Résumé : Le statut de département français fait de l’île de la Martinique une des régions ultra périphériques (RUP) de l’Union européenne. L’activité des navires de pêche qui exploitent sa ZEE s’inscrit dans le cadre de la politique commune des pêches de l’Union européenne, et la gestion des ressources partagées avec d’autres pays s’exerce dans le cadre des organisations internationales de pêche afférentes. Avec 1098 navires de pêche dont 1074 de moins de 10 mètres, la flotte de la Martinique représentait en 2009 16% de la flotte française. L’absence de données halieutiques depuis les évaluations de Gobert en 1989 a été identifiée à de nombreuses reprises comme un élément critique pour le suivi de l’évolution des activités de pêche et des ressources exploitées, ainsi que pour la définition de politiques de gestion durable de ce secteur économique. L’objectif de cette étude pilote était de tester la mise en place d’un système d’informations relatif aux activités de pêche maritime en Martinique, et d’étudier les conditions scientifiques et techniques d’une pérennisation d’un tel dispositif. Ce projet mené sur la période 2008-2010 avait pour objectif d’une part de consolider les connaissances en termes d’effort de pêche, de captures et de suivi socio-économique des différentes composantes de la pêche martiniquaise, et d’autre part de réaliser des synthèses sous forme d’indicateurs à destination des partenaires du projet (Direction des pêches maritimes et de l’aquaculture, Conseil régional de Martinique, Comité régional des pêches maritimes et des élevages marins de Martinique). Ce travail a été mené considérant le contexte particulier de la pêche martiniquaise qui cumule les difficultés inhérentes à une pêcherie artisanale en milieu tropical : utilisation de nombreux engins, exploitation à partir d’une centaine de ports/abris une ressource très diversifiée, débarquement de faibles quantités de produits à toutes heures de la journée, faible disponibilité des patrons, très polyvalents dans leur activité en mer comme à terre, pour remplir des documents statistiques. Le projet a permis de tester différentes méthodes d’enquêtes dans les ports et de sondages téléphoniques utilisables dans ce contexte. La confrontation de ces méthodes et de leurs résultats a permis de mettre en évidence certains biais associés à la difficulté de respecter les règles du tirage statistique des unités d’échantillonnage. Il est ainsi apparu que les enquêtes sur les points de débarquement pouvaient surévaluer l’effort de pêche et les débarquements. En effet, ces enquêtes méconnaissent les navires inactifs parqués hors des ports. De plus, les retours de pêche avec des prises faibles ou nulles échappent en partie aux observateurs en raison de la brièveté du séjour du patron dans le port au terme de sa marée. Des sondages téléphoniques couvrant une période de sept jours ont été menés, afin de prendre en compte le cycle hebdomadaire d’organisation de la pêche et de la commercialisation du poisson. Ces sondages permettent de s’affranchir des contraintes spatiales (éloignement et mauvaise accessibilité de certains lieux de débarquement) et temporelles (fin de semaine, jours fériés, débarquements de nuit), dans la mesure où ils peuvent être établis sur la base d’un registre complet des patrons-armateurs. Au cours de l’étude pilote, le plan d’échantillonnage a pu être suivi à 70 % (navires tirés au hasard figurant dans le plan). Dans 27 % des cas, l’observateur a du substituer l’unité d’échantillonnage, selon les règles imposées par le plan. En outre 2 % des sondages prévus au plan n’ont pas pu être réalisés en raison d’un refus. L’inconvénient majeur attribué à la méthode des sondages téléphoniques est l’impossibilité de vérifier les déclarations de personnes interviewées. Une comparaison entre ces déclarations et des pesées effectuées par les observateurs sur les points de débarquement a permis de décrire les divergences entre les deux modes de collecte des données. Cette analyse a également montré que si la collecte des données au débarquement offre la garantie d’une observation directe, elle peut également manquer une partie du produit de la pêche : langoustes déposées en vivier en pleine eau avant l’entrée dans le port, poisson non débarqué pour satisfaire la commande d’un client, lots de poissons remis aux haleurs de sennes de plage, débarquement sur un premier point avant le site enquêté, etc. Il est apparu qu’une collecte de données fiables ne peut se faire sans une bonne information des professionnels et leur participation volontaire à l’établissement des statistiques. La collecte des données dans un cadre qui garantit l’anonymat du pêcheur est également une condition inhérente à la réussite d’un observatoire. Par ailleurs, bon nombre d’informations portant par exemple sur l’activité en mer (dimension des engins, temps de pose, zone de pêche, etc.) invérifiables sur le lieu de débarquement peuvent être recueillies dans des conditions analogues par téléphone. Pendant la réalisation du projet pilote, 90,4 % des pêcheurs contactés par téléphone ont répondu sans réticence aux observateurs. Ceux qui ont refusé de répondre ou qui n’ont jamais décroché le téléphone (erreur de numéro ou refus) représentent 3 % des patrons-armateurs des navires figurant au fichier flotte national. Les pêcheurs qui n’ont pas régulièrement répondu aux observateurs représentent 6,6 % des effectifs. Pour valider les données collectées par enquêtes téléphoniques, leurs résultats ont été comparés par différentes méthodes à ceux des enquêtes au débarquement en vue d’identifier et de quantifier des biais éventuels. Aucune surévaluation ou sous-évaluation systématique par les enquêtes téléphoniques n’a été décelée au cours de ces travaux, certaines valeurs pouvant être plus élevées et d’autres moins. Les écarts non formellement expliqués ont été considérés comme une sous-évaluation par les enquêtes téléphoniques. Ceux-ci s’élèveraient à 20 % pour l’estimation du nombre de sorties et à 30 % pour celle des prises par sortie. Malgré la prise en compte de ces écarts, les estimations faites en 2009 et 2010 indiquent une régression des débarquements et de l’effort de pêche depuis l’évaluation réalisée en 1987 par le Pôle de recherche océanographique et halieutique Caraïbes. Un second niveau de validation a consisté à vérifier cette décroissance de la pêche en confrontant les informations obtenues par la présente étude pilote à des données d’origines différentes : étude des comportements alimentaires par l’Institut de veille sanitaire, étude de la consommation des ménages par l’INSEE, évolution des données d’importation des Douanes, données de vente de matériel de pêche par la coopérative d’avitaillement des pêcheurs de la Martinique (COOPEMAR). Toutes ces données font ressortir une baisse de la consommation de poisson par habitant depuis la fin des années 1980 et une augmentation des importations de produits de la mer. La pêche martiniquaise n’étant pas exportatrice, ces données donnent également un signal de diminution de la pêche martiniquaise au cours des 25 dernières années. Les données collectées à l’occasion de cette étude pilote suggèrent que la régression de la pêche martiniquaise au cours des dernières décennies serait le résultat de deux causes majeures : - la surpêche des ressources de fond sur le plateau insulaire. Ces ressources subissent une forte pression de pêche, entre autres de la part des pêcheurs les plus âgés qui n’ont plus les capacités physiques de pratiquer une activité loin des côtes. Un quart des patrons-armateurs ont aujourd’hui l’âge de la retraite et relèvent près de la moitié des nasses mouillées sur le plateau insulaire. Ces pêcheurs à l’activité peu flexible sont contraints de la poursuivre en raison de la faiblesse de leur pension de retraite. Une réduction de la pression de pêche sur le plateau insulaire par le départ effectif de ces pêcheurs favoriserait certainement, après quelques années, un retour à la situation décrite il y a 25 ans, qui permettait un débarquement annuel d’espèces issues du plateau insulaire d’environ 1 000 tonnes de plus que la production actuelle. - la concurrence des importations, en particulier des produits congelés, est certainement en partie la cause de la régression de la pêche des pélagiques hauturiers, malgré le développement des dispositifs de concentration de poissons (DCP) qui sont à l’origine d’environ 30 % des débarquements de la pêche de l’île. Face aux importations, la commercialisation de la pêche locale est encore peu structurée avec plus de 49 sites de vente répartis sur le territoire, généralement peu achalandés en raison des faibles prises irrégulières des pêcheurs artisans. Les espaces de vente sont encore peu équipés et rarement aux normes. C’est ainsi que plus de quarante pour cent des tables de vente sont en bois. Plusieurs options sont actuellement examinées pour améliorer la fiabilité et la précision des données collectées par le SIH sans augmenter leurs coûts de collecte. Le traitement des données collectées sur quelques années permettra d’affiner les critères de stratification de la population afin d’améliorer la précision des données. Compte tenu de l’éparpillement des points de débarquement et de la faible fréquence de sortie des navires de pêche, une optimisation du travail de terrain des observateurs doit être faite. L’objectif de ces enquêtes de terrain doit être de : - servir de témoin pour la validation des enquêtes téléphoniques. Pour cela, il faudra rechercher les sousensembles communs aux enquêtes téléphoniques et aux observations sur le terrain afin qu’ils soient comparables ; - disposer d’une composition spécifique et en taille des débarquements qui soit si possible représentative de l’ensemble des débarquements ou au moins d’une part significative qui pourrait servir d’indicateur de l’évolution de la pêche et des ressources exploitées. Afin d’optimiser les déplacements des observateurs sur le terrain, les données des enquêtes téléphoniques peuvent être utilisées pour identifier par semestre les 50 à 100 sites et tranches horaires de cinq heures au sein desquels les fréquences de retours de pêche sont les plus élevées. L’étude pilote a montré que, par ce procédé, le nombre de retours échantillonnés s’élève en moyenne à 3,5. Les échantillonnages biologiques des débarquements permettant de décrire leur composition spécifique et en taille sont réalisés par photographie lorsque l’engin utilisé capture un grand nombre d’espèces différentes (nasses, filets de fond, senne de plage...). Par ce procédé, il est possible de réduire la durée des échantillonnages de près de trois quarts du temps nécessaire aux mensurations directes, et ainsi de moins gêner le débarquement et la vente du poisson. Ce procédé permet également d’avoir une traçabilité des échantillonnages; il offre notamment la possibilité de revenir sur les identifications en cas de doute. Cette méthode, aujourd’hui bien rodée, devrait permettre d’améliorer la qualité des travaux sur la biodiversité de la faune marine.

Droits : 2013 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00156/26762/24850.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00156/26762/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :  Diffusion du document : INRA Antilles-Guyane, UMR ECOFOG, F97387 Kourou, Guyane (France)Diplôme : Master Recherche
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
Origin and maintenance of species diversity is one of the main questions in evolutive biology. Species complexes, ie sister species still exchanging genes, are common in tropical forests and contribute to this diversity. This poster describes the organization of the genetic diversity in two closely related tree species, Carapa guianensis and C. procera, which are in sympatry in French Guiana. By using a clustering method based on nuclear markers (Pritchard et al. 2000), 506 trees sampled in French Guiana have been assigned to a species. Interestingly, many individuals harbored intermediate genome and we assigned to an hybrid group. The geographic distribution of these individuals revealed the presence of a contact zone between the two carapa species in the Eastern part of French Guiana. We then analysed genetic diversity at cholroplast genome and revealed a symmetrical gene flow between the two sister species. In addition, hybridization between hybrids and parental species ar likely possible but still need validations thanks to control crosses. Within species, we finally revealed the presence of a departure from the neutral equilibrium in thedirection of a population expansion likely related to Holocene perturbations. This expansion may have contributed to the hybrid zone formation in French Guiana.
L'origine et le maintien de la diversité spécifique des forêts tropicales humides est une question clé en biologie évolutive. Ce travail contribue à améliorer la compréhension de ces mécanismes à travers l'étude de la distribution de la diversité génétique de deux espèces sœurs interfertiles, le Carapa procera et C. guianensis en Guyane. L'assignation botanique des arbres échantillonnés (506) a été effectuée en adoptant une approche moléculaire qui repose sur l'analyse de la répartition des fréquences alléliques de six microsatellites nucléaires (Pritchard et al. 2000). Chaque locus présente des allèles dont les différences de fréquences entre espèces sont importantes, permettant ainsi d'envisager des outils simples de reconnaissances pour ces espèces difficilement identifiables sur la seule base de leurs caractères phénotypiques. Une zone de contact des deux espèces où les phénomènes d'hybridations sont fréquents a par ailleurs été localisée. En associant une analyse de la diversité au niveau du génome chloroplastique sur un sous ensemble d'individus (244), j'ai pu montrer que l'introgression est bidirectionnelle et que les backcross sont possibles. Les flux de gènes entre les deux espèces sont fréquents, et à l'intérieur des espèces, les populations sont peu structurées bien que la différenciation soit significative entre les sites les plus éloignés. Enfin, ce travail met en évidence que les populations de chacune des deux espèces présentent un signal d'expansion de population, avec un signal plus fort pour le C. procera, qui laisse présager une expansion récente, vraisemblablement à l'origine de la zone de contact. L'impact des évènements climatiques et/ou des activités amérindiennes des 10 000 dernières années pourrait expliquer la restriction puis l'expansion de ce genre post pionnier.
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hal-01189488
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PRODINRA : 42333

Éditeur(s) : EUTIC : le réseau international et interdisciplinaire pour les Enjeux et Usages des Technologies de l'Information et de la Communication
Extrait de : "Les écosystèmes numériques et la démocratisation informationnelle" : colloque, les 3 et 4 novembre 2015. Université des Antilles
Description : Le smartphone serait-il addictif chez les jeunes? La question est posée et concerne de nombreux milieux dans lesquels vit le jeune, mais la notion d'addiction est sujette à controverses en ce qui le concerne. Examinant dans un premier temps sur le plan conceptuel cette forme de dépendance, nous tentons ensuite de répondre à différentes questions qui en découlent par une enquête multimodale : 4 focus group, suivi de l'usage quotidien de leur smartphone chez 50 jeunes pendant deux semaines, enquête quantitative sur un échantillon de 1500 jeunes. Les premiers résultats sont présentés.
Siècle(s) traité(s) : 21
Droits : CC-BY-NC-ND - Attribution - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification
Permalien : http://www.manioc.org/fichiers/V15406
V15406

Éditeur(s) : University of Miami
Résumé : Insular fisheries statistics are often insufficient to allow a good management of halieutics resources. The reasons of this insufficiency, in large part, is due to inadequate methods for recording catch data and analyzing fishing effort. This presentation proposes the use of a software pro gram (<< S.P.1. ») which helps to elaborate statistics from sampling, making easier the work of personnel who are charged with producing encoded informations on insular fisheries
Les statistiques des pêches insulaires sont souvent insuffisantes pour permettre une bonne gestion des ressources halieutiques. Les causes de cette insuffisance qui porte essentiellement sur les données de prise et d'effort de pêche, sont analysées dans cette étude. Des propositions sont faites pour surmonter les difficultés rencontrées. Un logiciel '« S.P.1. ») d'aide à l'élaboration de statistiques par échantillonnage est proposé pour faciliter la tâche des personnels chargés de produire en routine des informations chiffrées sur les pêches insulaires
Proceedings - Gulf and Caribbean Fisheries Institute, University of Miami (0072-9019) (University of Miami), 1998 , Vol. 50 , P. 1065-1074

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00113/22410/20107.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00113/22410/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Based on fieldwork and modern analytical technics, this work presents an overview of the Mid-Cretaceous hyper-extended rift system exposed in the northern part of the Pyrenean mountain range. Its inversion during the Pyrenean orogeny allows for precious observations of the deep-seated processes occurring at the foot of distal margins. Some peculiar aspects characterizing the pre-Alpine hyper-extended domain are examined throughout the 400km long suture that is fossilized in the North Pyrenean Zone (NPZ). The High Temperature/Low Pressure (HT/LP) thermal imprint of the extensional event is studied thanks to a dataset of more than hundred peak temperature measurement by Raman spectroscopy of the carbonaceous material (RSCM). The pre- and syn-rift metasediments are characterized by an intense ductile deformation. Field and EBSD investigations of the mechanisms of deformation reveal ductile and syn-metamorphic processes. The emplacement conditions of the peridotite into crustal levels and localized exhumation is examined in the key-localities of Urdach, Saraillé-Tos de la Coustette, Moncaup, Lherz, Caussou-Bestiac and Salvezines, The results indicate an early boudinage of the crust during the rifting process, resulting in the direct superposition of pre-rift sediments on top of mantle peridotites. Field, textural and isotopic characterization of the various ophicalcite and breccias found in the vicinity of the peridotite outcrops allow to decipher their exhumation history. New Ar-Ar geochronological results allow to precise the temporal evolution of the NPZ.
Cette thèse présente une analyse structurale et thermique des marges passives crétacées inversées dans la Zone Nord Pyrénéenne (ZNP). L'application du paléothermomètre RSCM (spectrométrie Raman de la matière carbonée) sur plus de cent échantillons répartis à travers la ZNP permet de préciser l'évolution thermique de la déchirure continentale. Un métamorphisme de haute température (450 à >600°C) se développe particulièrement au droit de zones ou la croûte continentale est extrêmement amincie voire éliminée. Les sédiments pré- et syn-rift sont marqués par une intense déformation ductile. L'analyse à l'EBSD des fabriques minérales indique une déformation de Haute-température contemporaine du métamorphisme HT-BP. Les conditions de mise en place crustale des péridotites et leur exhumation localisée sont examinées dans les localités d'Urdach, Saraillé-Tos de la Coustette, Moncaup, Lherz, Caussou-Bestiac et Salvezines. Les résultats indiquent un boudinage de la croûte continentale au cours du processus de rifting. Des décollements de couverture, principalement localisés dans les évaporites triasiques conduisent à la superposition directe des sédiments pré-rift sur le manteau exhumé. La notion nouvelle de soutirage crustal est introduite pour désigner ce processus dans lequel l'écoulement gravitaire ne joue pas un rôle principal. La caractérisation sédimentologique, pétrographique et isotopique (O et C) des différentes formations de brèches et ophicalcites observées à proximité des corps de péridotites permet de reconstituer les étapes de l'exhumation du manteau en pied de marge. Enfin de nouvelles datations permettent de mieux contraindre le calendrier des évènements successifs.
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The main purpose of this thesis was to characterize and to model the hydrodynamic and thermochemical processes leading to the alteration of the wellbore cement materials under borehole conditions. Percolation experiments were performed on fractured cement samples under CO2 storage conditions (60°C and 10MPa). Injection flow rate was dictated by the fracture aperture of each sample. CO2 enriched brine was flowed along the fracture aperture, and permeability changes as well as chemical evolution of major cations were continuously acquired during the experiment time. Reaction paths developed by the alteration of the cement were characterized using microtomography and ESEM images. The experiments conducted using samples presenting large fracture apertures during 5h showed that permeability was maintained constant during the experiment time. Three reacted layers were displaying by the alteration of portlandite and CSH. Long term experiment (26h) conducted with large initial fracture aperture showed a decrease of the permeability after 15hours of CO2 exposure. Otherwise, experiments performed on samples presenting narrow apertures indicated the conversion of portlandite and CSH to calcite leading to the permeability reduction and the fracture clogging. Assemblages of phases and chemical changes were modelled using GEMS-PSI speciation code. We studied also using a coupled transport-reactive model the conditions leading to the cement alteration and the formation of associated layers.
L'objectif de cette thèse était de modéliser à partir des expériences de percolation-réactive, les processus hydrodynamique et réactionnel qui gouvernent l'altération des ciments de puits. Différentes expériences ont été réalisées dans des conditions représentatives de celles du stockage du CO2. Des échantillons fracturés ont été utilisés pour injecter une saumure enrichie en CO2 à 60°C et 10MPa et à différentes pressions partielles de CO2. Le débitd'injection variait en fonction des propriétés hydrauliques de l'échantillon exposé. L'injection d'une saumure enrichie en CO2 à débit constant à travers une fracture supposée plane a permis d'étudier les modifications des propriétés hydrodynamiques et ces conséquences sur la géochimie et la microstructure du ciment altéré. L'impact dynamique de l'évolution microstructurale a été mis en évidence. Les expériences conduites sur des échantillons présentant de larges ouvertures, réalisées sur une durée de 5 h, ont montré que la perméabilité était maintenue constante le long de l'expérience. Trois couches d'altération se sont développées consécutivement à la dissolution de la portlandite et la décalcification des CSH. L'altération a entrainé la précipitation des carbonates et de la silice amorphe à proximité de la fracture. Dans le cas d'une expérience longue durée appliquant les mêmes conditions que précédemment on a observé que la croissance de la silice amorphe a entrainé la diminution de la perméabilité. Par ailleurs les expériences effectuées sur des échantillons présentant de faibles ouvertures, ont indiqué que la conversion de la portlandite en calcite conduit au colmatage de la fracture. L'évolution des assemblages de phases conduisant à la formation des carbonates et de la silice amorphe a été modélisée à partir du code géochimique GEMS. Les mécanismes de diffusion et les processus de mise en place des couches d'altération ont été étudiés à partir d'un modèle analytique et d'un modèle de transport réactif à partir du code géochimique PHREEQC.
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Geological storage of CO2 is one of diverse technologies being explored to reduce atmospheric carbon fromindustrial processes (i.e. fossil fuel combustion). One of the specific features of CO2 injection is the possibility ofgeochemical reactions (dissolution – precipitation) between mobile reactive brine (e.g. formation water enrichedin CO2) and the host rock during the spatial and temporal evolution of CO2. That leads to modifications in thepore structure, which in turn change the flow dynamics of the reservoir (e.g. the permeability k). Then, thesesstructural modifications can largely control the injectivity, so that the pressure field in the reservoir and also theCO2 propagation. Accordingly, it is crucial to explore the changes in the reservoir properties (e.g. structural andhydrodynamic) induced during a CO2 injection and specially the relationships between them (e.g. k or reactivesurface-Sr versus porosity-φ , k versus rock heterogeneity), for developing predictive modelling tools of thetransport and reaction processes occurring during a CO2 injection and reliable risk assessment. In the case ofcarbonate rocks, the application of the predictive models of transport and reaction is still challenging, because oftheir high heterogeneity so that the incertitude in the reaction kinetics of carbonate minerals.From this perspective, we realized brine-enriched in CO2 percolation experiments through carbonate rocksamples in thermodynamic conditions expected during CO2 injection in deep reservoirs (T = 100°C et P =12MPa). The permeability changes k(t) is monitored during the experiments and the porosity variationφ (t) iscalculated from chemical analyses of the sampled outlet fluids, using ICP-EAS. The pore structure modificationsare investigated from high resolution X ray micro tomography images acquired from the synchrotron ofGrenoble (ESRF). Depending to the dissolution regime, controlled by the reservoir rock fabric and the chemicalcomposition of the brine (e.g. PCO2), we observed that a modification of pore structure can either improve(atypical result in dissolution context) or impair the value of the permeability k.
Le stockage géologique du CO2 est l’une des diverses technologies étant explorées afin deréduire les émissions de carbone atmosphérique des processus industriels (i.e. combustion del’énergie fossile). L’une des spécifiques caractéristiques de l’injection du CO2 en profondeurreste la possibilité de réactions géochimiques (dissolution-précipitation) entre la saumureréactive mobile (e.g. eau de formation enrichie en CO2) et la roche encaissante durantl’évolution spatiale et temporelle du CO2, conduisant à des modifications dans la structure despores et par conséquent dans les propriétés d’écoulement du réservoir (e.g. la perméabilité k).Donc, ces changements structuraux peuvent largement contrôler l’injectivité, ainsi que lechamp de pression dans le réservoir et aussi la propagation du CO2. Il demeure ainsi cruciald’explorer les changement dans les propriétés de réservoirs (e.g. structurales ethydrodynamiques) induits durant une injection de CO2 et explicitement les relations existantesentre eux (e.g. k ou surface réactive-Sr versus porosité-φ , k versus hétérogénéité de la roche),afin de développer des outils de modélisation prédictive des processus de transport etréactionnels se produisant durant une injection de CO2 et d’évaluer de façon fiable les risques.Dans le cas des réservoirs carbonatés, l’application des modèles prédictifs de transport réactifdemeure toujours un enjeu, car contrainte par la forte hétérogénéité en leur sein ainsi que parl’incertitude dans la cinétique de réactions des minéraux carbonatés dans ce contexte. Danscette optique, nous avons réalisé des expériences de percolation à travers des échantillons deroches carbonatées dans les conditions thermodynamiques de stockage en profondeur (T =100°C et P =12 MPa). L’évolution de la perméabilité k(t) est suivie au cours desexpériences ; et la variation de la porosité φ (t) est calculée à partir des résultats d’analyseschimiques au ICP-AES des fluides de sortie échantillonnés. L’investigation des modificationsapportées à la structure des pores est réalisée par le biais de la Micro-Tomographie hauterésolution à rayon X, acquise au synchrotron de Grenoble (e.g. ESRF).Dépendant du régime de dissolution, contrôlé par la fabrique de la roche réservoir et lacomposition chimique de la saumuré chargée en CO2 (e.g. PCO2 engagée), on a observéqu’une modification de la structure de la roche peut soit améliorer soit détériorer (résultatatypique en contexte de dissolution) la valeur de la perméabilité k.
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01142136

tel-01142136
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Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The reproductive dynamics of swordfish (Xiphias gladius) was investigated from catches of the Reunion Island-based longline swordfish fishery between 19-25 degrees S and 48-54 degrees E. Thus, 1727 swordfish (size range 75-289 cm, lower jaw-to-fork length, LJFL) were sampled on board commercial fishing vessels during the period of May 1998 to January 2001. Reproductive activity was assessed using macroscopic gonad characteristics, trends of gonadal indexes for both sexes, oocyte size-frequency distributions and microscopic investigation of oocyte development stages. Size at first maturity (L-50) for female and male swordfish was estimated in Indian Ocean for the first time. L50 was estimated at 170 cm and 120 cm (LJFL) for females and males, respectively. Spawning occurred from October to April in the vicinity of Reunion Island where sex ratio of caught populations fluctuated seasonally. The seasonal changes in sex ratio and the incidence of larger individuals at the beginning of the spawning season provide some preliminary indications of synchronized movements of swordfish between spawning grounds and neighboring regions. Our results add significantly to knowledge about the reproductive biology of swordfish in the southwestern Indian Ocean. An overview of the available information on reproductive biology and dynamics of swordfish in Indian Ocean and eastern Pacific indicated that spawning activity is localized in discrete areas, and showed that there is incomplete information on spawning grounds in this extended area.
La dynamique de la reproduction est étudiée chez des espadons (Xiphias gladius) capturés dans l'océan Indien, entre 19–25 °Sud et 48–54 °Est, par les palangriers de l'île de La Réunion. Ainsi, 1727 espadons de tailles comprises entre 75 et 289 cm (de l'extrémité de la mâchoire inférieure à la fourche caudale) ont été échantillonnés à bord de navires professionnels, de mai 1998 à janvier 2001. La reproduction est évaluée en analysant : les caractéristiques macroscopiques des gonades, l'évolution des indices gonadiques des deux sexes, les distributions de fréquence de taille des ovocytes et le développement des ovocytes au niveau microscopique. La taille à première maturité sexuelle (L50) des espadons de l'océan Indien est estimée pour la première fois ; elle atteint 170 cm pour les femelles et 120 cm pour les mâles. La saison de ponte s'étend d'octobre à avril aux abords de l'île tandis que le sexe-ratio fluctue de façon saisonnière. Les variations saisonnières du sexe-ratio et l'apparition de grands individus au début de la saison de ponte suggèrent des déplacements d'espadons entre cette zone de ponte et les régions voisines. Nos résultats apportent des informations fondamentales sur la biologie de la reproduction de l'espadon dans le sud-ouest de l'océan Indien. L'analyse de la bibliographie concernant biologie et la dynamique de la reproduction de l'espadon dans l'océan Indien et dans le Pacifique Est indique que l'activité de ponte est très localisée et que la connaissance des aires de pontes est encore incomplète dans cette région étendue.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2009 , Vol. 22 , N. 1 , P. 45-58

Droits : 2009 EDP Sciences
http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-6353.pdf
DOI:10.1051/alr/2009007
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6353/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : This thesis has been conducted on a fractured crystalline basement located in Ploemeur (South of Brittany, France). The detailed study of this basement requires a good understanding of their internal structures, namely their intrinsic properties, flow mode, density and fractures distribution. This work is focused on the petrophysical characterization of the granitic formations. Physical properties were determined from downhole geophysical measurements and images, and petrophysical measurements with thin sections made for each mini-core in the laboratory. Fresh-altered schist and fresh-altered granite separated by a normal angle fault are the main lithology of the Ploemeur crystalline basement. The results showed that the petrophysical properties were function of both porosity variation and degree of alteration and that the pore-space topology was found to be porositydependent. This thesis introduces a new formula between electrical resistivity and porosity. In addition, the laboratory measurements of Ploemeur revealed that seismic wave velocity was a function not only of porosity, but also of the predominant pore type. In general, the pore aspect ratio inverted from velocity measurements were classified roughly into crack shape. In the Ploemeur crystalline basement, the downhole geophysical measurements and images were used to measure changes in physical and chemical properties in the borehole fluid and the bedrock surrounding the boreholes. The effective integration of different geophysical methods, hydrogeological tests and lithological description was the best way to characterize the fractures in the crystalline basement, and is critical for a suitable estimation of fluid circulation.
Le socle cristallin fracturé, situé à Ploemeur (Bretagne sud, France) est l'objet de ce travail de thèse. L'étude détaillée du socle nécessite une bonne compréhension de la structure interne, à savoir les propriétés intrinsèques, le mode d'écoulement, la densité et la distribution des fractures. Ce travail de thèse est consacré à la caractérisation pétrophysique des formations granitiques. Les propriétés physiques ont été déterminées à partir de l'interprétation des données de mesures de géophysique en forage, des images de paroi du puits et des mesures pétrophysiques réalisées sur carottes en laboratoire. Afin de replacer les mesures dans leur contexte lithologique, une lame mince a été analysée pour chaque mini-carotte. Les formations lithologiques rencontrées dans le socle cristallin de Ploemeur sont des schistes et granites sains et altérés, ces deux lithologies étant séparées par une zone de faille. Les résultats ont montré que les propriétés pétrophysiques des roches étaient fonction à la fois de la variation de la porosité et du degré d'altération des roches et que la topologie de l'espace poreux était fortement dépendante de la porosité. Cette thèse introduit une nouvelle formule entre la résistivité électrique et la porosité. De plus, les mesures en laboratoire sur les échantillons de Ploemeur révèlent que les vitesses sismiques ne sont pas seulement fonction de la quantité de porosité, mais aussi fonction de facteur de forme. Ce dernier a été calculé sur les échantillons du socle de Ploemeur à partir des vitesses acoustiques. Les résultats ont montré que la porosité est de forme fissurale. L'intégration des données issues des images optiques et acoustiques, des mesures de géophysique en forage, et de la description des carottes a permis d'étudier de façon détaillée la géologie et l'hydrodynamique du socle de Ploemeur. L'intégration effective de ces différentes méthodes avec les tests hydrogéologiques ressort comme la meilleure façon de caractériser les fractures et les circulations en eau dans le socle.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444175

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
tel-00444175
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : 07075 - Actes en ligne à l'adresse : http://www.congresintaref.org/index.php?cont_id=8&lang=fr
International audience
L'objectif de l'étude présentée ici est d'étudier quel peut être l'effet d'un bilinguisme familial sur le développement des acquisitions scolaires. Si certains travaux en psycholinguistique tendent à en révéler le rôle plutôt positif, la représentation commune qui prévaut dans le contexte particuliers des DOM français est plutôt défavorable. Un suivi longitudinal d'un échantillon d'élèves martiniquais de la GSM au CP a permis successivement d'évaluer les compétences langagières des élèves dans leurs deux langues et d'en déterminer l'effet sur leurs compétences en lecture. L'analyse des données tend à confirmer qu'en contexte martiniquais, le développement d'un bon niveau de maîtrise équilibré dans les deux langues facilite l'acquisition de la lecture, tant au niveau du décodage que de la compréhension.
Actes du congrès AREF 2007 (CD)
Strasbourg, France

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halshs-00205048
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Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
Symbioses with the dinoflagellate Symbiodinium are widespread among marine invertebrates and protists, especially in nutritionally demanding habitats, such as tropical coral reefs, where they play a major role in ecosystem survival. Moreover, apart from corals and sea anemones, many of the Symbiodinium species and clades involved in these partnerships remain to be characterized. This study provides new insights into nudibranch and sponge associations with Symbiodinium by sequencing regions of the Symbiodinium 28S rDNA and the host mitochondrial COI oxidase. Specimens were sampled between 2011 and 2013 from locations around the islands of Moorea and Tahiti, French Polynesia. Our results revealed that some of the sponges and nudibranchs harbored typical Symbiodinium from clade B or C while others harbored new, undescribed Symbiodinium-like dinoflagellates. A detailed analysis of the different life stages of the nudibranch Phestilla lugubris and of its specific coral prey, Porites rus, suggests a prey-predator horizontal transfer of the symbiont and its vertical inheritance from the parent to the eggs.
Les symbioses à zooxanthelles, dinoflagellés du genre Symbiodinium, sont largement répandues chez les invertébrés marins et les protozoaires, notamment dans les eaux oligotrophes, où ils jouent un rôle important dans la survie des récifs coralliens. De plus, excepté chez les coraux et les anémones, les différentes espèces et clades de Symbiodinium impliqués dans ces associations restent à être caractérisés. Notre étude, grâce à l’utilisation des marqueurs génétiques 28S ADNr des Symbiodinium et la sous-unité 1 de la cytochrome oxydase mitochondriale (COI) de l’hôte, procure de nouvelles données quant aux associations des éponges et des nudibranches avec les Symbiodinium. L’échantillonnage a eu lieu autour de Moorea et de Tahiti (Polynésie française), entre 2011 et 2013. Nos résultats révèlent que certaines espèces d’éponges et de nudibranches possèdent les clades B et C communément retrouvés, chez les coraux notamment, alors que d’autres présentent de nouveaux dinoflagellés « Symbiodinium-like ». Une analyses détaillée des Symbiodinium à différents stades du cycle de vie du nudibranche corallivore Phestilla lugubris et de son corail hôte Porites rus suggèrent l’existence d’un transfert horizontal de Symbiodinium proie–prédateur et un transfert vertical du parent P. lugubris à ses œufs.
ISSN: 1631-0691

hal-01145518
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01145518
DOI : 10.1016/j.crvi.2015.01.005

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Les semelles métamorphiques sont situées à la base desgrandes ophiolites obductées. Elles sont principalement composéesd’amphibolites (métabasaltes à amphiboles ± grenat,clinopyroxène, plagioclase) fortement cisaillées et dont les conditionsmaximum de métamorphisme sont estimées à 800±100Cet 1.0±0.2 GPa. Leur formation a lieu au cours des 2 Ma suivantl’initiation des zones de subduction. Ces amphibolites sont interprétéescomme des portions de lithosphère océanique subduite,portions qui sont métamorphisées, dis-je, à haute températurepar transfert de chaleur depuis le coin de manteau sus-jacent quiformera la base de l’ophiolite obductée. Leur importante déformationau pic de métamorphisme est interprétée comme synchroneà leur accrétion au manteau de la plaque supérieure. Les semellesmétamorphiques sont donc des témoins directs de la dynamiqueprécoce des zones de subduction océanique. Leur pétrologie etleur déformation fournissent des contraintes majeures, et rares,sur l’évolution de la structure thermique et sur le comportementmécanique de l‘interface de subduction naissante. Cette étudeprésente des données structurales à plusieurs échelles, couplant desanalyses de terrain aux analyses EBSD sur des échantillons à amphibole± plagioclase ± clinopyroxene ± grenat de la semelle métamorphique.Les grains d’amphibole et de plagioclase sont caractériséspar une forte orientation préférentielle parallèle à la foliationet à la linéation. Cette fabrique est accompagnée par une forteorientation cristallographique préférentielle des amphiboles marquéepar un axe [001] marquant la linéation et la normale au plan(001) perpendiculaire à la foliation. Les plagioclases montrentune orientation cristallographique préférentielle faible voire nulle.Cette fabrique est similaire à celle observée dans les amphibolitescisaillées de base de croûte continentale. Les clinopyroxèneset les grenats présentent des degrés d’orientation intermédiaires.Ces deux phases forment des boudins dont l’axe long est orientéparallèlement à la foliation. Les porphyroclastes de clinopyroxèneprésentent une extinction ondulante et le développement de sousgrainsà leur périphérie. Les clinopyroxènes et les grenats agissentdonc comme phases ” dures ”, augmentant la résistance de laroche à la déformation. À l’initiation de la subduction, la partiesupérieure de la plaque plongeante est affectée par l’augmentationprogressive du degré de métamorphisme. Ceci entraîne une fortedéshydratation et la cristallisation de phases ” faibles ” (quartz,amphibole, plagioclase) et ” fortes ” (clinopyroxene, grenat). Larhéologie de l’interface de la subduction en est fortement affectée.Les unités de la semelle métamorphique (avec des minéralogies etdes conditions P-T-t différentes) accrétées aux péridotites de laplaque supérieure témoignent de changements rhéologiques majeuresà l’interface de la subduction au cours de l’histoire précocedes zones de subduction.
RST 2016, livre des résumés
Caen, France

insu-01388730
https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01388730

Résumé : L'objectif principal était d'établir un bilan des améliorations et de la logistique nécessaire dans l’éventualité d’un recours à des échantillonneurs passifs pour l’évaluation des niveaux de contamination chimique des eaux dans le contexte hydrodynamique et biogéochimique de la Guyane. Dans ce sens, une action de formation à la mise en place des techniques d'échantillonnage passif et une campagne "terrain" (sur 10 sites) a été réalisée. Cette campagne a permis de fournir les premières mesures de concentrations de nombreux contaminants chimiques (métaux, composés organiques dans les eaux littorales guyanaises. En plus des techniques DGT et SBSE (déjà mises en oeuvre en 2008), des échantillonneurs passifs pour les composés hydrophiles (POCIS) ont aussi été utilisés. Cette étude montre l'opérationnalité de ces systèmes qui permettent d'atteindre les limites de détection requises par la DCE et de mesurer des contaminants présents à l’état de trace et qui n'auraient pas pu être détectés par les méthodes classiques (notamment pour les composés organiques). Ces techniques "tout terrain" permettent aussi de réduire les coûts et d’améliorer la rapidité d'obtention des résultats, de faciliter la mise en oeuvre. Ces techniques ont pu être transférées aux acteurs (préalablement formés) en charge de la surveillance de l'état de la contamination chimique des eaux. Les résultats ont contribué à la caractérisation des masses d'eau guyanaises par rapport à certains contaminants chimiques (métaux, composés organiques hydrophiles et hydrophobes) et mis en évidence de la présence, ou l’absence, de certains composés émergents sur lesquels il n'y avait encore aucune donnée. Les concentrations en métaux (DGT) des différentes masses d'eau indiquent que dans l'ensemble il n’y a pas d'anomalies particulières par rapport à des environnements où la contamination est avérée. Les résultats obtenus par la technique POCIS sont parmi les premiers disponibles en milieu marin côtier. Ils indiquent la présence à de faibles niveaux de concentrations, de substances comme les pesticides (diuron et terbuthylazine), de substances pharmaceutiques (caféine, théophylline, carbamazépine, terbutaline) et d'alkylphénols. La technique SBSE a permis de mettre en évidence la présence de certains composés à des concentrations très faibles Des concentrations notables en endosulfan ont été mesurées à la station de Montsinéry grâce à cette technique.

Droits : 2012 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00071/18206/15773.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00071/18206/

Éditeur(s) : Gauthier-villars
Résumé : The aim of the joint French-British CYAPORC submersible cruise was the exploration and sampling of the Porcupine and Goban Escarpments. A paleozoic mesozoic sedimentary cover has been evidenced abov ea caledonian or older cristalline basement on the Porcupine scarp. On the Goban scarp, the observed outcrops are mainly lower Cretaceous carbonates overlying paleozoic sandstones
La campagne de plongée franco-britannique CYAPORC avait pour objet l'exploration et l'échantillonnage des escarpements de Porcupine et de Goban. Sur l'escarpement de Porcupine au Nord, on a mis en évidence, au-dessus d'un socle cristallin calédonien ou plus ancien, une couverture sédimentaire paléozoïque puis mésozoïque. Sur l'escarpement de Goban, les affleurements observés sont des séries du Crétacé inférieur reposantsur des niveaux de grès paléozoïques.
Comptes Rendus de l'Academie des Sciences Serie II (1251-8069) (Gauthier-villars), 1987-04 , Vol. 304 , N. 16 , P. 1003-1008

Droits : Académie des Sciences
http://archimer.ifremer.fr/doc/00184/29489/27853.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00184/29489/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Co-encadrement assuré par le Groupement pour le Développement de la Télédétection Aérospatiale (GDTA) Diplôme : DESS
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
This document proposes a new map of the Eastern Guyana Shield, with the SPOT4-VEGETATION remotesensed datas of the year 2000. A new synthesis method, with the mean value, was applied and compared with the Maximum Value Method (WVC). To prepare this datas for the synthesis, a cloud filter was defined :BSC (BEST Sky Clear). With this results, an ISODATA classification was proceeded, and, produces 25 classes to detail the tropical maist forest with the 1 km low resolution. To valid this result, this document propose a method with the higthresolution datas Landsat 7 ETM+. This method aims to guide the ground truth and goes thoroughly into the description of the moist tropical forest classes. The sample, used to try this method, shows the boundaries and the constraints of this method. This points are debating in the discussion. Finally, the perspectives to develop the method are presented in the conclusion.
Ce document propose une nouvelle cartographie du Bouclier Oriental Guyanais à l'aide d'images satellites SPOT4-VEGETATION de l'année 2000. Une nouvelle méthode de synthèse annuelle, utilisant la valeur moyenne de la radiométrie, a été appliquée et comparée à la méthode du Maximum Value Composite (MVC). A cette occasion, un filtre de nuage a été défini pour préparer les données à cette synthèse : le filtre BSC (Best Sky Clear). Sur la base de ce résultat, une classification ISODATA a été réalisée, produisant 25 classes, et mettant en évidence les différents milieux forestiers des tropiques humides à une résolution spatiale de 1 km. Pour valider la classification, une méthode est proposée utilisant des images hautes résolutions Landsat 7 ETM+. Cette méthode permet de cadrer les vérifications sur le terrain et d'approfondir la définition des classes de forêt tropicale humide. L'échantillon utilisé pour tester la méthode met en évidence les limites et contraintes de la démarche proposée. Ces points sont exprimés dans la discussion. Enfin les perspectives de développements sont abordées dans la conclusion.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189195

hal-01189195
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189195
PRODINRA : 13538

Éditeur(s) : Université de la Réunion
Résumé : The green turtle (Chelonia mydas) is an emblematic species of marine life. However, nowadays it is subject to many threats (poaching, by-catch). Even if there is deep growing measures for its protection, the green turtle still is an endangered species and it is listed in Appendix I of Washington Convention (CITES). In order to elaborate efficient conservation and management plans, perfect knowledge of green turtle biology, but also of its population structure and their characteristics, are needed. In this thesis, we have assessed genetic structure of green turtle populations in the South-Western Indian Ocean by using genetic tools. In all, 1551 tissue samples have been collected from our study zone and from our control site French Polynesia (37 samples). All kinds if individuals were sampled (except males in reproductive phase) from 15 sampling sites including nesting, foraging, and immature development site. We used both control region of mitochondrial DNA and 6 microsatellite loci to better infer maternal and paternal lineages. We identified 29 haplotypes in the South-Western Indian Ocean. They are distributed in 3 independent and highly divergent clades, including one composed with haplotypes from Atlantic Ocean. For 7 of these haplotypes, it was the first time they were detected in the study zone. Fifteen haplotypes were previously undescribed, distributed in all the 3 clades. These new haplotypes seem to be specific to the South-Western Indian Ocean, which is then an original zone. Besides, we found a high allelic richness. These results show the South-western Indian Ocean is rich and very diversified. This region plays an important role in the global diversity of the species. The South-Western Indian Ocean is one of the two contact zones presently known between the two metapopulations of green turtles (Atlantic-Mediterranean and Indo-Pacific). This contact induces a genetic cline based on CM8 (Atlantic) and C3 (Indo-Pacific) haplotype frequencies. Analysis of the microsatellite differentiation between individuals provides evidence of genetic exchanges between the two metapopulations in the region. The South-Western Indian Ocean participates to green turtle global genetic mixing. Studying the influence of several intrinsic and extrinsic factors on population structuring provides useful information for management plan elaboration. We found no significant difference between genetic structures of foraging females and males, contrary to immature turtles which seem to be organised in 'regional pools'. This organisation could be due to both immature natal homing and influence of oceanic currents. High mitochondrial differentiation of nesting females and low global microsatellite differentiation of our samples indicate male-mediated gene flow among populations of the study zone. The genetic composition of a sampling site presents no significant variation along the year, even if we could notice some trends. Nevertheless, it can be significantly different from a year to an other one. This may result from alternation of distinct populations on the same site. We noticed different evolution in 10 or 20 years of the genetic composition depending on the sampling site. Geographic distance seems not to have significant influence on population structuring concerning microsatellite markers. Nesting females of Saziley Beach (Mayotte Island, Comoros Archipelago) present genetic divergence from females nesting in the two other sampled beaches of this island. The observed population structure shows no contradiction with the organisation of oceanic currents in the South-Western Indian Ocean. Comparing the results from the two genetic markers used, we identified 8 genetic differentiated clusters of turtles in the study zone and at least 6 distinct populations. These clusters constitute 8 potential management units (MUs) which could serve as basis in the elaboration of conservation and management plans.
La tortue verte (Chelonia mydas) constitue l'un des espèces emblématiques de la vie marine, pourtant de nombreuses menaces pèsent de nos jours encore sur sa survie (braconnage, captures accidentelles). Ainsi, malgré l'essor de mesures de protection menées à travers pour sa sauvegarde, la tortue verte constitue une espèce 'en danger d'extinction' et figure dans l'Annexe I de la Convention de Washington (CITES). Afin d'élaborer des plans de gestion et de conservation qui soient efficaces, il est important d'avoir une parfaite connaissance de la biologie de la tortue verte, mais aussi de la structure de ses populations et de leurs caractéristiques. C'est dans ce cadre que s'inscrit la présente étude. L'objectif de cette étude était d'acquérir des connaissances sur la structure des populations de tortues vertes dans le sud-ouest de l'océan Indien grâce à l'utilisation de l'outil génétique. Au total, 1551 échantillons de tissu ont été collectés dans la zone d'étude et dans notre site témoin la Polynésie française (37 échantillons). Toutes les catégories d'individus ont été échantillonnées (excepté les mâles en phase de reproduction) et les 15 sites d'échantillonnage comprennent à la fois des sites de ponte, d'alimentation et de développement pour les immatures. Deux types de marqueurs ont été utilisés : la région contrôle de l'ADN mitochondrial et 6 loci microsatellites, afin d'appréhender au mieux l'apport des lignées maternelles et paternelles. Nous avons pu mettre en évidence la présence dans le sud-ouest de l'océan Indien de 29 haplotypes distincts, appartenant à trois clades fortement divergents dont l'un constitué d'haplotypes originaires de l'océan Atlantique. Parmi ces haplotypes, 7 ont été détectés pour la première fois dans la zone d'étude, et 15 autres n'ont jamais été précédemment décrits chez cette espèce. Ils sont présents dans chacun des 3 clades d'haplotypes. Ces nouveaux haplotypes semblent spécifiques à la région, et en font une zone originale. On observe par ailleurs une grande richesse allélique dans les effectifs analysés. Ces résultats montrent que le sud-ouest de l'océan Indien est une zone riche et très diversifiée. Cette région joue un rôle important dans la diversité génétique globale de l'espèce. Le sud-ouest de l'océan Indien constitue l'une des deux seules zones connues à l'heure actuelle de contact entre les deux métapopulations de tortues vertes (Atlantique-Méditerranée et Indo-Pacifique). Ce contact a entraîné la formation d'un cline génétique portant principalement sur les fréquences relatives des haplotypes CM8 (Atlantique) et C3 (Indo-Pacifique). Les résultats obtenus lors de l'analyse microsatellite de la différenciation entre les individus originaires des deux métapopulations montrent que le sud-ouest de l'océan Indien constitue une zone d'échanges génétiques entre les deux métapopulations, participant au brasage génétique de l'espèce. L'étude de facteurs, intrinsèques et extrinsèques, pouvant influencer la structuration des populations apportent de nombreuses informations qui pourraient s'avérer utiles lors de l'élaboration de plans de gestion. La structure des femelles et des mâles en alimentation ne diffère pas, contrairement à celle des immatures qui semble s'organiser en 'pools régionaux' qui seraient le fruit de l'interaction d'un comportement de philopatrie et d'une influence des courants océaniques. La forte différenciation mitochondriale des femelles en ponte et la très faible différenciation microsatellite observée à l'échelle de la région, indiquent l'existence de flux de gènes via les mâles. La composition génétique d'un site ne varie pas de manière significative au cours de l'année. Par contre, elle peut varier d'une année à l'autre, signifiant l'alternance dans certains sites de ponte de plusieurs populations distinctes. L'évolution de la composition génétique d'un groupe, au cours de 10 ou 20 ans, diffère selon le site considéré. La distance ne semble pas influencer de manière significative la structuration des populations au niveau microsatellite. Les femelles en ponte sur la plage de Saziley (Mayotte) diffèrent génétiquement de celles pondant sur les deux autres plages de l'île. La structure observée des populations est en accord avec l'organisation des courants océanique dans la région. La confrontation des résultats obtenus à partir des deux marqueurs génétiques utilisés, permet la détermination de 8 ensembles génétiquement différenciés dans la zone d'étude et l'identification d'au moins 6 populations distinctes. Ces ensembles constituent autant d'unités de gestion (MUs) potentielles qui pourront servir de base à l'élaboration de plans de gestion et de conservation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-3532.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3532/

Résumé : Estimer la biomasse d'un stock de poissons par acoustique nécessite de combiner des données de nature diverse collectées le long du parcours d'échantillonnage (Woillez et al., 2009). Il s'agit essentiellement de combiner trois champs de données spatialisées : une carte de densités acoustiques attribuées aux poissons, une carte de proportions d'espèces et une carte de longueurs moyennes.

Droits : 2010 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00003/11447/7997.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00003/11447/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Ctenophores are one of the four animal phyla positioned outside from the Bilateria. Most ctenophore species are planktonic and gelatinous, and are easily recognisable by their eight comb rows used for swimming. Ctenophore systematics remains nowadays poorly understood. Anatomical characters do not help much in placing them within the animal tree, and similarly the grounds for establishment of their internal phylogeny as well as delimitation of species are notoriously weak due to a paucity of informative morpho-anatomical characters. Until now, the use of molecular data has failed to improve significantly this situation. The aim of this PhD thesis was to bring a contribution to our understanding of ctenophore evolution at different taxonomic scales. At the metazoan level, the position of ctenophores was addressed using a phylogenomic approach. Taxonomic sampling was significantly improved through sequencing and assembly of transcriptomes of 22 non-bilaterian species (belonging to ctenophores, cnidarians and sponges). Two independent datasets were analysed, one consisting in an update of an existing supermatrix of 128 genes, the other one (4235 genes) having been entirely built de novo, thanks to a newly-devised semi-automated protocol intended to eliminate all major potential causes of artefacts (contaminations, paralogies, missing data). Results clearly contradict recent phylogenomic studies which claimed Ctenophora to be the most early-diverging animal lineage, our analyses instead supporting Porifera as the sister-group to other metazoans. The exact position of ctenophores remains however uncertain at this stage, different conditions of analyses yielding three contradictory hypotheses as open possibilities. At the intra-phyletic level, analyses of a ADNr 18S and ITS (internal transcribed spacers) dataset, together with study of duplicated genes and the results of phylogenomic analyses, allowed resolving most phylogenetic relationships between ctenophore orders and families, including the placement of the ctenophore tree root. Finally, at smaller taxonomic scale, in-depth comparison between two species of the genus Pleurobrachia using immunohistochemistry demonstrates the potential of these techniques for uncovering new structural “micro-anatomical” characters useful for diagnosis and identification of ctenophore species. It is our hope that this work will contribute to improving the systematics of a poorly known phylum of great importance for understanding early animal evolution.
Les cténophores représentent l’un des quatre embranchements animaux extérieurs aux Bilateria. La majoritédes espèces sont planctoniques et gélatineuses, et sont reconnaissables à leurs huit rangées de peignes dont lebattement permet la nage. Leur systématique est encore de nos jours mal comprise. L'anatomie descténophores offre peu de caractères aussi bien pour placer la lignée dans l’arbre des métazoaires, que pourétablir les relations de parenté au sein de l’embranchement et délimiter les espèces, et jusqu’à présent lesdonnées moléculaires n’ont pas permis de résoudre ces problèmes de manière satisfaisante. L’objectif de cetravail de thèse est de contribuer à améliorer notre compréhension de l'évolution des cténophores àdifférentes échelles taxonomiques. A l’échelle des métazoaires, la position phylogénétique des cténophores aété abordée par une approche phylogénomique. Un effort significatif a été réalisé pour améliorerl’échantillonnage taxonomique à travers le séquençage et l’assemblage des transcriptomes de 22 espèces denon-Bilateria (cténophores, cnidaires, spongiaires). Deux jeux de données indépendants ont été analysés, lepremier représentant une mise à jour d’une supermatrice existante de 128 gènes ; le second (4235 gènes)ayant été entièrement construit de novo via un protocole original comportant la mise au point de nouvellesméthodes pour traiter de manière semi-automatisée les principales sources potentielles d’artéfact(contaminations, paralogies, données manquantes). Les résultats contredisent certaines études récentes enmontrant que les spongiaires et non les cténophores représentent le groupe-frère des autres métazoaires. Laposition exacte de ces derniers reste à ce stade incertaine (trois options se présentant suivant les analyses). Al’échelle intra-phylétique, l'analyse d'un jeu de données comprenant les marqueurs ADNr 18S et InternalTranscribed Spacers (ITS), associée à des analyses de gènes dupliqués chez les cténophores et aux analysesphylogénomiques précédentes, a permis de résoudre une grande partie des relations phylogénétiques entre lesordres et les familles de cténophores, tout en permettant de préciser la position de la racine. Enfin, à uneéchelle taxonomique plus fine, une comparaison approfondie entre deux espèces du genre Pleurobrachia aumoyen de marquages immunohistochimiques montre le potentiel de ces techniques comme source denouveaux caractères structuraux « micro-anatomiques » à valeur diagnostique pour la délimitation etl’identification des espèces de cténophores. En conclusion, ce travail se veut une contribution au progrès dela systématique d’un embranchement encore méconnu et d’une grande importance pour la compréhensiondes évènements anciens de l’évolution animale.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01165014

NNT : 2014PA066448
tel-01165014
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01165014/file/these_archivage_3158995o.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Introduction Une exposition domiciliaire fongique élevée quantifiée par l’index environnemental moléculaire Environmental Relative Moldiness Index (ERMI) est associée au développement de l’asthme dans l’enfance. Dans ce travail, nous avons utilisé cette technique basée sur la quantification moléculaire de 36 champignons dans les poussières pour comparer sa valeur dans l’air à la détection par séquençage haut-débit NGS. Matériels et méthodes Des prélèvements de poussière et d’air ont été collectés dans 20 logements étiquetés « moisis » et 20 logements « non moisis » par les méthodes suivantes : 2 m2 de poussières prélevées à l’aide d’un embout Mitest™ positionné sur un aspirateur ; 3 m3 d’air prélevés par le collecteur cyclonique Coriolis® (Bertin Technologies, France). Tout d’abord, nous avons validé l’ERMI dans l’air versus les poussières, puis comparé dans les prélèvements d’air l’ERMI le séquençage NGS (10 échantillons « moisis » versus 10 échantillons « non moisis »). La cible était le gène 18S séquencé par pyroséquençage à l’aide du système Roche 454. Résultats et discussion Une corrélation entre l’ERMI « poussières » et l’ERMI « air » a été observée avec une valeur significative du test Kendall's tau. Les moisissures intérieures les plus identifiées étaient Aspergillus restrictus, A. fumigatus, A. versicolor, Aureobasidium pullulans Penicillium crustosum, Wallemia sebi, auxquelles s’associaient des moisissures classiquement d’extérieur, Cladosporium cladosporoides, Cladosporium herbarum. L’analyse des séquences obtenues par pyroséquençage était superposable à l’observation par ERMI. Les 3 genres les plus représentés dans l’air intérieur étaient Aspergillus, Penicillium et Cladosporium. Toutefois, quelques genres non inclus dans le panel ont pu être détectés en quantité non négligeable, à l’image des levures notamment du genre Cryptococcus. L’ERMI et le NGS apparaissent donc utiles et corrélés pour la quantification de la charge fongique environnementale dans l’air. L’ERMI a l’avantage d’être une technique rapide, mais sa limite est de cibler a priori 36 genres fongiques (définis initialement aux États-Unis). L’analyse NGS permet d’identifier d’autres genres potentiellement pertinents et donc d’adapter les cibles pour un ERMI « français »
Congrès de la SFMM
Talence-Bordeaux, France

hal-01198651
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01198651
DOI : 10.1016/j.mycmed.2015.06.013

Résumé : La connaissance de certaines caractéristiques d'une espèce donnée de crevette peut se trouver dans l'application d'une étude biométrique simple qui consiste à appréhender la croissance relative en comparant les relations entre différents caractères morphologiques chez des animaux de taille différente. Il va de soi qu'une telle étude n'a de sens que si l'on s'adresse à une "population" bien définie, c'est-à-dire remplissant les conditions d'isolement et d'homogénéité ; isolement dans le sens d'un écosystème déterminé et homogénéité dans celui d'une uniformité des caractéristiques individuelles. Cela nous amène à considérer : - le choix des espèces seules : les espèces présentant un intérêt commercial réel ont été retenues, à savoir celles déjà exploitées en Guyane française, Plesiopenaeus edwardsianus (fam. Aristeidae) et Solenocera acuminata (fam. Solenoceridae), ainsi que deux autres espèces capturées parallèlement mais avec des rendements nettement moindres et qui sont respectivement Aristeus antillensis (fam. Aristeidae) et Parapenaeus longirostris (fam. Penaeidae). - la constitution des échantillons : ils doivent être représentatifs de la population étudiée et donc satisfaire aux conditions requises. C'est pourquoi les individus de chaque espèce sont pris en nombre suffisamment grand, sur une aire géographique limitée (celle des campagnes de prospection), durant une courte période de temps (quelques jours) et en prélevant aléatoirement chaque animal de façon à obtenir une population la plus homogène possible et donc une distribution normale des tailles. Chez les crustacés comme la crevette cette dernière condition est souvent réalisée en raison d'une part de l'étalement de la période de ponte - surtout en zone équatoriale, et d'autre part de la variabilité des croissances individuelles.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00105/21622/19202.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00105/21622/