Résumé : Dans le cadre de la promotion de systèmes de culture alternatifs à moindres intrants chimiques, des études sur l'introduction de plantes de service ayant vocation à réduire l'usage des pesticides et engrais azotés mobilisent un effort de recherche considérable. Dans le cadre de la production bananière pour laquelle la nuisibilité causée par les nématodes phytoparasites constitue l'une des principales contraintes, une des principales alternatives à l'utilisation de nématicides chimiques repose sur l'usage raisonné en rotation ou en association culturale de plantes de service à propriétés nématorégulatrices. Parmi les espèces candidates, celles du genre Crota/aria spp. ont largement été étudiées en raison de leur aptitude à contrôler les nématodes phytoparasites. Une méta-analyse révèle cependant que même si de nombreux auteurs s'accordent à reconnaître les propriétés allélopathiques des plantes de cette espèce, ils sont également enclins à reconnaître la forte variabilité d'expression de ces propriétés vis-à-vis du contrôle des nématodes selon les situations expérimentées. L'objectif de ce travail repose sur la compréhension du déterminisme biochimique des exsudats. La stratégie expérimentale mise en oeuvre a consisté à tester en conditions contrôlées le comportement biochimique des exsudats racinaires de deux espèces de crotalaires (C retusa, C spectabilis) et d'une espèce sensible, le bananier dessert (Musa spp.) en fonction i) de conditions biotiques variées -i.e. présence ou non de nématodes (Radopholus similis et Meloidogyne arenariaï, et présence ou non de mycorhizes-, ii) de conditions abiotiques contrastées -i.e. utilisation d'un sol naturel vs. substrat neutre, ajout ou non d'engrais chimique. La méthodologie innovante des «plantes à traire » (Brevet INRA) a été requise pour pouvoir travailler sur les exsudats racinaires des plantes conditionnées plutôt que sur des Iixiviats, comme réalisé dans des expérimentations antérieures.Les résultats obtenus en spectrophométrie visible montrent que la modification des conditions abiotiques affecte de manière importante les profils biochimiques des plantes étudiées. En présence du nématode 1..·1. arenaria les profils biochimiques des deux crotalaires sont également modifiés. Des biotests réalisés à l'aide des exsudats racinaires conditionnés au préalable par les modifications biotiques ont permis de démontrer l'effet nématostatique des crotalaires. Des analyses biochimiques en Ge-MS mettent en évidence de manière plus précise des molécules actives mises en jeu sous différentes modalités biotiques et abiotiques. Ces recherches, de portée générique, permettront de mieux comprendre les conditions de l'environnement qui régulent les profils biochimiques des exsudats racinaires des crotalaires et par extension, seront applicables aux recherches menées sur d'autres plantes de service candidates. Ceci aidera, à terme, à définir les conditions environnementales à réunir, pour orienter de manière optimale les effets allélopathiques dans une perspective de nématorégulation naturelle
As part of the promotion of alternative cropping systems at lower chemical inputs, studies on the introduction of cover crops designed to reduce the use of pesticides and nitrogen fertilizers mobilize a considerable research effort. Under banana production for which the hannfu1ness caused by plant-parasitic-nematodes is one ofthe main constraints, one of the main alternatives to the use ofchemical nematicides is based on the rational use in rotation or intercropping of cover rI crops to proteet crops from plant-parasitic-nematodes, Among the candidate species, the species from the genus of Crota/aria spp. have been widely studied because of their ability to control plant parasitic-nematodes. A meta-analysis reveals that although many authors agree allelopathic properties of these species, they are also likely to recognize the high variability of expression of these properties vis-àvis the control of nematodes according to the situations experieaced.. The objective of this woIk is focnsed on the onderstanding of the biochemical determinism of mot exudates onder environment biotic and abiotic variations. The experimental strategy was 10 test onder controlled conditions the biochemical behavior of mot exudates of two species of crotalarias (C retusa, C. spectabilis) and a susceptible species, the dessert banana crop (Musa spp.) with i) modification ofbiotic conditions -ie presence or absence of nematodes iMeloidogyne arenaria and Radopho/us similis), and presence or absence of mycorrhiza-ii) contrasting abiotic conditions -ie using a natural soil vs. neutral substrate, whether to add fertilizer. The innovative methodology of "milking plants" (patent INRA) was required in order to work on the root exudates of plants packed rather thanleachate, as done in previous experiments. The results obtained show that 'visible spectrophotometry changing abiotic conditions affect significantly the biochemical profiles of the studied plants. In the presence of nematode M. arenaria biochemical profiles of both crotalarias are also changed. Bioassays conducted using mot exudates conditioned in advance by biotic changes have demonstrated the effect of nématostatique crotalarias. Biochemical Ge-MS demonstrate more clearly active molecules that are involved in varions biotic and abiotic conditions. This research, generic scope, to better understand the environmental conditions that regulate biochemical profiles of mot exudates crotalarias and by extension, will apply to research on other plants service candidates. This will ultimately define the environmental conditions to meet, to guide optimal allelopathic effects from the perspective ofnatural nématorégulation

http://www.theses.fr/2012AGUY0561/document

Éditeur(s) : HAL CCSD SpringerLink
Résumé : The development of microsatellite markers can be a time-consuming process, especially in species such as conifers where many microsatellites have been shown to be associated with the repetitive fraction of the genome and to produce complex banding patterns following electrophoresis. Therefore, procedures to eliminate this fraction from further processing are sought. In this paper, we report on the development of 53 dinucleotide SSR markers in Norway spruce, 35 of which (66%) produce simple, polymorphic patterns. This high efficiency is obtained by introducing a dot-blot selection against high copy number sequences, performed on the microsatellite-containing clones. The resulting markers turned out to be polymorphic and useful for population genetic studies and for linkage mapping. Seven additional markers that were not subject to the dot-blot selection are also presented.
Theoretical and Applied Genetics

hal-01031865
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01031865
DOI : 10.1007/s00122-001-0843-7

Éditeur(s) : HAL CCSD Nature Publishing Group
Résumé : International audience
Epigenetics, as a DNA signature that affects gene expression and enables rapid reaction of an organism to environmental changes, is likely involved in the process of biological invasions. DNA methylation is an epigenetic mechanism common to plants and animals for regulating gene expression. In this study we show, for the first time in any marine species, significant reduction of global methylation levels during the expansive phase of a pygmy mussel (Xenostrobus securis) recent invasion in Europe (twoyear old), while in older introductions such epigenetic signature of invasion was progressively reduced. Decreased methylation was interpreted as a rapid way of increasing phenotypic plasticity that would help invasive populations to thrive. This epigenetic signature of early invasion was stronger than the expected environmental signature of environmental stress in younger populations sampled from ports, otherwise detected in a much older population (>90 year old) of the also invasive tubewormFicopomatus enigmaticus established in similar locations. Higher epigenetic than genetic diversity found in X. securis was confirmed from F. enigmaticus samples. As reported for introduced plants and vertebrates, epigenetic variation could compensate for relatively lower genetic variation caused by founder effects. These phenomena were compared with epigenetic mechanisms involved in metastasis, as parallel processes of community (biological invasion) and organism (cancer) invasions.
ISSN: 2045-2322

hal-01488962
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01488962
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01488962/document
https://hal-univ-perp.archives-ouvertes.fr/hal-01488962/file/Epigenetic.pdf
DOI : 10.1038/srep42193

Éditeur(s) : INRA
Résumé : According to the world organisation for animal health (OIE) an emerging disease is defined as a recently admitted serious illness, whose aetiology can, or not, have already been established, and which is likely to be propagated within a population or between populations, for example at the time of international exchanges of aquatic animals and/or products of aquatic animals. Even though the emerging diseases that affect human health have been much studied, those which affect marine organisms and species of aquaculture interest in particular are poorly documented. By restricting emergence to only infectious diseases, we aim at presenting in a non-exhaustive way some scenarios of the emergence of the diseases of aquacultured species by illustrating them with three examples available in the scientific literature: one relating to the appearance of a pathogenic agent in a new host with the case of the herpesvirus of the Koï carp, the other with the evolution of a pre-existing pathogenic agent with the case of shrimp vibriosis due to Vibrio nigripulchritudo in New Caledonia, and the last example relating to the introduction of one pathogenic pre-existing pathogen in an unscathed area with the case of Bonamia ostreae infecting the flat oyster Ostrea edulis. The causes of the emergence of diseases are multiple and implicate in an intercurrent way pathogenic agents, the environment, the host or host species and anthropogenic factors. In the marine environment, these causes are very often ignored. In this context, the development of zoosanitary surveillance networks and diagnostic tools present a considerable interest in order to anticipate, prevent and/or intervene on the emergence of the diseases by limiting their sanitary, ecological and political consequences.
Selon l'Office International des Epizooties (OIE) une maladie émergente désigne une maladie grave récemment reconnue, dont la cause peut, ou non, avoir déjà été établie, et qui est susceptible de se propager au sein d'une population ou entre des populations, par exemple à l'occasion d'échanges internationaux d'animaux aquatiques et/ou de produits d'animaux aquatiques. Si les maladies émergentes qui affectent la santé humaine ont été très étudiées, celles qui touchent les organismes marins et les organismes aquacoles d'intérêt économique en particulier sont en revanche peu documentées. C'est en restreignant l'émergence aux seules maladies infectieuses que seront présentés de façon non exhaustive quelques scénarios de l'émergence des maladies chez les organismes d'intérêt aquacole en les illustrant par trois exemples disponibles dans la littérature scientifique : l'un relatif à l'apparition d'un agent pathogène chez un nouvel hôte avec le cas de l'herpesvirus de la carpe Koï, l'autre à l'évolution d'un agent pathogène existant avec le cas de la vibriose à Vibrio nigripulchritudo sévissant dans les élevages de crevettes pénéides de Nouvelle-Calédonie et enfin le dernier lié à l'introduction d'un pathogène préexistant avec le cas de Bonamia ostreae infectant l'huître plate Ostrea edulis. Les causes d'émergence de maladies sont multiples et font intervenir de façon intercurrente l'agent pathogène, l'environnement, l'hôte ou les espèces hôtes et des facteurs anthropiques. Dans le milieu marin, ces causes sont bien souvent méconnues. Dans ce contexte le développement des réseaux de surveillance et des techniques de diagnostic revêtent un intérêt considérable afin d'anticiper, de prévenir et/ou d'intervenir sur l'émergence des maladies en limitant leur conséquences sanitaires, écologiques et politiques.
INRA Productions Animales (INRA), 2007-07 , Vol. 20 , N. 3 , P. 207-212

Droits : INRA
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/publication-2980.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2980/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : All considerations about halieutic stocks inevitably had to attain the recognition of relations which are established between the resource and its natural environment. These phenomenons are exposed in the first part. About consequences of human interventions, both of these aspects must be taken into account: the introduction of new species and fishing. Second part deals with the use of models in stock management.
Une réflexion sur la gestion des stocks halieutiques devait nécessairement aboutir à la reconnaissance des relations liant la ressource à son environnement naturel : action des facteurs abiotiques sur l'état des stocks et la distribution des espèces, et inter-relation entre les composantes biologiques ; à l'appréciation des conséquences de l'intervention humaine sur l'équilibre des écosystèmes. Ce sont ces phénomènes qui ont été présentés dans une première partie. En ce qui concerne l'influence des facteurs abiotiques, il est rappelé que la mise en place de réseaux de surveillance systématique a permis de progresser dans le domaine des recherches hydroclimatiques et dans la compréhension des connexions pouvant exister entre facteurs abiotiques et phénomènes biologiques. d'ordre biologique sont principalement envisagées au niveau des relations de prédation. Celles-ci ne peuvent être correctement appréhendées que par le biais du comportement trophique des diverses espèces et des problèmes généraux de nutrition, Les conséquences de l'intervention humaine sont envisagées sous deux aspects : l'introduction d'espèces nouvelles et la pêche. L'action de pêche entraîne des interactions d'ordre technologique dans les pêcheries plurispécifiques, dont les effets ne peuvent être ignorés et doivent être pris en compte par les modèles de gestion. La deuxième partie traite de l'utilisation des modèles dans la gestion commune de plusieurs stocks. Les modèles dits « multispécifiques », tenant compte des interactions d'ordre biologique (prédation), supposent un support de connaissance scientifique qui fait actuellement défaut. Leur utilisation comme outil de gestion devrait être précédée d'une amélioration des connaissances générales halieutiques. Les interactions d'ordre technologique ont été prises en compte dans l'approche plurispécifique de LE GUEN et FoNTANA (1971) qui permet de rechercher le meilleur compromis dans l'exploitation simultanée de plusieurs espèces, sur des bases pécuniaires plutôt que pondérales. GOHIN et LAUREC (1981) ont amélioré l'approche en tenant compte en particulier de l'ensemble de la courbe de sélectivité et non seulement du point L50. Quoi qu'il en soit, les modèles classiques mono-spécifiques, bien qu'imparfaits, restent encore très utiles ; ils peuvent donner des réponses satisfaisantes à des questions simples mais essentielles. Un développement de la recherche en hydrobioclimatologie est indispensable pour prévoir la variabilité dans le recrutement, la disponibilité, la capturabilité... Les relations de prédation entre espèces méritent d'être mieux cernées. Enfin, chaque fois que cela sera possible, les composantes socio-économiques et politiques devront être prises en compte, le bon sens remplaçant au besoin les modèles. Cet ouvrage n'a pas la prétention de traiter dans le fond tous les sujets abordés. Aussi, le lecteur qui désirera avoir une réflexion plus approfondie sur certains sujets trouvera à la fin du document une bibliographie, sinon exhaustive du moins très fournie.
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1982-03 , Vol. 46 , N. 1 , P. 5-70

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1982/publication-1859.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1859/

Éditeur(s) : HAL CCSD Public Library of Science
Résumé : International audience
Modern measures of diversity satisfy reasonable axioms, are parameterized to produce diversity profiles, can be expressed as an effective number of species to simplify their interpretation, and come with estimators that allow one to apply them to real-world data. We introduce the generalized Simpson’s entropy as a measure of diversity and investigate its properties. We show that it has many useful features and can be used as a measure of biodiversity. Moreover, unlike most commonly used diversity indices, it has unbiased estimators, which allow for sound estimation of the diversity of poorly sampled, rich communities.
ISSN: 1932-6203

hal-01276738
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01276738
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01276738v2/document
https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/hal-01276738/file/Grabchak%20et%20al.%20-%202017%20-%20The%20Generalized%20Simpson%27s%20Entropy%20is%20a%20Measure%20of%20Biodiversity.pdf
DOI : 10.1371/journal.pone.0173305

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : The Thalassa, a ship of the Institute of Fishing, carried out two trawling campaigns off the coasts of Rio de Oro, Mauritania and Senegal. The first one took place in November and December 1962; it extended from Cape Juby to Tamxat (17°20'N). The second, directed more towards the south, reached the Fosse de Cayar Submarine Canyon, near Cape Verde; it occurred in March and April 1968. These operations represent in total 100 trawl passes between latitudes 15° and 28°N and depths of 10 to 800 metres. These two campaigns' overall data are introduced incidentally. The data recorded here are exclusively about the twenty species of sparidae harvested. They concern the geographic and bathymetric distribution, frequency and numbers, size and sex. There emerge certain comments on the animal life, biology and fishing. In some cases, it seemed worthwhile to emphasise the morphological differences that make it possible to distinguish among them species at times very closely related.
La « Thalassa », navire de l'Institut des Pêches, a effectué deux campagnes de chalutage au large des côtes du Rio de Oro, de la Mauritanie et du Sénégal. La première a eu lieu en novembre et décembre 1962; elle s'est étendue du cap Juby à Tamxat (17°20'N). La seconde, plus orientée vers le sud, a atteint la fosse de Cayar, à proximité du cap Vert; elle s'est déroulée en mars et avril 1968. Ces opérations représentent au total cent traicts de chalut qui se répartissent entre les latitudes 15° et 28°N et les profondeurs de 10 à 800 m. Les données d'ensemble de ces deux campagnes sont présentées par ailleurs. Celles consignées ici concernent exclusivement les vingt espèces de sparidés récoltées. Elles ont trait à la répartition géographique et bathymétrique, la fréquence et l'abondance, la taille et le sexe. Il s'en dégage certaines remarques sur la faunistique, la biologie et la pêche. Dans certains cas il a paru intéressant de souligner les différences morphologiques qui permettent de distinguer, entre elles, des espèces parfois très voisines.(OCR non controlé)
Revue des Travaux de l'Institut des Pêches Maritimes (0035-2276) (ISTPM), 1969-03 , Vol. 33 , N. 1 , P. 97-116

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1969/publication-3156.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/3156/

Éditeur(s) : HAL CCSD Station Biologique
Résumé : International audience
Four "morphotypes" of Mytilidae were collected from wood falls in the west Pacific (Vanuatu islands) and in the Bohol sea (Philippines) between 300 and 1800 metre depth. Results from our study demonstrated the existence of extracellular bacteria located between microvilli at the apical surface of the cells all along the lateral zone of the gill filaments in the four mytilid morphotypes analyzed. Based on TEM observations, these Gram-negative bacteria were not methanotrophic due to the lack of concentric stacking of intracellular membranes in their cytoplasm. Based on FISH experiments, these bacteria belong to g-Proteobacteria. These preliminary observations described gill symbiosis-like interactions in metazoan species associated with sunken wood, strengthening the hypothesis that decomposing wood may serve as steps for the introduction of symbiotic Mytilidae to vents and seeps. Phylogenetic analysis of these extracellular bacteria are in progress in our lab in order to compare their 16SrDNA sequences to that of other marine invertebrate symbionts described to date.
ISSN: 0007-9723

hal-00753023
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00753023

Résumé : The New-Caledonian shrimp industry is based on the controlled reproduction of the shrimp Litopenaeus stylirostris, a species which was introduced in the 80s. The major difficulty to which the industry has been faced for 10 years is the occurrence of the "syndrome 93", which corresponds to mortality phases when the temperature falls down in April-May-June. This mortality is associated to the pathogenic bacteria Vibrio penaecida and is expressed at different levels which are variable from year ta year and from pond to pond. No resistance to this pathology has been developed spontaneously. This is likely due to the protocole used to rear spawners, which does not allow to implement an efficient selective pressure at each generation An experimental selection on the criteria of survival after picks of syndrome 93 has been conducted at the Laboratoire Aquacole de Calédonie. The 3rd selected generation demonstrates survival rates improved by 20% during experimental infections with V. penaeicida in comparison with a non selected control population of same genetic origin. The comparison of the correlated responses on the level of expression of 5 genes which are potentially implicated in immunity phenomena (Peneidins, lysozyme, transglutaminase. profiline, annexine) shows that the selected population has a level of expression in lyzozyme twice higher than the control population. This result suggests that the lysozyme could be a genetic marker which could be used in a selective breeding program to he developed in relation with the private hatcheries.
La filière crevette de Nouvelle-Calédonie repose sur la maîtrise de la reproduction contrôlée de la crevette Litopenaeus stylirostris, espèce introduite dans les années 80. La difficulté majeure que rencontre la filière depuis une dizaine d'années est la récurrence du « syndrome 93 », qui correspond à des épisodes de mortalités lors des baisses de température en avril-mai-juin. Ces mortalités sont associées à la bactérie pathogène Vibrio penaeicida et s'expriment à des niveaux d'intensité variable d'une année à l'autre et d'un bassin à l'autre. Aucune résistance vis-à-vis de cette pathologie ne s'est développée spontanément. Ceci est vraisemblablement lié au protocole employé pour l'élevage des géniteurs qui ne permet pas d'exercer une pression de sélection efficace à chaque génération. Une expérience de sélection sur un critère de survie à des épisodes de syndrome 93 a été menée au Laboratoire Aquacole de Calédonie. La 3ème génération sélectionnée montre des survies améliorées de l'ordre de 20% lors d'infections expérimentales à V. penaeicida par rapport à une population témoin non sélectionnée de même origine génétique. La comparaison des réponses corrélées sur le niveau d'expression de 5 gènes potentiellement impliqués dans les phénomènes de défense immunitaire (penaeidine, lysozyme, transglutaminase, profiline, annexine) montre que la population sélectionnée a un niveau d'expression en lysozyme deux fois plus élevé que la population témoin. Ce résultat suggère que le lysozyme pourrait être un marqueur génétique utilisable dans un programme de sélection à développer en relation avec les écloseries de production.

Droits : 2003 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/19643.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00109/22020/

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999 15-19 octobre 1999
Résumé : Payao is a traditional concept, which has been successfully commercialized to increase the landings of several species valuable to the country's export and local industries. It has become one of the most important developments in pelagic fishing that significantly contributed to increased tuna production and expansion of purse seine and other fishing gears. The introduction of the payao in tuna fishing in 1975 triggered the rapid development of the tuna and small pelagic fishery. With limited management schemes and strategies, however, unstable tuna and tuna-like species production was experienced in the 1980s and 1990s. In this paper, the evolution and development of the payao with emphasis on the technological aspect are reviewed. The present practices and techniques of payao in various parts of the country, including its structure, ownership, distribution, and fishing operations are discussed. Monitoring results of purse seine/ringnet operations including handline using payao in Celebes Sea and Western Luzon are presented to compare fishing styles and techniques, payao designs and species caught. The fishing gears in various regions of the country for harvesting payao are enumerated and discussed. The inshore and offshore payaos in terms of sea depth, location, designs, fishing methods and catch composition are also compared. Fishing companies and fisherfolk associations involved in payao operation are presented to determine extent of utilization and involvement in the municipal and commercial sectors of the fishing industry. The issues and problems concerning the use of payao, and its biological, economic impact as well as management aspect are presented. Recommendations are given for future research and actions.

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15284/12670.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15284/

Éditeur(s) : Actes de colloques Ifremer, Tahiti, French Polynesia, 20 Feb - 4 Mar 1989, n°9, chap. 5, pp.45-50
Résumé : In New Caledonia, there is no indigenous shrimp species for commercial aquaculture and it is necessary to control the complete cycle in captivity. Since 1973 and the creation of the Station d'Aquaculture de Saint-Vincent (S.A.S.V.), a joint project between IFREMER, France-Aquaculture and the territory of New Caledonia, nine species have been tested and for one of these, P. stylirostris , (introduced in 1980), we are now in a commercial scale production with the tenth generation obtained in captivity.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1989/acte-1496.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1496/

Éditeur(s) : PSIC 11 - 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes / 2nd Symposium on French Research in the Pacific. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : Shrimp farming in New Caledonia relies on the culture of a domesticated strain of Litopenaeus stylirostris introduced from Mexico at a time when genetic principles were of little or no consideration. Since then, advances in agriculture and for some aquatic species of importance led caledonian shrimp farmers to reconsider the appropriateness of a genetic improvement strategy adapted to local biotechnical and economical constraints. This questioning involves many different and interrelated aspects: scientific and technologic (genetics, biosecurity, quarantine, ), economic and organizational (financing, diffusion of genetic improvement) and pedagogic (awareness of farmers). Local institutions, producers associations, research centre and sanitary services associated to carry on the test of a first improvement strategy based on the crossing of different strains of L. stylirostris. This conceptually simple approach aimed at eliminating inbreeding, the first genetic limitating factor of improvement in captive populations. A second domesticated strain was obtained from Hawaii by the caledonian farmers, imported through a quarantine under the control of the zoosanitary local authorities, and reproduced and tested as pure or crossbred stocks by Ifremer within the framework of an interdisciplinary research project financed by caledonian institutions. Present results for hybrids (better growth and survival in the absence of virus) demonstrate the validity of this approach. They also bring out the importance to simultaneously integrate in a development scheme, a breeding centre to maintain and reproduce disease free breeders. This strategy and organization, tested in New Caledonia, could possibly be of benefit to other small scale aquaculture activities in the pacific islands.
La filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie s’est développée jusqu’à aujourd’hui à partir d’un stock domestiqué de Litopenaeus stylirostris introduit d’Amérique à une époque où les principes de base en génétique n’étaient pas ou peu appliqués en aquaculture. Les avancées récentes en agriculture et chez quelques espèces aquacoles d’importance mondiale ont conduit les acteurs de cette filière à se poser la question de la mise en place d’une stratégie d’amélioration génétique adaptée aux contraintes biotechniques et économiques locales. Cette réflexion comportait à la fois des aspects scientifiques et technologiques (génétique, biosécurité, quarantaine, conservatoire), économiques et organisationnels (coût de l’opération, modalité de diffusion du progrès attendu), pédagogiques (sensibilisation des fermiers). Des acteurs d’horizons différents (institutions locales, association de producteurs, centre de recherche, police zoosanitaire) se sont associés pour monter une opération de testage d’une première stratégie d’amélioration par croisement de souches de la même espèce. Cette stratégie conceptuellement simple visait l’élimination du premier facteur génétique de limitation des performances d’élevage d’une population captive, à savoir une consanguinité d’autant plus élevée que le nombre de géniteurs fondateurs était faible. Une seconde souche domestiquée a ainsi été acquise à Hawaii par les producteurs calédoniens, contrôlée en quarantaine par les services vétérinaires calédoniens en charge de la réglementation sanitaire, reproduite et testée pure et en croisement par l’Ifremer dans le cadre d’un projet de recherche pluridisciplinaire plus large financé par les institutions du Pays. Les résultats obtenus démontrent l’intérêt de la démarche (meilleure croissance, meilleure survie en l’absence de virus). Mais ils montrent aussi l’utilité d’intégrer simultanément dans le plan de développement de la filière une stratégie de conservation des souches parentales afin de disposer de géniteurs exempts de pathogènes. Cette stratégie et cette organisation testées en Nouvelle-Calédonie pourraient vraisemblablement être profitables à d’autres filières aquacoles modestes, en particulier dans les pays insulaires du Pacifique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/29247.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/

Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : In early 1980s, fad fisheries were introduced from the Philippines to Japan, mainly to Okinawa. The fisheries have well developed becoming one of the main fisheries in Okinawa where 210 fads are approved to deploy in 1999. The annual catch by roughly 1 000 boats (most of them are small) is 2500-4000 mt; average catch from one fad is about 20 mt; average catch by one boat on one day is 73 kilogrammes. fads are also important for easing the fishing pressures on bottom fish stocks. Most of the fads were deployed and managed by local fishermen's groups that have improved the structures of the system to withstand typhoons. The catches are strongly depending on the sites, usually the farther offshore, the better the catches. A variety of fishing methods are devised targeting each species and the size of the fish. Being most abundant and having relatively higher prices, yellowfin tuna is the most important and consists 68% of the total production. There have been conflicts among fishermen on the use of fads since the early stage of the fisheries development. Now, the number of fads is regulated by a management committee. Conflicts between fishermen and sport fishermen have become problems; on the other hand, the sport fishing could lead to further development of the fisheries. Degraded fish meat caused by high meat temperature and occasional oversupply have been major marketing problems since prices are strongly related to the meat quality and the fish supply.

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15281/12667.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15281/

Résumé : Sea fish farms with production of more than 20 tons per year in France must obtain two operating licences: (i) one for Sea Farming (AECM), with the aim of ensuring that the granted site and use of the maritime public domain for exploitation will respect all restrictions of general interest; (ii) one for regulating Facilities Classified for the Protection of the Environment (ICPE). Although the first one requires a relatively simple licence request file, the second one demands a very complete file, which includes, beyond the notice of exploitation information, a complete impact study, as well as a hazards study and a health and safety notice. In this context, petitioners in Corsica (adjustment of status or new exploitation) are faced with the same difficulties, which highlighted the need for a methodological guide adapted to each region's specific situation, assembling in particular the necessary baseline data (legal, zootechnical, geographical, climatic, socio-economic, ecological...) as well as recognised methods for evaluating the potential effects of the farm on the environment. Development of this guide was supported by ADEC and supervised by a steering committee composed of representatives from the administrations concerned, fish farmers and scientific bodies. The significant aspects dealt with the effects of fish farming on Posidonie herbarium, a protected species very present in Corsica and with coordinating the two AECM and ICPE procedures. For each part of the ICPE file, the guide introduces the technical or scientific context and, depending upon the case, the state of the art, sources of available data, acquisition and methods of acquiring measurements and of assessing the potential effects, as well as practical editing recommendations. Finally, the guide is made complete by a model schedule of conditions designed to help petitioners to have a specialist research department incorporate all or part of the file. This guide primarily concerns first-time marine facilities for exploitation in Corsica, conceived of as in the open sea rather than in confined spaces. Nonetheless, any fish farmer or future fish farmer needing to process a request for an exploitation licence may find it useful.
Les piscicultures marines de plus de 20 t/an de production sont soumises en France à l'obtention de deux autorisations d'exploiter : (i) celle au titre des Cultures Marines (AECM), visant à s'assurer que le site concédé et l'usage du domaine public maritime pour l'exploitation permettent de respecter l'ensemble des contraintes d'intérêt général ; (ii) celle au titre de la réglementation des Installations Classées pour la Protection de l'Environnement (ICPE). Si la première nécessite un dossier de demande d'autorisation relativement simple, la seconde requiert un dossier très complet, qui comprend, outre une notice de renseignements sur l'exploitation, une étude d'impact complète, ainsi qu'une étude des dangers et une notice d'hygiène et de sécurité. Dans ce contexte, les demandeurs en Corse (régularisation ou exploitation nouvelle) sont confrontés aux mêmes difficultés, ce qui a mis en évidence le besoin d'un guide méthodologique adapté aux spécificités régionales, rassemblant en particulier les données de base nécessaires (juridiques, zootechniques, géographiques, climatiques, socio-économiques, écologiques...) ainsi que les méthodes reconnues de l'évaluation des effets potentiels de la ferme sur l'environnement. L'élaboration de ce guide a été soutenue par l'ADEC et suivie par un comité de pilotage composé de représentants des administrations concernées, des pisciculteurs et d'organismes scientifiques. Les aspects importants ont porté sur les effets de la pisciculture sur l'herbier de Posidonie, espèce protégée très présente en Corse et sur la coordination entre les deux procédures AECM et ICPE. Pour chaque partie du dossier ICPE, le guide présente le contexte technique ou scientifique et selon le cas, l'état de l'art, les sources de données disponibles, les méthodes d'acquisition des mesures et d'évaluation des effets potentiels, ainsi que des recommandations pratiques de rédaction. Enfin, le guide est complété par un cahier des charges type destiné à aider les demandeurs à confier à un bureau d'étude spécialisé la réalisation de tout ou partie de la constitution du dossier. Ce guide concerne prioritairement les installations marines de nouvelles exploitations en Corse, envisagées en mer ouverte plutôt que dans des espaces confinés. Néanmoins tout pisciculteur ou futur pisciculteur devant instruire une demande d'autorisation d'exploiter peut y trouver intérêt.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2004/rapport-2188.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2188/

Résumé : If Sea Bass fish farming (Dicentrarchus labrax L.) is currently experiencing an increase in Southern Europe, it is vital, in order to better reflect raising structures, to control its wastes. In order to do so, quantifying this species' wastes is essential to be able to present simple excretion ratios, easily useable by the farmer. Those ratios have been based on nitrogen, phosphorus and carbon masses established on intensive farming and 4 batches belonging to his stock (averaging 24, 5 to 362, 5 g). Each batch was followed up during the course of 1 month and fish farming in its entirety for 2 months. Mass assessments for nitrogen and phosphorus were level ((intrants = extrants) but never precise, contrary to what can be found in bibliography. The main wastes defined were linked to the biomasses found as well as the food quantity fed. Sea Bass carbon excretion could not be clearly defined. According to these follow ups, phosphorus would be the element better utilized by Sea Bass considering nutritional provision. Nitrogen, phosphorus and carbon quantities rejected through farming are very high since for nitrogen and carbon, 90% of the ingestion would be rejected in the environment.
INTRODUCTION : Les pêcheries de langoustine de Mer Celtique se situent essentiellement dans les subdivisions Vllg et Vllh. La réglementation communautaire sur les maillages à langoustine y a été appliquée à partir de 1978. L'emploi d'un maillage dérogataire pour la pêche de la langoustine n'est possible que si le pourcentage d'espèces protégées par une taille marchande pêchées en même temps que la langoustine est inférieur à un seuil déterminé en relation avec le maillage en vigueur. L'application de cette réglementation s'est effectuée suivant un calendrier particulier Avec un pourcentage d'espèces protégées supérieur à 60 %, la pêche est considérée comme dirigée vers le poisson et le maillage est celui de la réglementation générale, soit 80 mm. En fait, comme cela a été mentionné à maintes reprises, sous la pression de cette réglementation contraignante, les flottilles et les techniques de pêche ont évolué très rapidement si bien que le pouvoir de capture de ces navires, aussi bien sur la langoustine que sur le poisson, a considérablement augmenté. Dans la majorité des cas, la flexibilité est devenue la règle et l'adoption du maillage de 80 mm tend à se généraliser. Ces navires s'orientent toujours momentanément vers la pêche la plus rentable, la langoustine demeurant l'espèce-cible, même si elle ne constitue pas toujours pondéralement l'essentiel des captures. Un des reproches majeurs fait aux langoustiniers de Mer Celtique était la destruction possible d'immatures de poissons. Une évaluation de ces rejets a été réalisée en 1980, soit donc avec un maillage situé entre 55 et 60 mm. Pour la plupart des espèces, les rejets sont anecdotiques en raison vraisemblablement d'une distribution spatiale différente des immatures et des adultes. Dans le cas du merlan, les immatures sont concentrés dans les zones côtières en hiver et ne sont capturés que si les langoustiniers sont amenés à abandonner la zone des bancs centraux en raison, en particulier, du mauvais temps. Seuls le merlu et la cardine présentent des pourcentages de rejets très importants car ils sont inféodés aux mêmes fonds vaseux que la langoustine, et leurs migrations trophiques, s'il en existe, ont lieu dans ces aires de dépôts sédimentaires au pied des hauts fonds. Dans ces premières évaluations, le volume observé des rejets de merlu étaient pour le moins inquiétant et laissait supposer, soit qu'il existait sur le fond au moment du recrutement des quantités énormes d'immatures soit que la sélectivité du chalut était abaissée par la présence de la langoustine. Ce deuxième point a été vérifié depuis et il semble que la sélectivité du merlu avec ou sans chalut à langoustine soit strictement la même. Les rejets de langoustine n'ont pas été comptabilisés car les valeurs auraient été inexploitables en raison de la différence entre la taille marchande communautaire, soit 25 mm de longueur céphalothoracique et la taille française soit 34, 5 mm. Ils seraient respectivement de 1, 75 % en nombre dans le premier cas contre 55 % dans le deuxième. En raison des modifications importantes intervenues dans l'aménagement des pêches dans cette zone, il était indispensable de refaire une évaluation pondérale des rejets : Pour obtenir des compositions en taille des espèces ne se prêtant pas aux analyses habituelles sur les âges. Pour calculer des courbes de tri manuel sur les espèces dont il est difficile d'évaluer les rejets en routine, mais seulement dans la mesure où les rejets se superposent à la fraction commerciale de la capture.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1985/rapport-1753.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1753/

Éditeur(s) : 1st International Biennal Conference on Warm Water Aquaculture - Crustacea 02/9-11/83 Brigham Young University. Hawai
Résumé : Until recently, mollusc production in French Polynesia was only based upon fishing, for local consumption of edible bivalves mainly the oyster Saccostrea cucullata and for the exportation of pearl-oyster shells. As a consequence of parasitism problems on local oysters, a mollusc program was initiated by developping hatchery technics on introduced species of edible bivalves, Saccostrea echinata and Perna viridis, and cultivation methods in specialyy fitted up areas. Concerning pearl oyster Pinctada margaritifera the traditional shell production activity was recently reorganized to produce black culture pearls, inducing an increased demand of young implantable pearl-oysters. Hatchery spat production proved to be unsuccessful, and technics of collection and cultivation in lagoons were set up to supply the pearl oyster farming industry, and face the depletion natural stock. [NOT CONTROLLED OCR]

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1983/acte-4449.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4449/

Éditeur(s) : Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes (ENSAR)
Résumé : Artificial Fish Aggregating Devices (FADs) are known to concentrate tropical tunas. This aggregative behaviour drastically increases the vulnerability of these species to fishing. Alternatively, FADs can be used as oceanic observatories to study the aggregative behaviour of large pelagic fish. We conducted sea surveys in Martinique (Lesser Antilles) to i) establish a typology of the pelagic fish aggregations found around moored FADs ii) study their relations with their biotic and abiotic environment and the local fishery. The mean biomass of large pelagic fish aggregations was also estimated to provide scientific inputs to achieve a sustainable management of the moored FAD fishery. The first part presents the background of the study. We introduce the regional pelagic ecosystem, the aggregative behaviour of pelagic fish around FADs and the Martinican moored FAD fishery. The second part begins with a presentation of the conceptual framework of the study: the hierarchy theory. Observation scales and survey methodology are therefore described. Repeated echosounder surveys run in a star pattern were conducted around 2 moored FADs, in combination with underwater video observations, classical fishing experiments and CTD profiles. In the third part, the elements of the [moored FAD ¿ pelagic fish - environment - fishing] system and their interactions are numerically characterised in the vertical plane. The main type of pelagic fish aggregation was a large aggregation distributed in sub-surface (40-100 m) within a radius of 400 m of the FAD. This aggregation was mostly made of 60 cm FL blackfin tunas (Thunnus atlanticus). It appeared at sunrise and mostly spread away in the late afternoon. It was observed during all daytime surveys. The average density and the vertical structure of the micronektonic sound scattering layers (SSLs) were assessed locally around a FAD for 48h cycles. These SSLs descriptors showed positive correlation with the size and the abundance of the sub-surface tuna aggregation. Whereas this aggregation accounted for about 95% of the total biomass aggregated around a moored FAD, it was nearly unexploited by the local commercial fishermen. The fourth part focuses on the sub-surface tuna aggregation. A high variability of the spatial distribution of the aggregation was evidenced in the horizontal plane at daily, day to day and monthly temporal scales. These variations were related to fluctuations of the global abundance of the aggregation. The daytime average density of sub-surface tuna was modelled as a function of the distance to FAD, within an advection-diffusion framework. Based on these results, a universal kriging model was designed to assess the mean maximum daily biomass of the sub-surface tuna aggregation. This mean biomass estimate yielded 11 tons with an estimation error of 26%. To conclude, we present a hierarchical organization in space and time of a sub-surface tuna population distributed within a network of moored FADs, from micro to meso-scale. We suggest that the spatial distribution of tunas can be explained from fine to coarse-scales by behavioural processes (self-organization, feeding, aggregative behaviour) whereas their spatial distribution is mainly forced by environmental processes at broader scales.
L'utilisation de Dispositifs de Concentration de Poissons permet de provoquer la formation de larges agrégations de thonidés autour de dispositifs artificiels, ce qui augmente considérablement la vulnérabilité de ces ressources vis-à-vis de l'exploitation halieutique. Les DCP peuvent également être utilisés en tant qu'observatoires océaniques, afin d'étudier le comportement agrégatif du macronecton pélagique. Nous avons ainsi réalisé des observations autour de DCP ancrés en Martinique, afin de définir une typologie des agrégations de macronecton et de étudier leurs relations avec leur environnement biotique, abiotique et l'exploitation halieutique locale. Nous avons ensuite estimé la biomasse moyenne de macronecton agrégé autour d'un DCP ancré, afin de fournir des éléments scientifiques nécessaires à une gestion durable de ces ressources. La première partie présente le contexte de l'étude i.e. l'écosystème pélagique régional, le phénomène d'agrégation du macronecton autour des DCP et la pêche associée aux DCP ancrés en Martinique. La deuxième partie introduit la théorie de la hiérarchie qui a fourni le cadre conceptuel de l'étude et présente les échelles et méthodes d'observation. Le principal outil d'observation est un échosondeur scientifique, mis en oeuvre le long de parcours en étoile autour du DCP. Les prospections acoustiques ont été combinées à des observations vidéo sous marines, des pêches expérimentales et un suivi in-situ de l'environnement abiotique. La troisième partie présente une typologie des éléments constituant le système [DCP ancré - macronecton - environnement - pêche] dans le plan vertical et précise leurs interactions. Le type d'agrégation de macronecton dominant est une grande agrégation composée d'une majorité de thons noirs (Thunnus atlanticus) de taille moyenne (60 cm) distribuée en sub-surface (40-100 m), dans un rayon de 300 m autour de la tête des DCP. Cette agrégation se forme au lever du soleil et se disperse presque totalement dans l'après midi. Elle a été observée de jour lors de toutes les campagnes. Une corrélation positive entre la densité et la structure moyenne des couches micronectoniques diurnes évaluée localement autour du DCP au cours de 48 h et les dimensions et l'énergie acoustique de l'agrégation de thons de subs-surface a été mise en évidence. Malgré le fait que cette agrégation représente en moyenne 95 % de l'énergie acoustique du macronecton autour des DCP, elle est presque inexploitée par les pêcheurs artisans locaux. La quatrième partie met en évidence les fortes variations conjointes de la distribution spatiale dans le plan horizontal de la densité de l'agrégation de thons de sub-surface et de son abondance globale. Ces variations ont été observées au cours du cycle nycthéméral et aux échelles inter-journalières et mensuelles. La distribution spatiale moyenne de la densité diurne de l'agrégation en fonction de la distance au centre de gravité de l'agrégation est cependant très stable et peut être modélisée au moyen d'une équation d'advection-diffusion. Un modèle de krigeage universel, utilisant les résultats du modèle d'advection-diffusion, a permis d'évaluer la biomasse maximale journalière moyenne de l'agrégation de thons de sub-surface à une dizaine de tonnes, avec un coefficient de variation d'estimation de 26%. Nous proposons une représentation hiérarchique synthétique de la distribution spatiale d'une sous-population de thons dans un réseau de DCP ancrés de la micro à la méso-échelle. Nous suggérons que la distribution spatiale des thons est déterminée principalement à l'échelle fine (100m-1km) et à l'échelle grossière (1-10 km) par des processus comportementaux (auto-organisation, agrégation, nutrition) et par des processus environnementaux à échelle plus large.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/these-1735.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/sup-1735.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1735/