Éditeur(s) : HAL CCSD Publisher : Paris : Baillière [1980-. Latest Publisher : Paris : Elsevier
Résumé : National audience
Introduction L’hypertension artérielle pulmonaire précapillaire constitue l’une des premières causes de décès au cours de la sclérodermie systémique. Le pronostic dépend de la précocité du diagnostic et de l’introduction rapide du traitement ciblé. En 2013, l’algorithme DETECT a été élaboré en vue d’un dépistage plus précoce de l’hypertension artérielle pulmonaire. Le but de notre étude est d’évaluer l’impact de l’utilisation de l’algorithme DETECT en comparant les pratiques actuelles d’un centre de compétence français à celles recommandées par ce nouvel outil de dépistage. Patients et méthodes Il s’agit d’une étude transversale monocentrique. Les patients sclérodermiques ayant bénéficié d’un bilan viscéral au cours de l’année 2014–2015, contenant les données nécessaires au calcul du score DETECT, ont été inclus. Conformément aux pratiques habituelles du service, l’ensemble des patients avait bénéficié d’une échographie cardiaque transthoracique et l’indication du cathétérisme cardiaque droit était posée au cours d’une réunion de concertation pluridisciplinaire. En parallèle, l’algorithme DETECT était calculé avec une première étape posant ou non l’indication théorique de l’échographie cardiaque transthoracique, puis une seconde décidant de l’indication théorique d’un cathétérisme droit. Les résultats des deux étapes de l’algorithme étaient inconnus des médecins participant à la prise en charge des patients ou à la réunion de concertation pluridisciplinaire. À la fin de la période d’inclusion, les décisions proposées par l’algorithme étaient comparées à celles issues de la réunion de concertation pluridisciplinaire. Résultats Cent dix-sept patients ont été inclus dans l’étude. Quatre-vingt-onze pour cent (n = 106) répondaient aux critères ACR 2013. Si l’algorithme DETECT était appliqué à l’ensemble de la population, l’indication de l’échographie cardiaque transthoracique était retenue chez 80 % d’entre eux (n = 94). Parmi les 94 patients sélectionnés à la première étape, il était retenu l’indication d’un cathétérisme droit chez 70 d’entre eux, soit 60 % de la population initiale. Au cours du suivi annuel, l’indication du cathétérisme droit avait été retenue par la réunion de concertation pluridisciplinaire chez 15 des 117 patients. Le diagnostic d’hypertension artérielle pulmonaire avait été retenu chez 9 d’entre eux, dont 7 avec une hypertension artérielle pulmonaire précapillaire. Si l’algorithme DETECT n’était appliqué qu’aux patients répondant aux critères initialement proposés pour la mise au point de l’algorithme (patients avec DLCO inférieure à 60 % de la valeur prédite, et symptômes – autres que phénomène de Raynaud – évoluant depuis plus de 3 ans), 42 patients étaient alors éligibles (36 % de la population totale). Les épreuves fonctionnelles respiratoires retrouvaient une DLCO moyenne à 46 % de la valeur prédite. L’indication de l’échographie cardiaque transthoracique était retenue chez 36 patients (31 % de la population totale). Parmi les 36 patients sélectionnés à la première étape, l’algorithme retenait l’indication d’un cathétérisme droit chez 31 d’entre eux (26 % de la population totale). Au cours du suivi annuel, l’indication avait été retenue par la réunion de concertation pluridisciplinaire chez 13 des 42 patients. Le diagnostic d’hypertension artérielle pulmonaire avait été posé chez 9 d’entre eux, dont 7 avec une hypertension artérielle pulmonaire précapillaire. Discussion L’application de l’algorithme DETECT à la cohorte d’un centre de compétence français confirme son efficacité en termes de dépistage de l’hypertension artérielle pulmonaire dans la population suivie pour une sclérodermie systémique car elle permet de retenir la réalisation d’un cathétérisme droit diagnostique chez tous les patients pour lesquels l’indication avait été portée en réunion de concertation pluridisciplinaire. Ces résultats sont confortés par ceux récemment publiés par une équipe tchèque. D’après nos résultats, il semble que l’application de l’algorithme à une population plus restreinte (selon les critères de l’étude DETECT) fasse aussi bien que l’application de l’algorithme à tous les patients sclérodermiques (indifféremment de la DLCO ou de l’ancienneté des symptômes). Il reste maintenant à déterminer quel suivi et quel dépistage proposer aux patients ayant une DLCO de plus de 60 %. Enfin, il restera à déterminer si l’algorithme permettra un dépistage plus précoce de l’hypertension artérielle pulmonaire chez les patients sclérodermiques, et donc d’améliorer à terme la survie. Conclusion Jusqu’en 2016, les patients suivis pour sclérodermie systémique bénéficiaient d’un dépistage de l’hypertension artérielle pulmonaire selon les recommandations internationales. L’application du nouvel algorithme DETECT aux patients sclérodermiques (avec une DLCO de plus de 60 % et les premiers symptômes autres que phénomène de Raynaud de plus de 3 ans) permettrait de limiter le nombre d’ échographies cardiaques transthoraciques (moins 70 % environ) et augmenterait le nombre de cathétérismes cardiaques droits (par un facteur 3 environ). Il permettrait donc un dépistage au moins aussi efficace que celui réalisé jusqu’à présent, avec cependant un coût probablement plus élevé et un caractère plus invasif
ISSN: 0248-8663

hal-01321852
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01321852
DOI : 10.1016/j.revmed.2016.04.300

Éditeur(s) : HAL CCSD Montpellier : CIRAD
Résumé :  
Cette étude s'inscrit dans le cadre du suivi de l'exploitation forestière à faible impact en forêt tropicale humide. L'importance des dégâts liés à l'exploitation forestière conditionne fortement la durabilité de cette activité et un contrôle efficace de la qualité des travaux forestiers s'impose donc au gestionnaire. Dans cette étude, l'imagerie satellitaire aide à suivre la progression des chantiers d'exploitation et à estimer les dégâts, par l'acquisition d'images en cours et en fin d'exploitation des parcelles. L'analyse d'images à haute résolution (10 m) permet de bien identifier les trouées d'abattage et certaines pistes de débusquage. Ainsi, on a une évaluation de l'ouverture de la canopée. Plusieurs parcelles ont été étudiées en Guyane française. Pour chacune d'entre elles, un diagnostic simple a été mis en place pour évaluer l'intensité d'exploitation, relever les pistes créées et les pertes de bois. L'outil satellite permet alors de mieux considérer la qualité de l'exploitation et d'en tirer les conséquences vis-à-vis de l'exploitant. Cette étude a permis de démontrer l'utilité de la télédétection pour identifier les concentrations de dégâts après exploitation forestière. Une validation de l'outil a été menée grâce à une base de données de suivi d'exploitation et par des missions de terrain. Cet outil de contrôle postexploitation peut désormais s'automatiser de façon à le rendre totalement opérationnel pour le gestionnaire forestier.
ISSN: 0006-579X

hal-01032146
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032146

Éditeur(s) : Office Int Epizooties
Résumé : The tremendous development of penaeid shrimp culture across the world over the past twenty years has led to international trade in eggs, larvae and spawners of the best shrimp species for aquaculture. Trade has involved, in particular, the following species: - Penaeus japonicus from Japan to Europe, the Pacific Islands and South America - P. monodon from South-East Asia to almost all tropical countries - P. vannamei and P. stylirostris from countries along the Pacific coast of South and Central America to the United States of America, the islands of the South Pacific, countries along the Atlantic coast of the Americas and certain countries in Africa. In the 1980s, research conducted by American and French teams enabled the breeding of stocks of spawners in captivity. This resulted in the establishment of lines of captive broodstock outside natural areas of distribution, and the development of new breeding farms in previously unproductive regions. Trade related to movements of these species is facilitated by the absence of legislation in most countries; even when such legislation does exist, it is not always applied These practices have led to the rapid development of world shrimp production, but have also contributed to the dissemination of pathogens. In recent years, the occurrence of serious epizootics - occasioning heavy losses world-wide - has led to a more cautious approach involving trade of post-larvae obtained from captive broodstock in which thorough control measures have been implemented for known diseases. Trade in wild shrimp will probably be abandoned progressively, to avoid the risk of introducing new pathogens. The main challenges for research in the near future are the development of diagnostic tools, to enable continuous control of captive broodstock, and the selection of strains which are resistant to the principal pathogens affecting these species.
Revue Scientifique Et Technique-office International Des Epizooties (0253-1933) (Office Int Epizooties), 1996-06 , Vol. 15 , N. 2 , P. 499-515

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00091/20231/17883.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00091/20231/

Résumé : The entire study is divised into three parts : Phase 1 - Collection of data and description of fisheries. Phase 2 - Diagnosis on the exploitation level for the main species. Phase 3 - Fleets analysis and simulation of the exploitation of the fishery. In addition to the description of the fisheries, in the first part, a very cheap method for the study of discards is described for all species and all fleets, the purpose being to use length cohorts analysis according to the JONES'method (1981). Preliminary works on monks, megrim and cuckoo ray are also presented.
Cette étude porte sur les espèces démersales et benthiques principales pêchées en Mer Celtique. Elle est divisée en 3 parties : Phase 1 - Recueil des données et description des pêcheries. Phase 2 - Diagnostic sur le niveau d'exploitation des principales espèces. Phase 3 - Analyse des flottilles et simulation du fonctionnement des pêcheries. En plus de la description des pêcheries on trouvera dans cette première partie une méthode peu coûteuse d'évaluation des rejets rendue indispensable parce que les diagnostics sur les espèces ont été effectués grâce à une analyse sur les tailles selon la méthode de JONES (1981). On y trouvera également des études préliminaires sur les baudroies, la cardine et la raie fleurie.

Droits : 1989 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1989/rapport-1561.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1561/

Éditeur(s) : HAL CCSD Association de Géographes Français
Résumé : International audience
The international symposium on Urban Growth and Natural Hazards, in particular in Developing Countries was held in the Université Blaise-Pascal, Clermont-Ferrand (France) on December 2 and 3, 1994. This meeting brought together about 70 researchers, Ph. D. students, and professionals from France and 12 other countries, representing universities, research agencies, as well as government and private companies. The symposium aimed to gather specialists who are engaged and acting in programmes on hazard appraisal, risk prevention and urban management in the city environment. These people compared experiences acquired in two different fields: on the one hand urban growth and its consequences, and on the other hand, natural hazards and their effects, in particular in developing countries.From the 41 contributions given at the symposium, 4 papers were selected by the editorial board of this Bulletin de l'Association de Géographes Français for this special issue, which includes three chapters corresponding to the three sessions of the symposium: (1) Natural hazards and environmental factors : inventory, diagnostic and classification, (2) Vulnerability of urban society and environment : concepts, approaches, and classification, (3) Tools for urban risk prevention and risk management in case of crisis and catastrophes.
Ce numéro du Bulletin de l'Association de Géographes Français résume les résultats des tables rondes et de 41 contributions de chercheurs français et étrangers au colloque international «Croissance urbaine et risques naturels dans les pays en développement» qui s'est déroulé à l'Université Blaise-Pascal, Clermont-Ferrand, les 2 et 3 décembre 1994. L'objectif général du colloque était de rassembler les diverses compétences existant en France et à l'étranger dans le domaine de l'évaluation et de la gestion des risques naturels et de confronter les expériences acquises à l'interface entre les villes en croissance et le champ d'action des phénomènes naturels créateurs de risques. Le colloque a donc réuni des chercheurs, des doctorants et des praticiens de 12 pays, chargés de prévention, de gestion des risques naturels et de gestion urbaine, principalement dans les grandes villes des pays en développement (P.E.D.).Les contributions ont été regroupées, exposées et discutées lors du colloque sous forme de 3 thèmes : (1) Les phénomènes naturels créateurs de dommages (= menaces) : diagnostic, inventaire et typologie, (2) Les vulnérabilités des sociétés et des espaces urbanisés : concepts, typologie et modes d'analyse, (3) Les outils d'aide à la prévention et à la gestion du risque en milieu urbain. Certaines d'entre elles ont fait l'objet des quatre articles de ce Bulletin de l'Association de Géographes Français.
Colloque international : "Croissance urbaine et risques naturels dans les pays en développement"
Clermont-Ferrand, Université Blaise Pascal, France

ISBN : 0004-5322
hal-01165290
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01165290

Éditeur(s) : INRA
Résumé : According to the world organisation for animal health (OIE) an emerging disease is defined as a recently admitted serious illness, whose aetiology can, or not, have already been established, and which is likely to be propagated within a population or between populations, for example at the time of international exchanges of aquatic animals and/or products of aquatic animals. Even though the emerging diseases that affect human health have been much studied, those which affect marine organisms and species of aquaculture interest in particular are poorly documented. By restricting emergence to only infectious diseases, we aim at presenting in a non-exhaustive way some scenarios of the emergence of the diseases of aquacultured species by illustrating them with three examples available in the scientific literature: one relating to the appearance of a pathogenic agent in a new host with the case of the herpesvirus of the Koï carp, the other with the evolution of a pre-existing pathogenic agent with the case of shrimp vibriosis due to Vibrio nigripulchritudo in New Caledonia, and the last example relating to the introduction of one pathogenic pre-existing pathogen in an unscathed area with the case of Bonamia ostreae infecting the flat oyster Ostrea edulis. The causes of the emergence of diseases are multiple and implicate in an intercurrent way pathogenic agents, the environment, the host or host species and anthropogenic factors. In the marine environment, these causes are very often ignored. In this context, the development of zoosanitary surveillance networks and diagnostic tools present a considerable interest in order to anticipate, prevent and/or intervene on the emergence of the diseases by limiting their sanitary, ecological and political consequences.
Selon l'Office International des Epizooties (OIE) une maladie émergente désigne une maladie grave récemment reconnue, dont la cause peut, ou non, avoir déjà été établie, et qui est susceptible de se propager au sein d'une population ou entre des populations, par exemple à l'occasion d'échanges internationaux d'animaux aquatiques et/ou de produits d'animaux aquatiques. Si les maladies émergentes qui affectent la santé humaine ont été très étudiées, celles qui touchent les organismes marins et les organismes aquacoles d'intérêt économique en particulier sont en revanche peu documentées. C'est en restreignant l'émergence aux seules maladies infectieuses que seront présentés de façon non exhaustive quelques scénarios de l'émergence des maladies chez les organismes d'intérêt aquacole en les illustrant par trois exemples disponibles dans la littérature scientifique : l'un relatif à l'apparition d'un agent pathogène chez un nouvel hôte avec le cas de l'herpesvirus de la carpe Koï, l'autre à l'évolution d'un agent pathogène existant avec le cas de la vibriose à Vibrio nigripulchritudo sévissant dans les élevages de crevettes pénéides de Nouvelle-Calédonie et enfin le dernier lié à l'introduction d'un pathogène préexistant avec le cas de Bonamia ostreae infectant l'huître plate Ostrea edulis. Les causes d'émergence de maladies sont multiples et font intervenir de façon intercurrente l'agent pathogène, l'environnement, l'hôte ou les espèces hôtes et des facteurs anthropiques. Dans le milieu marin, ces causes sont bien souvent méconnues. Dans ce contexte le développement des réseaux de surveillance et des techniques de diagnostic revêtent un intérêt considérable afin d'anticiper, de prévenir et/ou d'intervenir sur l'émergence des maladies en limitant leur conséquences sanitaires, écologiques et politiques.
INRA Productions Animales (INRA), 2007-07 , Vol. 20 , N. 3 , P. 207-212

Droits : INRA
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-2980.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2980/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
The platinum-group element (PGE) systematics of continental mantle peridotites show large variability, reflecting petrogenetic processing of the upper mantle during partial melting and melt/fluid percolation inside the lithosphere. By removing Pd-Cu-Ni rich sulfides, partial melting events that have stabilized the sub-continental mantle lithosphere fractionated PPGEs (Palladium-group PGE; Pt, Pd) relative to IPGEs (Iridium-group PGE; Os, Ir, Ru, Rh). Residual base-metal sulfides (BMS) survive as enclosed IPGE-enriched Monosulfide Solid Solutions (Mss), which otherwise decompose into Ru-Os-Ir-rich refractory platinum-group minerals (PGMs) once the partial melts become S-undersaturated. The small-scale heterogeneous distribution of these microphases may cause extreme nugget effects, as seen in the huge variations in absolute PGE concentrations documented in cratonic peridotites. Magmas fluxing through the lithospheric mantle may change the initial PGE budgets inherited from the melting events, resulting in the great diversity of PGE systematics seen in peridotites from the sub-continental lithosphere. For instance, melt-rock reactions at increasing melt/rock ratios operate as open-system melting processes removing residual BMS/PGMs. Highly percolated peridotites are characterized by extreme PGE depletion, coupled with PGE patterns and Os-isotope compositions that gradually evolve toward that of the percolating melt. Reactions at decreasing melt-rock ratios (usually referred to as "mantle metasomatism") precipitate PPGE-enriched BMS that yield suprachondritic Pd/Ir and occasionally affect Pt/Ir and Rh/Ir ratios as well. Moreover, volatile-rich, small volume melts fractionate Os relative to Ir and S relative to Se, thereby producing rocks with supra-chondritic Os/Ir and S/Se coupled with supra-chondritic Pd/Ir and Pt/Ir. Major magmatic inputs at the lithosphere-asthenosphere boundary may rejuvenate the PGE systematics of the depleted mantle. Integrated studies of "refertilized" peridotites with worldwide provenance provide evidence for mixing between old PGM-rich harzburgitic protoliths and newly-precipitated BMS. Long-lived PGMs carry the Os-isotope compositions of ancient melt‐depletion events into seemingly undepleted fertile lherzolites. Another diagnostic feature of major refertilization processes is the increasing modal abundance of Pt-Pd-Te-Bi or Pt-As-S microphases. Due to regional-scale refertilization processes, sizeable (> 100 km) domains of the upper lithospheric mantle are now significantly enriched in Pd, Au, Cu, Se, and other incompatible chalcophile elements that are of considerable importance in PGE-ore forming events.
ISSN: 0024-4937

hal-00828626
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00828626
DOI : 10.1016/j.lithos.2012.08.017

Éditeur(s) : Inter-Research
Résumé : The marine environment is of special interest for studying hybridization between closely related taxa because of the high dispersal potential of planktonic larvae, such as those of most bivalve species. The oysters Crassostrea angulata and C. gigas are known to be very close genetically and entirely inter-fertile under controlled conditions. However, hybridization in the wild had not been investigated, mainly due to the lack of nuclear diagnostic markers. In the present paper, we first estimated genetic differentiation between these 2 closely related taxa using 8 microsatellite markers. Interestingly, 5 markers displayed significant differences of allele size between taxa. The subsequent sequencing of alleles of one of these microsatellites showed several mutational events, which suggested null alleles and homoplasy. The presence of 1 insertion/deletion event in its 5' flanking sequence enabled us to design a new bi-allelic ('C' and 'NC') nuclear PCR-restriction fragment length polymorphism (-RFLP) marker (CG44R). This, together with a mitochondrial DNA marker, was used to analyze populations of C. angulata and C. gigas. The CG44R allele frequencies were very different between C. angulata (f[C] = 0.91) and C. gigas (f[NC] = 0.92) populations. This analysis also provided evidence for hybridization between C. angulata and C. gigas in a wild Portuguese population where the 2 taxa are in contact due to recent transportation of C. gigas stocks for aquacultural production. Our results represent the first indication of hybridization between these 2 taxa in the natural environment, and contribute to knowledge of the evolutionary history of the Crassostrea genus.
Marine Ecology Progress Series (0171-8630) (Inter-Research), 2004 , Vol. 272 , P. 141-152

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/publication-3355.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3355/

Éditeur(s) : Université des Antilles Études caribéennes
Résumé : L’incendie de forêt reste incontestablement un des facteurs de dégradation les plus dévastateurs dans le bassin méditerranéen, lequel est caractérisé par une végétation très inflammable et des conditions climatiques chaudes et sèches. Le Maroc, pays du pourtour méditerranéen, n’est pas épargné par ce fléau, avec 3000 ha de forêts qui partent annuellement en fumée ; cette situation est aggravée par les difficultés de régénération et de restauration des espaces, marqués par une vulnérabilité naturelle telle que celle de la Mâamora. Pour répondre à cela, la conception d’un plan d’aménagement anti-feux visant à conférer à la forêt de la Mâamora une immunité élevée contre les incendies, nécessite non seulement une connaissance approfondie du milieu, mais aussi une analyse appropriée du phénomène « incendie ». La présente étude qui se penche sur le diagnostic et l’analyse des incendies survenus en Mâamora, a permis de constater que les zones d’interface homme-forêt (routes, douars, etc.) n’ont pas d’influence sur l’occurrence des incendies. Il ressort également que l’activité pastorale, pratiquée d’une certaine façon, pourrait jouer un rôle important dans la diminution des risques d’incendie. En outre l’étude révèle que la charge du combustible représente le facteur prépondérant qui régit à la fois l’éclosion des incendies et leur propagation, cette charge étant étroitement liée à la qualité de la station (sol et pluviométrie).
Forest fires are the main disturbance and the degradation factor most devastating that can affect forested areas, especially in the Mediterranean basin when species are highly flammable and climate conditions are marginal. Morocco as a Mediterranean country is not spared from this phenomenon, thus 3000 ha of forest are burned every year, and this situation is aggravated by the low rate of regeneration and restoration of the unbalanced ecosystems such as the Mâamora. To mitigate this situation, the establishment of an effective management plan for forest fire prevention requires not only an intimate knowledge of environment but also a perfect analysis of fire phenomenon. Therefore in this study, we focused our diagnosis on the analysis of old fires occurred in the past in Mâamora forest. The study highlighted that human-forest interface areas (roads, villages) have no influence on fires occurrence. Besides it was shown that grazing practiced in a well-balanced way, could play a key role in reducing fire hazards. In addition the study reveals that fuel load of is the major factor that governs both fire ignition and fire spread of, this load is closely related to site quality (soil and rainfall)
Maroc

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
urn:doi:10.4000/etudescaribeennes.10978
http://journals.openedition.org/etudescaribeennes/10978

Éditeur(s) : Museum National d'Histoire Naturelle
Résumé : The study is based on available data of previous descriptive works dealing with the diagnostic characters of genus Thunnus seven species ; multivariable technics analysis are used for classification and ordination in order to examine the validity of specific groups usually admitted by classical technics of taxonomy analysis. Respective values of visceral, squelettic and meristic characters are reviewed. Building of a cladogram (by cladistic analysis) based on the coding of 12 characters with evolutive processes meaning leads to submit some hypothesis on phylogenetic relationships between species and group of species recognized progress of the present study. [NOT CONTROLLED OCR]
Cette étude repose exclusivement sur les données descriptives disponibles dans la littérature portant sur les caractères de diagnose spécifique des sept espèces du genre Thunnus ; elle utilise les techniques d'analyse multivariable dévelopées pour la classification (hièrarchie) et l'ordination (analyse des correspondances) afin d'examiner la validité des groupements spécifiques fréquemment reconnus à l'aide des techniques d'analyse taxinomique classiques. La valeur respective des caractères viscéraux, squelettiques et méristiques est reconnue. L'élaboration d'un cladogramme (analyse cladistique) sur la base d'un codage de 12 caractères à valeur évolutive, permet d'émettre quelques hypothèses sur les relations phylogénétiques entre les espèces et groupes d'espèces définies au cours de la présente étude. [OCR NON CONTRÔLE]
Bulletin du Museum National d'Histoire Naturelle (Museum National d'Histoire Naturelle), 1975 , Vol. 3 , N. 339 , P. 1349-1368

Droits : Museum National d'Histoire Naturelle
http://archimer.ifremer.fr/doc/1975/publication-5474.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5474/

Résumé : Ce rapport a pour objectif de présenter les activités de l'année 2009 du département "Sciences et Technologies Halieutiques" (STH). Le département STH est structuré en deux laboratoires et une unité : • le laboratoire de Technologie Halieutique (LTH), bi-localisé (Lorient et Brest) dont les recherches portent sur les techniques de pêche, l’acoustique sous-marine et la simulation numérique d’engins de pêche. • le laboratoire de Biologie Halieutique (LBH), bi-localisé (Lorient et Brest) dont les recherches visent à développer des indicateurs sur les pêcheries, à établir des diagnostics sur les ressources halieutiques et les écosystèmes, et à proposer des scénarios d’aménagement des pêcheries. • l'unité station de Lorient (STA-LO). Le laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques (LASAA) à Brest a été dissous en mai 2009.

Droits : Ifremer/STH
http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12453/9260.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12453/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Viral haemorragic fevers are characterized by similar clinical manifestations, with a biphasic course : After a 2-21 day-incubation, onset of an influenza-like illness, that will drive to an haemorragic syndrom with shock, in a subgroup of patients, unpredictable. Human-to-human transmission mostly occurs through contact with biological fluids, especially if contaminated with blood. The biology, the epidemiology and the letality of these viruses differ. For all these viral haemorragic fevers, the importance of an early diagnosis relies mostly in the need to interrupt human-to-human transmission, as therapeutic options are mostly restricted to symptomatic treatment, with the exception of Lassa fever (ribavirin probably effective).
Les fièvres hémorragiques virales regroupent plusieurs viroses, potentiellement graves, avec un tableau clinique relativement stéréotypé, d’évolution biphasique. Après une incubation de 2 à 21 jours, apparition d’un syndrome pseudo-grippal qui évolue au bout de quelques jours, de manière imprévisible, chez une proportion variable de patients, vers un syndrome hémorragique avec choc. La transmission interhumaine s’effectue le plus souvent par contacts avec des liquides biologiques, surtout en présence de sang. La biologie de ces virus, leur épidémiologie et leur létalité sont très variables. Pour toutes ces fièvres hémorragiques virales, l’importance d’un diagnostic rapide réside plus dans la nécessité d’interrompre les chaînes de transmission que dans les possibilités thérapeutiques, limitées aux traitements symptomatiques, à l’exception notable de la fièvre de Lassa (efficacité probable de la ribavirine).
ISSN: 1773-035X

hal-01299296
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01299296
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01299296/document
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01299296/file/Fi%C3%A8vres%20h%C3%A9morragiques%20virales_accepted.pdf
DOI : 10.1016/S1773-035X(16)30091-0

Éditeur(s) : HAL CCSD American Society for Biochemistry and Molecular Biology
Résumé : International audience
Background: We used evolutionary analysis of alkaline phosphatase (tissue nonspecific alkaline phosphatase, TNSALP) to predict missense mutations leading to hypophosphatasia. Results: We found 469 sensitive positions and validated 99% of the 204 known mutations. Conclusion: It is a more powerful method than in silico models to validate missense mutations in TNSALP. Significance: Such an approach should be widely used to support genetic diagnostics. ALPL encodes the tissue nonspecific alkaline phosphatase (TNSALP), which removes phosphate groups from various substrates. Its function is essential for bone and tooth mineralization. In humans, ALPL mutations lead to hypophosphatasia, a genetic disorder characterized by defective bone and/or tooth mineralization. To date, 275 ALPL mutations have been reported to cause hypophosphatasia, of which 204 were simple missense mutations. Molecular evolutionary analysis has proved to be an efficient method to highlight residues important for the protein function and to predict or validate sensitive positions for genetic disease. Here we analyzed 58 mammalian TNSALP to identify amino acids unchanged, or only substituted by residues sharing similar properties, through 220 millions years of mammalian evolution. We found 469 sensitive positions of the 524 residues of human TNSALP, which indicates a highly constrained protein. Any substitution occurring at one of these positions is predicted to lead to hypophosphatasia. We tested the 204 missense mutations resulting in hypophosphatasia against our predictive chart, and validated 99% of them. Most sensitive positions were located in functionally important regions of TNSALP (active site, homodimeric interface, crown domain, calcium site, ...). However, some important positions are located in regions, the structure and/or biological function of which are still unknown. Our chart of sensitive positions in human TNSALP (i) enables to validate or invalidate at low cost any ALPL mutation, which would be suspected to be responsible for hypophosphatasia, by contrast with time consuming and expensive functional tests, and (ii) displays higher predictive power than in silico models of prediction.
ISSN: 0021-9258

hal-01545479
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01545479
DOI : 10.1074/jbc.M114.576843

Éditeur(s) : ICES 2008 Annual Science Conference, 22-26 september 2008, HALIFAX, CANADA
Résumé : Since 2000, Ifremer has been implemented a Fisheries Information System (FIS), in strong collaboration with the DPMA (Direction of fisheries and aquaculture of the French Ministry of Agriculture and Fisheries). The FIS aims at building an operational and multidisciplinary monitoring network for scientific purposes, allowing a comprehensive view of fishery systems including their biological, technical, environmental and economical components. The objectives of the FIS are (i) to provide the specifications and methodologies for the collection, storage and processing of fisheries data, with the constant concern to harmonise all these procedures on a national scale, (ii) to improve data management system and access to data for a wide-spread public, and (iii) to produce and distribute relevant datasets, indicators and synthesis, for understanding and evaluation, including bio-economic diagnostics of the fisheries, and assessment of the short and long-term impacts of fisheries management scenario and measures. The FIS covers all the French fisheries, including overseas territories and small-scale fisheries, for which data are often hardly available or missing, whereas two thirds of the French vessels are less than 12 meters long. The challenge was to establish a statistical and an integrated approach supporting bio-ecological and economic issues. To further an integrated analysis of the fishery systems, the wide range kinds of data - including acoustic surveys, biological in-situ observations, environmental observations, as well as fishing statistics (landings and efforts) or economic data - are managed in a single data management system, based on an integrated relational data base with geographical facilities.

Droits : 2008 ICES
http://archimer.ifremer.fr/doc/00059/17002/14504.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00059/17002/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag
Résumé : International audience
PURPOSE: Multiple myeloma, a hematological malignancy generally affecting elderly people, was diagnosed at the beginning of the pregnancy of a 33-year-old woman. We carried out a literature review in order to evaluate the consequences of this cancer on pregnancy and of pregnancy on multiple myeloma, as to determine the specific follow-up required. METHODS: A systematic search for articles of interest published between 1949 and 16 November 2010 was performed in MEDLINE, SCOPUS and EMBASE, using the words "multiple myeloma" and "pregnancy". We identified 398 publications of potential interest, 20 of which were selected and included in the analysis. RESULTS: The selected articles included 26 cases. No specific risk factors were identified in pregnant women. The most common presentations were bone pain and/or anemia, as in the general population. Pregnancy seemed to have no effect on multiple myeloma progression. Most pregnancies went to term, with only two medical terminations and six cesareans performed before term, due to the severity of the cancer. No effect of the cancer or its treatment by chemotherapy during pregnancy was found in the children. CONCLUSION: Pregnancy does not seem to be contraindicated in women with multiple myeloma. Nevertheless, the management of pregnant patients with multiple myeloma is a diagnostic, therapeutic and social challenge, requiring a multidisciplinary approach and regular follow-up. Decisions should be taken based on the severity of the disease, its prognosis and maternal choice.
ISSN: 0932-0067

hal-00682571
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00682571
DOI : 10.1007/s00404-011-1985-8
PUBMED : 21786002

Éditeur(s) : Royal Soc
Résumé : Since its description from the Galapagos Rift in the mid-1980s, Archinome rosacea has been recorded at hydrothermal vents in the Pacific, Atlantic and Indian Oceans. Only recently was a second species described from the Pacific Antarctic Ridge. We inferred the identities and evolutionary relationships of Archinome representatives sampled from across the hydrothermal vent range of the genus, which is now extended to cold methane seeps. Species delimitation using mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) recovered up to six lineages, whereas concatenated datasets (COI, 16S, 28S and ITS1) supported only four or five of these as clades. Morphological approaches alone were inconclusive to verify the identities of species owing to the lack of discrete diagnostic characters. We recognize five Archinome species, with three that are new to science. The new species, designated based on molecular evidence alone, include: Archinome levinae n. sp., which occurs at both vents and seeps in the east Pacific, Archinome tethyana n. sp., which inhabits Atlantic vents and Archinome jasoni n. sp., also present in the Atlantic, and whose distribution extends to the Indian and southwest Pacific Oceans. Biogeographic connections between vents and seeps are highlighted, as are potential evolutionary links among populations from vent fields located in the east Pacific and Atlantic Oceans, and Atlantic and Indian Oceans; the latter presented for the first time.
Proceedings Of The Royal Society B-biological Sciences (0962-8452) (Royal Soc), 2013-11 , Vol. 280 , N. 1770 , P. 1-9

Droits : 2013 The Author(s) Published by the Royal Society. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00157/26814/24961.pdf
DOI:10.1098/rspb.2013.1876
http://archimer.ifremer.fr/doc/00157/26814/

Éditeur(s) : Springer
Résumé : Two recurring syndromes threaten the viability of the shrimp industry in New Caledonia, which represents the second largest export business. The "Syndrome 93" is a cold season disease due to Vibrio penaeicida affecting all shrimp farms, while the "Summer Syndrome" is a geographically restricted vibriosis caused by a virulent lineage of Vibrio nigripulchritudo. Microbiological procedures for diagnosis of these diseases are time-consuming and do not have the ability to discriminate the range of virulence potentials of V. nigripulchritudo. In this study, we developed a multiplex PCR method to simultaneously detect these two bacterial species and allow for pathotype discrimination. The detection limits of this assay, that includes an internal amplification control to eliminate any false-negative results, were determined at 10 pg purified DNA and 200 cfu/ml. After confirming the effectiveness of our method using experimentally infected animals, its accuracy was compared to standard biochemical methods during a field survey using 94 samples collected over 3 years from shrimp farms encountering mortality events. The multiplex PCR showed very high specificity for the detection of V. penaeicida and V. nigripulchritudo (inclusivity and exclusivity 100%) and allowed us to detect the spreading of highly pathogenic isolates of V. nigripulchritudo to a farm adjoining the "Summer Syndrome area." This assay represents a simple, rapid, and cost-effective diagnostic tool for implementing timely risk management decisions but also understanding the seasonal and geographical distribution of these pathogens.
Microbial Ecology (0095-3628) (Springer), 2012-01 , Vol. 63 , N. 1 , P. 127-138

Droits : Springer Science+Business Media, LLC 2011
http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17398/15169.pdf
DOI:10.1007/s00248-011-9951-3
http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17398/

Éditeur(s) : HAL CCSD WB Saunders
Résumé : International audience
: The apicomplexan parasite Toxoplasma gondii was discovered a little over one hundred years ago and was soon recognized as a pathogen responsible for congenital infection. But detailed understanding of its epidemiology emerged only after 1970 with the discovery of its life cycle. In the last ten years, high resolution molecular tools have allowed the characterization of various strain types with different virulence patterns, and current studies are exploring the distribution of these different genotypes. In parallel, sophisticated diagnostic tools have been developed and awareness of disease burden has led some European countries with high prevalence rates to implement screening of pregnant women. In this article, the screening options and therapies used to prevent congenital toxoplasmosis are dissected in the light of recent data from cohort studies and other epidemiological data.
ISSN: 0163-4453

hal-00875492
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00875492
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00875492/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00875492/file/Robert-Gangneux_-_It_is_not_only_the_cat_that_did_it_-_how_to_prevent_and_treat_congenital_toxoplasmosis_HAL.d.pdf
DOI : 10.1016/j.jinf.2013.09.023

Éditeur(s) : HAL CCSD Saint-Maurice (Val de Marne) : Institut de veille sanitaire
Résumé : National audience
Introduction – Le nombre d’accès palustres diminue globalement en Guyane, alors que les orpailleurs travaillantsur les sites illégaux semblent particulièrement touchés par cette pathologie. Les objectifs de cette étudeétaient de déterminer la prévalence du paludisme dans cette population, les comportements associés ainsi quele niveau de résistance des parasites vis-à-vis des dérivés de l’artémisinine.Matériel et méthodes – Les inclusions ont eu lieu sur les sites de repli fréquentés par les orpailleurs le long dufleuve Maroni. Ont été effectués : un test de diagnostic rapide du paludisme, un questionnaire, un prélèvementsanguin pour PCR et un génotypage du gène pfK13 pour les PCR positives à Plasmodium falciparum.Résultats – De janvier à juin 2015, 421 orpailleurs ont été inclus, majoritairement des hommes (70,6%) brésiliens(93,8%). La prévalence du portage de plasmodies déterminée par PCR était en moyenne de 22,3%(IC95%: [18,3-26,3]), à 84% asymptomatiques. Les espèces identifiées étaient principalement P. falciparum(47,9%) puis P. vivax (37,2%), plus 10,6% de co-infections. Lors du dernier accès palustre, 52,4% des orpailleursavaient eu recours à l’automédication, majoritairement avec des dérivés de l’artémisinine (93,8%) avecune mauvaise observance (37,8%). L’analyse du gène pfK13 n’a pas mis en évidence de mutations associéesà la résistance à P. falciparumDiscussion – La prévalence élevée de porteurs asymptomatiques de plasmodies constitue un réservoir importantde transmission dans la région. L’utilisation massive de dérivés de l’artémisinine associée à une mauvaise observancedes traitements sont des facteurs de risque d’émergence de résistance imposant des mesures rapides
ISSN: 0245-7466

inserm-01491193
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01491193
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01491193/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01491193/file/2017%2C%20Douine%20-%20Paludisme%20et%20orpaillage%20ill%C3%A9gal%20en%20Guyane.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Lippincott, Williams & Wilkins
Résumé : International audience
Purpose of review Toxoplasmosis in immunocompromised patients is associated with a high mortality rate. Molecular techniques are important tools to diagnose acute disease in immunocompromised patients, but there are various methods with variable efficiency. Some of them have been validated for the diagnosis of congenital toxoplasmosis, but the impact of their use has not been evaluated in immunocompromised patients. Recent findings Toxoplasmosis is of increasing importance in non-HIV immunocompromised patients. In addition, the picture of disease shows greater severity in South America, both in immunocompetent study participants and in congenitally infected infants. These epidemiological differences could influence the sensitivity of diagnostic methods. This review analyzes recent data on molecular diagnosis and compares them with older ones, in light of progress gained in molecular techniques and of recent epidemiological findings. Most recent studies were conducted in South America and used PCR targeting the B1 gene. PCR on blood could allow diagnosing a significant proportion of patients with ocular toxoplasmosis in Brazil. Summary Quantitative PCR methods with specific probes should be used to improve sensitivity and warrant specificity. Performance of quantitative PCR targeting the repeated 529 bp sequence for the diagnosis of toxoplasmosis in immunocompromised patients needs evaluation in field studies in South America and in western countries.
ISSN: 0951-7375

hal-01390970
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01390970
DOI : 10.1097/QCO.0000000000000275
PUBMED : 27191201