Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
We conducted a laser-equipped analog experiment aimed at quasi-continuously monitoring the growth of a dense population of normal faults in homogeneous conditions. To further understand the way geological faults progressively gain in slip and length as they accumulate more strain, we measured with great precision the incremental slip and length changes that the analog faults sustain as they grow. These measurements show that the analog faults share common features with the natural ones. In particular, during their growth, the faults develop and maintain cumulative slip profiles that are generally triangular and asymmetric. The growth takes place through two distinct phases: an initial, short period of rapid lateral lengthening, followed by a longer phase of slip accumulation with little or no lengthening. The incremental slip is found to be highly variable in both space (along the faults) and time, resulting in variable slip rates. In particular, ‘short- and long-term' slip rates are markedly different. We also find that slip measurements at local points on fault traces do not contain clear information on the slip increment repeat mode. Finally, while the fault growth process is highly heterogeneous when considered at the scale of a few slip events, it appears homogeneous and self-similar at longer time scales which integrate many slip increments. This is likely to be the result of a feedback between stress heterogeneities and slip development. The long-term scale homogeneity also implies that the long-term faulting process is primarily insensitive to the short-term heterogeneities that are rapidly smoothed or redistributed. We propose a new conceptual scenario of fault growth that integrates the above observations and we suggest that faults grow in a bimodal way as a result of a self-driven and self-sustaining process.
ISSN: 0012-821X

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
insu-00351998
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-00351998
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-00351998/document
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-00351998/file/SchlagenhaufEtAl2008_EPSL_author.pdf
DOI : 10.1016/j.epsl.2008.06.042

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
It is an admitted fact that mainstream boosting algorithms like AdaBoost do not perform well to estimate class conditional probabilities. In this paper, we analyze, in the light of this problem, a recent algorithm, unn, which leverages nearest neighbors while minimizing a convex loss. Our contribution is threefold. First, we show that there exists a subclass of surrogate losses, elsewhere called balanced, whose minimization brings simple and statistically efficient estimators for Bayes posteriors. Second, we show explicit convergence rates towards these estimators for unn, for any such surrogate loss, under a Weak Learning Assumption which parallels that of classical boosting results. Third and last, we provide experiments and comparisons on synthetic and real datasets, including the challenging SUN computer vision database. Results clearly display that boosting nearest neighbors may provide highly accurate estimators, sometimes more than a hundred times more accurate than those of other contenders like support vector machines.
European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD)
Bristol, United Kingdom

hal-00702771
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00702771
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00702771/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00702771/file/ecml12-dnbnb-sub.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The genus Cecropia includes pioneer trees that colonize canopy gaps and cleared areas. It is widely distributed from Mexico to Northern Argentina. Cecropia trees have architecture, which corresponds to the Rauh’s architectural model. In recent studies we have found that C. obtusa/ and C. sciadophylla, in French Guiana, have a strong annual periodicity for growth, branching and flowering processes, with annual emission of 35 nodes for C. obtusa and 25 for C. sciadophylla. Those species show different life histories since C. sciadophylla has longer life expectancy. In addition, C. sciadophylla is found more frequently in forest gaps, although in French Guiana mixed populations are found. The aim of this work was to compare developmental strategies of both species in three different field stations in French Guiana and to determine how these two species coexist during its first years of life. We studied a 20-year old population of /C. sciadophylla/ at Saint Elie’s Road, a 10-year old population of /C. obtusa/ at Paracou’s field station, and a 7-year old mixed population at Counami’s Road. /C. sciadophylla /emits 25 nodes per year in both studied populations, while/ C. obtusa /emits 35 nodes in the monospecific population and 30 nodes in the mixed population. In the monocaule stage, the lower number of nodes emitted by /C. sciadophylla/ compared to /C. obtusa /is compensated with a higher internodal length, which allows finding individuals with similar ages and lengths, but different number of nodes. The branching and flowering processes start on average three years before in /C. obtusa/, however for 12-year old individuals we observed a dominancy of C. sciadophylla over C. obtusa. In the mixed population it is likely that the different life histories would decrease competition effects allowing coexistence of both species during the first stages of life
Botany 2008
Vancouver, Canada

hal-01190209
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01190209
PRODINRA : 182910

Éditeur(s) : Pergamon-elsevier Science Ltd
Résumé : Shrimp farming in New Caledonia typically uses a flow-through system with water exchange rates as a tool to maintain optimum hydrological and biological parameters for the crop. Moreover, the effluent shows hydrobiological characteristics (minerals, phytoplankton biomass and organic matter) significantly higher than that of the receiving environment. Separate surveys were carried out in a bay (CH Bay) with a medium-size intensive farm (30 ha) (PO) and in a mangrove-lined creek (TE Creek) near a larger semi-intensive farm (133 ha) (SO). Net loads of nitrogen exported from the semi-intensive farm and the intensive farm amounted to 0.68 and 1.36 kg ha(-1) day(-1), respectively. At CH Bay, discharge effects were spatially limited and clearly restricted to periods of effluent release. The high residence time at site TE favoured the installation of a feedback system in which organic matter was not exported. Mineralization of organic matter led to the release of nutrients, which in turn, caused in an increased eutrophication of this ecosystem. The study of the pico- and nanophytoplankton assemblages showed (i) a shift in composition from picophytoplankton to nanophytoplankton from offshore towards the coast and (ii) a shift within the picophytoplankton with the disappearance of Prochlorococcus and the increase of picoeucaryotes towards the shoreline. These community changes may partially be related to a nitrogen enrichment of the environment by shrimp farm discharges. Thus, in view of the recent addition of the New Caledonian lagoon to the UNESCO World Heritage list, the data presented here could be a first approach to quantify farm discharges and evaluate their impact on the lagoon. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Marine Pollution Bulletin (0025-326X) (Pergamon-elsevier Science Ltd), 2010 , Vol. 61 , N. 7-12 , P. 387-398

Droits : 2010 Elsevier Ltd All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12527/9882.pdf
DOI:10.1016/j.marpolbul.2010.07.005
http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12527/

Éditeur(s) : HAL CCSD World Scientific
Résumé : The present paper presents a laboratory experiment of rip current circulations over a moveable bed. The rip current characteristics over four distinct beach morphologies, exhibiting more or less developed nature-like bar-rip morphology,were investigated. For each video run, the same off shore shore-normal waves were generated by the wave maker with the same mean water level in order to study the sensitivity of the rip current characteristics as a function of the beach morphology only. In each case, a 1-hour video run was used to track a large number (~30) of drifters released within the surf zone. Image coordinates were then rectifie d to still water level Cartesian coordinates to compute drifter velocities, mean characteristics and surf zone rete ntion rates. Results show the presence of classic rip current patterns with counter-rotating cells and a relatively narrowoffshore-directed jet with, for three of the situations, a reasonably symmetric shape. Non-surprisingly, it was found that rip current intensity increases with increasing relative depth of the rip channel. The wave-driven circulations were strongly unstable. Computed standard deviation in fl ow intensity and direction provides high resolution information on the spatial variability of the rip current insta bilities with, for instance, highly-pulsating and weakly directionally variable offshore-directed flow in the rip channel. Conversely to what was previously hypothesized in the literature, there was hardly trace of vortices being shed offs hore and drifters exiting the surf zone compartment were not systematically caught by a pulsating jet. The cause for drifter exiting the semi-enclosed surf zone compartment remains, however, elusive and deserves further investigations. The computed surf zone retention rates (~90%) were of the order of those previously observed in the field, with no clear relationship with the mean rip current velocity or relative depth of the rip channel. Further video-runs will have to be analyzed to explore potential explanations
Proceedings of Coastal Dynamics 2009 Impacts of Human Activities on Dynamic Coastal Processes

ISBN : 978-981-4282-46
hal-00854534
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00854534

Éditeur(s) : HAL CCSD Société géologique de France
Résumé : A study combining very high resolution seismic and sediment core data has been carried out on the Thau lagoon (Mediterranean coast, microtidal setting, SE France) in order to understand more clearly the dynamics and Holocene chronology of its closure through the different stages of its filling. One main seismic unit (U2) has been defined into the infill, above the rocky basement (U0) and a composite unit U1, which is interpreted as remnants of Pleistocene fluvial terraces or/and to early marine Holocene deposits. Unit U2, that reaches locally 9 m in thickness, rests conformably on U1 in the central part of the lagoon and onlaps U0 or U1 close to the edge of the lagoon. It is divided in two sub-units, U2-1 and U2-2. U2-2 rests paraconformably on U2-1 in the central part of the lagoon where the infill is the thickest, while a marked erosional unconformity is observed between U2-1 and U2-2 on topographic highs of the basement and on the seaward edge of the lagoon. A total of seven elementary sequences have been observed in U2-1 and U2-2.;According to core data, U2 consists in a series of mud-dominated sequences, with shell fragments dispersed at the base. The vertical distribution of the fauna into U2-1 and U2-2 reveals a lagoonal environment. However in U2-1, marine species are more abundant in the south of the lagoon. C-14 AMS dating provides three ages: similar to 6000 cal yr B.P. in the lower part of U2-1 on CAL1, 5400 cal yr B.P. just above the boundary between U2-1 and U2-2 on CAL4, similar to 3000 cal yr B.P. in the middle of U2-2 on CAL4.;A scenario to explain the lagoon infill stratigraphy and geometry is proposed. The beginning of the lagoon infill occurred with the initiation of the barrier construction, as soon as the sea-level rise slowed down significantly, i.e. between 7000-6000 yr B.P. The sediment-fill began into the back-barrier system, with a high rate of sedimentation for U2-1, according to the radiocarbon data. At 5400 yr B.P., the barrier is assumed to be totally closed leading to the deposition of the fully lagoonal U2-2 succession. The unconformity between U2-1 and U2-2 is interpreted as the result of a rapid landward retreat of the barrier. This severe retreat could be related to climate forcing and/or brutal change in sediment discharge driven by the Rhone River, which is the main sediment source of the longshore drift. In this scenario, the last sub-unit, U2-2, represents most of the late Holocene infill. In this framework, the elementary sequences observed in U2-2 could be related to high frequency climate changes of about 1000-1500 years periodicity according to C-14 dates.
EISSN: 1777-5817

hal-00486386
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00486386
DOI : 10.2113/gssgfbull.181.2.197

Éditeur(s) : Public Library Science
Résumé : Global change and its associated temperature increase has directly or indirectly changed the distributions of hosts and pathogens, and has affected host immunity, pathogen virulence and growth rates. This has resulted in increased disease in natural plant and animal populations worldwide, including scleractinian corals. While the effects of temperature increase on immunity and pathogen virulence have been clearly identified, their interaction, synergy and relative weight during pathogenesis remain poorly documented. We investigated these phenomena in the interaction between the coral Pocillopora damicornis and the bacterium Vibrio coralliilyticus, for which the infection process is temperature-dependent. We developed an experimental model that enabled unraveling the effects of thermal stress, and virulence vs. non-virulence of the bacterium. The physiological impacts of various treatments were quantified at the transcriptome level using a combination of RNA sequencing and targeted approaches. The results showed that thermal stress triggered a general weakening of the coral, making it more prone to infection, non-virulent bacterium induced an 'efficient' immune response, whereas virulent bacterium caused immuno-suppression in its host.
Plos One (1932-6203) (Public Library Science), 2014-09 , Vol. 9 , N. 9 , P. 1-15

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http://archimer.ifremer.fr/doc/00221/33265/31738.pdf
DOI:10.1371/journal.pone.0107672
http://archimer.ifremer.fr/doc/00221/33265/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Caribean Sea ichthyofauna, like that of all tropical and subtropical seas, contains venomous fishes some of which can cause certain forms of ichthyosarcotoxism.The first people to notice, at their expense, the existence of these dangerous animals in the waters of the West Indies were the conquistadores who settled in Haïti and Cuba after Christopher COLOMBUS. As these men were not well provided by fresh supplies from their far away home-as related by many chroniclers-they had to live on local food resources. Originally, terrestrial fauna, in these islands, was very lacking as far as big mammals go, and birds bigger than a pigeon were rare. As a consequence, Spanish sailors and soldiers ate mostly seafood, fish, crustaceans and molluscs that abounded in the clear waters of the Caribean shores. (The introduction of European mammals: bovines, ovines, caprines and porcines, but also poultry, only happened many years later-cattle raising only developed when the conquistadores were well settled and land had been divided-initial protid production was not sufficient to cover the Spaniards' needs....
La faune ichthyologique de la Mer des Antilles, comme celle de toutes les mers des regions tropicales et subtropicales, contient des poissons vénéneux, causes de certaines formes d'ichthyosarcotoxisme. Les premiers qui s'aperçurent, à leurs dépens, de l'existence de ces animaux dangereux dans les eaux des Indes occidentales furent les conquistadores qui s'installèrent en Haïti et à Cuba après les découvertes de Christophe COLOMB et de ses lieutenants. Ces hommes, souvent fort mal ravitaillés par leur trop lointaine métropole -tous les chroniqueurs de l'époque en font foi -furent obligés d'utiliser les ressources alimentaires locales. Comme à l'origine, la faune terrestre des îles était très pauvre en grands mammifères et que les oiseaux plus volumineux qu'un ramier étaient rares, les soldats et les marins espagnols consommèrent surtout les fruits de la mer : poissons, crustacés et mollusques qui abondaient dans les eaux claires des rivages antillais. (L'introduction des mammifères européens: bovins, ovins, caprins et porcins, comme des oiseaux de basse-cour, fut relativement tardive; l'élevage ne se développa que lorsque les conquérants de l'Eldorado furent installés et que la terre fut partagée; la production initiale de protides était très nettement insuffisante pour couvrir les besoins des Espagnols.) L'un des animaux les plus faciles à capturer était -et l'est encore -le-« burgo », Linona pica L., gros gastéropode de la famille des Trochidés qu'il suffisait de récolter à la main sur les récifs coralliens ou les rochers qui bordaient les plages; l'abondance de la distribution de ce gros bigorneau est encore telle à l'heure actuelle qu'il forme une ressource permanente appréciée; dans certaines petites îles très mal ravitaillées: Los Hermanos et La Blanquilla dans les Antilles vénézuéliennes; Saint-Barthélémy, La Désirade, dans les Antilles françaises, etc., où le « burgo » constitue une partie importante de la ration alimentaire. Il arrivait à Cuba, que sa consommation soit la cause d'accidents gastro-intestinaux et neuraux qui furent groupés par les Espagnols sous le nom de "ciguatera", le mollusque lui-même étant appelé "cigua", (II faut noter que les « burgos » récoltés sur certains îlots et récifs de la côte méridionale de Saint-Barthélemy sont la cause de troubles analogues à ceux qui furent décrits par les chroniqueurs des XVe et XVIe siècles) Le vocable s'est étendu ensuite, dans le langage populaire, aux troubles digestifs et aux troubles neuraux ressentis après l'ingestion de différentes espèces de poissons vénéneux, espèces qui se révélèrent malheureusement relativement nombreuses dans les eaux des Grandes Antilles, Le auteurs anciens, repris par COUTIÈRE dans sa thèse (1899) décrivent également des cas d'intoxications graves depuis le début de l'occupation des Petites Antilles par les Européens, intoxications attribuées pour la plupart aux barracudas, aux balistes, aux murènes, à certains clupes, aux carangues comme à un certain nombre d'espèces de « poissons rouges ». Les naturalistes modernes, d'ARCISZ (1950) à RANDALL (1958), donnent la liste scientifique des espèces incriminables dans la Mer des Antilles. Il n'existe actuellement aucun manuel en langue française permettant la détermination des poissons marins et des espèces dulçaquicoles des Petites Antilles, Le naturaliste est obligé, pour identifier les poissons, de recourir à des ouvrages américains ou hollandais, ou encore à des monographies toutes rédigées en langue anglaise. Ces livres, à de très rares exceptions près, sont anciens et difficiles à trouver en librairie étant presque tous épuisés ou rares. La publication que nous présentons ici n'a pas la prétention de pallier l'inexistence de documents en langue française sur l'ensemble de la faune ichthyologique antillaise; elle n'a pour but que de fournir au personnel chargé du contrôle du conditionnement et des marchés, aux armateurs à la pêche désireux de se renseigner sur les possibilités locales, comme à quelques esprits curieux, une documentation suffisante et illustrée, pour permettre une identification sûre et rapide des espèces dangereuses. Cette étude est née d'un besoin précis : les pêcheurs des Antilles françaises, maintenant guidés par une assistance technique qui reprend élémentairement les bases de la profession, se sont heurtés très rapidement au fait suivant : il était nécessaire de créer un conditionnement des produits de la pêche car quelques espèces de poissons commerciaux, saines dans certaines régions, sont vénéneuses dans d'autres, géographiquement toutes voisines, et doivent être éliminées du marché. Pour cela il fallait établir avec précision quelles espèces pouvaient être dangereuses, et donner aux pêcheurs, aux marchands et au public l'image exacte des formes incriminables. Si une espèce donnée peut contenir des individus vénéneux, tous les individus de cette espèce ne sont pas dangereux et des spécimens de la même espèce incriminables en un point ne le seront pas dans d'autres lieux de pêche. POEY (1866) a écrit: « ... il n'y a pas un poisson suspect sur dix mille... » Cela est sans doute vrai si l'on envisage le stock constitué par une espèce, mais ne l'est plus si l'on considère les concentrations géographiques. A travers l'expérience que nous avons acquise à Saint-Barthélemy, nous pouvons affirmer avec certitude que les poissons vénéneux sont bien groupés en isolats cernés par des frontières géographiques précises. De plus il apparaît très nettement que les poissons âgés, donc ayant atteint un certain poids, sont seuls responsables des accidents ciguatériques les plus graves. Le fait que l'ichthyologiste cubain POEY, 1866, ait imposé l'interdiction des poissons pesant plus de trois livres dans les espèces suspectes sur le marché de La Havane est très significatif. Un fait statistique observé à Saint-Barthélemy vient corroborer les notions précédemment énoncées. Un certain nombre de canots de pêche à la ligne à main, travaillant à l'accore méridional du banc de Saint-Martin, capturait surtout des « oreilles noires » (Lufianus buccanella (c. et V.), 1828) et des « vivaneaux » (L. vivanus (c. et V.), 1828) ; le poids des poissons vidés acceptés par le service de contrôle de la coopérative des pêcheurs de Gustavia avait été fixé à 1 500 g; des poissons de poids bien supérieurs à ce plafond ayant été acceptés par le conditionnement en janvier et février 1963, toute une série d'intoxications graves de type ciguatérique se produisit à Basse-Terre et à Pointe-à-Pitre de La Guadeloupe, lieux principaux de consommation du poisson capturé sur le banc de Saint-Martin. Le poids des poissons vidés exportables ayant été ramené à 1 500 g. les intoxications cessèrent. Il reste à étudier l'étiologie de la «ciguatera », forme la plus commune d'ichthyosarcotoxisme notée aux Antilles. L'accumulation des observations et des notes prises à propos des cas observés à Saint-Barthélemy, à La Guadeloupe, comme à La Martinique (1950) ainsi que les dissections effectuées sur les poissons capturés par les pêcheurs de Saint-Barthélemy nous permettront peut-être de conclure bientôt à ce sujet. Enfin. il faudra trouver le test biochimique simple et précis permettant de déterminer rapidement si un poisson considéré comme « redouteux» est vénéneux ou non. (Les poissons incriminables sont désignés sous le nom de poissons «redouteux» dans le patois de Saint-Barthélemy; la « ciguatera » est nommée « mal poisson ».) Les appellations vernaculaires créoles des espèces vénéneuses ont été établies à partir des notes prises depuis 1950. Cette liste est loin d'être exhaustive car il n'y a pas de domaine plus ingrat que la synonymie vernaculaire. Les appellations américaines, britanniques et hollandaises ont été prises dans les ouvrages publiés d'une part par le Fish and Wildlife Service (laboratoire de Biologie marine de Miami), et d'autre part par la Commission des Caraïbes. Kent House, à La Trinidad. 1959. relayée ensuite par le Secrétariat central de l'Organisation des Caraïbes, 1961. Hato Rey. Porto-Rico. Enfin. nous avons pu établir l'équivalence vernaculaire des noms de poissons utilisés à Saint-Barthélemy et à Saint-Martin grâce à l'aimable collaboration du Dr PETIT, chef de l'hôpital de Marigot à Saint-Martin. Les bases de la systématique que nous avons utilisées, pour replacer les espèces décrites dans un cadre cohérent. sont celles qui sont exposées par BERTIN et ARAMBOURG (1958) dans le troisième fascicule du tome treize du Traité de Zoologie publié sous la direction du Pr P. GRASSÉ: nous y avons fait de larges emprunts. (OCR non contrôlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1965-03 , Vol. 29 , N. 1 , P. 1-130

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1965/publication-4004.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4004/

Résumé : Dans le cadre de la promotion de systèmes de culture alternatifs à moindres intrants chimiques, des études sur l'introduction de plantes de service ayant vocation à réduire l'usage des pesticides et engrais azotés mobilisent un effort de recherche considérable. Dans le cadre de la production bananière pour laquelle la nuisibilité causée par les nématodes phytoparasites constitue l'une des principales contraintes, une des principales alternatives à l'utilisation de nématicides chimiques repose sur l'usage raisonné en rotation ou en association culturale de plantes de service à propriétés nématorégulatrices. Parmi les espèces candidates, celles du genre Crota/aria spp. ont largement été étudiées en raison de leur aptitude à contrôler les nématodes phytoparasites. Une méta-analyse révèle cependant que même si de nombreux auteurs s'accordent à reconnaître les propriétés allélopathiques des plantes de cette espèce, ils sont également enclins à reconnaître la forte variabilité d'expression de ces propriétés vis-à-vis du contrôle des nématodes selon les situations expérimentées. L'objectif de ce travail repose sur la compréhension du déterminisme biochimique des exsudats. La stratégie expérimentale mise en oeuvre a consisté à tester en conditions contrôlées le comportement biochimique des exsudats racinaires de deux espèces de crotalaires (C retusa, C spectabilis) et d'une espèce sensible, le bananier dessert (Musa spp.) en fonction i) de conditions biotiques variées -i.e. présence ou non de nématodes (Radopholus similis et Meloidogyne arenariaï, et présence ou non de mycorhizes-, ii) de conditions abiotiques contrastées -i.e. utilisation d'un sol naturel vs. substrat neutre, ajout ou non d'engrais chimique. La méthodologie innovante des «plantes à traire » (Brevet INRA) a été requise pour pouvoir travailler sur les exsudats racinaires des plantes conditionnées plutôt que sur des Iixiviats, comme réalisé dans des expérimentations antérieures.Les résultats obtenus en spectrophométrie visible montrent que la modification des conditions abiotiques affecte de manière importante les profils biochimiques des plantes étudiées. En présence du nématode 1..·1. arenaria les profils biochimiques des deux crotalaires sont également modifiés. Des biotests réalisés à l'aide des exsudats racinaires conditionnés au préalable par les modifications biotiques ont permis de démontrer l'effet nématostatique des crotalaires. Des analyses biochimiques en Ge-MS mettent en évidence de manière plus précise des molécules actives mises en jeu sous différentes modalités biotiques et abiotiques. Ces recherches, de portée générique, permettront de mieux comprendre les conditions de l'environnement qui régulent les profils biochimiques des exsudats racinaires des crotalaires et par extension, seront applicables aux recherches menées sur d'autres plantes de service candidates. Ceci aidera, à terme, à définir les conditions environnementales à réunir, pour orienter de manière optimale les effets allélopathiques dans une perspective de nématorégulation naturelle
As part of the promotion of alternative cropping systems at lower chemical inputs, studies on the introduction of cover crops designed to reduce the use of pesticides and nitrogen fertilizers mobilize a considerable research effort. Under banana production for which the hannfu1ness caused by plant-parasitic-nematodes is one ofthe main constraints, one of the main alternatives to the use ofchemical nematicides is based on the rational use in rotation or intercropping of cover rI crops to proteet crops from plant-parasitic-nematodes, Among the candidate species, the species from the genus of Crota/aria spp. have been widely studied because of their ability to control plant parasitic-nematodes. A meta-analysis reveals that although many authors agree allelopathic properties of these species, they are also likely to recognize the high variability of expression of these properties vis-àvis the control of nematodes according to the situations experieaced.. The objective of this woIk is focnsed on the onderstanding of the biochemical determinism of mot exudates onder environment biotic and abiotic variations. The experimental strategy was 10 test onder controlled conditions the biochemical behavior of mot exudates of two species of crotalarias (C retusa, C. spectabilis) and a susceptible species, the dessert banana crop (Musa spp.) with i) modification ofbiotic conditions -ie presence or absence of nematodes iMeloidogyne arenaria and Radopho/us similis), and presence or absence of mycorrhiza-ii) contrasting abiotic conditions -ie using a natural soil vs. neutral substrate, whether to add fertilizer. The innovative methodology of "milking plants" (patent INRA) was required in order to work on the root exudates of plants packed rather thanleachate, as done in previous experiments. The results obtained show that 'visible spectrophotometry changing abiotic conditions affect significantly the biochemical profiles of the studied plants. In the presence of nematode M. arenaria biochemical profiles of both crotalarias are also changed. Bioassays conducted using mot exudates conditioned in advance by biotic changes have demonstrated the effect of nématostatique crotalarias. Biochemical Ge-MS demonstrate more clearly active molecules that are involved in varions biotic and abiotic conditions. This research, generic scope, to better understand the environmental conditions that regulate biochemical profiles of mot exudates crotalarias and by extension, will apply to research on other plants service candidates. This will ultimately define the environmental conditions to meet, to guide optimal allelopathic effects from the perspective ofnatural nématorégulation

http://www.theses.fr/2012AGUY0561/document

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The purpose of this work is to specify the deformation offshore East of Taiwan by characterizing major active faults in particular at the level of the Ryukyu forearc. The major problem associated with the study of this region is that earthquakes are located outside the permanent networks. Consequently, this led to some unprecise earthquake locations limiting tectonic and statistical analyses, and therefore the correct estimation of the seismic hazard. This work is included in the project ANR ACTS (Active Tectonics and Seismic Hazard in Taiwan). To achieve this goal, we worked on three different timescales for which a different localization method has been proposed to obtain a clear image of seismic deformation and highlight major faults offhore East of Taiwan. First, at the scale of the century (from the analysis of a seismicity catalogue with homogeneous magnitude), the instrumental historical earthquakes (1897-2007) show that the Ryukyu margin was affected by 6 earthquakes of magnitude greater than 7 with 4 of them for which the responsible fault is unknown. We propose a method of relative location to relocate the historic events from the time difference of P and S arrival times (Ts-Tp) at each station. The location is obtained by searching for "analogue" earthquakes in the recent instrumental catalogue (1991-2008) for which Ts-Tp at each station is close. This method has been applied to the largest (in terms of magnitude) earthquake ever recorded in Taiwan, the earthquake of June 5, 1920 (M7.7 +/- 0.2). A rupture along the interplate of the Ryukyu subduction with a possible nucleation at the downdip limit of a splay-fault is certainly responsible of this earthquake. Then, at the scale of the decade, the improvement of the method of absolute location based on MAXimum of Intersection of EDT (MAXI, EDT: Equal Differential Time) allows to better extract the erroneous arrival times and prevents the "trade-off" between depth and origin time, and between depth and epicentral position when the azimuthal coverage is low (gap Azimuthal > 180degre). Synthetic tests show the effectiveness of MAXI (using P-wave only) to determine the parameters x, y and z even when the azimuthal gap is important. In the latter case, the quality of the results is dependent on the velocity model to represent the 3D structure of the Earth. We propose an approach involving the use of a 3D a priori P-wave velocity model to locate earthquakes which are lateral and remote to the seismic network. An application to the case of Taiwan and Ecuador validates this approach. Finally, at the level of a few months, the marine geophysical campaign RATS (Ryukyu Arc: Tectonics and Seismology) was conducted in two stages. A passive seismology experiment from July to October, 2008 (RATS1) has been conducted over the forearc of the Ryukyus and then active seismic experiment (refraction and reflection) was conducted in May 2009 in a NNE - SSW line through the Ryukyu margin. These two combined experiments allow improving our knowledge about the crustal structure of the margin. At the level of the forearc, the basement of the forearc is characterized by vertical backstop and a very deformed basis certainly associated with a significant out of sequence deformation. In depth, the downgoing plate is certainly affected by a tear that controls the seismicity in the region of transition between the subduction and collision.
Le but de ce travail est de préciser la déformation en mer à l'est de Taïwan et de notamment caractériser les failles actives majeures en particulier au niveau de l'avant-arc des Ryukyus. Le problème majeur associé à l'étude de cette région est que les séismes sont localisés en dehors des réseaux permanents et que cela conduit à des localisations peu précises limitant les analyses statistiques, tectoniques et donc l'estimation correcte de l'aléa sismique. Ce travail est inclus dans le projet ANR ACTS (Active Tectonics and Seismic Hazard in Taiwan). Pour atteindre cet objectif, nous travaillons à trois échelles de temps différentes pour lesquelles une méthode de localisation différente a été proposée pour obtenir une image précise de la déformation sismique et mettre en évidence les failles majeures en mer à l'est de Taïwan. D'abord, à l'échelle du siècle (à partir de l'analyse d'un catalogue de sismicité homogène en magnitude), les séismes historiques instrumentaux (1897-2007) montrent que la marge des Ryukyus a été affectée par 6 séismes de magnitude supérieure à 7 dont 4 pour lesquels la faille responsable n'est pas connue. Nous proposons une méthode de localisation relative qui permet de relocaliser les évènements historiques à partir des différences de temps d'arrivées P et S (Ts-Tp) à chaque station. La localisation est obtenue en recherchant les séismes analogues dans le catalogue instrumental récent (1991-2008) pour lesquels Ts-Tp à chaque station est proche. Cette méthode a été appliquée au plus gros séisme (en terme de magnitude) jamais enregistré à Taïwan, le séisme du 5 juin 1920 (M7.7 $pm$ 0.2). Ce séisme a certainement pour origine une rupture sur l'interplaque sismogène de la subduction des Ryukyus avec une possible nucléation à la base d'une faille hors-séquence. Ensuite, à l'échelle de la dizaine d'années, l'amélioration de la méthode de localisation absolue du MAXimum d'Intersection EDT (MAXI, EDT: Equal Differential Time) permet de mieux extraire les temps d'arrivées erronés et empêche les "trade-off" entre profondeur et temps d'origine et, entre profondeur et position épicentrale lorsque la couverture azimutale est faible (gap azimutal > 180°). Des tests synthétiques montrent l'efficacité de MAXI (en utilisant les ondes P uniquement) à déterminer les paramètres x, y et z même lorsque le gap azimutal est important. Dans ce dernier cas, la qualité des résultats reste dépendant du modèle de vitesse à représenter la structure 3D de la Terre. Nous proposons une démarche associant l'utilisation d'un modèle de vitesse des ondes P 3D a priori avec la méthode MAXI pour localiser les séismes qui sont latéraux et éloignés du réseau. Une application au cas de Taïwan et en Équateur valide cette approche. Enfin, à l'échelle de quelques mois, la campagne de géophysique marine RATS (Ryukyu Arc: Tectonics and Seismology) a été menée en deux temps. Une expérience de sismologie passive de juillet à octobre 2008 (RATS1) a été menée au-dessus de l'avant-arc des Ryukyus puis une expérience de sismique active (réfraction et réflexion) a été menée en mai 2009 sur une ligne NNE-SSW à travers la marge des Ryukyus. Ces deux expériences combinées permettent d'améliorer notre connaissance de la structure crustale de la marge. Au niveau de l'avant-arc, le socle de l'avant-arc est caractérisé par une extrémité formant un butoir vertical et une base très déformée certainement associée à une importante déformation hors-séquence. En profondeur, la plaque plongeante est certainement affectée par une déchirure qui contrôle la sismicité dans cette région de transition entre la subduction et la collision.
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Résumé : Notre étude s’est proposée d’analyser l’incidence du paludisme et son évolution dans le temps et dans l’espace, ainsi que de rechercher les facteurs de risque d’accès palustres chez les enfants d’un village du Moyen-Oyapock (Camopi), peuplé d’Amérindiens wayampi et émerillon, d’une part, et d’un village du Haut-Maroni (Antecume Pata), peuplé d’Amérindiens wayana, d’autre part. L’approche a été multiple avec, pour chacun des deux sites d’étude :- Une analyse de survie (modèle de Cox) à partir des accès palustres confirmés biologiquement dans une cohorte d’enfants de moins de sept ans régulièrement suivis, ainsi qu’un questionnaire de type Connaissances, Attitudes et Pratiques (CAP), puis les caractéristiques des habitats et la description de leur environnement immédiat.- Une analyse spatiale avec une classification de l’occupation du sol à partir d’images satellites SPOT 5, l’extraction de variables environnementales d’intérêt, l’étude de leur effet sur la transmission du paludisme et la mise au point d’une méthode objective de sélection d’un rayon d’observation autour des habitations pour la caractérisation de l’environnement.- Une étude de séries temporelles (ARIMA) afin de déterminer l’effet des évènements climatiques et hydrologiques sur le paludisme, aux niveaux local et plus global (El Niño).Les taux d’incidence d’accès palustres sur la période 2001-2009 se sont révélés particulièrement élevés chez les jeunes enfants, notamment à Camopi avec une moyenne de 773‰ par année. Une diminution brutale de l’incidence a eue lieu en 2007 sur le Haut-Maroni et ce phénomène est observé à Camopi depuis 2010. Une prémunition se développe assez rapidement au cours de la vie (2-3 ans), surtout contre les reviviscences à Plasmodium vivax. Les facteurs environnementaux se sont avérés être les plus nombreux et les plus fortement liés à l’incidence palustre. En effet, le dégagement des alentours du carbet de toute végétation et une certaine distance de celui-ci à la forêt sont des facteurs protecteurs. La composante géographique est également apparue essentielle à Camopi avec une incidence qui variait selon le fleuve d’habitation et en fonction de la distance au hameau principal. Les facteurs météorologiques locaux (température et niveau du fleuve) se sont également révélés être liés à l’incidence du paludisme à court terme (0-3 mois). Par ailleurs, nos résultats ont permis d’émettre un certain nombre d’hypothèses quant à la transmission et au(x) vecteur(s) local(ux), et notamment de suggérer la participation d’un vecteur autre qu’An. darlingi dans la transmission du paludisme à Camopi. Nous avons également prouvé par ce travail que la télédétection et les systèmes d’information géographique sont très prometteurs pour la prise en compte de la dimension spatiale et environnementale dans l’étude des maladies transmissibles, notamment dans les zones d’accès difficile de Guyane.
The aim of our study was to analyze the incidence of malaria in children and its evolution through time and space, as well as to search for risk factors in a village in Mid-Oyapock (Camopi), populated by Amerindians Wayampi and Emerillon, on the one hand, and a village in Upper-Maroni (Antecume Pata), populated by Amerindians Wayana, on the other hand. The approach was multiple with, for both study sites:- A survival analysis (Cox modelling) completed out of biologically confirmed malaria attacks in a cohort of children under seven, as well as a Knowledge, Attitudes, Practices and Behavior (KAPB) questionnaire, and also the characteristics of the houses and the description of their immediate environment.- A spatial analysis with a land cover classification from SPOT 5 satellite images, the extraction of environmental variables, the study of their effect on malaria transmission and the development of an objective method for picking the proper observation horizon around houses in order to characterize the environment.- A time series study (ARIMA) to determine the effect of climatic and hydrological events on malaria at local and global (El Niño) scales.The incidence rates of malaria attacks during the period 2001-2009 were particularly high among young children, especially in Camopi with an average of 773‰ by year. A sharp decline in incidence occurred in 2007 on the Upper Maroni and this phenomenon has been observed in Camopi since 2010. An acquired immunity develops quite rapidly during the life (2-3 years old), especially against P. vivax relapses. Environmental factors were found to be the most strongly associated with malaria incidence. Indeed, living in a hut cleared from the surrounding vegetation and at a larger distance from the forest are protective factors. The geographic component also appeared essential in Camopi with an incidence which varied with the river of living and with the distance from the main hamlet. The local meteorological factors (temperature and river level) also proved to be linked to malaria incidence in the short term (0-3 months). Moreover, our results have allowed issuing a number of assumptions about the transmission and the local vector(s), in particular to suggest the involvement of another vector than An. darlingi in the malaria transmission in Camopi. We also proved by this work that remote sensing and geographic information systems hold great promise for the inclusion of the spatial and environmental dimensions in the study of transmitted diseases, especially in areas of difficult access in French Guiana.

http://www.theses.fr/2011AGUY0448/document

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : We conducted a rigorous test of tropical tree seedling microhabitat differentiation by examining microhabitat associations, survival and growth of established seedlings of ten tropical tree species representing a four-factor gradient in seed size. Eight microhabitat variables describing soil and light conditions were measured directly adjacent to each of 588 seedlings within twelve 10×100 m belt transects at Paracou, French Guiana, and at 264 reference points along the transects. From these measurements, we defined three principal components describing soil richness, soil softness and canopy openness. Six of ten species (in 9 of 30 total cases) were distributed non-randomly with respect to microhabitat along at least one principal component. However, few species demonstrated clear microhabitat specialization. All shifts in distribution relative to reference points were in the same direction (richer, softer soil). Furthermore, of 135 pairwise comparisons among the species, only 7 were significantly different. More than three-fourths of all seedlings (75.3%) survived over the 2-year monitoring period, but survival rates varied widely among species. In no case was the probability of survival influenced by any microhabitat parameter. Relative height growth rates for the seedlings over 2 years varied from -0.031 cm cm-1 year-1 (Dicorynia guianensis, Caesalpiniaceae) to 0.088 cm cm-1 year-1 (Virola michelii, Myristicaceae). In only 4 of 30 cases was height growth significantly associated with one of the three principal components. Because the conditions in this study were designed to maximize the chance of finding microhabitat differentiation among a group of species differing greatly in life history traits, the lack of microhabitat specialization it uncovered suggests that microhabitat partitioning among tropical tree species at the established seedling stage is unlikely to contribute greatly to coexistence among these species.
ISSN: 0029-8549

hal-01031928
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01031928
DOI : 10.1007/s00442-004-1691-3

Éditeur(s) : HAL CCSD Seismological Society of America
Résumé : International audience
On 9 October 2007, an unusual sequence of earthquakes began in central British Columbia about 20 km west of the Nazko cone, the most recent (circa 7200 yr) volcanic center in the Anahim volcanic belt. Within 25 hr, eight earthquakes of magnitude 2.3-2.9 occurred in a region where no earthquakes had previously been recorded. During the next three weeks, more than 800 microearthquakes were located (and many more detected), most at a depth of 25-31 km and within a radius of about 5 km. After about two months, almost all activity ceased. The clear P- and S-wave arrivals indicated that these were high-frequency (volcanic-tectonic) earthquakes and the b value of 1.9 that we calculated is anomalous for crustal earthquakes but consistent with volcanic-related events. Analysis of receiver functions at a station immediately above the seismicity indicated a Moho near 30 km depth. Precise relocation of the seismicity using a double-difference method suggested a horizontal migration at the rate of about Graphic, with almost all events within the lowermost crust. Neither harmonic tremor nor long-period events were observed; however, some spasmodic bursts were recorded and determined to be colocated with the earthquake hypocenters. These observations are all very similar to a deep earthquake sequence recorded beneath Lake Tahoe, California, in 2003-2004. Based on these remarkable similarities, we interpret the Nazko sequence as an indication of an injection of magma into the lower crust beneath the Anahim volcanic belt. This magma injection fractures rock, producing high-frequency, volcanic-tectonic earthquakes and spasmodic bursts.
ISSN: 0037-1106

hal-00854504
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00854504
DOI : 10.1785/0120100013

Éditeur(s) : Elsevier Science Bv
Résumé : In the South Gabon Basin, deep multi-channel seismic reflection and gravity modeling analysis have shed light on key features of the structure of the margin. The thinned continental crust beneath the Gabon Margin appears to be composed of two distinct layers, separated by a clear, strong and more or less continuous reflector running in the 7–10 s TWT window. The lower crust is characterized by a higher density, intermediate between the lower values of the upper crust and the denser values of the mantle. The lower crust is irregularly shaped and presents lateral thickness variations along the direction of thinning and along the coast. In the offshore thinned continental domain, the lower and upper crust form a 20–25 km thick body. Crustal thicknesses point to a relatively sharp and narrow transition, along a few tens of kilometers, between the unthinned and the thinned continental crust. The high density layer identified offshore Gabon presents similar characteristics in density, geometry and spatial distribution, as the underplated magmatic bodies observed along volcanic margins, e.g. along the South Atlantic Namibia Margin or the North Atlantic Vøring Margin. Although this lower crustal body could possibly represent ultra mafic serpentinized rocks or high grade metamorphic crustal rocks, we suggest that it could be composed of mafic rocks. Magmas resulting from partial melting during rifting may underplate the crust and/or be intruded in the lower crust through a system of dykes and sills. In this view, the present-day crustal thicknesses along rifted margins, characterized by magmatic underplating and/or intrusion, are not representative of the thinning that the crust experienced during rifting. Results of this study point to relatively shallow sedimentary basins along the South Gabon Margin. The deepest offshore depocenters located under the westernmost side of the continental platform appear to be associated with the deepest syn-rift basins These basins seem to extend along 20 to 40 km in the ~ NE–SW direction with a present-day average thickness of 7.3 km. Offshore Gabon, whereas the crustal thinning appears significant, the syn-rift deposit are not thick. We suggest that the area was anomalously uplifted during the rifting phase, due to an elevated thermal lithospheric gradient. The conclusions derived from our seismic and gravity analysis are consistent with the implications such a thermal anomaly would have on the tectonic evolution of a rifted margin with 1) an underplated high density lower crustal layer, 2) shallow depth syn-rift basins associated with a relatively thin crust and subsequently 3) elevated recorded subsidence rates in the initial post-rift stages. Research Highlights ► The Gabon Margin appears characterized by an underplated high density lower crustal layer. ► Shallow depth syn-rift basins are associated with a relatively thin crust. ► Seismic and gravity analysis points to an anomalous uplift of the Gabon Margin during the rifting phase. ► Crustal structure, syn-rift infill and post-rift subsidence are consistent an uplift of the Gabon Margin during the rifting phase. ► The uplift of the Gabon Margin is possibly due to an elevated thermal lithospheric gradient.
Tectonophysics (0040-1951) (Elsevier Science Bv), 2011-06 , Vol. 506 , N. 1-4 , P. 31-45

Droits : 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00039/15020/12347.pdf
DOI:10.1016/j.tecto.2011.04.009
http://archimer.ifremer.fr/doc/00039/15020/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : Ethnopharmacological relevance: Cutaneous and mucocutaneous leishmaniasis are neglected tropical diseases that occur in all intertropical regions of the world. Amazonian populations have developed an abundant knowledge of the disease and its remedies. Therefore, we undertook to review traditional antileishmanial plants in Amazonia and have developed new tools to analyze this somewhat dispersed information.Material and methods: A literature review of traditional remedies for cutaneous/mucocutaneous leishmaniasis in the Amazon was conducted and the data obtained was used to calculate distribution indexes designed to highlight the most relevant uses in Amazonia. The cultural distribution index represents the distribution rate of a given taxon among different cultural groups and was calculated as the ratio of the number of groups using the taxon to the total number of groups cited. The geographical distribution index allowed us to quantify spatial distribution of a taxon's uses in Amazonia and was calculated geometrically by measuring the average distance between the points where uses have been reported and the barycenter of those points. The general distribution index was defined as an arithmetic combination of the previous two and provides information on both cultural and spatial criteria.Results: 475 use reports, concerning 291 botanical species belonging to 83 families have been gathered depicted from 29 sources. Uses concern 34 cultural groups. While the use of some taxa appears to be Pan Amazonian, some others are clearly restricted to small geographical regions. Particular attention has been paid to the recipes and beliefs surrounding treatments. Topical application of the remedies dominated the other means of administration and this deserves particular attention as the main treatments against Neotropical leishmaniasis are painful systemic injections. The data set was analyzed using the previously defined distribution indexes and the most relevant taxa were further discussed from a phytochemical and pharmacological point of view.Conclusions: The Amazonian biodiversity and cultural heritage host a fantastic amount of data whose systematic investigation should allow a better large-scale understanding of the dynamics of traditional therapies and the consequent discovery of therapeutic solutions for neglected diseases. Distribution indices are indeed powerful tools for emphasizing the most relevant treatments against a given disease and should be very useful in the meta-analysis of other regional pharmacopeia. This focus on renowned remedies that have not yet benefitted from extended laboratory studies, could stimulate future research on new treatments of natural origin for leishmaniasis.
ISSN: 0378-8741

hal-01603285
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01603285
DOI : 10.1016/j.jep.2017.01.048
PRODINRA : 401890