Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The ovary is not solely the unique source of oocytes necessary for fertilization but also a crucial conductor of endocrine regulations of the reproductive system. In the fetal ovary, oocytes grouped in clusters are surrounded by somatic pre-granulosa cells, altogether delineated by a basement membrane and constituting ovarian cords. The formation of the definitive ovarian functional units requires their fragmentation into follicles formed by a single oocyte surrounded by granulosa cells and delineated by a basement membrane. This partitioning occurs within a tiny period and is dependent on the correct timing of the meiotic process, on an apoptotic wave that specifically targets oocytes and the remodelling of the basement membrane. Follicle formation is a crucial event of ovarian development because the follicle stock formed at the end of this process is non-renewable. Therefore, any disturbance of this process can lead to reproductive abnormalities in adulthood. Recent data on endocrine disruptors displaying estrogenic activity have involved the fragile estrogenic homeostasis in the process. We aimed at better understanding how the endogen estrogen 17b-estradiol (E2) contributes to follicle formation. To assess it, Sprague-Dawley rats were treated with E2 at different doses during follicle formation, /i.e./ in the 3 days following birth. We show that although this treatment impairs the development of the hepatic and ovarian detoxification systems, the female neonate is able to increase its estrogen clearance capabilities. Nevertheless, E2 treatment within this critical period triggers a dose-dependent decrease of oocyte number per ovary. Regardless of the E2 dose, puberty is advanced. All treated females are at least transiently fertile, yet these reproductive capabilities rapidly decline. A high (10 µg/day) dose of E2 leads to a secondary infertility characterized by anovulation that probably result from a dysfunction of the whole reproductive tract. By contrast, a lower (0.1 µg/day) dose of E2, that does not significantly modify neonatal oocyte survival, leads to a progressive reproductive senescence likely due to ovarian failure. Long-term troubles may originate from precocious E2 impact on the ovary since it disturbs ovarian transcriptome and produces many lesions on ovarian cell DNA.
L'ovaire est au cœur de la physiologie de la reproduction féminine. Il est à la fois à l'origine des ovocytes nécessaires à la fécondation et acteur des régulations endocrines du système reproducteur. Les ovocytes de l'ovaire fœtal sont groupés en amas bordés de cellules somatiques et d'une membrane basale, formant les cordons ovariens. Ces cordons ovariens se fragmentent pour former les follicules ovariens: un ovocyte bordé de cellules somatiques et d'une membrane basale. Cette fragmentation se déroule sur une courte période (/in utero/ chez la femme et juste après la naissance chez les rongeurs) et fait intervenir une vague de mort cellulaire programmée touchant les ovocytes pendant leur méiose et un remodelage de la membrane basale. La formation des follicules est une période cruciale du développement ovarien puisque le stock de follicules formés à l'issue de ce processus est non renouvelable. Son altération peut donc être à l'origine de troubles de la fonction de reproduction chez le futur adulte. Il existe une fragile homéostasie œstrogénique en place au moment de la formation folliculaire: chez la femme, l'ovaire se développe /in utero/, sous l'influence des œstrogènes circulants maternels et la production ovarienne fœtale. Chez les rongeurs, les follicules se forment lors de la levée de l'imprégnation hormonale maternelle au moment de la naissance. Nous avons souhaité comprendre comment le 17b-œstradiol (E2), œstrogène endogène, pouvait contribuer à la mise en place des follicules. Pour cela, des rattes Sprague-Dawley ont été traitées pendant la période de formation des follicules avec de l'E2 à différentes doses entre 0.01 et 10 µg/jour. Nos travaux démontrent que le traitement de rattes par des œstrogènes entre leur naissance et 3 jours induit une réduction dose-dépendante de leur nombre d'ovocytes. Bien que le traitement entrave le développement normal du système de détoxication hépatique et ovarien, l'animal est capable d'accroître ses capacités d'élimination des œstrogènes. Ces capacités sont toutefois insuffisantes pour bloquer les effets du traitement. Quelle que soit la dose d'E2 utilisée (0.1 ou 10 µg/jour), la puberté est plus précoce chez les femelles exposées mais toutes sont fertiles, au moins transitoirement. Cependant le traitement induit une dégradation rapide des capacités reproductives. L'E2 modifie la dynamique folliculaire chez l'adulte, longtemps après l'arrêt du traitement. Si une forte dose d'E2 réduit la survie des ovocytes lors de la formation des follicules et conduit à une infertilité secondaire due à un dysfonctionnement général du tractus reproducteur, une dose faible n'affecte pas la survie des ovocytes à court terme mais conduit à une sénescence reproductive précoce vraisemblablement d'origine ovarienne. L'origine de ces troubles pourrait résider dans les effets précoces de l'exposition à E2 : cette molécule altère le transcriptome ovarien et induit de nombreuses lésions de l'ADN des cellules ovariennes.
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NNT : 2013REN1S107
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The recent accumulation of genomic sequence data has shown that gene evolution is not strictly tree-Like. Many evolutionary processes, like exon shuffling, gene fusion or nonhomologous recombination remodel genes by creating composite structures that are made from parts with different evolutionary histories. The development of sequence similarity networks provides an analytical framework to study the impact of these processes on molecular evolution, by structuring the resemblance relationships between sequences and by formalizing, in terms of graph theory, the detection of composite genes (intransitive triplets) and gene families (clique minimal separators). The size of current data sets, typically several million sequences, has also required the development of new tools and methods: sequence comparison parallelization, large networks visualization with Louvain communities and large cycles identification. When applied to eukaryotic and viral genome data sets, these methods have shown that composite genes are found throughout cellular organisms and mobile genetic elements. Proportionally, composite genes are more numerous in eukaryotic genomes; in absolute number, they are more numerous in viruses. In the latter, composite genes functional distribution is biased (enrichment of genes families that are essential for the perpetuation of the viral cycle), and the various parts of composite genes sometimes even originate from the genetic material of different viral classes. More generally, the extent of combinatorial processes, by unravelling other evolutionary bonds than homology bonds in the strictest sense, legitimates a pluralistic study of similarity relationships between sequences.
L’accumulation récente de données de séquences génomiques a montré que l’évolution des gènes n’est pas strictement arborescente. De nombreux processus évolutifs, comme l’exon shuffling, la fusion de gènes ou la recombinaison illégitime remodèlent les gènes, créant des structures composites, formées de parties dont les histoires évolutives sont différentes. Le développement de réseaux de similarité de séquences fournit un cadre analytique permettant d’étudier l’impact de ces processus sur l’évolution moléculaire, en structurant les relations de ressemblance entre séquences et en formalisant en termes de graphes la détection de gènes (triplets intransitifs) et de familles de gènes (cliques minimales séparatrices) composites. La taille des jeux de données actuels, de l’ordre de plusieurs millions de séquences, a également requis le développement de nouveaux outils et méthodes : parallélisation des comparaisons de séquences, visualisation de très grands réseaux par simplification en communautés de Louvain et identification de grands cycles. Appliquées à des jeux de données de génomes eucaryotes et viraux, ces méthodes ont démontré la présence de gènes composites dans tout le vivant et les éléments génétiques mobiles. En proportion, les gènes composites sont plus nombreux dans les génomes eucaryotes ; en nombre absolu, ils sont plus nombreux à être portés par des virus. Chez ces derniers, la distribution fonctionnelle des gènes composites est biaisée (enrichissement dans les familles essentielles pour la perpétuation du cycle viral), et les éléments des gènes composites trouvent même parfois leurs origines dans le matériel génétique de classes virales différentes. Plus généralement, l’étendue des processus combinatoires, en révélant des liens évolutionnaires autres que les liens d’homologie au sens fort, justifie une étude pluraliste des relations de similarité entre séquences.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127379

NNT : 2014PA066358
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Éditeur(s) : Gauthier-Villars
Résumé : Five particle traps were deployed at depths of 4 400 to 4 900 rn at two stations on the Demerara abyssal plain and one station on the Cape Verde abyssal plain (tropical Atlantic). At the same time, an intensive sampling of superficial sediments was carried out using a 0,25 m2 box corer. The total particle flux varied from 372 to 87,7 mg dry weightfm2/day. The average concentration of organic carbon was 40 mg/g of material collected. ln the surface sediment this was only 4 mg/g. A direct relationship existed between the intensity of the flux of organic matter and the richness of the organic matter of the deposited sediment. According to our calculations, more than 90% of the organic matter arriving at the bottom is consumed by the abyssal benthos and only 1% is lost to permanent sediment deposits. For 100 calories consumed by the benthos, 99 are utilized by the infauna and flora, 0, 7 by the holothurian egafauna and 0,3 by near-bottom fisches. The biochemical composition of the particles is characterized at ali stations by a predominance of "humic" material in the total organic matter (more than 55%). The part of the molecules unaltered form living material varied from on station to another: for the most oceanic station the protein dominated, composing 20% of the total energy. At the station onder the influence of the continent the lipid fraction grew and was almost equal to that of the protein. ln this case, the carbohydrate fraction was very weak (7% of the organic matter). Finally the preference of the animais which feed on the particles is principally for the most energetic (lipid) and the most easily hydrolysable (labile protein) molecules: the other molecules, such as the humic matter, are less preferred, although they still contribute to about half of the energy consumed by the abyssal benthic animais.
Cinq pièges à particules ont été déployés à des profondeurs comprises entre 4400 et 4 900 rn sur deux stations dans la plaine abyssale de Demerara et une station dans la plaine abyssale du Cap Vert (Atlantique tropical). Dans le même temps, un échantillonnage intensif du sédiment superficiel a été réalisé à l'aide d'un carottier de 0,25 m2 d'ouverture. Le flux particulaire total mesuré varie de 372 mg de matière sèche/m2/jour à 87,7 mg/m2/g de matériel récolté. Dans les sédiments superficiels, elle n'est plus que d'environ 4 mg/g. Il existe une relation directe entre l'intensité du flux organique et la richesse en composés organiques du sédiment. D'après nos estimations, plus de 90% du matériel organique arrivant sur le fond sont consommés par les organismes benthiques abyssaux et seulement 1% est perdu dans la sédimentation permanente. Pour 100 calories consommées par le benthos, 99 le sont par la petite faune et la flore vivant dans le sédiment, 0, 7 calories sont utilisées par les holothuries (mégafaune) et 0,3 calories par les poissons. La composition biochimique des particules se caractérise, à toutes les stations, par la prédominance des composés organiques transformées néobiogéniques ( « humus ») dans la matière organique totale (plus de 55%). La part des molécules de la matière vivante varie d'une station à l'autre: à la station la plus océanique, les protéines dominent et composent 200/o de l'énergie totale des apports. Dans la station plus soumise aux influences continentales, la concentration en lipides augmente et peut égaler celle des protéines. Dans ce cas, le taux de glucides des particules est très faible (7% des apports organiques). Enfin, les préférences nutritionnelles des animaux qui s'alimentent sur ces particules se portent principalement sur les molécules les plus énergétiques (lipides) et les plus facilement hydrolysables (protéines labiles) : les autres molécules, comme les composés néobiogéniques sont moins recherchés bien qu'ils contribuent pour moitié à l'énergie consommée par les animaux benthiques abyssaux
Oceanologica Acta (0399-1784) (Gauthier-Villars), 1985 , Vol. 8 , N. 3 , P. 293-301

Droits : Gauthier-Villars
http://archimer.ifremer.fr/doc/00112/22318/19991.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00112/22318/

Éditeur(s) : Ecole nationale supérieure agronomique de Rennes
Résumé : Describe and gain understanding on fluctuations in animal population over time and space is a central goal of population ecology. This is also crucial to ensure the sustainable management of exploited resources, particularly those with complex population dynamics such as the bluefin tuna. The goal of this work is to collect bluefin tuna catches from the ancestral Mediterranean and Atlantic trap fisheries to (i) characterise long-term fluctuations in bluefin tuna population migrating in the Mediterranean, (ii) analyse their causes et (iii) assess their implications for fisheries management. The bluefin tuna main biological and ecological characteristics are first detailed. Then, the first part presents the trap fishery, and the process of collect and validation of the historical catches. This leads to develop a data base of 54 time-series more than 20 years long, the longest ones spanning about four centuries. Mean historical catches were around 15 000 tons/year ([7 000;25 000]). Time-series are analysed in a second part. Temporal variability of trap catches may be decomposed in three components: 100-year-long periodic fluctuations, 20-year cycles and inter-annual variations. These medium- to long-term fluctuations, representing more than 50% of the variability in the time-series, were synchronous all around the western Mediterranean and adjacent North Atlantic. In contrast, short-term variability was synchronous at a local scale only. It is argued that long-term fluctuations in trap catches could be considered as a proxy for those in abundance, and a synthetic time-series is computed to depict them. Biological and ecological processes that could cause such long-term fluctuations are discussed in a third part. We tested whether long-term fluctuations in Atlantic bluefin tuna might be related to large-scale environmental changes, using long time-series of the North Atlantic Oscillation (NAO), the Length of the Day index (LOD, a proxy of the atmospheric circulation index ACI) and the temperature. Spectral analyses of trap catches, LOD and temperature displayed similar spectra with peak at low frequency, whereas those of the NAO exhibited a broad band spectrum. Regression analyses and tests of correlation did not reveal any clear relationship between trap catches on the one hand and NAO and LOD on the other hand. In contrast, long-term fluctuations in trap catches appear to be negatively and significantly related to long-term trends in temperature. Underlying processes that could explain such a relationship are discussed, with special focus on changes in migration patterns. Finally, implications of such fluctuations in term of fisheries management are discussed in a fourth part. A simulation framework, in which a simulated population dynamics model is coupled with a VPA, is built to test the pertinence of the diagnostic of stock assessment according to different scenarios on fluctuations origins and population status. In the hypothesis of fluctuations linked to variations in the recruitment, VPA appears able to reconstruct the fluctuations but the predictions may be biased if natural fluctuations are not taking into account. In the hypothesis of fluctuations linked to changes in migration pattern, VPA is not able to reconstruct the population dynamics. In a precautionary approach, quotas which follow may be unsuitable in the best case, at worst dangerous if they are defined in comparison with a reference point. The concept of cible reference points, fixe and unique over time, appears not relevant for bluefin tuna; estimate trajectory reference pertinent may prove to be more pertinent.
Décrire et comprendre les fluctuations spatio-temporelles des espèces animales constituent les enjeux majeurs de l'écologie. La question est également cruciale pour réussir la gestion durable des ressources exploitées, en particulier celle du thon rouge, grand pélagique migrateur à la dynamique complexe. L'objectif de ce travail est de collecter les captures historiques de thon rouge par les madragues méditerranéennes et proche atlantiques pour (i) caractériser les fluctuations à long terme de la population migrante en Méditerranée, (ii) étudier leur déterminisme et (iii) évaluer leurs implications en terme de gestion des pêcheries. Après avoir décrit les principales caractéristiques biologiques et écologiques du thon rouge, la première partie présente la pêcherie à la madrague, puis le processus de collecte et de validation des données historiques de captures. Ce dernier conduit à la mise en place d'une base de données de 54 séries de plus de 20 ans, dont les plus longues s'étendent sur près de 4 siècles. Les productions historiques sont estimées à environ 15 000 tonnes/an ([7 000;25 000]). Les séries historiques de captures sont analysées dans la seconde partie. Leur variabilité temporelle peut être décomposée en trois composantes : de larges cycles pseudo-séculaires, des variations périodiques d'une vingtaine d'années et des fluctuations inter-annuelles. Les fluctuations à moyen et long terme, expliquant plus de la moitié de la variance des séries, sont synchrones à l'échelle du bassin méditerranéen occidental et du proche Atlantique. La variabilité inter-annuelle, en revanche, n'est synchrone qu'à une échelle locale. On montre finalement que les fluctuations à long terme des captures peuvent être considérées comme de bons indices des tendances des abondances de la population de thons rouges migrants en Méditerranée. Une série synthétique est construite pour les décrire. Les processus biologiques et écologiques susceptibles d'être à l'origine de ces fluctuations sont discutés dans la troisième partie. L'hypothèse d'un forçage environnemental à grande échelle est testée en utilisant des indices à long terme de l'Oscillation Nord Atlantique (NAO), de la longueur du jour (LOD, un indicateur de l'indice de circulation atmosphérique ACI) et de la température. Les analyses spectrales sur les séries de captures, du LOD et des températures révèlent des spectres similaires, avec un pic sur les basses fréquences, alors que celles sur le NAO conduisent à une large bande spectrale. Les régressions et les tests de corrélations ne montrent aucune relation significative entre les captures par les madragues et le NAO et le LOD. En revanche, les fluctuations à long terme des captures apparaissent significativement et négativement corrélées avec les fluctuations à long terme des températures. Les processus sous-jacents susceptibles d'expliquer une telle relation, en particulier des changements migratoires, sont discutés. Finalement, les implications des fluctuations pour la gestion de la pêcherie sont discutées dans une quatrième partie. Un cadre de simulation, couplant un modèle de dynamique de population à une VPA, est élaboré pour tester la pertinence des diagnostics d'évaluation de stock selon différents scénarios d'origine des fluctuations et d'état de la population. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des variations du recrutement, la VPA apparaît capable de reconstruire les fluctuations mais les prédictions sont biaisées lorsqu'il n'est pas tenu compte des fluctuations naturelles du stock. Dans l'hypothèse de fluctuations liées à des changements migratoires, la VPA est alors incapable de reproduire la dynamique de la population. Dans une approche de précaution, les quotas qui en découlent peuvent se révéler au mieux inappropriés, au pire dangereux s'ils sont définis par rapport à un point de référence. Ce concept de point cible, fixe et unique dans le temps, apparaît inapproprié pour le thon rouge ; estimer des "trajectoires de référence" serait sans doute plus pertinent.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/these-65.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/65/

Éditeur(s) : HAL CCSD Springer Verlag/EDP Sciences
Résumé : International audience
The elucidation of relationships between biodiversity and ecosystem processes has been limited by the definition of metrics of biodiversity and their integration into experimental design. Functional trait screening can strengthen the performance of these designs.* We suggest the use of Rao's quadratic entropy to measure both functional diversity and phylogenetic diversity of species mixtures proposed for an experimental design, and demonstrate how they can provide complementary information.* We also present an index assessing the statistical performance of these independent variables in different experimental designs. Measurement of independent variables as continuous vs. discrete variables reduces statistical performance, but improves the model by quantifying species differences masked by group assignments.* To illustrate these advances, we present an example from a tropical forest tree community in which we screened 38 species for nine functional traits. The proposed TropiDEP design is based on the relative orthogonality of two multivariate trait axes defined using principal component analysis.* We propose that independent variables describing functional diversity might be grouped to calculate independent variables describing suites of different traits with potentially different effects on particular ecosystem processes. In other systems these axes may differ from those reported here, yet the methods of analysis integrating functional and phylogenetic diversity into experimental design could be universal.
La compréhension des relations pouvant exister entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes a été longtemps limitée par la définition de méthodes de quantification de la diversité biologique et la mise en œuvre de dispositifs expérimentaux permettant sa mesure. L'identification de syndromes de traits fonctionnels clefs influençant des fonctions écosystémiques particulières peut renforcer la performance de ces dispositifs.* Nous suggérons l'utilisation de l'entropie quadratique de Rao pour mesurer la diversité fonctionnelle et phylogénétique dans des assemblages synthétiques d'espèces, et montrons comment ces mesures de diversité sont complémentaires.* Nous présentons également un indice permettant de tester la performance statistique de ces variables indépendantes dans différents modèles expérimentaux. L'utilisation de variables indépendantes continues plutôt que discrètes réduit la performance statistique mais améliore le modèle en quantifiant les différences fonctionnelles entre espèces; différences généralement masquées lors de leur assignation en groupes fonctionnels.* Pour illustrer ces avancées, nous présentons un exemple d'assemblages synthétiques à partir de 38 espèces d'arbres de forêt tropicale sélectionnées pour 9 traits fonctionnels (TropiDEP). Le plan d'expérience de TropiDEP est basé sur l'orthogonalité relative de deux axes multivariés de traits fonctionnels définis par analyse en composantes principales.* Nous proposons que les variables décrivant la diversité fonctionnelle soient groupées pour calculer des variables indépendantes, divisées en plusieurs axes décrivant des combinaisons de différents traits pouvant influencer des processus différents de l'écosystème (e.g. processus du N et du C). Dans d'autres systèmes, ces axes peuvent différer de ceux présentés ici, mais les méthodes d'analyse peuvent être universelles.
ISSN: 1286-4560

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
hal-00883621
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00883621/file/hal-00883621.pdf
DOI : 10.1051/forest/2009110

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
Un inventaire des longueurs maximales atteintes de 42 espèces occupant la lagune de la Manche-à-Eau, Guadeloupe (Antilles françaises), a été effectué dans le but d'évaluer la relation existant entre cet écosystème et la taille des individus qu'il accueille. Leurs longueurs maximales observées LMO dans la région ont été comparées à celles disponibles LMD dans la littérature. La majorité des populations présente des individus dont la longueur atteint au moins 40% de la longueur maximale connue pour l'espèce, bien que seulement 38,1% possèdent des individus plus grands que 300mm en valeur absolue. Les populations des autres espèces n'y sont représentées que par des individus soit dans leur phase initiale de développement, soit de longueur réduite par rapport à la longueur maximale connue ailleurs pour la même espèce. Dans cette mangrove, les espèces de plus grande taille relative sont en général celles qui ont la plus faible longueur absolue. L'utilisation de l'indice RL (=LMO/LMD) comme outil descriptif et de comparaison des assemblages ichtyiques dans un écosystème et indicateur de sa qualité a rendu possible la pré-sélection de 12 espèces pour des essais d'élevage. En combinant les paramètres de nature biologique, technique et commerciale, la pré-sélection retient comme prioritaires les espèces suivantes: Archosargus rhomboidalis, Haemulon bonariense, Lutjanus griseus et Centropomus undecimalis.
Proceedings of the 61st Gulf and Caribbean Fisheries Institute
Gosier, Guadeloupe

hal-00755763
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00755763
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00755763/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-00755763/file/GCFI_61_2009_177-183.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The territory of Armenia was located in the collision zone between Arabia and Eurasia, and is the seat of active intercontinental deformations, which was attested by the many historical earthquakes that have occurred in this region. All these destructive earthquakes show a strong regional seismic activity, and therefore it is important to evaluate the seismic hazard associated with active structures that generates this seismicity.This study presents the results of the analysis of the active tectonics within the northwestern and southeastern extensions of the Pambak-Sevan-Syunik fault (PSSF), a major right-lateral strike-slip fault cutting through Armenia (NW - SE). Quantifying the deformations in terms of geometry, kinematics, slip rates and earthquake activity, using cosmogenic 3He, OSL/IRSL and radiocarbon dating techniques, reveal different behaviors between the two regions.Within the northwestern extension, in the region of Amassia, the PSSF bends to the west and splits into two main WNW-ESE trending reverse faults defining a compressional pop-up structure. We estimate an uplift rate and a shortening rate of 0.5 ± 0.1 mm/y and 1.4 ± 0.6 mm/y, respectively. This suggests that most of the ~2 mm/y right lateral movement of the PSSF seems to be absorbed within the Amasia pop-structure.Within the southeastern extension, in the region of Tsghuk volcano, the PSSF shows signs of dying out at the southernmost tip of the Syunik graben. A very slow NS trending normal faulting associated with a slight right-lateral movement characterizes the tectonic activity in the region of Tsghuk volcano. We estimate vertical slip rates, EW stretching rate, and right-lateral slip rate of ~0.2 mm/y, ~0.1 mm/y and ~0.05 mm/y, respectively. These results lead to the conclusion that the right lateral movement observed further north along the PSSF is mainly transferred within other active faults further west within the Karabagh (Hagari fault or other structures further northwestwards).
L’Arménie se situe dans la zone de collision entre Arabie et Eurasie et est le siège d’une déformation intracontinental active comme l’atteste les nombreux tremblements de terre historiques qui s’y sont produits. Tous ces séismes, destructeurs, attestent d’une forte activité sismique régionale, et il est par conséquent important d'évaluer l’aléa sismique associé aux structures actives qui génère cette sismicité.Le travail présenté ici, expose les résultats de l’analyse de la tectonique active au niveau des terminaisons nord-ouest et sud-est de la faille de Pambak-Sevan-Syunik (PSSF), une des failles décrochant majeure qui traverse l'Arménie du NW au SE. La quantification des déformations en termes de géométrie, cinématique, vitesse de glissement et paléosismicité, en utilisant les méthodes de datation 3He cosmogénique, OSL/IRSL et radiocarbone, révèlent des comportements différents entre les deux régions.Au niveau de la terminaison nord-ouest, dans la région d’Amassia, la faille PSSF s’incurve vers l'ouest et se subdivise en deux branches de direction WNW-ESE, et de cinématique inverse, définissant une structure en pop-up. Nous estimons une vitesse de soulèvement de 0.5 ± 0.1 mm/an et une vitesse de raccourcissement NNE-SSW de 1.4 ± 0.6 mm/an. Ces résultats suggère que l’essentiel des ~2 mm/an de mouvement dextre estimés le long de la faille de PSSF sont absorbés au niveau du pop-up d’Amassia.Au niveau de la terminaison sud-est, dans la région du volcan Tsghuk, la faille PSSF semble disparaitre. Le peu d’activité tectonique est caractérisée par des failles normales sub-méridiennes associées à une légère composante décrochant dextre. Nous déterminons une vitesse de glissement vertical de ~0,2 mm/an, une vitesse d’extension ~EW de ~0,1 mm/an associée à une composante dextre de ~0,05 mm/an. Ces résultats suggèrent que le mouvement dextre observé le long de la faille de PSSF plus au nord, a été transféré sur d'autres failles plus à l'ouest dans le Karabakh (faille Hagari ou autres structures situés encore plus au NW).
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01621440

NNT : 2016MONTT152
tel-01621440
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01621440
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01621440v2/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01621440/file/2016_MKRTCHYAN_archivage.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD National Research Council Canada
Résumé : International audience
The spadix of Arum italicum Miller consists of two main parts: a clavate sterile portion (appendix) and a cylindroid fertile portion. In the fertile portion with both male and female zones, there are two zones of sterile flowers (bristles). The basal portion of bristles is surrounded by a verrucose structure consisting of a mass of tissular excrescences. During early stages of development, there is no free space between the different zones of the inflorescence. The elongation of the inflorescence axis is what eventually separates the different zones from each other. There are no atypical flowers that are morphologically intermediate between male and female flowers as is the case in other genera of Aroideae (e.g., Cercestis, Philodendron, Schismatoglottis). The structure of the bristles in the inflorescences of Arum does not correspond to any type of atypical flower (unisexual or bisexual) that has been analysed previously in the Araceae. From a developmental point of view, it is not possible to determine if the bristles correspond to aborted or modified female or male flowers. In the early stages of development, the stamens, staminodes, and appendix are covered by globular masses of extracellular calcium oxalate crystals.
Le spadice de l’Arum italicum comporte deux parties principales : une portion claviforme stérile (appendice) et une portion cylindroïde fertile. Dans la portion fertile avec zones mâles et femelles, il y a deux zones de fleurs stériles (soies). La portion basales des soies est entourée par une structure verruqueuse, constituée d’une masse d’excroissances tissulaires. Aux premiers stades du développement, il n’y a pas d’espace libre entre les différentes zones de l’inflorescence. L’élongation de l’axe de l’inflorescence est ce qui sépare éventuellement les différentes zones l’une de l’autre. Il n’y pas de fleurs atypiques intermédiaires entre des fleurs mâles et des fleurs femelles, comme c’est le cas dans d’autres genres d’Aroideae (p. ex. Cercestis, Philodendron, Schismataglottis). La structure des soies chez les inflorescences de l’Arum ne correspond à aucune des fleurs atypiques (unisexuées ou bisexuées) qui ont précédemment été analysées chez les Araceae. Considérant le développement, il n’est pas possible de déterminer si les soies correspondent à des modifications de fleurs femelles ou mâles avortées. Aux premiers stades du développement, les étamines, les staminodes et les appendices sont couverts de masses globuleuses constituées de cristaux extracellulaires d’oxalate de calcium.
ISSN: 0008-4026

hal-01206194
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Résumé : Depuis octobre 1992 une étude est conduite pour analyser les mécanismes de recrutement du stock de crevettes pénéïdes (Pelloeus subtilis) du plateau guyanais. En effet, le cycle de cette espèce étant très court, ces mécanismes conditionnent directement les rendements de la flottille industrielle crevettière guyanaise. Les variabilités intra et inter-annuelles du recrutement sont considérées comme très fortes, aussi une optimisation de la gestion de cette pêcherie passe par une meilleure compréhension de ces mécanismes et notamment de leurs facteurs de variation. Cette étude s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC, et elle est menée par l'IFREMER dans la Zone Economique française et le laboratoire du Département des pêches du Surinam sur le plateau de ce pays. Ce programme prévoit une série de huit campagnes en mer qui seront conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires Français et Surinamien sur les plateaux de Guyane (campagnes RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano-surinamien). Deux campagnes annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre. La périodicité de ces campagnes est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis qui ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Cette campagne est la troisième de la série initiée en octobre 1992. L'étude n'est pas limitée à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle inclue également l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a aussi été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d'en estimer l'importance réelle.

Droits : 1993 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18148/15707.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18148/

Éditeur(s) : Actes Symposium, Bordeaux, France, 8-14 septembre 1981, pp 389-395
Résumé : Estimations of algal growth potential (AGP) of oyster-pond waters have been made by the use of bioassays and nutrient analysis. Data obtained demonstrated that nitrogen is the nutrient Iimiting AGP and that an important part of algal biomass is supported by organic nutrients. Such an uptake ranges from 0.6 to 30.7 µg-at.I-1 nitrogen ; which represents up to six times the total amount of inorganic nitrogen taken up. U.V oxydation and subsequent chemical analysis shown DON concentrations in oyster-pond waters varied with oyster presence or absence: values recorded were 10-40 µg-at N.I-1 when oysters were not present, and up to 50-60 µg-at N.I-1 when oysters were covering the bottom of the pond. The oyster Crassostrea gigas was demonstrated to excrete 77-93 % DON, versus 10-33 % N-NH4; urea excretion often represented three folds the NH4 excretion. The capability to take up organic nutrients varies with algal species ; the diatom Navicula ostrearia appeared to be the most efficient one.
L'utilisation de tests biologiques dans l'étude de la fertilité des eaux de claires ainsi que l'analyse chimique des réserves en sels nutritifs des mêmes eaux montrent qu'une part importante de la biomasse micro-algale peut être produite dans ces bassins, par assimilation par les cellules de substances organiques dissoutes. Ainsi, pour l'azote, des estimations indirectes aboutissent à des quantités de cet élément assimilé sous forme organique variant entre 0,6 et 30,7 µg-at.I-1 selon les modes d'évaluation, les espèces et l'origine des eaux, c'est-à-dire jusqu'à six fois les quantités d'ions minéraux prélevés par les algues. Ces valeurs sont tout à fait en concordance avec les teneurs en azote organique dissous effectivement présentes dans les eaux de claires: entre 10 et 40 µg-at.I-1 et jusqu'à 50 à 60 µg-at.I-1 dans les bassins où des huîtres sont immergées. On ne peut donc exclure une relation entre ces fortes valeurs en azote organique dissous et les huîtres. D'ailleurs, il est démontré que l'huître Crassostrea gigas peut excréter 77 à 93 % de rejets azotés sous forme organique, l'ammoniaque n'en représentant que 10 à 33 % et la quantité d'urée excrétée atteignant jusqu'à trois fois celle d'ammoniaque. L'utilisation de ces formes organiques de l'azote par les algues des claires varie avec les espèces; Navicula ostrearia semble être la mieux adaptée à ce type d'assimilation.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1981/acte-2946.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2946/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Article soumis à la revue Ruralia fin 2006. La revue a cessé de paraître en 2007.
La tome des Bauges est un fromage fabriqué dans les Alpes du Nord, qui a obtenu en 2002 une Appellation d'Origine Contrôlée (AOC). Elle fait donc partie de ces produits dits " de terroir " sur lesquels se penchent depuis plusieurs années les chercheurs en sciences sociales et qui accèdent au statut de patrimoine. Elle tend à devenir un emblème pour le territoire des Bauges. Or, cette évolution est remarquable dans la mesure où la tome était, il n'y a pas si longtemps, une production quelque peu dévalorisée, qui n'aurait sans doute pas été choisie pour représenter les Bauges vis-à-vis de l'extérieur. Elle n'est devenue ce qu'elle est aujourd'hui qu'après une évolution marquée par des discussions et des confrontations. Étudier en détail l'histoire du processus de labellisation, qui met en jeu les agriculteurs, les élus locaux, les chargés de mission du Parc et les instances nationales chargées de la labellisation des produits permet non seulement de s'interroger sur les transformations de l'élevage bovin dans les Bauges mais aussi plus largement d'évoquer les négociations entre les agriculteurs et d'autres acteurs intervenant en Bauges. En effet, la tome est sans doute l'un des objets les plus pertinents pour analyser la façon dont les différents groupes envisagent l'avenir du massif et de sa filière agricole. Symbole de la transition vers une nouvelle agriculture, moins productiviste, la tome constitue pour le chercheur un objet-clef pour analyser la place qu'occupent aujourd'hui les éleveurs parmi les autres groupes présents en moyenne montagne.
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Éditeur(s) : HAL CCSD IBIS ROUGE EDITIONS
Résumé : International audience
Moult écrivains, intellectuels et poètes dont ceux de la Négritude s’accordent à dire que la poésie de Léon-Gontran Damas est une “poésie jazz ou “tam tam” inventive au langage symbolique fortement marquée par le rythme et la musicalité et qui marronne les codes de la versification traditionnelle. Le jazz, musique noir américaine du début du XXème siècle, est un traité sur l’enharmonie dans lequel la musique tout comme la vie n’est pas une partition réglée d’avance mais bien une manière de considérer d’autres possibles. Ce présent travail consiste à trouver dans Pigments (1937), ouvrage fort symbolique, des points de jonction entre le style poétique de la Négritude de Damas et les pratiques musicales marronnes comme le jazz et le free-jazz. Ces éléments nous permettront de mettre en parallèle des arts qui participent de la prise de conscience d’une poétique de l’hétérogénéité, de l’imprédictible comme l’aimait à affirmer E. Glissant.
Léon-Gontran Damas: Poète, écrivain, patrimonial et postcolonial

Droits : http://hal.archives-ouvertes.fr/licences/copyright/
ISBN : 978-2-84450-416-6
hal-01679498
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Anti-Müllerian hormone (AMH) is a member of the TGF-ß superfamily. AMH is well known for its role in Müllerian duct regression in male fetuses. Postnatally, AMH is secreted by granulosa cells (GCs) of small growing follicles (preantral and small antral). However, despite the increasing interest of ovarian AMH in clinics, little is known on its mechanism of action and its role in female reproductive tract. My PhD project focuses on the identification of AMH function in the female reproductive tract.AMH signals through a type II transmembrane serine/threonine kinase receptor (AMHR-II) which forms a complex with a type I serine/threonine kinase receptor (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB). The type II receptor phosphorylates serine and threonine residues of type I receptor. Once activated, the type I receptor phosphorylates the receptor-regulated Smads (R-Smad1/5/8) which interact with a common partner Smad4. The Smad complex accumulates into the nucleus and regulates target gene expression. This canonical signalling pathway is regulated at different levels, in particular by co-receptors which amplify or antagonize TGF-ß family members action. The type I receptors and R-Smads involved in AMH effects on post-natal GCs remain unknown. In addition, to date, no co-receptor has been found for AMH. To define the involvement of the different type I receptors, we used siRNA technology to inactivate Acvr1, Bmpr1a and Bmpr1b in GC. In parallele, we analysed GC extracted from conditional mutant mice for Acvr1 and Bmpr1a. We found that BMPR-IA is the most important type I receptor for AMH to transduce its signal in GC. A Smad-Gal4/UAS-luciferase reporter gene technology allowed us to show that Smad1 and 5 are involved in AMH signaling pathway. Recently, new BMPs coreceptors were found, RGMs for Repulsive Guidance Molecules. There are three RGMs : RGMa, b and c. Because AMH shares with BMPs its type I receptors and R-Smad proteins, we hypothesized that they also share the same co-receptors, the RGM. We showed that RGMb was the only one expressed in GC and after siRNA transfection we demonstrated that this coreceptor is not essential for AMH to transduce its signal.To date, only few AMH target genes have been identified. Aromatase (Cyp19a1) and LH receptor (Lhcgr) are down-regulated by AMH in rat and porcine GCs. We used micro-array technology (Affymetrix) by comparing Wt and knockout immature ovaries to find new AMH target genes. This experiment evidenced that Ovgp1 and Kcnj2 are two new potential AMH target genes in the ovary.The last part of my project was to define a potential role of AMH in murine uterus. Only one study showed that AMHR-II is expressed in the mouse myometrium. We showed that Amh gene is slightly expressed in uterus but the results are not confirmed at the protein level. Using PCR-array, we found a lot of differentially expressed genes between Wt and Amh KO uterus. Therefore, AMH could regulate uterine function through the modulation of different genes located in the myometrium.
L’hormone anti-Müllerienne (AMH) est un membre de la famille TGF-β impliquée dans la différenciation du tractus reproductif mâle. Elle est aussi exprimée par les cellules de la granulosa de l’ovaire adulte. Cependant, son rôle physiologique chez la femelle n’a pas encore été entièrement établi. Mon projet de thèse a pour objectif d’élucider le(s) rôle(s) de l’AMH dans le tractus reproductif femelle. L’AMH transduit ses effets par l’intermédiaire de deux récepteurs transmembranaires sérine/thréonine kinase : un récepteur de type II qui lui est spécifique (AMHR-II) et un récepteur de type I (ActR-IA, BMPR-IA, BMPR-IB) qu’elle partage avec les BMPs. Après fixation de l’hormone sur le récepteur de type II, celui-ci recrute et phosphoryle le récepteur de type I. Ce dernier phosphoryle à son tour les Smads spécifiques (Smad1, 5 et 8) qui s’associent à la Smad commune, Smad4. L’ensemble transloque dans le noyau et en association avec des facteurs de transcription régule les gènes cibles de l’hormone. L'utilisation de souris KO conditionnelles pour les récepteurs Acvr1 et Bmpr1a et d'une technique de siRNA dirigés contre chacun des trois récepteurs de type I a permis de mettre en évidence que le récepteur BMPR-IA est un acteur essentiel de la voie de signalisation de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Pour déterminer la ou les Smad(s) impliquées, une technique de gènes rapporteurs, Smad-Gal4/UAS-luciférase, a été utilisée. Nous avons pu montrer que les Smad1 et 5 sont importantes pour la transduction du signal de l'AMH dans les cellules de la granulosa. Récemment des corécepteurs aux BMPs, les Repulsive Guidance Molecule (RGMs), ont été mis en évidence. L’AMH partageant sa voie de signalisation avec les BMPs, nous avons cherché à déterminer si ces corécepteurs pouvaient également intervenir dans la voie de signalisation de l’AMH. Il existe 3 types de RGMs: RGMa, RGMb et RGMc. Nous avons montré en q-PCR que seul RGMb est exprimé dans les cellules de la granulosa alors que les 3 RGMs sont exprimés dans l’ovaire. L'utilisation de siRNA dirigés contre RGMb a permis de montrer que ce récepteur n'est pas nécessaire à la transduction du signal de l'AMH. Actuellement, seuls deux gènes cibles de l’AMH sont connus dans les cellules de la granulosa : l’aromatase et le récepteur LH. Nous avons réalisé des analyses de puces à ADN (ou micro-array) pour décrire de nouveaux gènes cibles de l'AMH. L'analyse des puces a permis de décrire de nouveaux gènes régulés par cette hormone tels qu’Ovgp1 ou Kcnj2. La dernière partie de mon projet visait à déterminer un rôle potentiel de l'AMH dans l'utérus. En effet, le récepteur de cette hormone est exprimé dans le myomètre utérin de souris permettant de supposer qu’elle peut agir sur cet organe. Nous avons pu mettre en évidence une expression faible du gène de l’Amh dans l’utérus. En revanche, l’expression et la localisation de la protéine restent encore à définir. Une expérience de PCR-array a permis de montrer que de nombreux gènes sont différentiellement exprimés entre l’utérus Wt et l’utérus KO Amh. Ceci indique que l’AMH jouerait un rôle sur la régulation de la fonction utérine qu’elle soit exprimée ou non dans cet organe.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00989662

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2014PA11T014
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00989662/file/VA_SEDES_LAURIANE_03042014.pdf

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : Les résultats des recherches effectuées par la "Thalassa", au cours de l'été 1971, sur le plateau de la Guyane française, montrent qu'à cette période de l'année les rendements étaient nettement insuffisants pour donner lieu à une exploitation rentable de la part des flotilles de pêche qui avaient d'ailleurs déserté ce secteur. Toutefois, la courte durée de la campagne ne permet pas d'extrapoler ces résultats à un cycle annuel complet car on connaît mal le comportement des crustacés et des poissons de cette région en fonction des variations du milieu. Les conditions hydrologiques rencontrées sont, en effet, sujettes à des fluctuations plus ou moins importantes, notamment dans la couche superficielle qui est influencée par les apports irréguliers de l'Amazone et sur les fonds de 50 à 70 m où elles sont assujetties aux mouvements plus profonds du large. De telles variations brutales sont susceptibles d'entraîner la dispersion ou la concentration de certaines espèces dans des secteurs particuliers, voire l'enfouissement des crevettes dans des terriers. Il apparaît d'ailleurs que la répartition de la faune est également liée à la nature des fonds autant qu'à la situation thermohaline du moment et l'on ne peut dire, faute d'éléments de comparaison, si les conditions observées en juillet étaient optimales ou non pour la plupart des espèces. La faible quantité de crevettes pêchées par la "Thalassa" sur le plateau continental au cours des chalutages, pourtant effectués dans les meilleures conditions, ne permet pas de définir de façon suffisamment précise les classes d'âge qui permettraient d'estimer s'il y a surexploitation ou non de ces espèces. Toutefois, les statistiques présentées par l'armement le plus important, basé à Cayenne, montre, pour l'ensemble de la région située entre le Maroni et l'Amazone, une baisse sensible du rendement journalier qui est passé de 189 kg de crevettes étêtées en 1967 à 137 kg en 1970, soit, approximativement, de 30 à 22 kg à l'heure de crevettes entières. Quant aux résultats obtenus, sur les poissons commerciaux, ils sont relativement faibles (400 kg par heure au maximum) surtout pour une région où ils ne sont pratiquement pas exploités. Ces ressources ne peuvent représenter qu'un appoint, néanmoins appréciable, pour les professionnels locaux ou même antillais qui fréquenteraient cette zone. Mais là encore, on ne connaît rien des migrations des principales espèces capturées qui peuvent être plus nombreuses à certaines époques, d'autant plus que d'autres, communes à ces régions, n'ont fait que de rares apparitions au cours des chalutages.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1972 , Vol. 210 , P. 1-22

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1972/publication-7015.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7015/

Résumé : Fishing crayfish on the gulf's mudflats is a traditional business practised by 450 boats of 12 to 18 metres in length and employs 2,500 sailors. In the north of the gulf, this activity is exclusive, in the south, immature hake are also caught, because the crayfish areas coincide, in part, with the nurseries of the northern stock of this species. Management of these fisheries, called mixed, of crayfish and hake is one of the greatest problems of the Gulf of Gascony. All assessments tend to show the responsibility of the crayfish boats in the future of the hake stock. The solution is likely to pass through a generalised increase of the 80 mm meshing that would lead, eventually, the hake stock yield to its maximum, but would eliminate a great many trades that are only practicable for the moment by using small meshing: crayfish boats, shrimp boats, etc. It was shown moreover that the times of maximum abundance of hake and crayfish do not necessarily coincide. Indeed, hake does not swim along the bottom but rather moves in the channel of water. There are therefore definitely crayfish areas and hake areas, but overlapping such that a ship passing from one to the other during a single pass cannot judge in advance the immediate composition of its catch. The method used for describing these mixed fisheries and providing a solution to their problems of management relies on simulations aided by a bio-economic model known as "compartmental". This structure was adopted to be able to take into account all possible scenarios of the fleets' strategies. The fishery is first divided into geographic elements corresponding to the specific sedimentary structures where the stocks of exploited species are concentrated, the major constraint being the limits of these elements corresponding to those usually employed in fishing statistics, since it is based on these statistics that we can determine the fleets' profiles and their target species. The ratios between the fleet and the species are measured by calculating the fishing power.
La pêche de la langoustine sur les vasières du golfe est une activité traditionnelle pratiquée par 450 bateaux de 12 à 18 mètres et occupe 2500 marins . Dans le nord du golfe, cette activité est exclusive, vers le sud, elle s'accompagne de la capture de merlus immatures, car les zones à langoustine coïncident, pour partie, avec les nourriceries du stock nord de cette espèce. La gestion de ces pêcheries, dites mixtes, de langoustine et de merlu est un des problèmes les plus importants du golfe de Gascogne. Toutes les évaluations tendent à montrer la responsabilité des langoustiniers dans le devenir du stock de merlu. La solution passerait par une augmentation généralisée du maillage à 80 mm qui conduirait, à terme, le rendement du stock de merlu à son maximum, mais ferait disparaître quantité de métiers qui ne sont praticables pour le moment que par l'emploi de petits maillages : langoustiniers, crevettiers etc.. Il a été montré par ailleurs que les abondances maximales de merlu et de langoustine ne coïncident pas obligatoirement. En effet, le merlu n'est pas posé sur le fond mais se déplace dans la tranche d'eau. Il existe donc bien des zones à langoustine et des zones à merlu, mais imbriquées de telle sorte qu'un navire passant de l'une à l'autre au cours d'un même trait ne peut préjuger de la composition immédiate de sa capture. La méthode retenue pour décrire ces pêcheries mixtes et fournir une solution à leurs problèmes de gestion repose sur des simulations à l'aide d'un modèle bio-économique dit " à compartiments". Cette structure a été adoptée pour permettre la prise en compte de tous les cas de figures possibles de stratégies des flottilles. La pêcherie est d'abord divisée en éléments géographiques correspondant à des structures sédimentaires particulières où se concentrent les stocks d'espèces exploitées, la contrainte majeure étant les limites de ces éléments correspondant à celles habituellement employées dans les statistiques de pêche, puisque c'est à partir de ces statistiques que l'on peut déterminer le profil des flottilles et de leurs espèces cîbles. Les rapports entre la flottille et l'espèce sont mesurés par le calcul des puissances de pêche. Chaque compartiment est, sur une base trimestrielle, le résultat de la superposition d'un élément géographique, d'une flottille, d'une espèce ou d'un groupe d'espèces-cibles. L'association espèce-flottille définit le métier. Les stocks sont dits mobiles quand ils recouvrent par le biais des migrations la totalité de la pêcherie, immobiles quand il n'existe pas d'échanges entre éléments géographiques. Dans le deuxième cas, la mortalité par pêche est ventilée au prorata des captures sur chaque stock élémentaire. A l'intérieur de chaque composante un navire a le choix entre poissons démersaux, poissons de fond ou langoustine. L'inflexion de comportement dans les simulations est gouvernée par deux paramètres qui leur permettent d'orienter leur effort vers d'autres cibles pour optimiser leurs bénéfices. On connaît pour chaque flottille les éléments de coûts de production dérivés des comptes d'exploitation de l'année en cours. Pour chaque espèce, le chiffre d'affaire est le produit du prix prédit par l'équation des prix et des quantités débarquées. Les bénéfices escomptés sont déduits de ces deux valeurs. Les simulations ont porté sur diverses hypothèses : - maillage de 50 mm pour la langoustine et 65 mm pour le poisson ; - l'augmentation de l'effort ; - stratégies visant au profit maximal avec ou sans quota sur le merlu. Dans tous les cas, à terme, les schémas classiques des conséquences des procédures de gestion sont vérifiés : les brusques augmentations de maillage créent des situations transitoires catastrophiques mais permettent d'espérer au bout de 15 ans des soldes tout à fait attirants. Les conséquences d'une augmentation de l'effort agissent dans le sens inverse : augmentation immédiate du solde global, pertes à long terme. Enfin quand on laisse les flottilles suivre une stratégie "libre" orientée vers des bénéfices optimaux, les soldes sont importants car il existe toujours un report très marqué vers le merlu, dans les limites d'un quota quand on l'impose. Les phénomènes biologiques sont aisément prévisibles et théoriquement contrôlables. La stratégie des flottilles l'est beaucoup moins et dépend du contexte politico-économique. Le modèle présenté ici peut donner des réponses au gestionnaire et à l'économiste.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1988/rapport-2569.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2569/

Résumé : Ce document vise à fournir des informations concernant la situation des différents stocks et la capacité des flottilles françaises et communautaires sur ces stocks. Il met à disposition des données permettant de mesurer : 1. l'évolution de la capacité physique de la flotte française. Celle-ci est abordée à travers la puissance nominale totale (kW), la puissance moyenne (kW) et le nombre de navires. L'évolution de ces indicateurs est fournie depuis 1983 pour la façade Mer du Nord – Manche – Atlantique et la façade Méditerranée, depuis 1997 pour les Départements d'Outre Mer (DOM). Dans un premier temps, l'ensemble des navires français inscrits au fichier flotte sont pris en compte. Dans un second temps, seuls les navires actifs sont retenus en distinguant des segments de flotte selon le rayon d'action [« côtier », « mixte », « large »] puis la catégorie de longueur. Enfin, une comparaison est faite de l'évolution du nombre de navires et de la puissance nominale totale (kW) entre les treize Etats membres qui ont une façade maritime depuis 2000. 2. l'évolution de l'activité de la flotte par engin . Celle-ci est appréhendée à travers l'évolution du nombre de navires et du nombre de mois d'activité par engin, depuis 2000 pour la façade Mer du Nord – Manche – Atlantique et depuis 2003 pour la façade Méditerranée. L'évolution de ces indicateurs par rayon d'action pour chaque engin est également abordée. 3. l'évolution de la contribution des différents segments de flotte aux débarquements ainsi qu'à la puissance nominale totale, par stock . L'indicateur calculé ici est la part (pourcentage) des débarquements et de la puissance nominale totale par segment de flotte (rayon d'action et catégorie de longueur) dans un premier temps, par engin ou classe de longueur et par stock, dans un second temps. 4. la comparaison entre la production française sur les différents stocks, la production globale et les niveaux de prélèvements recommandés par les avis scientifiques. L'indicateur calculé ici, est un indicateur biologique, proposé par la Commission européenne, et calculé, pour chaque flottille, comme le ratio entre la mortalité estimée et la mortalité cible. Cet indicateur mesure l'adéquation entre la capacité utilisée (effort de pêche) et la disponibilité des ressources. Ce n'est pas un indicateur d'une éventuelle capacité physique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00001/11213/7587.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00001/11213/

Résumé : The New-Caledonian shrimp industry is based on the controlled reproduction of the shrimp Litopenaeus stylirostris, a species which was introduced in the 80s. The major difficulty to which the industry has been faced for 10 years is the occurrence of the “Syndrome 93”, which corresponds to mortality phases when the temperature falls down in April-May-June. This mortality is associated to the pathogenic bacteria Vibrio penaecida. An experiment of genetic selection based on the criterion ofsurvival to Syndrome 93 has been conducted at the Laboratory of Aquaculture of New Caledonia. The 3rd selected generation had demonstrated very encouraging results (survival rates improved by around 20% in experimental infections with V. penaeicida). These results have not been confirmed at the 4th generation and no difference in terms of physiology and immunology appears between the selected population and the non-selected control population. The potential causes of these results are examined and proposals for protocol improvements are given.
La filière crevette de Nouvelle-Calédonie reposesur la maîtrise de la reproduction contrôlée de la crevette Litopenaeus stylirostris, espèce introduite dans les années 1980. La difficulté majeure que rencontre la filière depuis une dizaine d’années est la récurrence du « Syndrome 93 », qui s’exprime sous forme d’épisodes de mortalités lors des baisses de température aux intersaisons. Ces mortalités sont associées à la bactérie pathogène Vibrio penaeicida Une expérience de sélection sur un critère de survie à des épisodes de Syndrome 93 a été menée au Laboratoire Aquacole de Calédonie. La 3èmegénération sélectionnée avait montré des résultats très encourageants (survies améliorées de l’ordre de 20% lors d’infections expérimentales à V. penaeicida). Ces résultats ne sont pas confirmés en 4ème génération et aucune différence en termes physio-et immunologique n’apparaît entre la population sélectionnée et la population témoin non sélectionnée. Les causes potentielles de ces résultats sont examinées et des propositions d’amélioration de protocoles sont avancées.

Droits : 2004 Université de la Rochelle, Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00204/31527/29943.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00204/31527/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : Transposable elements play a major role in the evolution of eukaryotic genomes. Knowing the distribution of transposable elements between different species within the same taxon is essential to study their dynamics and to better understand their role in the evolution of species. Given their abundance, species diversity and living environment, crustaceans are an excellent model for studying comparative genomics of retrotransposons. It is notably in the squat lobsters that the GalEa clade of Superfamily Copia was defined. We studied the distribution of two well-known LTR retrotransposons superfamilies: Gypsy and Copia, in crustaceans. By combining PCRs with degenerate primers and in silico analysis, we identified 35 families of Copia retrotransposons and 46 families of Gypsy retrotransposons in 15 and 18 species of crustaceans (mainly Malacostraca: crabs, shrimp, krill ...). These elements have different distribution and diversity in crustaceans. Gypsy elements appear relatively commonly and diverse in all species. Conversely, the Copia elements seem rare, and consequently more difficult to detect, and are largely dominated by the elements of the clade GalEa. These results suggest two different dynamic strategies for retrotransposons Gypsy (the Red Queen theory) and retrotransposons GalEa (‘domino days spreading’ branching process). In addition, GalEa elements present a great evolutionary success being widely distributed in many branches of metazoans. They are also present in certain red algae and we have also detected them in Fungi. Taking advantage of the large amount of available genomic data, we have studied the distribution of GalEa elements of Fungi, in order to compare it with the results obtained in crustaceans. In fact, they appear only in a large phylum of Ascomycetes, in Pezizomycotina, and they form a monophyletic group within the GalEa. Finally, in the Fungi, the GalEa elements are not majority among Copia retrotransposons. We have therefore initiated a new study in molluscs, to define if the results obtained in crustaceans are a feature of GalEa elements, Malacostraca or metazoans.
Les éléments transposables jouent un rôle majeur dans l’évolution des génomes eucaryotes. La connaissance de la distribution des éléments transposables entre différentes espèces au sein d’un même taxon est une condition essentielle pour étudier leur dynamique et mieux comprendre leur rôle dans l'évolution des espèces. Compte tenu de leur abondance, de leur diversité spécifique et de milieu de vie, les crustacés sont un excellent modèle pour étudier la génomique comparative des rétrotransposons. C’est notamment chez les Galathées qu’a été défini le clade GalEa des éléments de la superfamille des Copia. Nous avons étudié la distribution de deux superfamilles de rétrotransposons à LTR bien connus: les Gypsy et les Copia, au sein des crustacés. En combinant des PCRs avec amorces dégénérées et des analyses in silico, nous avons identifié 35 familles de rétrotransposons Copia et 46 familles de rétrotransposons Gypsy dans respectivement 15 et 18 espèces de crustacés (principalement des malacostracés : crabes, crevettes, krill...). Ces éléments présentent une distribution et une diversité différentes au sein des crustacés. Les éléments Gypsy apparaissent relativement fréquents et diversifiés dans toutes les espèces. A l’inverse, les éléments Copia semblent rares, donc difficilement détectables, et sont largement dominés par les éléments du clade GalEa. Ces résultats suggèrent deux stratégies différentes de dynamique pour les rétrotransposons Gypsy (théorie de la Reine Rouge) et les rétrotransposons GalEa (‘domino days spreading’ branching process). De plus, les éléments GalEa présentent un grand succès évolutif en étant largement distribués dans de nombreuses branches de métazoaires. Ils sont aussi présents chez quelques algues rouges et nous en avons également détecté chez des Fungi. Profitant des nombreuses données génomiques disponibles, nous avons donc étudié la distribution des éléments GalEa de Fungi, dans le but de comparer celle-ci aux résultats obtenus chez les crustacés. En fait, ils n’apparaissent qu’au sein d’un grand embranchement d’ascomycètes, les Pezizomycotina, et ils forment un groupe monophylétique au sein des GalEa. Enfin, chez les Fungi, les éléments GalEa ne sont pas majoritaire parmi les rétrotransposons Copia. Nous avons donc initié une nouvelle étude chez les mollusques, afin de définir si les résultats obtenus chez les crustacés sont une caractéristique des éléments GalEa, des malacostracés ou des métazoaires.
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NNT : 2015PA066017
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Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : La campagne DRADEM s’est déroulée du 9 au 21 Juillet 2016 à bord du Pourquoi Pas ?, dans les zones économique exclusives du Suriname et de la Guyane. Cette campagne s’inscrit dans un programme d’étude géologique du plateau de Demerara, dans la suite des campagnes GUYAPLAC (2003), IGUANES (2013), et avant MARGATS (2016). Les objectifs de la campagne DRADEM étaient de cartographier la pente continentale de la marge transformante bordant au Nord le Plateau de Demerara, et d’échantillonner par dragage les roches qui y affleurent.La bathymétrie de la totalité de la pente continentale et une partie de la bordure du plateau ont été cartographiées, confirmant la segmentation de cette marge en trois parties avec des caractéristiques morphologiques très différentes. Deux probables volcans de boue ont été identifiés, l’un sur la bordure nord du plateau, l’autre dans la partie distale du cône sous-marin de l’Orénoque.Douze dragages ont été réalisés entre 4700 et 3500 m de profondeur. Quatre dragues n’ont pas remonté d’échantillons. Les huit autres ont remonté des quantités variables de roches, très souvent encroûtées, mais à chaque fois de natures différentes : sédiments (brèche, grès grossiers, grès à plantes, grès coquillers, marne calcaire), roches grenues et métamorphiques (dont mylonites). Les déterminations lithologiques sont basées sur l’observation macroscopique de roches souvent altérées, et restent bien sûr à confirmer par les études à terre ; mais dans tous les cas ces roches pour la plupart inconnues dans ce secteur vont radicalement modifier notre compréhension de la structure et de l’évolution de cette marge. Elles mettent en évidence des mouvements verticaux importants qui ont ramené à l’affleurement des roches formées en profondeur.
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Droits : http://creativecommons.org/licenses/by-nc/
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Éditeur(s) : Centre Océanologique de Bretagne
Résumé : Après une période de croissance rapide depuis la seconde guerre mondiale, l'exploitation des ressources vivantes des océans est stabilisée depuis quelques années entre 60 et 65 millions de tonnes par an, pour l'ensemble des océans. Ces chiffres recouvrent l'ensemble des produits tirés de la mer, qu'il s'agisse de vertébrés ou d'invertébrés, d'animaux ou de végétaux. De même, la distinction entre produit de la pêche et produit de la culture ou de l'élevage n'est pas faite. En réalité, si les poissons représentent une partie importante de ce total, l'homme exploite également la plupart des groupes zoologiques d'invertébrés marins, quelques reptiles et les mammifères marins (cétacés et pinnipèdes), et des algues (en particulier des algues rouges et des algues brunes). Dans la plupart des cas, ces groupes sont exploités en vue de l'alimentation humaine ; il existe toutefois d'autres formes d'utilisation de certaines espèces, l'une des plus connues étant l'utilisation des algues pour la production d'alginates, de carragen et d'agar-agar. L'utilisation de certaines espèces de gastéropodes marins pour la fabrication de colorants remonte en Méditerranée a l'époque antique (la pourpre). L'utilisation de coquillages à des fins décoratives ou même en tant que monnaie d'échange a été très répandue chez les populations des îles du Pacifique ; la collection de l'amateur moderne, comportant des pièces atteignant une valeur élevée, peut être considérée comme un dérivé récent de ces usages traditionnels. Afin de ne pas alourdir l'exposé, nous limiterons volontairement cet inventaire aux algues et aux invertébrés, utilisés dans l'alimentation humaine, à l'exclusion des autres formes d'utilisation (1). [OCR NON CONTRÔLE]
Recueil des travaux du Centre Océanologique de Bretagne (Centre Océanologique de Bretagne), 1971 , N. 5 , P. 527-537

Droits : Centre Océanologique de Bretagne
http://archimer.ifremer.fr/doc/1971/publication-5110.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5110/