Éditeur(s) : HAL CCSD Consejo Superior de Investigaciones Científicas
Résumé : International audience
The temporal variation in carbon and nitrogen isotopic compositions (noted as δ 13 C and δ 15 N) was investigated in the convict surgeonfish (Acanthurus triostegus) at Moorea (French Polynesia). Over a period of 24 days, juveniles were reared in aquaria and subjected to two different feeding treatments: granules or algae. The dynamics of δ 13 C and δ 15 N in two muscles (the adductor mandibulae complex and the epaxial musculature) having different functions were compared. At the end of experiments, a steady-state isotopic system in each muscle tissue was not reached. Especially for the algal treatment, we found different patterns of variation in isotopic compositions over time between the two muscles. The turnovers of δ 13 C showed opposite trends for each muscle but differences are mitigated by starvation and by the metamorphosis. Our study highlighted that the metabolism of coral reef fish may be subjected to catabolism or anabolism of non-protein precursors at settlement, inducing variation in isotopic compositions that are not linked to diet change. Comparación de la dinámica de variación isotópica en dos músculos de un pez de arrecife de coral durante la fase de asentamiento Resumen: La variación temporal en la composiciones isotópicas del carbono y nitrógeno (δ 13 C y δ 15 N) fue investigada en el pez cirujano Acanthurus triostegus en Moorea (Polinesia Francesa). Durante un período de 24 días, peces juveniles se mantuvieron en acuarios y se sometieron a dos tratamientos de alimentación: gránulos o algas. Se compararon las dinámicas de cambio δ 13 C y δ 15 N en dos músculos con diferentes funciones (complejo aductor mandibular y musculatura epiaxial). Al final de los experimentos, no se alcanzó un sistema isotópico de estado estacionario en ningún tejido. Especialmente para el tratamiento de algas, encontramos distintos patrones de variación en composiciones isotópicas en el tiempo entre los dos músculos. Las variaciones en δ 13 C mostraron tendencias opuestas para cada músculo, pero las diferencias fueron mitigadas por la inanición y la metamorfosis. Nuestro estudio destaca que el metabolismo de los peces de arrecife puede ser sometido a catabolismo o anabolismo por los precursores no proteicos durante el asentamiento, induciendo variación en las composi-ciones isotópicas que no están vinculados al cambio de dieta.
ISSN: 0214-8358

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by-nc/
hal-01212253
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01212253
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01212253/document
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01212253/file/1598-3145-1-PB.pdf
DOI : 10.3989/scimar.04225.31A

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : Abidjan is the biggest fishing harbour of tropical tunas in the Gulf of Guinea (around 100 000 mt per year). Three canneries work on four species (yellowfin, skipjack, bigeye and albacore). Small size tuna, minor tuna and by-catches are refused by the canneries and are sold on the local market fish. It is the only part of the industrial purse seine catches directly sold in Abidjan. Since 1990, fishing operations on schools of tuna associated with artificial drifting FADs has become widespread. Log fishery allow to catch a majority of small tunas, and generates by-catches of various other pelagic species associated to the logs. The landed amounts of local market fish have increased: from 8 500 Mt per year estimated between 1987 and 1990, 21 000 Mt is reached between 1991 and 1993. Since 1994, controls have been carried out by French fishing companies. A sampling scheme allows us to analyse precisely the landings since 1998. From an interdisciplinary approach, we study the socio-economic role of this local fish market, especially the links between the different actors on this market, and we analyse his impact on fishing strategies by identifying the distribution networks (actors, prices, profit) and estimating the turnovers connected to this sector.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15318/12642.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15318/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
Le but de cette étude est de relier les variations des descripteurs de structure (densité du peuplement, surface terrière, biomasse aérienne) et de dynamique (croissance des arbres, taux de mortalité et de recrutement, flux de biomasse) de la forêt tropicale à la surface des parcelles forestières et à l'intervalle de temps entre les inventaires forestiers. Un jeu de données provenant d'un large réseau de parcelles recensé tous les 2 ans sur une période de 16 ans a été utilisé pour développer et paramétrer un nouveau modèle statistique de prédictions des coefficients de variations pour chacun des descripteurs étudiés. Plus de 90 % de la variabilité de ces coefficients de variation est prédit par un modèle statistique qui inclut la taille de la parcelle et l'intervalle de temps entre les inventaires. Tous les descripteurs de structure de la forêt varient de moins de 10% pour des parcelles de taille supérieure à 2 ha. Parmi les descripteurs de la dynamique forestière, le flux sortant de biomasse aérienne est le plus variable. Cinq parcelles de 6.25 ha sont nécessaires pour estimer sa moyenne, sur une période 16 ans, avec une erreur de 20 % sur la moyenne. Ceci contraste avec un flux entrant de biomasse aérienne, via la croissance et le recrutement, relativement constant. La croissance des arbres est remarquablement bien estimée avec moins de 15 % de variabilité pour une parcelle de 2 ha recensée tous les 2 ans. Ce travail fournit une méthode facile de quantification des limitations des jeux de données utilisés pour estimer les descripteurs de structure et de dynamique forestière. Ceci est un prérequis indispensable à l'analyse des effets du changement global sur les forêts tropicales.
ISSN: 0006-3606

hal-01093212
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01093212
DOI : 10.1111/j.1744-7429.2010.00644.x

Éditeur(s) : Pergamon-elsevier Science Ltd
Résumé : Environmental variables affect many processes of fish biology and their fluctuations are thought to be one of the main factors in variability of fish stocks. Recent work has shown that the variability of the environment in the frequency domain (i.e., the environmental noise) can interact with endogenous processes (e.g., density dependence) and affect fluctuations of animal populations. In this study, we investigate whether fluctuations of large pelagics' time series are affected by environmental noise and whether life-history traits of species modulate this response. By analysing several environmental variables and a large dataset of tuna and billfish catch per unit effort (CPUE) time series from the Atlantic, we show that in environments dominated by long-term fluctuations (i.e., red noise) CPUE time series were less variable and displayed smoother fluctuations. Furthermore, larger, slower-growing and later-maturing species were found to be more sensitive to changes of environmental noise than species with a shorter turnover rate. Our results suggest that environmental noise interacts with fish biology; understanding how it is integrated into biological processes might provide important insights to understand the responses of fish stocks dynamics to exploitation and environmental changes. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.
Progress In Oceanography (0079-6611) (Pergamon-elsevier Science Ltd), 2010-07 , Vol. 86 , N. 1-2 , P. 267-275

Droits : 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00011/12230/9083.pdf
DOI:10.1016/j.pocean.2010.04.025
http://archimer.ifremer.fr/doc/00011/12230/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : International audience
Cross-species analyses of plant functional traits have shed light on factors contributing to differences in performance and distribution, but to date most studies have focused on either leaves or stems. We extend these tissue-specific analyses of functional strategy towards a whole-plant approach by integrating data on functional traits for 13 448 leaves and wood tissues from 4672 trees representing 668 species of Neotropical trees. Strong correlations amongst traits previously defined as the leaf economics spectrum reflect a tradeoff between investments in productive leaves with rapid turnover vs. costly physical leaf structure with a long revenue stream. A second axis of variation, the 'stem economics spectrum', defines a similar tradeoff at the stem level: dense wood vs. high wood water content and thick bark. Most importantly, these two axes are orthogonal, suggesting that tradeoffs operate independently at the leaf and at the stem levels. By simplifying the multivariate ecological strategies of tropical trees into positions along these two spectra, our results provide a basis to improve global vegetation models predicting responses of tropical forests to global change.
ISSN: 1461-023X

hal-00594040
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00594040

Résumé : This document presents a survey of the marine-related activities in France, i.e. those of the commercial sector (exploitation of minerai and living resources, manufacturing industries, services) and those of the public sector (Navy, State services, education, safety, marine research). A chapter is devoted to the protection of the coastal and marine environment, and the chapter on tourism gives quantitative data on the impacts of the pollution caused by the Erika oil-tanker. Each activity of the commercial sector is described by key-figures (turnover, value added, employmentl. The description of the non-commercial public sector includes data on costs, including personnel costs. In addition to these figures, qualitative information is given on the recent development, present situation and outlook for each activity
Ce document présente un panorama des activités liées à la mer en France, c'est-à-dire du secteur industriel (exploitation des ressources minérales et vivantes, industrie manufacturière, services) et celles du secteur public non marchand (Marine nationale, services de l'État, enseignement, sécurité, recherche marine). Un chapitre est consacré à la protection de l'environnement littoral et marin, et le chapitre sur le tourisme donne des indications quantitatives sur les impacts de la pollution causée par le navire pétrolier Erika. Chaque activité du secteur industriel est décrite par des chiffres-clés (chiffre d'affaires, valeur ajoutée, emploi). Pour le secteur public non marchand, sont fournies des données sur les coûts, notamment les coûts de personnel. Ces indicateurs sont accompagnés d'informations qualitatives sur l'évolution récente , la situation actuelle et les perspectives de chaque activité.

Droits : 2002 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22850/20660.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22850/53085.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22850/

Éditeur(s) : Gauthier-Villars
Résumé : Four planktonic coastal ecosystems from the western Channel to the southern part of the North Sea have been compared. The characteristics of the south of the North Sea are a very high planktonic biomass with an annual maximum value of 45 mg C m-3 h-1 for primary production, a maximum of 11 mg m-3 for Chlorophyll a and 60 mg C m-3 for zooplanktonic biomass (expressed in term of carbon weight), linked with an oscillating ecosystem. In the western Channel primary production shows an annual maximum value of 8 mg C m-3 h-1, die chlorophyll a, a maximum of 2.5 mg m-3 and zooplanktonic carbon weight of 14 mg C m-3 linked to a greater inertia in the system. Turnover is faster in the north. Trophic efficiency ratios have been calculated and linked to hydrodynamic conditions and currents. The impacts of a thermal perturbation from a nuclear power plant effluent (DT 11-degrees - 15-degrees-C) applied to ecosystems are compared.
Oceanologica Acta (0399-1784) (Gauthier-Villars), 1993 , Vol. 16 , N. 5-6 , P. 661-670

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21130/18750.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00100/21130/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The distribution, partition and speciation of mercury (Hg) were studied along the redox gradient of an anthropogenically perturbed tropical estuary, the Sinnamary Estuary in French Guiana. This system is a partially mixed estuary characterized by an anoxic freshwater end-member, while the marine end member consists of the Amazon Plume. The set up of an artificial oxygenation system in the anoxic freshwater end-member generates sharp gradients of major chemical species (iron, sulfides, etc.) coupled with intense organic matter (OM) turnover. The coexistence of oxygenated waters and dissolved sulfides in an organic rich environment depicts the Upper Sinnamary Estuary (USE: part of Sinnamary Estuary under the tidal influence but upstream of the salt intrusion) as a potential site for Hg methylation. The concentrations of all mercurial species (HgT) in the unfiltered samples (HgTUNF), in the dissolved (HgTD) and particulate (HgTP) phases of the USE average 11 ± 3, 6 ± 2 and 5 ± 3 (i.e. 600 ± 200 pmol g-1) pmol L-1 respectively. Average concentrations of monomethylmercury (MMHg) in the unfiltered (MMHgUNF), dissolved (MMHgD) and particulate (MMHgP) phases were 3.7 ± 1.0, 2.0 ± 0.9 and 1.8 ± 1.2 (i.e. 220 ± 130 pmol g-1) pmol L-1 respectively. Water oxygenation and sulfides concentrations emerged to play a critical role in controlling MMHg levels. Additionally, iron cycling, acid-base mechanisms, and edoxdependent processes were involved in the MMHg partitioning between phases. Overall, the USE constitutes a biogeochemical reactor that gathers partitioning and methylation processes. Thepermanent MMHg inputs from the anoxic freshwater end-member combined with the intense endogenous Hg methylation ensures high MMHg levels in both dissolved and particulate phases. To illustrate, the USE exports 60 ± 20 % more MMHgUNF than it imports: 5.5 ± 0.7 vs. 3.5 ± 1.2 kg y-1.
Geochimica et Cosmochimica Acta (0016-7037) (Elsevier), 2008-07 , Vol. 72 , N. 22 , P. 5416-5430

Droits : 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4223.pdf
DOI:10.1016/j.gca.2008.08.021
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4223/

Éditeur(s) : Montpellier SupAgro
Résumé : One of the main challenges in ecology is to understand how global changes affect biodiversity and what are the consequences on ecosystem functioning. In this perspective, the functional diversity of communities is a cornerstone since it allows linking environment, community structure and ecosystem properties. The aim of this thesis is thus to improve the understanding of functional diversity dynamic (i) in relation to natural variability of environmental conditions and (ii) under anthropogenic disturbances. As a first step we have developed a new methodological framework allowing to (1) describe fish functional niches based on functional traits, and (2) to quantify functional diversity within (α) and among (β) sites thanks to new indices. In a second step we have studied the spatiotemporal dynamic of the functional structure of fish and nektonic communities from the Terminos lagoon (Mexico). This tropical estuarine ecosystem is an appropriate ecological model for our problematic as it is characterized by a strong environmental variability, a high biological diversity and is under a strong human pressure. We have put in light the stability of the functional and trophic structures of communities along environmental gradients, despite a very strong species turnover. This stability is determined by the dominance of a couple of functional groups inside which species are replacing each others according to their environmental preferences. However, at a long-term scale, we have demonstrated a functional diversity loss in a part of the lagoon despite an increase of species richness. This paradox has to be related to the decrease of species associated to seagrass and the increase of more estuarine species.
Un des enjeux majeurs de l'écologie est de comprendre comment les changements globaux affectent la biodiversité et quelles en sont les conséquences sur le fonctionnement des écosystèmes. Dans cette perspective, la diversité fonctionnelle des communautés est un outil clé permettant de lier l'environnement, la structure des communautés et les propriétés écosystémiques. L'objectif de cette thèse est donc d'améliorer la compréhension de la dynamique de la diversité fonctionnelle (i) face à des conditions environnementales naturellement variables et (ii) face à des perturbations d'origine anthropique. Dans un premier temps nous avons mis en place un socle méthodologie nous permettant de (1) définir la niche fonctionnelle des poissons à partir de traits fonctionnels et (2) de quantifier les diversités fonctionnelles intra (α) et inter (β) échantillons avec de nouveaux indices. Dans un second temps nous avons étudié la dynamique spatio-temporelle de la structure fonctionnelle des communautés ichtyologiques et nectoniques peuplant la lagune de Terminos (Mexique). Cet écosystème estuarien tropical est un modèle d'étude adapté à notre problématique car il présente une forte variabilité environnementale, une forte diversité biologique et est sous forte pression anthropique. Nous avons mis en évidence une stabilité de la structure fonctionnelle et trophique des communautés face aux gradients environnementaux très marqués, et donc malgré un fort taux de remplacement des espèces entre les communautés. Cette stabilité est due à la dominance de quelques groupes fonctionnels à l'intérieur desquels les espèces se remplacent suivant leurs preferendums environnementaux. Néanmoins, à plus long terme, nous avons démontré qu'une portion de la lagune avait subi une perte de diversité fonctionnelle et ce malgré une augmentation de la richesse spécifique. Ce paradoxe est à relier au remplacement des espèces inféodées aux herbiers de phanérogames par des espèces plus estuariennes.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/these-6178.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6178/

Éditeur(s) : Elsevier Science Bv
Résumé : Small-scale fisheries have traditionally received less research effort than large-scale fisheries and are generally under-studied in Europe. In spite of their comparatively low volume of catches and economic importance, small-scale fisheries are socially important and an integral part of the European coastal zone. Considering the high heterogeneity of situations and the paucity of quantitative data, we used an analytical methodology based on the comparative method. We carried out an analysis of small-scale fisheries (SSFs) in Europe based on a selection of nine case studies. Our objective was to obtain a comprehensive description of small-scale fleets covering different areas/fisheries/species, encompassing the diversity and specific conditions under which SSFs operate, in order to demonstrate the ecological and social sustainability of this often overlooked fisheries segment. A common approach formulated so that the case studies could be compared with the case histories of other competing users, required that for each set of criteria – technical, biological, socio-economic, and institutional – a set of relevant items and indicators was established. An analysis of characteristics common to the selected case studies is conducted and an attempt made to extend our comparisons to the whole of the European Union. Our results show that (as compared with large-scale fleets, their main competitor) small-scale fleets: (i) are composed of smaller vessels and, consequently, travel lower distances to fishing grounds, and are more reliant on coastal areas; (ii) have smaller crews (although the global employment figure is similar to that of large-scale fleets in Europe); (iii) use mostly, but not exclusively, passive gears; (iv) use multi-purpose fishing approaches, and can change the fish species they target during the year; (v) have lower extraction rates; (vi) have lower total capital investments (including fishing rights), turnover and costs; and (vii) have lower fuel consumption, making them less sensitive to changing oil prices. Dependence on subsidies is lower (viii). Involvement in fisheries management is variable, conservation and access regulation measures are largely local in origin. For the selected case studies, the most significant competitors are large-scale fleets, and recreational fisheries, but other sources of interaction (water quality, invasive species, etc.) cannot be ignored.
Fisheries Research (0165-7836) (Elsevier Science Bv), 2013-02 , Vol. 140 , P. 1-13

Droits : 2012 Elsevier B.V. All rights reserved
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22934/20757.pdf
DOI:10.1016/j.fishres.2012.11.008
http://archimer.ifremer.fr/doc/00118/22934/

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The necessity to move from a traditional fishery management to an ecosystem approach is now acknowledged. Indicators are required to support the development of this approach. For example, community indicators have been proposed to assess the impact of fishing. We tested here the applicability of one such community indicator, the abundance-biomass comparison (ABC method), as a measure of the impact of bottom trawling (years of sampling: 2001 and 2003) on the benthic invertebrates-typically starfishes, crabs, squat lobsters, shrimps and large hard-shelled molluscs-of "Grande Vasiere", a major French fishing zone, in the Bay of Biscay. The ABC method is generally used as an impact indicator for different types of physical, biological and anthropogenic disturbances on benthic communities. This method is based on the assumption that increasing disturbance shifts communities from dominance by large-bodied species with low turnover rates toward dominance by small-bodied species with high turnover rates. At less disturbed areas the average biomass of individuals is greater than at more heavily disturbed areas. The ABC method measures this effect by comparing the ranked distributions of abundance and biomass within a given community. We applied the ABC method and compared the size structure and the species diversity at two areas exposed to moderate and high bottom trawl effort. Species diversity was lower in the most exploited area. The highly trawled area was dominated by opportunistic organisms, mainly one species of swimming crab Liocarcinus depurator, one species of squat lobster Munida rugosa and Norway lobsters Nephrops norvegicus, which are large-bodied species. Consequently, the results of the ABC method were inconsistent with the theoretical expectation for these particular macrofaunal communities and the measured levels of fishing intensity.
La nécessité de passer d'une gestion monospécifique des pêches à une approche écosystémique est largement reconnue. Pour mettre en place une telle approche, des indicateurs ont été proposés afin d'estimer l'impact de la pêche sur les communautés. Nous avons testé l'efficacité de l'un de ces indicateurs, la comparaison abondance-biomasse (méthode ABC), pour mesurer l'impact du chalutage de fond (année d'échantillonnage : 2001 et 2003) sur les communautés de la macrofaune benthique de la Grande Vasière, golfe de Gascogne (typiquement des crabes, étoiles de mer, des galathées, de gros mollusques à coquille dure). La méthode ABC est généralement utilisée comme un indicateur d'impact de différents types de perturbations physiques, biologiques et anthropiques sur les communautés benthiques. Cette méthode est basée sur l'hypothèse qu'un régime de perturbation croissant entraîne une modification de la structure des communautés qui deviennent graduellement dominées par des espèces opportunistes de petite taille caractérisées par un renouvellement rapide. Dans une communauté modérément perturbée, la biomasse moyenne des individus est ainsi plus grande que dans une communauté fortement perturbée. La méthode ABC mesure cet effet en comparant les distributions en biomasse et densité dans chaque communauté. Nous avons appliqué la méthode ABC et étudié la structure en taille et la diversité spécifique des communautés benthiques en comparant deux zones, l'une soumise à un effort de pêche modéré et l'autre à un important effort de pêche. La diversité spécifique était plus faible sur les sites fortement chalutés. Ces sites étaient dominés par des organismes opportunistes de grande taille, principalement une espèce de crabe nageur Liocarcinus depurator, une espèce de galathée Munida rugosa et des langoustines Nephrops norvegicus. Dans ces conditions, les résultats de la méthode ABC n'étaient pas cohérents avec la théorie pour ces communautés de macro-invertébrés benthiques et les efforts de pêche mesurés.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2006-07 , Vol. 19 , N. 3 , P. 219-228

Droits : 2006 EDP
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2133.pdf
DOI:10.1051/alr:2006022
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2133/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The individual food-demand behavior of juvenile European sea bass (Dicentrarchus labrax, L.) reared in groups under self-feeding conditions was investigated. The triggering activity on self-feeder, i.e. index of the food-demand activity, agonistic interactions and territorial behavior were monitored for periods of 42 to 68 days in six groups of 50 fish. The specific growth rate was calculated and the brain serotonergic activity was used as a stable index of social stress. Inter-individual differences appeared in triggering activity and three groups were distinguished: 3-5 high-triggering fish, 17-30 low-triggering fish and the remaining individuals were null-triggering fish. There were no significant differences in specific growth rates calculated at the end of the experiment (day 42 or day 68) between individuals with high, low, and null food-demand (ANOVA, p > 0.05). No territorial or agonistic behaviors were observed, however, there were significant differences in brain scrotonergic activity between the three triggering groups (ANOVA, p=0.050 in telencephalon and p=0.004 in cerebellum). Specifically, high-triggering fish had lower serotonergic turnover than low or null-triggering fish. We put forth the hypothesis that fish with low or null-triggering activity could be stressed by the high activity of high-triggering individuals. (c) 2006 Elsevier Inc. All rights reserved.
Physiology & Behavior (0031-9384) (Elsevier), 2007-03 , Vol. 90 , N. 4 , P. 559-566

Droits : 2006 Elsevier Inc. All rights reserved
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-2637.pdf
DOI:10.1016/j.physbeh.2006.11.005
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2637/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Evidence has accumulated that climate variability influences the state and functioning of marine ecosystems. At the same time increasing pressure from exploitation and other human activities has been shown to impact exploited and non-exploited species and potentially modify ecosystem structure. There has been a tendency among marine scientists to pose the question as a dichotomy, i.e., whether (1) "natural" climate variability or (2) fishery exploitation bears the primary responsibility for population declines in fish populations and the associated ecosystem changes. However, effects of both climate and exploitation are probably substantially involved in most cases. More importantly, climate and exploitation interact in their effects, such that climate may cause failure in a fishery management scheme but that fishery exploitation may also disrupt the ability of a resource population to withstand, or adjust to, climate changes. Here, we review how exploitation, by altering the structure of populations and ecosystems, can modify their ability to respond to climate. The demographic effects of fishing (removal of large-old individuals) can have substantial consequences on the capacity of populations to buffer climate variability through various pathways (direct demographic effects, effects on migration, parental effects). In a similar way, selection of population sub-units within metapopulations may also lead to a reduction in the capacity of populations to withstand climate variability and change. At the ecosystem level, reduced complexity by elimination of species, such as might occur by fishing, may be destabilizing and could lead to reduced resilience to perturbations. Differential exploitation of marine resources could also promote increased turnover rates in marine ecosystems, which would exacerbate the effects of environmental changes. Overall (and despite the specificities of local situations) reduction in marine diversity at the individual, population and ecosystem levels will likely lead to a reduction in the resilience and an increase in the response of populations and ecosystems to future climate variability and change. Future management schemes will have to consider the structure and functioning of populations and ecosystems in a wider sense in order to maximise the ability of marine fauna to adapt to future climates. (C) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
Journal of Marine Systems (0924-7963) (Elsevier), 2010-02 , Vol. 79 , N. 3-4 , P. 403-417

Droits : 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2010/publication-7384.pdf
DOI:10.1016/j.jmarsys.2008.12.018
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7384/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley-Blackwell
Résumé :  
Cross-species analyses of plant functional traits have shed light on factors contributing to differences in performance and distribution, but to date most studies have focused on either leaves or stems. We extend these tissue-specific analyses of functional strategy towards a whole-plant approach by integrating data on functional traits for 13 448 leaves and wood tissues from 4672 trees representing 668 species of Neotropical trees. Strong correlations amongst traits previously defined as the leaf economics spectrum reflect a tradeoff between investments in productive leaves with rapid turnover vs. costly physical leaf structure with a long revenue stream. A second axis of variation, the 'stem economics spectrum', defines a similar tradeoff at the stem level: dense wood vs. high wood water content and thick bark. Most importantly, these two axes are orthogonal, suggesting that tradeoffs operate independently at the leaf and at the stem levels. By simplifying the multivariate ecological strategies of tropical trees into positions along these two spectra, our results provide a basis to improve global vegetation models predicting responses of tropical forests to global change.
Ecology Letters

hal-01032142
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032142
DOI : 10.1111/j.1461-0248.2010.01517.x

Résumé : This document presents a survey of the marine-related activities in France, i.e. those of the commercial sector (exploitation of mineral and living resources, manufacturing industries, services) and those of the public sector (Navy, State services, education, safety, marine research). A chapter is devoted to the protection of the coastal and marine environment, and the chapter on tourism gives quantitative data on the impacts of the pollution caused by the Erika oil-tanker. Each activity of the commercial sector is described by key-figures (turnover, value added, employment). The description of the non-commercial public sector includes data on costs, including personnel costs. In addition to these figures, qualitative information is given on the recent development, present situation and outlook for each activity.
Ce document présente un panorama des activités liées à Ia mer en France, c'est-a-dire du secteur industriel (exploitation des ressources minérales et vivantes, industrie manufacturière, services) et celles du secteur public non marchand (Marine nationale, services de I'Etat, enseignement, sécurité, recherche marine). Un chapitre est consacre a Ia protection de l'environnement littoral et marin, et le chapitre sur le tourisme donne des indications quantitatives sur les impacts de Ia pollution causée par le navire pétrolier Erika. Chaque activité du secteur industriel est décrite par des chiffres-clés (chiffre d'affaires, valeur ajoutée, emploi). Pour le secteur public non marchand, sont fournies des donnees sur les coûts, notamment les coûts de personnel. Ces indicateurs sont accompagnes d'informations qualitatives sur l'évolution récente, Ia situation actuelle et les perspectives de chaque activité.

Droits : 2002 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22852/20661.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00117/22852/

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé : Tropical forests contain an important proportion of the carbon stored in terrestrial vegetation, but estimated aboveground biomass (AGB) in tropical forests varies two-fold, with little consensus on the relative importance of climate, soil and forest structure in explaining spatial patterns. Here, we present analyses from a plot network designed to examine differences among contrasting forest habitats (terra firme, seasonally flooded, and white-sand forests) that span the gradient of climate and soil conditions of the Amazon basin. We installed 0.5-ha plots in 74 sites representing the three lowland forest habitats in both Loreto, Peru and French Guiana, and we integrated data describing climate, soil physical and chemical characteristics and stand variables, including local measures of wood specific gravity (WSG). We use a hierarchical model to separate the contributions of stand variables from climate and soil variables in explaining spatial variation in AGB. AGB differed among both habitats and regions, varying from 78 Mg ha−1 in white-sand forest in Peru to 605 Mg ha−1 in terra firme clay forest of French Guiana. Stand variables including tree size and basal area, and to a lesser extent WSG, were strong predictors of spatial variation in AGB. In contrast, soil and climate variables explained little overall variation in AGB, though they did co-vary to a limited extent with stand parameters that explained AGB. Our results suggest that positive feedbacks in forest structure and turnover control AGB in Amazonian forests, with richer soils (Peruvian terra firme and all seasonally flooded habitats) supporting smaller trees with lower wood density and moderate soils (French Guianan terra firme) supporting many larger trees with high wood density. The weak direct relationships we observed between soil and climate variables and AGB suggest that the most appropriate approaches to landscape scale modeling of AGB in the Amazon would be based on remote sensing methods to map stand structure.
ISSN: 1354-1013

hal-01374829
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01374829
DOI : 10.1111/j.1365-2486.2011.02432.x
PRODINRA : 183370

Éditeur(s) : Universite Montpellier II
Résumé : Since 1980, the expansion of a green macro-alga: Valonia aegagropila (C Agardh) is observed in Salses-Leucate lagoon (France). It is currently distributed in the north of the lagoon with important biomasses (40 gDW/m²) eroding the cover of Zostera noltii. The free form of the alga can be transported with the surface or bottom currents depending on seasons. It multiplies mainly by vegetative reproduction. There are few studies on the ecophysiological capacities of V. aegagropila. This work tries to answer why (physiological adaptation) and how (mechanical process of transport) the alga invaded the lagoon, with an approach including observations, experiments in controlled environment and biological and hydrodynamic models. The growth capacities depend on temperature and light intensities, the nutrients absorption rates and internal nitrogen and phosphorus internal quotas were measured and modelled using a Droop model based on internal quota. Vertically transport was studied with laboratory experiments and measurements of biomass transport were made into the lagoon. The biological model (growth, vertical transport, mortality) was coupled to the MARS 3D hydrodynamic model with a meshgrid of 160m. The results show an adaptation of the alga to low availability of phosphorus and an annual growth of biomass controlled by the availability of nutrient during winter. The alga seems to occupy the whole zones where growth is optimal and the risk of invasion of the southern part of the lagoon is limited. This work opens on research prospects on an ecological model (confronting physiological capacities and competition of V. aegagropila, Zostera noltii, green algae and primary production), new physiological experiments, ecological observations and potential valorisation of V. aegagropila.
Depuis 1980, est observée dans l'étang de Salses-Leucate l'expansion d'une macro-algue verte : Valonia aegagropila (C. Agardh). En 2004, elle était présente sur la presque totalité de la moitié nord de la lagune avec des biomasses importantes (jusqu'à 600 gPS/m²). L'algue envahit et érode également la couverture d'herbiers garant de la biodiversité, de la productivité et de la stabilité de l'écosystème. V. aegagropila se reproduit essentiellement de manière végétative (fragmentation des thalles) et possède la particularité de retenir de l'oxygène de la photosynthèse dans sa structure sphérique. Cet oxygène piégé lui donne la possibilité de mouvement sur la verticale et d'être transportée dans le domaine par les courants. Les conditions physico-chimiques de l'étang présentent de fortes variations saisonnières en salinité, en température et en turbidité, ainsi que des apports nutritifs faibles : la production primaire est principalement limitée par le phosphore. Il existe malheureusement peu d'informations sur V. aegagropila ainsi que trop peu de connaissances sur son écophysiologie. Elle semble vivre dans des milieux plutôt oligotrophe dans des régions tropicales à sub-tropicales. Ce travail basé sur une approche d'observations de terrain, d'expérimentations en milieu contrôlé (en laboratoire) et de modélisation des processus, a permis d'une part d'explorer les capacités adaptatives physiologiques de V. aegagropila aux conditions environnementales de l'étang et d'autre part de mettre à jour les modes de fonctionnement de la dynamique spatio-temporelle de la population. Les capacités de croissance ont été mesurées sur un large spectre de température et de lumière. Les capacités d'absorption des sels nutritifs dans l'eau et les facultés de l'algue à stocker l'azote et le phosphore dans ses tissus ont également été étudiées. D'autre part, un modèle de dynamique des populations a été conceptualisé puis développé. Les processus pris en compte dans ce modèle sont la croissance de l'algue (modèle à quota interne), la flottabilité de l'algue et la mortalité par surdensité. Ces processus ont été paramétrés en majeure partie par des expérimentations réalisées en laboratoire. Ce modèle 0D a par la suite était couplé au modèle hydrodynamique MARS3D (modèle Ifremer) mis en place sur la lagune de Salses-Leucate, utilisant deux grilles de calcul (160m ou de 80m de résolution). Les simulations réalisées permettent d'appréhender les capacités spatio-temporelles de la croissance de l'algue dans l'étang, le turnover annuel de la biomasse totale et les attracteurs de biomasse du système sous différents évènements météorologiques. Ces résultats sont comparés avec les répartitions cartographiques de la population observées in situ en 1999 et 2004 et des flux de biomasses mesurés au cours d'observations de terrain entre juin 2003 et septembre 2004. L'ensemble des résultats montre d'une part une adaptation de l'algue à évoluer dans un milieu pauvre en phosphore et d'autre part une croissance annuelle de la biomasse totale qui est principalement contrôlée par les apports hivernaux en sels nutritifs dans la lagune. Les résultats des simulations montrent également que V. aegagropila semble occuper à présent la majeure partie des zones favorables à sa croissance. Il est également montré que si sa capacité de mouvement peut favoriser la dispersion d'individus dans la lagune et accélérer la croissance de la population pour de faibles biomasses initiales, cette même capacité de mouvement joue plutôt un rôle de régulation de la population lorsque la biomasse totale devient importante. On peut penser que le risque de colonisation de l'herbier à zostère de la partie sud de la lagune (bassin de Salses) est limité. Ce travail ouvre enfin des perspectives de recherche sur l'amélioration du modèle de dynamique des populations de l'espèce, sur de nouvelles expérimentations à réaliser ou encore sur la surveillance écologique du milieu. Des propositions sont faites pour concevoir un modèle écologique confrontant les capacités physiologiques des macrophytes (algues vertes, Valonia et zostères) afin d'apréhender les phénomènes de compétitions et les modes de fonctionnement du réseau trophique de la lagune de Salses- Leucate. Des pistes sur la valorisation de la matière algale de V. aegagropila sont enfin proposées.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-2453.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2453/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Manque : organisateur de la manifestation - éléments/proceedings
With the new data on bathymetry, currentology, in this ecosystem and the abiotic variables studied from February to May 2007, a review of the Manche-à-Eau’s biological zonation recently stated from the fishassemblage is proposed. The water volume turnover at each tide (14,8%) twice a day combined with an active and various hydrodynamism contribute to vivify the lagoon andprovide information for a better interpretation of the Well-Being Index values and the populational parameters gradients of the fish assemblage. During the studied period, no gradient is observed with the abiotic variables. The water characteristics are homogene-ous verywhere in the lagoon, in the water column and whatever the period studied (temperature: 30,02°C; salinity: 36,16 ‰; pH:8,29; turbidity: 6,10 mg/L; conductivity: 5,51S/m; dissolved oxygen: 7,18mg/L; dissolved solids: 32,78g/Ll; osmolarity:1021,7milliosmoles). A revised biological zonation of the Manche-à-Eau lagoon is pro-posed. According to the quality observed, it is made of three zones, instead four, from II to IV: the zone II is more spread at South and narrow along the island, the zone III occupies the geater part of the ecosystem and the zone IV centered on the two main depressions at South and West, on the shallows and its North-West border and the end of the sector enclaved at South-West.
Con los nuevos datos sobre batimetría y la corrientología en este ecosistema y las variables abióticas estudiadas de febrero a mayo del 2007, se propone una revisión de la zonación biológica recientemente establecida en cuanto a la agrupación de peces del Manche-à-Eau. El volumen de agua renovada dos veces al día en cada marea (14.8%) combinado a un hidrodinamismo activo y variado contribuyen a verificar la laguna, y aportan elementos para una mejor interpretación de los valores de los índices de buen estado y de los diferentes parámetros poblacionales de la ictiofáuna presente. Durante el período estudiado no se observó ningúngradiente con los parámetros abióticos. Las características del agua son homogéneas a lo largo de toda la laguna. En la columna de agua en cualquiera de los períodos considerados (temperatura: 30,02°C; salinidad: 36,16 ‰; pH: 8,29; turbidez: 6,10 mg/L;conductividad: 5,51 S/m; oxígeno disuelto: 7,18 mg/L; sólidos disueltos: 32,78g/L; osmolaridad: 1021,7miliosmoles). Se propone una zonación biológica rectificada. De acuerdo a la calidad observada, esta, está compuesta por tres zonas en lugar de cuatro: de II a IV, la zona II está mas dispersa al sur y es mas estrecha a lo largo de la isla, la zona III domina la mayor parte del ecosistema y lazona IV está centrada en las dos principales depresiones al sur y al oeste, las zonas someras y en su borde al noroeste al igual que del sector enclavado al suroeste.
Avec les nouvelles données sur la bathymétrie et la courantologie de cet écosystème et les paramètres physicochimiques étudiés entre février et mai 2007, c’est une actualisation de la zonation biologique établie récemment à partir de l’assemblage de poissons y séjournant qui est proposée dans cette étude. En effet, le volume d’eau renouvelé deux fois par jour à chaque marée (14,8%) combiné à un hydrodynamisme actif et varié contribuent à vivifier la lagune, et apportent des éléments pour une meilleure interprétation des valeurs des indices de bien-être et des gradients des paramètres populationnels de l’ichtyofaune présente. Durant la période étudiée, aucun gradient n’est observé avec les paramètres abiotiques. La caractéristique des eaux est homogène partout dans la lagune, sa colonne d’eau et aux différentes périodes considérées (température : 30,02°C ; salinité : 36,16 ‰ ; pH : 8,29 ; turbidité : 6,10 mg/L ; conductivité : 5,51 S/m ; oxygène dissous : 7,18 mg/L ; solides dissous : 32,78g/L ; osmolarité : 1021,7milliosmoles). Une zonation biologique rectifiée est proposée. Plus conforme à la qualité observée, elle est composée de trois zones, au lieu de quatre, allant de II à IV: la zone II un peu plus étendue au Sud et plus étroite le long de l’île, une zone III dominante sur l’ensemble de la lagune, et une zone IV centrée sur les deux principales dépressions au Sud et à l’Ouest, le haut-fond et sa bordure au Nord-Ouest ainsi que le fond du secteur enclavé au Sud-Ouest.
Proceedings of the 61st Gulf and Caribbean Fisheries Institute
Le Gosier, Guadeloupe, France

hal-01600920
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01600920
PRODINRA : 384820

Résumé : La distribution actuelle des espèces d’arbres des forêts tropicales humides amazoniennes est le résultat de processus dynamiques sur lesquels les perturbations passées, d’origine climatique ou anthropique, peuvent avoir jouées un rôle majeur. Des outils génétiques actuels associés à des méthodes d’analyses puissantes permettent d’inférer et de dater l’empreinte génomique des évènements démographiques subits par les populations naturelles. Le but de cette thèse est de contribuer à une vision d’ensemble de l’évolution démographique de la forêt tropicale humide du plateau des Guyanes pendant le Quaternaire. J’ai d’abord étudié les propriétés des microsatellites (répétitions simple de séquences, SSR) et les limites de leurs applications en tant que marqueurs moléculaires en phylogéographie. Plusieurs allèles SSR contenu dans diverses populations de trois genres d’arbres différents ont été séquencés et le polymorphisme, porté par chaque partie des fragments ADN contenant des SSR, a été étudié. J’ai observé que la quantité de variation génétique était aussi importante dans les régions encadrant le microsatellite que dans le SSR lui-même. Ces régions ont contribué significativement à l’information phylogénétique et ont parfois été la principale source de différenciation entre les individus et les populations. Cette expérience m’a permis de choisir la meilleure stratégie à adopter pour traiter les données de variation génétique des SSR dans des modèles démographiques. J’ai ensuite utilisé ces marqueurs SSR et des méthodes ABC pour étudier l’impact local des occupations humaines précolombiennes sur les forêts en Guyane française. Les changements démographiques subis par des populations de quatre espèces d’arbres ont été comparés entre cinq sites occupés et quatre sites non perturbés. Les perturbations naturelles et induites par l’homme ont contribué à la mise en place de la diversité observée actuellement, comme le suggère des signatures d’effet fondateur détectées sur les sites perturbés ou non. Néanmoins, la taille des populations fondatrices semble être proportionnelle à l’impact humain estimé, indiquant que les perturbations anthropique ont induit un remplacement des populations plus important que les processus écologiques naturels. Pour terminer, j’ai mené une étude de démographie comparative d’espèces d’arbres tropicaux à l’échelle régionale de la Guyane française. Cinq scénarios démographiques ont été testés pour neuf populations de huit espèces en utilisant des microsatellites nucléaires et des séquences chloroplastiques. Les changements démographiques les plus récents détectés convergent vers une signature générale d’expansion de la forêt humide depuis probablement la dernière glaciation. Cela peut suggérer, soit que la composition des forêts du plateau des Guyanes était différente, ou que le couvert forestier était moins étendu. Ce résultat constitue le premier indice de changement passé, probablement d’origine climatique, subi par les communautés forestières du plateau des Guyanes ; qui n’avait jusque-là pas pu être testé avec des méthodes standards en raison d’un manque de fossiles. En conclusion, j’ai recueilli des preuves génétiques que les perturbations, à différents échelles de temps, ont marqué la structure et la composition génétique des forêts du plateau des Guyanes. L’application de ces méthodes à d’autres régions Néotropicales pourrait contribuer, à l’avenir, à reconstruire l’histoire écologique de la forêt amazonienne de façon détaillée.
The current tree species distribution in Amazonian tropical rainforests is the outcome of dynamic processes in which past perturbations, climatic or anthropogenic, may have played a major role. Currently available genetic tools associated with powerful analytical methods allow inferring and dating the genomic imprint of demographic events undergone by natural populations. The aim of my thesis is to contribute to an overview of the demographic evolution of the tropical rainforest in the Guiana shield during the Quaternary. I have first studied the properties of microsatellites or Simple sequence repeat (SSR) and the limits in their applications as molecular markers in phylogeography. Several SSR alleles in multiple populations of three divergent tree genera have been sequenced and the sources of polymorphisms, carried by each portion of SSR-containing DNA amplicons, have been broken apart. I have observed that the amount of variation was as large in flanking regions as in the SSR itself. The former contributed significantly to the phylogenetic information and sometimes was the main source of differentiation among individuals and populations. This experiment allowed me to choose the best strategy to treat SSR variation in demographic modeling. I have subsequently used SSR markers and ABC methods to study the impact of pre-Columbian human settlements at the local level on rainforests in French Guiana. Demographic changes undergone by populations of four tree species were compared between five settled and four undisturbed sites. Both natural turnover and human-induced disturbances appeared as shaping currently observed genetic diversity, with signatures of founder effect both at disturbed and undisturbed sites. Nevertheless, the size of founding populations appeared to be proportional to the estimated human impact, suggesting that human-made disturbance caused deeper population turnover than background ecological processes. Finally, I have conducted a comparative demography study of tropical tree species at the regional level across French Guiana. Five demographic scenarios have been tested for nine populations from eight species using both nuclear microsatellites and chloroplastic sequences. The most recent demographic signals detected converge on a global signature of expansion of the rainforest since probably the last glaciation. This finding can suggest either that the composition of the Guiana shield rainforests was different, or that its global extent was smaller, during earlier epochs of the Pleistocene than today. This result is the first firm indication of changes undergone by the forest communities of the Guiana shield in the distant climatic past – something which could not be tested with standard methods due to almost complete lack of fossil evidence. In conclusion, I have gathered genetic evidence that disturbances, both in historical and geological times, have marked the structure and composition of forests in the Guiana shield.The extensive application of these methods to other regions of the Neotropics maycontribute, in the future, to the detailed reconstruction of the ecological history ofAmazonian forests.

http://www.theses.fr/2012AGUY0568/document

Résumé : The purpose of this book is to value the economic significance of marine-related activities in France. Each industrial, or public non-commercial, sector is characterized by key figures relating to annual turnover, value added, employment and budget. These figures are accompanied with qualitative information on the recent development, current situation and future perspectives of the sector in terms of markets, employment and technological progress. Public and private R&D, and the protection of coastal and marine environment are also allowed for. Given the diversity of marine-related activities, this information aims at enabling the reader to assess their importance from a comparative angle.
Le présent ouvrage a pour but d'évaluer l'importance économique des activités liées à la mer en France. Chaque secteur - industriel marchand, public non marchand - est caractérisé par des chiffres-clés portant sur le chiffre d'affaires annuel, la valeur ajoutée, l'emploi, le budget. Ces indicateurs sont accompagnés d'informations qualitatives sur l'évolution récente, la situation actuelle et les perspectives du secteur : marchés, emplois, progrès technique. La R&D publique et privée, ainsi que la protection de l'environnement, sont également prises en compte. Compte tenu de la diversité des activités liées à la mer, ces informations visent à permettre au lecteur d'en apprécier l'importance sous un angle comparatif.

Droits : 1998 IFREMER
http://archimer.ifremer.fr/doc/1999/rapport-1312.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1312/