Éditeur(s) : HAL CCSD Presses université de Laval
Résumé : International audience
This article aims to specify the challenges related to adapting the Disability Creation Process (DCP) model to the experience of chronic disease, specifically Human immunodeficiency virus (HIV). In this perspective, a conceptual clarification is proposed because the DCP is mainly used to study populations in situations of disability due to motor, sensory, mental or behavioral disabilities. However, this model seems to be able to adequately read the specific experience of HIV, and help to understand differently life trajec-tories of people living with HIV (PLHIV). Indeed, HIV infection, despite its status as a "chronic disease", continues to contribute to the risk of social isolation. Body modifications induced by the disease or its treatment has an impact on how others view PLHIV. They expose the visibility of HIV status and, ultimately, the fear of social exclusion. In this respect, the analysis of the DCP may allow us to understand the varia-tions in the quality of social participation and identify the phases of vulnerability by focusing on body image in particular induced by the infection or treatments. This approach provides the opportunity for new insight into the influence of social environments (particularly health management or community support) with re-gards to the lifestyle and the daily experiences of socially disadvantaged people.
Cet article tente de spécifier les enjeux d’une adaptation du modèle du Processus de production du handicap (PPH) au vécu de la maladie chronique, et plus spécifiquement du virus de l’immunodéfi-cience humaine (VIH). Dans cette perspective, un éclaircissement conceptuel est proposé, car le PPH a principalement été utilisé pour étudier les populations vivant des situations de handicap liées à des incapa-cités motrices, sensorielles, intellectuelles ou comportementales. Ce modèle semble toutefois en mesure de renouveler la lecture de l’expérience spécifique du VIH, et d’aider à saisir autrement les trajectoires de vie des personnes vivant avec le VIH (PVVIH). En effet, l’infection au VIH, malgré son statut de « maladie chronique », demeure associée à un risque d’isolement social. Les modifications corporelles induites par la maladie ou par son traitement confronte les PVVIH au regard de l’autre. Elles exposent à la visibilité du statut sérologique et, in fine, à la peur de l’exclusion sociale. Dans ce cadre, l’analyse du Processus de production du handicap peut permettre de comprendre les variations de la qualité de la participation sociale et d’identifier les phases de vulnérabilité en s’intéressant notamment au rapport au corps induit par l’infection et les traitements. Cette approche offre l’opportunité d’un nouvel éclairage sur le poids des envi-ronnements sociaux (notamment des dispositifs de prises en charge sanitaire ou d’accompagnement communautaire) sur les habitudes de vie et l’expérience quotidienne d’un public fragilisé socialement.
ISSN: 1499-5549

hal-01681423
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01681423

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
The Société de pneumologie de langue française defines acute exacerbation of chronic obstructive pulmonary disease (AE COPD) as an increase in daily respiratory symptoms, basically duration ≥ 48h or need for treatment adjustment. Etiology of EA COPD are mainly infectious, viral (rhinovirus, influenzae or parainfluenzae virus, coronavirus, adenovirus and respiratory syncytial virus) or bacterial (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, or Moraxella catarrhalis). Pollutant exposure can also lead to AE COPD, such as NO2, SO2, ozone or particulates (PM10 and PM2.5). In 30% the etiology remains unknown. Differential diagnoses of AE COPD include infectious pneumonia, pneumothorax, acute heart failure and pulmonary embolism. Presences of signs of severity impose hospitalization: signs of respiratory distress, shock, acute confusion but also fragile patients, insufficient home support or absence of response to initial treatment. AE COPD treatments consist on increase in bronchodilators, chest physiotherapy, and antibiotics if sputum is frankly purulent. Systemic corticosteroids should not be systematic.Recommended dose is 0.5 mg/kg on short course (7 days). During hospitalization, oxygen supplementation and thromboprophylaxis could be prescribed. The main interest in noninvasive ventilation is persistent hypercapnia despite optimal medical management. During ambulatory management or hospitalization, clinical assessment at 48-72h is mandatory. L’exacerbation aiguë de bronchopneumopathie chronique obstructive (EA BPCO) représente un événement important dans l’histoire naturelle de la BPCO, notamment en cas d’hospitalisation. Les EA BPCO interviennent dans la gravité et l’évolution de la BPCO ; et leur prévention est un des objectifs principal des traitements de fond.
La Société de pneumologie de langue française définie l’exacerbation aiguë de bronchopneumopathie chronique obstructive (EA BPCO) comme une majoration des symptômes respiratoires au-delà des variations quotidiennes, en pratique, d’une durée ≥ 48h ou justifiant une modification thérapeutique. L’étiologie de ces EA BPCO est principalement infectieuse, virale (rhinovirus, virus influenzae et parainfluenzae, coronavirus, adénovirus et virus respiratoire syncytial) ou bactérienne (principalement Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae et Moraxella catarrhalis). Elles peuvent également résulter de l’exposition à certains polluants comme le NO2, le SO2, l’ozone et la pollution particulaire (PM10 et PM2,5). L’étiologie reste indéterminée dans près de 30 % des cas. Les diagnostics différentiels des EA BPCO incluent les pneumopathies infectieuses, les pneumothorax, les poussées d’insuffisance cardiaque et les embolies pulmonaires. La présence de signes de gravité conditionnent l’hospitalisation : signes d’insuffisance respiratoire aiguë, de choc ou de défaillance neurologique, mais aussi en cas de patient fragile, d’absence de soutien familial à domicile ou d’absence de réponse au traitement initial. Le traitement d’une EA BPCO consiste en une majoration des bronchodilatateurs, une kinésithérapie respiratoire, une antibiothérapie en cas d’expectoration franchement purulente.La prescription de corticoïdes systémiques ne doit pas être systématique. La dose recommandée est de 0,5 mg/kg sur une courte période (7 jours). Lors d’une hospitalisation, une oxygénothérapie et une thromboprophylaxie peuvent être prescrite. La ventilation noninvasiveest principalement indiquée en cas de persistance d’une hypercapnie malgré un traitement médical optimal. Que le patient soit pris en charge en ambulatoire ou en hospitalisation, une réévaluation clinique à 48-72h est indispensable.
ISSN: 0755-4982

hal-01117949
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01117949
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01117949/document
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01117949/file/Prise%20en%20charge%20des%20exacerbations_accepted.pdf
DOI : 10.1016/j.jeurea.2015.02.002

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
Les leishmanioses sont des maladies parasitaires à transmission vectorielle observées sur tous les continents, à l’exception de l’Amérique du Nord et de l’Australie. Nous focaliserons ici sur la leishmaniose viscérale méditerranéenne due à Leishmania infantum et dont l’incidence annuelle est estimée entre 1200 et 2000 cas. Son cycle biologique est zoonotique avec un réservoir animal essentiellement canin. Les récentes observations épidémiologiques sont rapportées ici, notamment la mise en évidence du portage humain asymptomatique et l’extension de la zone endémique de la leishmaniose canine. La prise en charge thérapeutique de la leishmaniose viscérale méditerranéenne du patient immunocompétent fait essentiellement appel à l’amphotéricine B liposomale. Le débat existe toujours sur la pertinence d’une prophylaxie secondaire ou des traitements itératifs à chaque rechute chez le patient co-infecté par le VIH. Summary Leishmaniasis are protozoan infections transmitted by the bite of the sandflies, widely reported except in North-America and Australia. Here, we focus on mediterranean visceral leishmaniasis due to Leishmania infantum, with an estimated annual incidence of 1200–2000 cases. Its biological cycle is zoonotic and mainly involves the canine reservoir. The recent epidemiological observations are reported here, particularly the asymptomatic carriage but also the extension of the canine enzooty. Regarding treatment of immunocompetent patients, the drug of choice for mediterranean visceral leishmaniasis is liposomal amphotericin B. In case of HIV-Leishmania co-infection, the interest of secondary prophylaxis is still in debate
ISSN: 2210-6545

hal-01225489
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01225489
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01225489/document
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01225489/file/Mise%20au%20point%20et%20actualit%C3%A9s%20sur%20la%20leishmaniose%20visc%C3%A9rale%20m%C3%A9diterran%C3%A9enne.pdf
DOI : 10.1016/j.antinf.2014.12.005

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
A l'aire des stratégies d'accès aux traitements antirétroviraux mondialisées, la question des inégalités territoriales, questionne leur mise en place. Si les PVVIH sont particulièrement fragiles face aux violences structurelles, sociales et économiques, leur prise en charge aux frontières est souvent oubliée. Ce travail entend donc mettre en exergue une analyse de l'impact des frontières sur les PVVIH en Guyane mais aussi d'interroger de nouveaux modèles de pratiques médicales d'interface. En Guyane française, les configurations territoriales génèrent une situation singulière dans la mesure où les populations gravitent/évoluent entre une instabilité géographique (barrages policiers routiers et fluviaux, nomadisme et mobilité des populations) et des logiques d'intégration. De là, apparaît, un renforcement des vulnérabilités (psychologique, socio-économique, sanitaire, spatiale, (…) etc.), notamment chez les PVVIH. Afin d'améliorer la prise en charge de ces patients un relais avancé a été mis en place au sein du centre de santé à la frontière avec le Brésil à S t Gorges de l'Oyapock. Des médiateurs communautaires en santé sont au centre du dispositif avec les soignants du dispensaire local et un système de délocalisation des examens biologiques et avis spécialisés a été réalisé. En un an la file active de PVVIH suivis a été multipliée par 4. Cette action a permis de diminuer les délais de prise en charge des patients, réduisant également le nombre de perdus de vus. Il a été rendus possible pour exemple une prise en charge « familiale » du dépistage et des traitements impossible jusqu'à alors. Sur le plan médico-social des « staffs » transfrontaliers ont réalisés améliorant la gestion des patients dans leur globalité. Cet exemple de coopération inter-culturelle renforcée avec valorisation de l'espace comme carrefour géographique de différents flux migratoires que constitue la frontière Franco-Brésilienne fait de cet espace un lieu privilégié de médiation médicale.
Congrès 2016 de la Société française de lutte contre le sida
Montpellier, France

inserm-01475951
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01475951
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01475951/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01475951/file/2016%2C%20Mosnier%20-%20Fronti%C3%A8res%20%20limites%20ou%20espaces%20innovants%20dans%20la%20lutte%20contre%20le%20VIH.pdf

Résumé : The present report synthesizes the results of the works led in collaboration between the IFREMER, the Hydrographic and Oceanographic service of the French Navy (Oceanographic Mission of the Pacific) and the Departments of the Sea and Fish farming and of the Management and Town planning of the Territory of the French Polynesia. After a reminder of the problems regarding morphological and hydrographic mapping of low islands (atolls) of the Pacific in particular in French Polynesia, a paragraph draws up the assets of the aerial and spatial images as well as the computer-assisted digital mapping. A chapter of the report is then dedicated to the data, to the digital processing methodologies and to the display of the results. The following one develops the applications in particular relative to 4 types of by-products of the images and the (processing : i) the spacemap said "Pacific standard ", ii) said spacemap "maritime leases", iii) the geographical database of the information system SIGMA POE RAVA dedicated to the management of the pearl oyster culture and iiii) the production of bathymetric meshed models. A conclusion approaches the perspectives and the potential developments.
Le présent rapport synthétise les résultats des travaux menés en collaboration entre l'IFREMER, le Service Hydrographique et Océanographique de la Marine (Mission Océanographique du Pacifique) et les Services de la Mer et de l'Aquaculture et de l'Aménagement et de l'Urbanisme du Territoire de la Polynésie française. Après un rappel de la problématique posée en matière de cartographie morphologique et hydrographique des iles basses (atolls) du Pacifique et notamment de Polynésie française, un paragraphe dresse les atouts de l’image aérienne et spatiale ainsi que de la cartographie numérique assistée par ordinateur. Un chapitre du rapport est consacré aux données, aux méthodologies de traitement et à la présentation des résultats. Le suivant développe les applications notamment relatives à 4 types de produits dérivés des images et des traitements : i) la spatiocarte dite «à norme Pacifique», ii) les spatiocartes dites «concessions maritimes», iii) la base géographique du système d’information SIGMA Poe Rava dédié à la gestion de la perliculture et iiii) la production de modèles bathymétriques maillés».Une conclusion aborde les perspectives et développements potentiels

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/29099.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30644/

Éditeur(s) : HAL CCSD Presse Universitaire de Nancy
Résumé : International audience
Lorsqu’il apparaît au début des années 1980, le sida suscite l’effroi. Quel est ce mal inconnu qui renoue avec les anciennes épidémies mortelles que les progrès de la science avaient, dans la seconde moitié du 20e siècle, permis d’éradiquer ? Expression d’un mal renvoyant aux vieilles peurs, il devient vite une maladie de la marge et de la honte… Si l’infection au VIH est depuis bientôt deux décennies l’objet de traitements thérapeutiques efficaces, elle demeure néanmoins fréquemment dissimulée, y compris à la famille et aux proches. En Guadeloupe, cette dissimulation est souvent drastique. Car ici, le stigmate associé à l’infection revêt une force et une signification particulières. Pourquoi ? Cet ouvrage entend montrer combien l’expérience du VIH s’élabore dans un rapport à la prise en charge sanitaire marqué par la situation post-coloniale. Pour ce faire, il procède en plusieurs étapes. La première, qui repose sur l’analyse des bases politico-administratives et épistémologiques de la prise en charge, souligne les continuités qui s’opèrent avec le regard porté sur la lèpre (qui reste une préoccupation de santé publique jusqu’au début des années 1970 aux Antilles françaises) et le rôle joué par l’épidémiologie. La deuxième, qui se centre sur l’étude de la structuration de la prise en charge associative, montre la dépendance de cette dernière à l’égard des logiques institutionnelles. Les enjeux et tensions propres au vécu du VIH ne sont finalement appréhendés que dans un troisième et dernier temps, à la lumière de cette mise en contexte socio-historique. Ils apparaissent alors à la fois comme l’effet des traces laissées par l’imaginaire colonial (véhiculé par la culture impériale) et des dispositions socioculturelles produites en situation post-coloniale.
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01681529

ISBN : 978-2-8143-0242-6
hal-01681529
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01681529

Éditeur(s) : Co-tutelle Al Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste - Université de Bretagne occidentale
Résumé : The interest in probiotics for aquaculture is increasing rapidly. In the present work we evaluated the potential of some yeast to induce the larvae gut maturation in sea bass larvae Dicentrarchus labrax. The production of polyamines putrescine, spermidine and spermine was quantified in ten yeast strains using high performance liquid chromatography (HPLC). Afterwards, fluorescently labelled yeast adhesion to the intestine of sea bass larvae and the spotted sand bass (Paralabrax maculatofasciatus) was evaluated by fluorescent microscopy. Two of them, CBS 8339 strain (Debaryomyces hansenii) and X2180 strain (Saccharomyces cerevisiae) produce the polyamines of our interest. The same strains showed the best adhering capabilities to the sea bass and spotted sand bass intestine. Both strains were selected and introduced by pulverization into the diet of larvae. The larvae fed with CBS 8339 strain, increase survival in 8.3% but not in their weight. The secretion of trypsin and amylase as well as those from the brush border membrane: alkaline phosphatase, maltase and leucine aminopeptidase, are incresed at 27 days after hatching (dah). At 42 dah difference in the enzyme activity of the different groups does not exist, suggesting a maturation of the digestive system in early stages of larval development. A second experiment was carried out to know the effect of different levels of incorporation into the diet of CBS 8339 strain: 1.1% and 5.7%. The minimum level, 1.1% of yeast produce best growth and survival rates, as well as lower deformed larvae than those obtained by 5.7% and the control one. Both level of yeast inclusion favored the trypsin secretion and lipase activity at 26 dah. Whereas mRNA levels for trypsin and amylase were influenced by both yeast concentrations at 26 and 36 dah, which suggest a development of digestive capacity of larvae as a result of the presence of polyamines secreted by the yeast.
Les probiotiques ont été définis comme des préparations microbiennes vivantes utilisées comme additif alimentaire, et qui ont une action bénéfique sur l'animal hôte en améliorant la digestion et l'hygiène intestinale. L'application de tels traitements aux productions aquacoles suscite un intérêt qui s'accroît rapidement. Dans ce travail, nous avons étudié l'effet de souches de levures sur la maturation de l'intestin des larves du bar Dicentrarchus labrax. Ces souches produisent des polyamines qui sont impliquées dans la réplication et la différentiation cellulaire, ainsi que dans la synthèse des protéines et des acides nucléiques. Dix souches de levures ont été testées pour leur production de polyamines (putrescine, spermidine et spermine), et pour leur adhérence à la paroi intestinale du bar et la cabrilla (Paralabrax maculatofasciatus). La production des polyamines a été analysée en utilisant la chromatographie liquide à haute performance (HPLC). Les levures selectionées ont été marquées avec un composé fluorescent pour tester leur adhérence a l'intestin de larves de bar et de juvéniles de cabrilla. L'adhérence a pu ainsi être evaluée par observation microscopique en épifluorescence. Les souches CBS 8339 (Debaryomyces hansenii) et X2180 (Saccharomyces cerevisiae) ont été choisies pour leur forte production de spermidine et de spermine, respectivement, et pour leur capacité d'adhérence à l'intestin du bar et de la cabrilla. Les deux souches ont été ajoutées par pulvérisation au régime des larves. Nous avons observé une augmentation de 8.3% du taux de survie avec les larves alimentées avec la souche CBS 8339, mais le poids moyen de ces larves était inférieur à celui obtenu sans ajout de levure. Une augmentation de l'activité de la trypsine et de l'amylase, aussi bien que des activités enzymatiques dans la bordure en brosse, aminopeptidase, phosphatase alkaline et maltase, ont été observées dans les larves âgées de 27 jours alimentées avec la souche CBS 8339. Au jour 42, il n'existait plus de différence d'activité enzymatique entre les larves traitées ou non avec la levure. Ces résultats suggèrent que la maturation du système digestif a été accélérée chez les larves nourries avec la levure, la maturation étant achevée chez les larves de 42 jours, qu'elles aient reçu l'un ou l'autre régime. Une deuxième expérience a été effectuée pour étudier l'effet de différents niveaux d'incorporation dans le régime contenant 1,1% et 5,7% de levure CBS 8339. L'incorporation de 1,1% a induit une augmentation du poids moyen et du taux de survie des larves, ainsi qu'une réduction du taux de malformation de la colonne vertébrale, par rapport aux résultats obtenus avec 0 ou 5,7% de levure. Les deux niveaux d'incorporation de la levure ont favorisé l'activité de la trypsine et de la lipase au jour 26. Les niveaux d'ARNm codant pour la synthèse de la trypsine et de l'amylase ont été influencés par les deux doses de levure aux jours 26 et 36. Ces résultats suggèrent qu'une faible dose de levure améliore le développement et la capacité digestive des larves, et nous formulons l'hypothèse que cette efficacité est due à la production de polyamines in situ. Le rôle des polyamines est particulièrement important pendant les phases de forte croissance comme les stades larvaires, mais elles peuvent être toxiques à dose trop élevée. L'incorporation de levure dans l'aliment destiné aux larves semble donc une excellente méthode pour délivrer les polyamines chez l'animal hôte.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2002/these-103.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/103/

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : National audience
Introduction Les cas d’asthmes induits par les anti-TNF-α sont rares, et il n’a jamais été décrit de tentative de réintroduction d’une molécule de même classe. Il n’existe pas de recommandations concernant la conduite à tenir dans ces situations. Observation Nous rapportons le cas d’une femme de 45 ans, non-fumeuse, sans antécédent personnel d’asthme, qui était atteinte d’une maladie de Crohn depuis l’adolescence. En 2009, elle a été traitée par infliximab. La réponse digestive a été rapidement efficace, cependant après 4 semaines de traitement, elle commençait à présenter une toux sèche associée à une dyspnée inhabituelle. Ces symptômes évocateurs d’hyperréactivité bronchique s’aggravèrent progressivement, et les explorations fonctionnelles respiratoires confirmèrent le diagnostic d’asthme. Malgré des traitements adaptés, la sévérité de la situation imposa l’arrêt de l’infliximab. L’asthme s’est alors amélioré, mais en raison de l’atteinte digestive un nouveau traitement dut être débuté : l’adalimumab, sans rechute d’asthme à ce jour. Conclusion Ce cas clinique met en évidence la possibilité de réintroduire un nouvel anti-TNF-α après un premier épisode d’asthme induit par cette classe médicamenteuse. Cette option pourrait être extrêmement utile chez les patients présentant des atteintes sévères (polyarthrite rhumatoïde, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin) en l’absence d’alternative thérapeutique
ISSN: 0761-8425

hal-01334071
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01334071
DOI : 10.1016/j.rmr.2016.04.012

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : National audience
Introduction Depuis le début de l’ère des traitements antirétroviraux hautement actifs, les patients vivant avec le VIH (PVVIH) vieillissent. Les comorbidités liées à l’âge (CLA) deviennent des causes grandissantes de mortalité dans cette population.L’objectif de cette étude était d’évaluer leur impact sur la surmortalité liée au VIH sur 5 ans chez les PVVIH âgés de 60 ans ou plus suivis dans le cadre d’une large cohorte prospective multicentrique française (Dat’AIDS) à l’ère tardive des antirétroviraux hautement actifs (du 01/01/2008 au 31/12/2012).
Médecine et maladies infectieuses 46 (2016) 5-7
Lille, France

inserm-01414533
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01414533
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01414533/document
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01414533/file/2016%2C%20Hentzien%20-%20COL%203-02.pdf
PUBMED : 27495402

Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier Masson
Résumé : International audience
AIM: To describe the amount of medical and paramedical involvement in a sample of Breton children with cerebral palsy as a function of the Gross Motor Function Classification System (GMFCS). MATERIALS AND METHODS: This is a transversal descriptive study. All children with cerebral palsy in Brittany were eligible. Parents who accepted to participate were asked to fill in a questionnaire regarding medical and paramedical involvement with their child. RESULTS: One hundred and thirty-three parents participated. 40.6% of the children were level I on the GMFCS, 20.3% II, 12.03% III, 13.53% IV and 13.53% were level V. Thirty-nine percent of the children took at least one medication (of which 43% were antiepileptic drugs). 33.1% of the children had received at least one injection of botulinum toxin within the year. Forty-four percent used a mobility aid. Eighty-five percent of the children had at least one orthotic device, most often a night ankle-foot orthosis. The median number of rehabilitation sessions per week was 3.85 [0.5-11.5]. The frequency and type of sessions were mostly related to the GMFCS level. CONCLUSION: This study reports high levels of medical and paramedical involvement. Studies must attempt to define optimal practice.
ISSN: 1877-0657

hal-00876456
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00876456
PUBMED : 23312436
DOI : 10.1016/j.rehab.2012.11.003

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé :   Diplôme : DEA
il s'agit d'un type de produit dont les métadonnées ne correspondent pas aux métadonnées attendues dans les autres types de produit : DISSERTATION
As part of a programme of degraded soils rehabilitation, and in order to follow the biological processes connected with the soils reconstitution, it is a requisite to determine indicators able to account for the evolution of the soil. These indicators can he found on structural and/or functional characteristics of the bacterial communities, such as soil respiration, denitrification or genetic diversity. Theses descriptors are able to characterize the global community or targeted communities chosen for their importance in the ecosystem functioning. In this work, we tried to know whether soil bacteria genetic diversity was able to be a relevant indicator of the soil evolution in a rehabilitated sequence. This diversity is apprehended via a molecular technique: ARISA. A chronosequence situated on a gold mine, already experimented as part of a programme of degraded zones rehabilitation, was at our disposal. Results show that ARISA is a very sensitive technique, able to account for the bacterial community heterogeneity in a soil but unable, at the parcel scale, to discriminate the treatments nor to account for the evolution in lime of planted treatments. Lastly, the advantage of this indicator of genetic diversity may arise from its confrontation to other indicators (functional, for example).
Dans le cadre de la revégétalisation d'un sol dégradé et afin de pouvoir suivre les processus biologiques liés à la reconstitution des sols, il est nécessaire de déterminer des indicateurs pouvant rendre compte de l'évolution de l'état du sol. Ces indicateurs peuvent être fondés sur des caractéristiques fonctionnelles et/ou structurales des communautés bactériennes telles que la respiration, la dénitrification ou la diversité génétique. Ces descripteurs peuvent analyser la communauté globale ou des communautés cibles choisies pour leur importance dans le fonctionnement de l'écosystème. L'objectif de ce stage était de savoir si la diversité génétique des bactéries du sol pouvait être un indicateur de l'évolution des sols au sein d'une séquence de revégétalisation. Cette diversité est appréhendée par une technique de biologie moléculaire : l'ARISA. On dispose d'une chronoséquence située sur une mine d'or étudiée dans le cadre d'un programme de réhabilitation des zones dégradées. Les résultats montrent que l'ARISA est une technique très sensible, qui rend bien compte de l’hétérogénéité des communautés bactériennes présentes dans un sol mais est incapable, à l’échelle de la parcelle, de discriminer ni les traitements ni de rendre compte de l'évolution dans le temps de ces parcelles. Enfin, l'intérêt de cet indicateur de diversité génétique pourra résulter de sa confrontation avec d'autres indicateurs (fonctionnels par exemple).
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189155

hal-01189155
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189155
PRODINRA : 9464

Résumé : Aujourd’hui, il est indispensable de découvrir de nouveaux agents thérapeutiques pour faire face à l’expansion des infections fongiques humaines. D’un autre côté, certains arbres amazoniens ont acquis des moyens pour se protéger contre la dégradation fongique. Ces composés d’origine végétale pourraient donc être des candidats potentiels au développement de composés antifongiques. Il est ainsi exposé dans ce travail la sélection bio-inspirée et la récolte d’espèces d’arbres amazoniens résistants à la dégradation fongique ; à partir desquelles il est proposé d’isoler, d’identifier et de valoriser les métabolites responsables de la durabilité naturelle et d’étudier leurs propriétés sur des champignons pathogènes humains. Cette étude a conduit à l’isolement de molécules inédites apportant un complément d’information chimiotaxonomique pour les espèces étudiées. De plus, il a pu être mis en avant deux molécules pouvant devenir des composés pertinents pour le développement de traitements antimycotiques.
It is now essential to discover new therapeutic agents against the increase of human fungal infections. On the other hand, some Amazonian trees have succeeded to develop a chemical defense arsenal to protect themselves against fungal degradation. These compounds of plant origin could become potential candidates for the development of antifungal compounds for the treatment of human fungal diseases. Therefore, this manuscript describes the bio-inspired selection and collection of Amazonian tree species capable of specializing a highly fungiresistant wood; from which it is proposed to isolate, identify and valorize the secondary metabolites responsible for the natural durability, and study their properties on human pathogenic fungi. Ultimately, this study led to the isolation of new compounds and providing additional important chemotaxonomic information for the species studied. In addition, it as been established that two compounds could be relevant for the development of antimitotic therapies.

http://www.theses.fr/2011AGUY0467/document

Résumé : Le but de ce programme pathologie est de rechercher et d'étudier les agents pathogènes connus et inconnus chez les mollusques bivalves marins, plus particulièrement chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, afin d'identifier d'éventuels agents causant des mortalités, de proposer des mesures prophylactiques et de définir des conditions zootechniques permettant aux professionnels de limiter l'impact des maladies sur leur cheptel. La présence de maladies, chez les mollusques bivalves marins dont l'impact socio économique peut être catastrophique pour les productions conchylicoles, et l'accroissement des échanges de produits d'aquaculture entre les pays de la CEE et avec les pays tiers nécessitent le renforcement des recherches dans les domaines de la pathologie. En particulier, du fait du mono élevage de l'huître japonaise, Crassostrea gigas, en France, il est aujourd'hui indispensable d'effectuer des contrôles zoosanitaires réguliers chez cette espèce. Ces travaux ont d'autant plus d'importance qu'aujourd'hui, devant les pathologies rencontrées, les professionnels restent extrêmement démunis (traitements inapplicables ou inexistants). Dans ce cadre, la promptitude du diagnostic ainsi que l'acquisition de données épidémiologiques et biologiques concernant les agents pathogènes impliqués sont les meilleurs moyens d'éviter leur dissémination chez les mollusques bivalves marins. Les travaux entrepris dans ce cadre par le Laboratoire de Génétique, Aquaculture et Pathologie de La Tremblade, semblent d'autant plus indispensables qu'il n'existait pas jusqu'à ces dernières années de pathologies identifiées chez l'huître creuse, Crassostrea gigas, sur le littoral français. Cependant depuis 1991, sont apparus dans certaines écloseries françaises des épisodes de mortalité sur des larves de cette espèce. Il a été possible de détecter un virus apparenté à la famille des Herpesviridae par ses caractères morphologiques (NICOLAS et al., 1992) et de démontrer sa pathogénicité pour les larves (LE DEUFF et al., 1994). Par ailleurs, chaque année depuis 1993, un virus de même type, a été observé en association à de fortes mortalités sur certains lots de naissain de la même espèce, originaires d'écloseries et de captage naturel.

Droits : 1996 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15452/12827.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15452/

Résumé : La tuberculose (TB), maladie infectieuse contagieuse, est causée par une mycobactérie appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTBC). Malgré de nombreuses campagnes de vaccination par le BCG (Bacilles de Calmette et Guérin) et les traitements antituberculeux, on observe une réémergence de la maladie depuis les années 80. Ce bouleversement s’explique par la coïnfection avec le virus du VIH/SIDA, la désorganisation des systèmes de santé et par l’apparition des bactéries résistantes aux principaux antibiotiques antituberculeux. Dans ce contexte une meilleure connaissance des mouvements et de l’évolution des clones circulants du bacille tuberculeux permettrait de détecter plus rapidement et de façon plus pertinente l’émergence d’épidémies. Le contrôle et la surveillance de la maladie représentent des moyens essentiels pour lutter contre l’expansion mondiale de la tuberculose. C’est ainsi que l’unité de la Tuberculose et des Mycobactéries de l’Institut Pasteur de la Guadeloupe (IPG) a mis en place une base de données de profils génotypiques pour l’étude de l’épidémiologie globale de la tuberculose. Dans le cadre de cette thèse, nous décrirons les méthodes de bioinformatique qui ont été utilisées pour la gestion et l’exploitation de la 6ème version (SITVIT2) de cette base de données des génotypes pour mieux comprendre l’évolution et la dissémination mondiale du bacille tuberculeux. Cette base intègre aussi plusieurs marqueurs moléculaires tels que les MIRU-VNTRs (« mycobacterial interspersed repetitive units-variable number of tandem repeats ») et le Spoligotype43 servant à mieux décrire et identifier les familles de profils génotypiques du MTBC. La banque de données SITVIT2 ne cesse d’évoluer, et elle contient actuellement des informations épidémiologiques sur 111 635 isolats cliniques. Cette base de données est consultable en ligne à l’adresse suivante : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. Nous avons également réalisé une base de données nommée SITVITBovis qui est dédiée à la tuberculose bovine. Cette base de données sera accessible à l’adresse : http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/. Parallèlement au développement et à la gestion des bases de données, ce travail de thèse s’est appuyé sur plusieurs études épidémiologiques et phylogéographiques mettant en corrélation les données disponibles sur la résistance aux médicaments ou les caractéristiques démographiques (dont le sexe, l’âge, le statut VIH, et l’origine du patient). Notre initiative de recherche permet ainsi d’améliorer la caractérisation phylogénétique détaillée des lignées du MTBC, ainsi que l’épidémiologie des clones en circulation, afin d’élaborer une cartographie géographique des isolats cliniques prédominants pour les bacilles tuberculeux principalement impliqués dans la maladie, à l’échelle nationale, régionale et mondiale. La superposition ultérieure de ces cartes avec des données sociopolitiques, économiques et démographiques obtenues auprès de Systèmes d’information géographique (SIG) ont permis de dresser un portrait précis des disparités actuelles par pays ou sous-région. Cette thèse représente une importante collaboration avec plusieurs équipes de chercheurs travaillant également dans le domaine de l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose. L’objectif à long terme de ce travail, est d’optimiser la structure de la base, et de pérenniser l’enrichissement de celle-ci (notamment par l’automatisation et la facilité de la saisie de données). Une représentation optimale et une meilleure accessibilité des données de la base conforteraient les efforts faits pour le contrôle et la surveillance de la TB dans monde.
Tuberculosis (TB) is a contagious infectious disease caused by mycobacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC). Despite numerous campaigns of vaccination by the BCG (Bacillus Calmette-Guérin) vaccine, and TB treatments, there was a resurgence of the disease since the 80s. This disruption is due to coinfection with HIV/AIDS, disorganization of health systems and the emergence of bacteria resistant to anti-TB drugs. In this context, a better understanding of the movements and changes of circulating clones of tubercle bacilli would detect faster and more relevant emerging epidemics. The control and monitoring of the disease are essential means to fight against the worldwide spread of tuberculosis. Thus the TB and Mycobacteria unit of the Pasteur Institute of Guadeloupe (IPG) has developed a database of genotypic profiles for the study of global epidemiology of tuberculosis.In this thesis, we discuss the Bioinformatical methods that have been used for the management and development of the 6th version (SITVIT2) of this database of genotypes to better understand the evolution and global dissemination of the tubercle bacillus. The database also includes several molecular markers such as MIRU-VNTRs (mycobacterial interspersed repetitive units- variable number of tandem repeats) and Spoligotype43 allowing a better description and identification of the families of genotypic profiles of Mycobacterium tuberculosis complex. SITVIT2 database is constantly evolving, and it currently contains epidemiological information on 111,635 clinical isolates. This database is available online at the following address: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT2/. We also developed a database named "SITVITBovis", which is dedicated to bovine tuberculosis. This database will be accessible at: http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_Bovis/.Alongside the development and management of databases, this work was based on several epidemiological and phylogeographic studies correlating data on drug resistance or demographic characteristics (including sex, age, HIV status, and the origin of the patient). Our research initiative is thus focused to further improve in depth phylogenetic characterization of MTBC lineages, as well as the epidemiological analysis of circulating clones to generate evidence-based geographical mapping of predominant clinical isolates of tubercle bacilli causing the bulk of the disease both at country and regional level. Further superposition of these maps with socio-political, economical and demographical available through Geographic Information Systems (GIS) allows to have a precise view of prevailing disparities at the level of country or sub-region. This thesis represents an important collaboration with several researchers teams also working in the field of molecular epidemiology of tuberculosis.The long-term goal of this work is to further optimize the database structure, and sustain enriching it (including automation and ease of data entry). Optimum performance and accessibility of data in the database would reinforce efforts to control and surveillance of TB in the world.

http://www.theses.fr/2014AGUY0791/document

Éditeur(s) : Montpellier : Boehm et fils
Résumé : Thèse de medecine présentant la Guyane, de la gestion de l'eau et de l'alimentation dans les établisements de la transportation avant de parler de la colique sèche ses symptomes et traitements
Siècle(s) traité(s) : 19
Droits : Domaine public
Provenance : Fondation Clément
Permalien : http://www.manioc.org/patrimon/FCL15010
FCL15010