielle des gènes entre les écotypes, qui pourrait expliquer les différences phénotypiques observées entre les écotypes malgré une faible différentiation génétique. Ces travaux de thèse s’appuie, ainsi, sur des données de traits phénotypiques, de génotypage AFLP et de séquençage à haut débit du transcriptome pour montrer la valeur importante de la régulation des gènes dans la divergence des écotypes adaptés localement, et un faible rôle de la méthylation de l’ADN dans l’établissement cette adaptation locale.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400

NNT : 2015YANE0005
tel-01405400
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01405400
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Éditeur(s) : HAL CCSD IWA Publishing
Résumé : International audience
UV spectrophotometry is largely used for water and wastewater quality monitoring. The measurement/estimation of specific and aggregate parameters such as nitrate and dissolved organic carbon (DOC) is possible with UV spectra exploitation, from 2 to multi wavelengths calibration. However, if nitrate determination from UV absorbance is known, major optical interferences linked to the presence of suspended solids, colloids or dissolved organic matter limit the relevance of UV measurement for DOC assessment. A new method based on UV spectrophotometric measurement of raw samples (without filtration) coupling a dual pathlength for spectra acquisition and the second derivative exploitation of the signal is proposed in this work. The determination of nitrate concentration is carried out from the second derivative of the absorbance at 226 nm corresponding at the inflexion point of nitrate signal decrease. A short optical pathlength can be used considering the strong absorption of nitrate ion around 210 nm. For DOC concentration determination the second derivative absorbance at 295 nm is proposed after nitrate correction. Organic matter absorbing slightly in the 270-330 nm window, a long optical pathlength must be selected in order to increase the sensitivity. The method was tested on several hundred of samples from small rivers of two agricultural watersheds located in Brittany, France, taken during dry and wet periods. The comparison between the proposed method and the standardised procedures for nitrate and DOC measurement gave a good adjustment for both parameters for ranges of 2-100 mg/L NO3 and 1 30 mg/L DOC. (C) 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.
ISSN: 0043-1354

hal-01460742
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01460742
DOI : 10.1016/j.watres.2016.11.010
PUBMED : 27838025

Éditeur(s) : International Conference on the Handling, Processing and Marketing of Tropical Fish, London, 1976
Résumé : Experiments were carried out on two species of marine Silurides (Arius luniscutis and Arius albicans) to investigate the preparation of salted and smoked flllets. These fish are popular in the area and are smoked traditionally but an improved product is required. The fish were fIlletted, lightly brined and hot smoked (40 minutes at 35°C, 40 minutes at 70°C and 50 minutes at 85°C) in a mechanical kiln. The yield aftersmoking was estimatedand the products were vacuum wrapped and stored at 2-4°C. Quality changes were determined during storage by organoleptic and chemical means and the fillets were found to have an acceptable shelf life of 3 weeks. The paper concludes by considering the possibility of establishing a small industry based upon this new. product.
Des expérimentations sont effectuées sur deux espèces de Silurides marins (Arius luniscutis et Arius albicans) pour étudier la préparation des filets salés et fumés. Ces · poissons sont populaires dans la région et sont fumés traditionnellement, mais on désire une amélioration du produit. Le poisson est mis en filets, légèrement saumuré et fumé à chaud (40 minutes à 35°C, 40 minutes à 70°C et 50 minutes à 85°C) dans un four mécanique. Le rendement après le fumage est estimé et les produits sont enveloppés sous vide et conservés à 2-4 oC. Les variations de qualité sont déterminées pendant la conservation par des moyens organoleptiques et chimiques, et il est mis en évidence que les filets ont une durée de conservation acceptable de trois semaines. La communication pour terminer, traite de la possibilité d'établir une petite industrie basée sur ce nouveau produit.

Droits : Tropical Products Institute
http://archimer.ifremer.fr/doc/00004/11520/8100.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00004/11520/

Éditeur(s) : HAL CCSD IWA Publishing
Résumé : International audience
This study proposes a new approach for improving resource quality management, monitoring and treatment plant management, whatever the environmental and climatic stressors. First trend analysis of water quality at a river basin scale, based on historical water quality data and multivariate exploitation (principal component analysis, PCA), led to a classification of the monitoring stations with regard to the main pressures (land use, urbanization and hydroclimatic impacts). This method was applied to the Vilaine's watershed, the largest river basin in Brittany, western France, and one which is under agricultural and urban pressure. A complementary research using a UV index was proposed for the evaluation of spatial and temporal variations of water quality. This approach may be considered as a useful and relevant tool to quickly assess the variation of water quality and the main explanatory factors. It also points out monitoring stations under specific stressors considered as outliers regarding UV parameters. Finally, PCA and UV index give complementary results. PCA allows factors influencing drinking water resource to be highlighted and the UV index allows global water quality under specific times and impacts to be reflected.
Water Science and Technology: Water Supply

hal-00878159
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00878159
DOI : 10.2166/ws.2012.047

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Climate change is one of the biggest public health threats in the 21th century. An increase in temperatures will lead to an increase in mortality attributable to temperature. In addition, some populations and territories are particularly vulnerable to the impact of increases in heat. It is thus necessary to identify these populations and territories as well as examine future heat-Related health impacts in order to recommend equity-Oriented policies today and in the future. The general objective of this thesis is to document current and future heat-Related vulnerability factors in the context of climate change. In order to address this general objective, the thesis involved four components: a) to conduct a systematic review and a meta-Analysis to assess the heterogeneity in the heat-Mortality associations with respect to individual and contextual population characteristics; b) to identify whether and how the magnitude of mean temperature effects on all-Cause mortality were modified by chronic air pollution exposure, social deprivation, and a combination of these two dimensions; c) to develop a method to quantify the climate change impacts on heat-Related mortality using climate modeling; d) to assess historical and future social disparities in years of life lost caused by ambient temperature in Montreal and Paris, and compare these estimates as well as the impact of climate change on social disparities between the two cities. This thesis highlights which populations are more vulnerable to heat and shows that several differences exist with regard to guidelines from international public health institutions for the identification of vulnerable populations. This thesis also identified chronic air pollution exposure as a new vulnerability factor in heat-Related mortality and that it has a double interaction with social deprivation. Furthermore, in this thesis a novel method to quantify future heat-Related mortality was developed which emphasized the strong evidence of an increase in heat-Related mortality under climate change. This method was then applied to estimate the increase in daily years of life lost social disparities in both Montreal and Paris under climate change which showed that this increase would be greater in Montreal compared to Paris in the future. Thus, this thesis which used a variety of epidemiologic methods has clarified which populations are particularly vulnerable to heat impacts and challenges guidelines for the identification of vulnerable populations from international public health institutions. It has also highlighted the climate change impacts on health inequalities and aims to reorient equity-Focused policies.
Les changements climatiques constituent l’un des enjeux les plus importants en santé publique du XXIème siècle. En effet, une hausse des températures provoquera une hausse de la mortalité attribuable à la chaleur. En outre, certaines populations et territoires sont particulièrement vulnérables aux effets de la chaleur. Il est donc nécessaire de les identifier clairement ainsi que les impacts futurs pour orienter avec équité les politiques publiques aujourd’hui et à l’avenir. L’objectif de cette thèse est de documenter les facteurs de vulnérabilité à la chaleur dans le présent et les éléments permettant leur prise en compte pour l’avenir dans le contexte des changements climatiques. Quatre étapes ont été menées pour répondre à cet objectif : a) Mener une revue systématique et une méta-Analyse des facteurs de vulnérabilité face aux risques de mortalité en lien avec la chaleur ; b) Analyser si l’exposition chronique à la pollution atmosphérique modifie la relation entre la chaleur et la mortalité dans un contexte urbain (Paris) et explorer la double interaction avec la défaveur sociale ; c) Développer une méthode de quantification des impacts liés à la chaleur en lien avec les changements climatiques en intégrant une grande diversité de simulations climatiques ; d) Estimer les inégalités d’années de vies perdues attribuables à la chaleur et leurs projections futures dans deux contextes distincts (Montréal et Paris) et comparer ces inégalités. Cette thèse a permis de mettre en évidence sur la base de la littérature épidémiologique les groupes de population qui sont les plus vulnérables face aux effets de la chaleur et de montrer qu’il y a plusieurs divergences par rapport aux recommandations émises par les institutions de santé publique vis-À-Vis de l’identification de populations vulnérables. Cette thèse a permis également d’identifier l’exposition chronique à la pollution atmosphérique comme nouveau facteur de vulnérabilité à la chaleur et que cette vulnérabilité était encore plus prononcée lorsqu’il s’agissait de populations défavorisées socialement. Puis, une méthode permettant de quantifier l’impact des changements climatiques sur les décès attribuables à la chaleur et ses sources d’incertitudes a été développée, et a permis de mettre en évidence que la probabilité que les changements climatiques conduisent à une augmentation de la mortalité en lien avec la chaleur est très forte. Cette méthode a ensuite été utilisée pour estimer que l’augmentation de la température conduira à une augmentation des inégalités sociales d’années de vie perdues à la fois à Montréal et à Paris, l’effet des changements climatiques sur l’accroissement de ces inégalités étant plus fort à Montréal qu’à Paris. Cette thèse, en se basant sur diverses méthodes épidémiologiques, a permis dans l’ensemble de clarifier quelles populations étaient particulièrement à risque face aux effets de la chaleur et de questionner les recommandations émises par les organismes tels que l’OMS. Elle a également permis de montrer l’effet des changements climatiques sur l’évolution de vulnérabilités face à la chaleur pour inciter dès aujourd’hui la mise en place de politiques publiques équitables et limiter l’impact des changements climatiques sur l’accroissement des inégalités de santé.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01456772

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2015PA11T003
tel-01456772
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01456772
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01456772/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01456772/file/VA_BENMARHNIA_TARIK_05022015.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecoscience
Résumé : International audience
Hymenoptera pollinators and figs (ripe or unripe) of Ficus vallis-choudae are protected from the predatory activity of myrmicine ants (Atopomyrmex mocquerisi; Crematogaster clariventris; Cremato gaster sp.) by other ants (Camponotus acvapimensis and Camponotus brutus; Formicinae) who attack neither unripe figs nor the pollinator. On trees occupied by Atopomyrmex and Crematogaster, and on trees invaded by columns of workers after recruitment by scouts, the predatory activity begins when the fig wasps emerge. Then, the ants attack unripe figs (asynchronization in ripeness), destroying whole figs of certain trees. The male function of the trees through pollen dispersal by fig wasps is, therefore, severely reduced, while the female function (seed dispersal) is affected only on unripe figs before fig wasp emergence. We recorded 13 ant species on the 73 Ficus vallis-choudae of the Batchenga savanna (Cameroon) studied, but only the five previously cited species were able to occupy an entire fig tree. The three Myrmicinae which have a status of dominant (large colony size; strong territoriality vis-à-vis other dominant species; can tolerate non-dominant species) tended scale insects. Both Camponotus species (and the eight other ant species) are non-dominant (small colony size), but are able to occupy a whole tree under certain conditions (here, when they tend the tettigometrid Hilda undata) and to be territorial. Their status corresponds, therefore, to that of sub-dominant. Tests of aggressiveness showed that each ant species is aggressive towards alien conspecifics. C. brutus individuals were tolerated on fig trees occupied by Atopomyrmex mocquerisi or by Crematogaster clariventris, while workers of both latter species, who do not tolerate one another, were not tolerated on fig trees occupied by C. brutus. In this situation, the cost-benefit for the trees depends on the ant species that occupies their foliage; C. brutus, when tending tettigometrids, is advantageous. There is, therefore, an indirect influence of the tettigometrids on the production of fig pollinating wasps and seeds. Chez Ficus vallis-choudae, les figues, matures ou non, et leurs hyménoptères pollinisateurs sont protégés de l'activité prédatice de la part de trois espèces de fourmis Myrmicinae (Atopomyrmex mocquerisi; Crematogaster clariventris; Crematogaster sp.) par d'autres fourmis (Camponotus acvapimensis et Camponotus brutus; Formicinae) qui, elles, ne s'attaquent ni aux figues non matures, ni aux pollinisateurs. L'action prédatrice des Atopomyrmex et des Crematogaster débute à l'émergence des pollinisateurs et sétend sur des figuiers qu'elles n'occupent pas grâce à la formation de colonnes recrutées par des ouvrières éclaireuses. Ensuite, elles attaquent les figues moins mûres (asynchronie dans la maturation), toutes les figues d'un arbre pouvant être détruites. La fonction mâle de l'arbre est donc sévèrement réduite via la prédation des pollinisateurs. La fonction femelle est moins affectée, les figues, au moment de l'émergence des pollinisateurs ayant des graines matures. Nous avons recensé 13 espèces de fourmis sur les 73 Ficus vallis-choudae étudiés dans la savane de Batchenga (Cameroun), mais uniquement les cinq espèces citées ci-haut peuvent occuper un figuier entier. Les trois Myrmicinae sont des « dominantes » (grosses colonies; forte territorialité contre les autres dominantes; peuvent tolérer des « non-dominantes » ) qui exploitent des cochenilles. Les deux Camponotus (ainsi que les huit autres espèces) appartiennent au lot des « non-dominantes » (petites colonies), mais dans certaines situations (ici, lorsqu'elles exploitent le Tettigometridae Hilda undata) elles peuvent aussi occuper un arbre entier et en défendre l'accès. On les qualifie alors de « sub-dominantes » . Des tests d'agressivité ont permis de montrer que chaque espèce est agressive vis-à-vis d'ouvrières étrangères conspécifiques, que les ouvrières de Camponotus brutus sont tolérées sur les figuiers occupés par Atopomyr ex mocquerisi ou par Crematogaster clariventris, alors que les ouvrières de ces deux espèces, qui ne se tolèrent pas entre elles, ne sont pas tolérées sur les figuiers occupés par Camponotus brutus. Dans ces conditions, le rapport coût/bénéfice pour l'arbre dépend de l'espèce de fourmi qui l'occupe, Camponotus brutus étant l'espèce avantageuse, grâce à l'exploitation des tettigomètres. En conséquence, il y a une influence indirecte du tettitogomètre sur la production d'insectes pollinasiteurs et de graines.
ISSN: 1195-6860

hal-01214443
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214443
DOI : 10.2307/42902390

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Croton urucurana Baillon (Euphorbiaceae), plant species popularly known in Brazil as “sangra-d’água”, is commonly found in Mato Grosso do Sul State (midwestern Brazil), where its latex is popularly used to treat several types of cancer. Despite the ethnopharmacological significance of the species, no phytochemical or cytotoxic studies of its latex have been published. In this context, the aim of the present study was to assess the cytotoxic activity of crude extracts, fractions and isolated compound from the latex of C. urucurana and to investigate the effects of crourorb A1 on the viability, apoptosis, cell cycle and cell migration of human hepatocarcinoma cell lines (Huh-7). Also, we have evaluated the viability of Huh-7 cells treated with crourorb A1 in 3D collagen gels. The cytotoxicity was detected using the sulforhodamine B (SRB) assay against six human cancer cells lines and one nontumor NIH/3T3 cell line (murine fibroblast). Studies on the mechanism of cell death of crourorb A1 were conducted in different test systems in vitro. The bioactive ethyl acetate phase obtained from the latex of C. urucurana afforded a novel cyclic peptide, [1−9-NαC]-crourorb A1, that proved active against NCIADR/ RES (ovary, multidrug-resistance phenotype) cells with the same potency as doxorubicin (positive control) and inactive up to the highest concentration tested against nontumor NIH/3T3 cells (GI50 = > 250 μg/mL). Crourorb A1 treatment decreases the cell viability of Huh-7 at dose and time dependent manner associated with induction of apoptosis by caspase 3/7 activation and increasing expression of pro-apoptotic proteins: Bak, Bid, Bax, Puma, Bim, and Bad and clived-caspase3 protein. The JNK/MAP pathway is involved in this induced cell death. Crourorb A1 effect is also associated with G2/M phase cell cycle arrest. In parallel, we observed that crourorb A1 treatment resulted in an increase of cyclin-dependent kinase (CDK1), cyclin B1 and cyclin D1 expressions. A significant reduction of Huh-7 cells migration by crourorb A1 can be assessed and we also show that cells grown on 3D collagen gels exhibited increased resistance to crourorb A1 when compared to 2D cell culture.
Croton urucurana Baillon (Euphorbiaceae), est une plante très connue et utilisée en médecine traditionnelle au Brésil, la «sangra-d’água» retrouvée dans l'État du Mato Grosso do Sul (région Centre-Ouest du Brésil). Son latex est abondamment utilisé en médecine traditionnelle dans le traitement de plusieurs types de cancer. En dépit de son importance ethnopharmacologique, on ne trouve aucune étude sur sa composition chimique ou sur sa potentielle activité anti-cancéreuse. L’objectif de ce travail a été d'évaluer l'activité cytotoxique des extraits totaux, fractions d’extraits et de molécules purifiées, isolées du latex de C. urucurana. Nous avons étudié plus particulièrement les effets du crourorb A1 sur la viabilité, l'apoptose, le cycle cellulaire et la migration de cellules issues de carcinome hépatocellulaire humaine (Huh-7). Nous avons également évalué l’effet du crourorb A1sur la viabilité des cellules Huh-7 cultivées dans les gels de collagène en 3D. L' activité cytotoxique ont été réalisées par le test à la sulforhodamine B sur six lignées cellulaire cancéreuses et sur une lignée cellulaire non cancéreuse de fibroblastes murins, les cellules NIH/3T3. L'étude phytochimique de la fraction ‘acétate d'éthyle’ du latex de C. urucurana bioguidé a permis d’obtenir un nouveau cyclopeptide que nous avons nommé [1-9-NαC]-crourorb A1. Le crourorb présente une cytotoxicité puissante sur la lignée cellulaire cancéreuse NCI-ADR/RES (ovaire, le phénotype de multirésistance) à un niveau équivalent à celle de la doxorubicine (témoin positif). Ce composé est de plus pratiquement inactif (GI50 = >250 μg/mL) sur la lignée non cancéreuse NIH/3T3. L'évaluation de la cytotoxicité in vitro du crourorb A1 (test wst1) sur les cellules Huh-7 a démontré que la viabilité des cellules est inhibée de manière dose et temps-dépendant. Nous avons mesuré une forte activation des caspases 3 et 7 et une nette augmentation de l’expression des protéines pro-apoptotiques (Bak, Bid, Bax, Puma, Bim et Bad) ainsi que de la caspase 3 clivée par le crourorb A1. Nous avons également déterminé que la voie de signalisation JNK-MAPkinase semble nécessaire à l’induction de la mort cellulaire des cellules Huh-7 traitées au crourorb A1. Le crourob A1 induit un arrêt du cycle cellulaire en phase G2/M. En parallèle, les expressions de la cycline-dépendante kinase CDK1, des cyclines B1 et D1 sont augmentées après traitement au crourorb A1. De plus, le crourorb A1 a un effet inhibiteur significatif de la migration des cellules Huh-7, en présence ou absence de mitomycine C. Nous avons également confirmé, l’effet inhibiteur du crourob A1 sur la viabilité des cellules Huh7 cultivées en 3D dans les gels de collagène 1 et démontré que les cellules cultivées en 3D semblent plus résistantes au crourorb A1 par rapport aux cultures en monocouche 2D.
Croton urucurana Baillon (Euphorbiaceae) é uma espécie arbórea conhecida popularmente no Brasil como “sangra d´água”, comumente encontrada no estado de Mato Grosso do Sul, onde seu látex tem sido utilizado na medicina popular no tratamento de vários tipos de câncer. Apesar de sua importância etnofarmacológica, não há relatos de estudos relacionados à sua composição química ou atividades anticâncer na literatura. Nesse contexto, o objetivo do presente estudo foi avaliar a atividade citotóxica de extratos, fases, frações e da substância isolada do látex de C. ururucurana e investigar os mecanismos celulares e moleculares in vitro responsáveis pela citotoxicidade da substância isolada considerando seu potencial apoptótico e influência sobre a progressão do ciclo celular em uma linhagem de hepatocarcinoma celular humano (Huh-7), bem como, os efeitos desta substância sobre a migração e viabilidade de células Huh-7 cultivadas em geis de colágeno em 3D. O ensaio de citotoxicidade in vitro foi realizado com o corante sulforrodamina B (SRB) em seis linhagens de células neoplásicas humanas e uma linhagem de células não neoplásicas NIH/3T3 (fibloblasto murinho). Os estudos de mecanismos de ação com crourorb A1 foram conduzidos em diferentes sistemas-teste in vitro. O estudo fitoquímico biomonitorado da fase bioativa acetato de etila do látex de C. urucurana resultou no isolamento de um novo ciclopeptídeo denominado [19-NαC]-crourorb A1, que apresentou potente atividade citotóxica frente à linhagem de células neoplásicas NCI-ADR/RES (ovário com fenótipo de resistência a múltiplos fármacos), com a mesma potência que a doxorrubicina (controle positivo), e foi inativa até a maior concentração testada (GI50 = >250 μg/mL) frente à linhagem de células não neoplásicas 3T3. A exposição de células Huh-7 ao crourorb A1 resultou em uma diminuição da viabilidade celular de maneira dose e tempo-dependentes. Nós observamos um aumento da atividade de caspases 3 e 7 e um aumento da expressão de proteínas próapoptóticas (Bak, Bid, Bax, Puma, Bim e Bad) e caspase 3 clivada após tratamento com crourorb A1. Além disso, observamos que a via de sinalização celular MAP/JNK foi necessária para induzir a morte celular em células Huh-7 tratadas com crourorb A1. Os efeitos de crourorb A1 foram também associados com o acúmulo de células na fase G2/M do ciclo celular. Em paralelo, as expressões da cinase dependente da ciclina (CDK1), ciclina B1 e ciclina D1 foram aumentadas após tratamento com crourorb A1. Foi demonstrado também o envolvimento de crourorb A1 na redução da migração de células Huh-7 cultivadas na presença e ausência de mitomicina C. A avaliação da viabilidade de células Huh-7 cultivadas em geis de colágeno em 3D apontou uma maior resistência destas células ao crourorb A1 quando comparadas com a cultura de células em 2D.
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NNT : 2016REN1B010
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Éditeur(s) : Actes de la 8ème Conférence de l'IIFET (Marrakech, juillet 1996)
Résumé : In the framework of French-Brazil co-operation, the French Institute of research for exploitation of the sea (IFREMER), the State of Bahia and the company Littoral Sul Maricultura have developed a new technique for shrimp farming (Penaeus vannamei) using floating cages. After trials carried out during three years, this technique turns out very interesting from several viewpoints. The growth speed and the survival rate are very good, the negative effects on the environmental quality are weak and local fishermen have proved eager to adopt this technique as a part-time activity. In the same time, a technico-economic analysis, using a computerised simulation tool, as well as a market analysis in the State of Bahia have been carried out in order to assess the feasibility of such a project and to help research and development decisions. Despite low first investment and good biological results, the ex-farm production cost of shrimps weighing 15 g is as high as 4,5 US$ per kilo. This price is due to the low productivity of the labour and to the cost of nets which have a short life-time. It is possible to consider this activity as profitable on the market of Salvador de Bahia. Nevertheless, the question is how to face the international competition, which is particularly strong in the case of tropical shrimps. The conditions allowing enterprises to develop a strategy based on product quality and environmentally friendliness are reviewed. [NOT CONTROLLED OCR]
Dans le cadre de la coopération Franco-Brésilienne, l'IFREMER, l'Etat de Bahia et la société Littoral Sul Maricultura ont développé une nouvelle technique d'élevage de crevettes pénéides (Penaeus vannamei) en utilisant des cages flottantes. Après trois années de mise au point, cette technique s'est avérée intéressante sur plusieurs aspects. La vitesse de croissance et le taux de survie sont très satisfaisants, les effets négatifs sur la qualité du milieu naturel sont faibles et les pêcheurs locaux ont accueilli favorablement cette nouvelle pratique en complément de leur activité traditionnelle. Parallèlement, une analyse technico-économique utilisant un outil de simulation informatique ainsi qu'une analyse du marché de la crevette dans l'état de Bahia ont été conduites afin d'évaluer la faisabilité d'un tel projet et d'orienter les actions de recherche et développement. En dépit d'investissements initiaux plus faibles que dans les élevages en bassins et de bonnes performances zootechniques, le coût de production de crevettes de 15 g atteint 4,7 US$ par kilo. Dans les conditions de marché de l'Etat de Bahia, la rentabilité d'un projet d'élevage de crevettes en cage serait assurée, mais la faible productivité du travail et le coût de remplacement des filets ne permettent pas d'avoir des coûts de production aussi bas que dans les élevages en bassins. C'est pourquoi la question se pose de la possibilité pour ce type de production innovante d'affronter une concurrence internationale très forte comme dans le cas des crevettes tropicales. En particulier, les conditions dans lesquelles les entreprises peuvent développer une stratégie de compétitivité basée sur la qualité de leurs produits et sur le respect de l'environnement sont analysées. [OCR NON CONTRÔLE]

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1996/acte-4071.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4071/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, F97387 Kourou, Guyane (France) Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
This work on tropic al humid forest of Paracou includes 16 permanent sample plots covering a total surface of 119 hectares. Ten hectares of them are taken up by floodplains which characteristic is a continuous no-deep underground water level with phases of strong surface water logging. Three items have been studied : (i) Checking that during dry season the maps of the underground water level including its limits are reliable, (ii) Characterising the most suitable ecological niches for certain species, (iii) Additional updating the floodplains characterisation by precisely analysing the chemical soil content as well as the physiological reaction of the Symphonia Globulifera . Checking the underground water level in dry season enabled to put down to a quite good measurement reliability by GIS. The classification ecological of species proposed in this work is based on the relative density in floodplain and drain soil very similar to that which concerns a surface located ten or more kilometres further. This lets us assess that this classification is of a good reliability as long as the climate conditions are quite similar to ours in Paracou. Furthermore the presence of pneumatophores in the Symphonia Globulifera is a good biological criterion as long as it shows a long time ground moisture saturation. By analysing the life litter and the soil we mentioned that the leaf content and the soil content indicate a better nutritional value (phosphorus, calcium and potassium) in the floodplains. For phosphorus the relation between the life litter and the soil results put forward that the Olsen method gives a better explanation of the real phosphorus availability for the trees.
Le dispositif de recherche sur la forêt tropicale humide de Paracou est composé de 16 parcelles permanentes couvrant au total 119 ha, dont 10 ha sont occupés par des bas-fonds, caractérisés par l'existence permanente d'une nappe peu profonde et par des périodes de fort engorgement en surface. Notre étude avait trois objectifs : (i) vérifier la fiabilité des cartes de la profondeur de nappe en saison sèche, qui délimitent ces bas-fonds, (ii) caractériser les préférences écologiques de quelques espèces et (iii) compléter la caractérisation des bas-fonds par l'analyse de la richesse chimique du sol et l'étude de la réaction physiologique du Symphonia globulifera. La vérification sur la profondeur de nappe en saison sèche a montré que les imprécisions des cartes étaient d'ampleur limitée, sans incidence forte par rapport à l'ensemble des données. Le classement écologique des espèces proposé dans cette étude, basé sur leurs densités relatives dans les bas-fonds et hors des bas-fonds, est très similaire à celui présenté par une autre étude, dans un dispositif situé à plusieurs dizaines de kilomètres. Cela suggère que ce classement a une bonne validité, tant que les conditions climatiques ne diffèrent pas trop de celles rencontrées à Paracou. Par ailleurs, la présence des pneumatophores du Symphonia globulifera est un bon critère biologique signalant un engorgement hydrique prolongé du sol. Au niveau des analyses de la litière et du sol, les teneurs foliaires et les teneurs dans le sol semblent indiquer que la nutrition en phosphore, calcium et potassium est meilleure en bas-fonds. Au niveau de la méthode de mesure du phosphore assimilable, les relations entre les résultats de la litière et celles du sol suggèrent que la méthode d'Olsen rend mieux compte de la disponibilité effective du phosphore pour les arbres de la forêt tropicale humide que la méthode de Duchaufour.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189229

hal-01189229
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PRODINRA : 17050

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, F97387 Kourou, Guyane (France) Diplôme : Master Recherche
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Worldwide, there is concern regarding the declining quality of ecosystems, their rehabilitation, and their protection. In particular, the recognition that soil is a finite resource has spurred efforts to manage and restore it. In French Guiana, gold mining is a serious social and ecological problem, including the threats it poses to soil quality. The principal goal of this study was to establish a qualitative baseline of impacts of gold mining on soil microbial activity at five previously mined sites. We measured the potential rates of respiration and denitrification in disturbed soils, and compared theses rates with those of soils from adjacent forests, which served as un-disturbed references. Microbial activity, used as a bio-indicator, demonstrated the importance of soil rehabilitation, and the type of soil rehabilitation. We also found that visual observations of plant regeneration were insufficient to infer the rate of microbial activity. These bio-indicators can indicate soil quality, and help to formulate hypotheses about its developmnent. Bio-indicators can be used to obtain reliable indications about the quality of soil and contribute to decision-making in the management and restoration of this valuable resource.
Notre étude s'inscrit dans un contexte mondial de préoccupations environnementales, centrées notamment sur l'évaluation de la qualité des écosystèmes, la mise en place de leur réhabilitation et de leur sauvegarde. En particulier, la prise de conscience que le sol ne constitue pas une ressource inépuisable s'est accompagnée de la nécessité de gérer, voire de restaurer cette ressource. L'étude s'intègre également dans un contexte guyanais où l'exploitation aurifère constitue un problème écologique et sociétal majeur. Notre travail a pour but principal de dresser un bilan qualitatif des impacts de l'exploitation aurifère sur le fonctionnement microbien des sols de cinq sites miniers. Pour cela, nous avons effectué les mesures des activités potentielles de deux fonctions microbiennes, la respiration et la dénitrification, sur les sols des sites perturbés. Nous avons comparé ces valeurs d'activités microbiennes avec celles obtenues pour les sols de forêts naturelles (adjacentes à ces sites) que nous avons considérées comme la référence à atteindre (témoin). Les fonctions microbiennes, utilisées comme bio-indicateurs, ont mis en évidence l'importance de la réhabilitation et du type de réhabilitation sur la reprise du fonctionnement du sol. Nous avons constaté que l'observation de visu de la végétation ne suffit pas à évaluer de façon certaine la reprise de ce fonctionnement. Ces bio-indicateurs sont aptes à traduire l'état d'un sol perturbé et émettre des hypothèses quant à son évolution. Ainsi, les bio-indicateurs peuvent être utilisés afin d'obtenir des indications solides sur la qualité des sols et aider à la prise de décision en matière de gestion et de restauration de cette ressource.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189544

hal-01189544
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PRODINRA : 46710

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : This thesis falls within the scope of social and human geography and more exactly of« disability studies ». Understanding the disability like a « social object », the thesis analyzes the societal consideration of disabled people in non-urbanized areas with a high issue of touristic, recreational and patrimonial development. In the first place, it's the recent construction of disability as a social object that is discussed by reminding the history of the societal consideration of the disabled person in our occidental world. The French model and his fundamental rule of global accessibility for ail the domains of the social life are explained and the « Nature and Disability » thematic is more precisely analyzed as a development of an active living ideal for people who are in a disability situation. Secondly, the thesis develops this thematic on the particular field of the Reunion Island and tries to answer to a question which is both simple and complicated: « Today, how we live with a disability on the Reunion Island? ». ln a last time and on the basis of this study of the disability inside a Reunion Island society with accelerated transformations, the thesis specifies the current tendencies with the emergence of new public policies for the welcome of disabled people on natural and touristic areas of the island. To conclude and referring to an original survey, the thesis suggests some tools of evaluation and decision-making aids to these areas.
Cette thèse s'inscrit dans le champ de la géographie humaine et sociale et plus précisément dans celui des « disability studies ». En positionnant le handicap comme une « figure du social », la thèse analyse la prise en compte sociétale des personnes à mobilité réduite (PMR) dans des environnements non urbanisés, à très fort enjeu de développement touristique, récréatif et patrimonial. Dans un premier temps, c'est la construction récente du handicap en tant que figure du social qui est abordée, en rappelant l'historique de la considération de la personne handicapée dans nos sociétés occidentales. Le modèle français et son principe fondamental d'accessibilité généralisée à tous les domaines de la vie sociale sont détaillés et la thématique « Nature et Handicap » est analysée plus précisément, en tant que développement d'un idéal de vie active pour les personnes en situation de handicap. Dans un second temps, la thèse développe cette thématique sur le terrain particulier de l'Île de La Réunion et tente de répondre à une question à la fois simple et complexe : « comment vit-on avec une déficience aujourd'hui à La Réunion ? ». Dans un dernier temps et sur la base de cette analyse du handicap au sein d'une société réunionnaise aux mutations accélérées, la thèse précise les tendances actuelles avec l'apparition de nouvelles politiques publiques d'accueil des PMR dans les espaces naturels et touristiques de l'île. S'appuyant sur une enquête originale, la thèse propose enfin des outils d'évaluation et d'aide à la décision spécifiques à ces espaces.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01279042

NNT : 2012LARE0025
tel-01279042
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01279042/file/2012lare0025_AGuenat.pdf

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : Dès l’arrivée des premiers Africains déportés sur le sol américain, la vie religieuse est devenue un moyen de transcender un quotidien mortifère. Leur chemin est parsemé de longues journées de travail forcé, de conditions de vie inhumaines, de châtiments et de sévices en tous genres. La pratique religieuse leur donne une fenêtre sur un autre monde. D’année en année, le culte religieux deviendra un espace de relâchement, de liberté et d’expression unique. L’église chrétienne s’est comportée comme un mouvement social pour la communauté africaine-américaine. Elle est devenue un lieu de liberté qui, progressivement, supportera les fondations de l’expression politique et de la demande de justice sociale. Sa fonction pivotale s’explique également par le rôle de la religion dans la fondation de la société et la vie politique étasuniennes. Entre les idéaux d’une nation divisée, ivre de liberté et ceux d’une communauté poussée dans ses retranchements, cette contribution se propose d’analyser la naissance de l’église africaine-américaine durant l’esclavage. Ensuite, je me pencherai sur l’impact de cette dynamique dans la Caraïbe à travers la vie de George Leile, premier missionnaire africain-américain en Jamaïque.
From the moment the first Africans were brought to the Americas, religious life has become a way to transcend a humiliating and desperate life. Their lives were made of long days of forced work, inhuman living conditions, punishments and ill treatments of all sorts. Religious practice gave them a window onto another world. Over the years, it has slowly become a space of freedom and unique expression. The Black Church acted as a social movement on behalf of the African-american community. It has become a place of freedom which gradually has supported the foundations of their political expression and their demand of social justice. Understandably, as religion has always played a central role in North America, it is no wonder that it would play a central function in the liberation of slaves. Between the ideals of a divided nation and those of a marginalized community, the article analyzes the birth of the African-american church during slavery. Then, it examines the impact of African-american protestantism in the Caribbean through the life of George Leile, the first African-american missionary in Jamaica.
États-Unis
Jamaïque

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.7229
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/7229

Éditeur(s) : HAL CCSD Éditions de la Maison des sciences de l'homme
Résumé : International audience
For over a century, the complementary nature of fishing and farming activities in the floodplain of the Rufiji River (Tanzania) has formed the basis of the economy in its villages. Starting in the 1970s, the fishery evolved from a seasonal activity practiced on foot during flooding and using traditional traps to year-round dugout canoe operated lake fisheries using nets.The paper analyses the drivers of this change. After having rejected the simplistic technocratic hypothesis that technical innovation equals progress, the paper examines the relevance of the productivity of the different fishing techniques in the light of the evolution of the role of fisheries in the village economy. During the change-over period, the national and international economy deprives the villages of their main habitual sources of cash income. In the absence of any alternative, fisheries imposed themselves as the unique source of cash income, a function they can only fulfil if practiced year-round and this can only be achieved using canoes and nets. However, the perception of the causes of these changes in the villages is differentiated. For those who initiated the change-over, and who are now of an advanced age, the main driver of the transition to nets was the empowerment of the youth versus the elders. Such an interpretation resonates well with the economic determinants. However, it requires considering the modernisation process as a contextualised multi-sided expression of market globalisation.
Depuis plus d’un siècle, l’économie des villages de la plaine inondable du Rufiji (Tanzanie) est fondée sur la complémentarité des activités agricoles et des activités halieutiques. À partir de la fin des années 1970, les pêches traditionnelles à la nasse, pratiquées à pied saisonnièrement lors de la crue annuelle, sont supplantées par les pêches embarquées (pirogues monoxyles) au filet dans les lacs, pratiquées elles toute l’année. L’article s’interroge sur les déterminants de cette substitution.Après avoir rejeté l’hypothèse techniciste vulgaire qui voudrait que l’innovation technique soit synonyme de progrès, la pertinence du critère de productivité des différentes techniques de pêche est examinée à la lumière de l’évolution de la place des activités halieutiques dans l’économie villageoise. Il apparaît qu’à partir de cette époque, l’évolution économique nationale et internationale prive les villageois de leurs principales ressources monétaires habituelles. En l’absence de toute alternative, la pêche s’impose alors comme unique source de revenu monétaire, une fonction qu’elle ne peut remplir qu’à condition d’être pratiquée tout au long de l’année, ce que seules les techniques au filet permettent. Cependant, les représentations villageoises des causes de la généralisation de la pêche au filet sont différentes. Pour ceux d’entre eux, aujourd’hui très âgés, qui furent les pionniers de cette innovation, c’est le souci d’émancipation des cadets vis-à-vis des aînés qui aurait été le moteur de l’adoption de techniques de pêche au filet. Ce point de vue entre en résonance avec les déterminations économiques à condition de considérer le processus de modernisation comme manifestation multiforme contextualisée de la mondialisation marchande.
ISSN: 0248-6016

hal-01344410
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01344410/file/Pauletal2015Version_Def.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Semi-volatile organic compounds (SVOCs) are widely present in indoor environments and are suspected to be repro- or neurotoxic but little is known on the health impact on SVOC mixtures. The objective of this work is to derive cumulative toxicity indicators for SVOCs detected in French dwellings in carrying forward a cumulative health risk assessment. SVOCs were grouped according to their repro- and neurotoxic common modes of action (i.e. decrease in serum testosterone concentrations, decrease in neuronal viability). Benchmark doses (BMDs) were then estimated by modeling dose-response relationships from scientific literature (Hill models, PROAST, RIVM). Comparable BMDs were estimated only for 6 of the 19 reprotoxic SVOCs which are responsible to 10 or 50% decrease in testosterone in adult male rats orally exposed. Estimated relative potency factors (RPFs) from BMDs are similar according to the response level (from 1600 for the B(a)P to 0.1 for the BBP), excepted for bisphenol A moving from 7E+6 to 180. For in vitro neuronal death, BMDs were estimated for 13 neurotoxic SVOCs using data from different cell lines and species. BMDs equivalent to a 10% of response range from 0.07 (PCB-153) to 95 µM (diazinon). The originality of this work is the grouping of compounds from different chemical families which we are really exposed to. BMDs estimation from published data was possible but many methodological limitations lead us to put forward recommendations especially on the standardization of experimental protocols and the availability of results in adapted format for dose-response relationship modeling.
Les composés organiques semi volatils (COSV) sont largement présents dans les environnements intérieurs et sont suspectés d’être repro- ou neurotoxiques, mais peu de données sont disponibles quant à leur toxicité en mélanges. L’objectif de cette thèse est de proposer des indicateurs de toxicité cumulés pour les COSV détectés dans les logements français, dans un cadre d’évaluation des risques sanitaires cumulés. Les COSV ont été regroupés en fonction de leurs modes d’action communs, en lien avec les effets reprotoxiques (diminution de la concentration de testostérone sérique) et neurotoxiques (diminution de la viabilité neuronale). Des benchmark doses (BMD) ont ensuite été estimées par modélisation (modèle de Hill, PROAST, RIVM) des relations dose-réponse de la littérature décrivant la réponse d’intérêt. Des BMD comparables ont pu être estimées seulement pour 6 des 19 COSV reprotoxiques induisant une diminution de testostérone de 10 ou 50 % chez le rat adulte exposé par voie orale. Les facteurs de toxicité relatifs (RPF) estimés à partir des BMD sont sensiblement les mêmes en fonction du niveau de réponse (de 1600 pour le B(a)P à 0,1 pour le BBP), excepté pour le biphénol A qui passe de 7E+6 à 180. Considérant la mort neuronale in vitro, des BMD ont pu être estimées pour 13 COSV neurotoxiques, à partir de données provenant de différentes lignées et espèces. Les BMD équivalent à un niveau de réponse de 10 % s’échelonnent de 0,07 (PCB-153) à 95 µM (diazinon). L’originalité de ce travail repose sur le regroupement de composés de familles chimiques différentes qui constituent des contaminations réelles de notre environnement. Si l’estimation des quelques BMD a été possible à partir des données de la littérature, de nombreuses limites méthodologiques conduisent à émettre des recommandations en particulier sur la standardisation des protocoles expérimentaux et la disponibilité des résultats sous une forme adaptée à la modélisation de la relation dose-réponse.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01308535

NNT : 2015REN1B019
tel-01308535
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01308535
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01308535/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01308535/file/Kevin_Fournier-.pdf

Résumé : Seawater, algae, micro-diets and Artemia are the main inputs in shrimp larval rearing. Each of them are potential carriers of pathogenic bacteria in the rearing media and weaken the animal in its early life stages. Daily monitoring of rearing water and larvae showed a bacterial spike after the first live feed meal. Vibrio settlement can be enhancedby giving Artemia with their incubation water where vibrio concentration can reach up to 105 CFU per milliliter. This study showed that simple measures such as rinsing and supplying Artemia with freshwater allowed a significant drop in their bacterial load.
L’élevage larvaire de crevettes nécessite l’utilisation de plusieurs intrants que sont l’eau de mer, les algues, les micro-particules et les Artemia. Chacun de ces intrants peut être une porte d’entrée potentielle de bactéries pathogènes et affaiblir l’animal dans les stades précoces. Des analyses bactériennes de l’eau d’élevage et des larves au quotidien montrent que c’est après l’introduction des proies vivantes que la flambée bactérienne est observée. La présence de vibrio peut être favorisée par la distribution des artémies dans leur eau d’incubation où il a pu être dénombré jusqu’à 105 CFU/ml. Cette fiche biotechnique montre qu’une mesure simple et efficace telle que le rinçage et la distribution des proies vivantes dans l’eau douce permet de réduire significativement la quantité de bactéries apportée par les Artemia.

Droits : 2008 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22971/20801.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22971/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Enamel formation requires the involvement of secretory calcium-binding phosphoproteins. Three of them, amelogenin (AMEL), ameloblastin (AMBN) and enamelin (ENAM), have been extensively studied in mammals. More recently, a fourth protein belonging to the same family has been identified: amelotin (AMTN). AMTN has only been studied in rodents and its role during amelogenesis remains unclear.The aim of this thesis is to extend the knowledge on AMTN by studying its evolution in amniotes and its expression in the lizard Anolis carolinensis.AMTN sequences from many amniote species have been extracted from databases or obtained by PCR, and analyzed. Those analyses allowed us to reveal differences in the gene structure and to highlight residues that were conserved during mammalian or amniote evolution. These conserved amino acids are essential to the structure and/or function of the protein.The expression of AMTN and of AMEL, AMBN and ENAM has been studied by in situ hybridization on lizard jaw sections. Comparison of the expression pattern of these genes during amelogenesis in the lizard with that described in rodents points to similarities (AMEL, AMBN and ENAM) but also to important differences, especially in the spatio-temporal expression of AMTN. In order to better understand AMTN evolution in tetrapods, I studied its expression in an amphibian (Pleurodeles waltl) and a marsupial (Monodelphis domestica).Taken together, these results suggest a link between the evolution of AMTN gene structure (loss of exons and of functional domains in mammals) and its expression (early in non-mammals versus late in mammals) with the emergence of prismatic structure of enamel in early mammals.
La formation de l'émail dentaire met en jeu des phosphoprotéines sécrétées liant le calcium. Parmi celles-ci figurent amélogénine (AMEL), améloblastine (AMBN) et énaméline (ENAM), qui ont fait l'objet de nombreuses études chez les mammifères. Plus récemment, une quatrième protéine de la même famille a été découverte, l'amélotine (AMTN). Elle n'a été étudiée que chez les rongeurs et son rôle au cours de l'amélogenèse reste mal défini. L'objectif de cette thèse est d'élargir les connaissances sur AMTN en étudiant son évolution chez les amniotes et son expression au cours de l'amélogenèse chez le lézard Anolis carolinensis. Les séquences d'AMTN d'un grand nombre d'amniotes ont été extraites des bases de données ou obtenues par PCR, et analysées. Ces analyses ont mis en évidence différentes structures géniques et des acides aminés très conservés au cours de l'évolution. Cette conservation indique qu'ils sont essentiels à la structure ou à la fonction de la protéine. L'expression d'AMTN ainsi que celle d'AMEL, AMBN et ENAM ont été étudiées par hybridation in situ sur des coupes de mâchoires de lézard. La comparaison des patrons d'expression chez le lézard avec ceux décrits chez la souris a révélé des différences dans l'expression spatio-temporelle d'AMTN. De ce fait, afin de mieux comprendre l'évolution de ce gène, son expression a été étudiée chez un amphibien (Pleurodeles waltl) et un marsupial (Monodelphis domestica).Ces travaux suggère un lien entre l'évolution de la structure génique d'AMTN (perte d'exons et de domaines fonctionnels) et de son expression (précoce versus tardive) avec l'émergence de la structure prismatique de l'émail chez les mammifères.
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NNT : 2015PA066066
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Éditeur(s) : HAL CCSD BioMed Central
Résumé : International audience
Plasmodium vivax malaria is an important public health issue in the Amazon region, and it accounts for approximately 84 % of cases of the disease. Migration across the border between Brazil and French Guiana contributes to the maintenance of the disease. The aim of this study was to evaluate the therapeutic and parasitological responses of patients with P. vivax malaria treated with chloroquine and primaquine in the socio-environmental context of cross-border interactions between Brazil and French Guiana. The factors controlled were diagnostic agreement, adherence, adjustment of primaquine doses for patient weight, and quality of the drugs used. A prospective study was conducted in 2011 with 103 individuals aged 10-60 years with a positive diagnosis of P. vivax treated with chloroquine (10 mg base/kg on the first day, followed by 7.5 mg/kg on the second and third days) and primaquine for 7 days, who were followed for 28 days. The primaquine doses were adjusted for the patients' weight. A number of factors were determined: epidemiological characteristics, origin of patients, signs and symptoms, initial parasitaemia and parasitaemia clearance time, blood concentrations of chloroquine and primaquine, quality of anti-malarial drugs and diagnostic agreement. Ninety-five patients were followed for 28 days. There was a 100 % agreement in microscopic diagnosis between field laboratory and reference centre. The adhesion to the treatment was 100 %. Of these patients, 32.6 % received a weight-adjusted dose of primaquine. The chloroquine and primaquine tablets were consistent with the optimal quality limits for human consumption. The investigated patients achieved optimal blood exposure to anti-malarial drugs. The parasitological and therapeutic response was adequate in 99.0 % of cases. In the municipality of Oiapoque, the therapeutic regime used for the treatment of P. vivax malaria using chloroquine combined with primaquine remains effective, when external factors are controlled, such as the quality of anti-malarial drugs, the adhesion to the treatment prescribed, the correct diagnostic and the adjustment of primaquine dose for patient body weight.
ISSN: 1475-2875

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
pasteur-01229355
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01229355/document
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01229355/file/s12936-015-0925-7.pdf
PUBMEDCENTRAL : PMC4600333

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : In the tropical rainforest of Amazonia, the factors driving the evolution of tree species remain poorly understood, and the relative influence of neutral and adaptive processes is continuously debated. In particular, local habitat patchiness draws much attention, as profound changes in the structure and composition of forest communities occur among micro-habitats. Thus, micro-environmental variations related to topography have frequently been invoked as drivers of adaptive radiation leading to sympatric speciation in Neotropical trees. On one hand, the hypothesis of local adaptation has never been investigated at the intra-specific level, i.e. within species currently undergoing population differentiation; on the other hand, many tree species are genetically structured over local scales due to neutral processes, mainly limited gene flow (caused by restricted pollen and seed dispersal). In this study, I used populations of a common tree species of the Guiana Shield - Eperua falcata (Fabaceae) - to study how neutral and adaptive processes shape the distribution of genetic diversity across forest landscapes characterized by local micro-habitat patchiness. I asked three main questions by combining both phenotypic (quantitative genetics) and molecular (population genetics) approaches: 1) How is the genetic diversity structured in forest landscapes of French Guiana? 2) Which evolutionary drivers are relevant to explain the structure of genetic diversity at local scale? 3) Does local adaptation contribute to structure genetic diversity within continuous populations?
En forêt tropicale humide Amazonienne, les facteurs gouvernant l'évolution des espèces d'arbres restent peu connus et continuellement débattus. En particulier, les micro-variations environnementales attirent beaucoup d'attention car elles induisent de profondes modifications de structure et composition des communautés. Les variations micro-environnementales associées à la topographie ont couramment été évoquées comme facteur de radiations adaptatives chez les espèces d'arbres. Cependant, l'hypothèse de l'adaptation locale n'a jamais été testée au niveau intra-spécifique chez les arbres de forêt amazonienne alors que l'on sait que la diversité génétique des arbres tropicaux est couramment structurée à faibles échelles spatiales par des processus neutres (en particulier du fait de restrictions de flux de gènes). Dans cette étude, j'ai étudié le processus de différentiation génétique d'une espèce d'arbre (Eperua falcata, Fabaceae) dans les paysages forestiers de Guyane française grâce à la combinaison d'une approche phénotypique (génétique quantitative) et d'une approche moléculaire (génétique des populations). Je me suis attachée à répondre à trois questions principales : 1) Comment se distribue la diversité génétique dans les paysages forestiers de Guyane française ? 2) Quelles forces évolutives sont impliquées dans le processus de différentiation génétique à faible échelle spatiale ? 3) Est-ce que le processus d'adaptation locale contribue à structurer la diversité génétique à faible échelle spatiale ?
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318

NNT : 2013LORR0188
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00967318/file/THESE_Louise_Brousseau.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé :  
Tree species-rich tropical rainforests are characterized by a highly variable quality of leaf litter input to the soil at small spatial scales. This diverse plant litter is a major source of energy and nutrients for soil microorganisms, particularly in rainforests developed on old and nutrient-impoverished soils. Here we tested the hypothesis that the variability in leaf litter quality produced by a highly diverse tree community determines the spatial variability of the microbial respiration process in the underlying soil. We analyzed a total of 225 litter-soil pairs from an undisturbed Amazonian rainforest in French Guiana using a hierarchical sampling design. The microbial respiration process was assessed using substrateinduced respiration (SIR) and compared to a wide range of quality parameters of the associated litter layer (litter nutrients, carbon forms, stoichiometry, litter mass and pH). The results show that the variability of both litter quality and SIR rates was more important at large than at small scales. SIR rates varied between 1.1 and 4.0 mg g_1 h_1 and were significantly correlated with litter layer quality (up to 50% of the variability explained by the best mixed linear model). Total litter P content was the individual most important factor explaining the observed spatial variation in soil SIR, with higher rates associated to high litter P. SIR rates also correlated positively with total litter N content and with increasing proportions of labile C compounds. However, contrary to our expectation, SIR rates were not related to litter stoichiometry. These data suggest that in the studied Amazonian rainforest, tree canopy composition is an important driver of the microbial respiration process via leaf litter fall, resulting in potentially strong plant-soil feedbacks. .
ISSN: 0038-0717

hal-01032139
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032139
DOI : 10.1016/j.soilbio.2011.01.018