Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The Lesser Antilles is an area of high volcanic and earthquake activity, characterized by a 1000 km convergence zone resulting from the Atlantic plate subduction under the Caribbean plate with a slow convergent motion (2 cm/year). With five years of available data, the CDSA data base presents a more homogeneous vision of Lesser Antilles arc seismicity and allows detecting low seismic activity zones, in the north near the Virgin Islands, and in the south between St-Lucia and Grenada. The accuracy improvements of location is used to better study the relationship between tectonic structures and seismicity, to better define the subduction slab geometry, and to analyse the spatial variations of the Gutenberg-Richter law b-value. Concerning the 21 november 2004 Les Saintes earthquake, EMS98 intensities in Les Saintes islands were evaluated from an individual request and hypocenter relocalisations of the Les Saintes earthquake and the biggest aftershock of 14 february 2005 were made using a method of master/slave in order to contrain the seismic source of the mainchock. As seismic hazard assessment depends from strong ground motion generated by earthquakes, the last part of this work concerns modeling accelerometric records of the Les Saintes earthquakes, combining a composite source model with an empirical Green Function technique. In our study, we used Les Saintes aftershocks as Empirical Green Function.
L'arc des Petites Antilles situé sur la bordure nord-est de la plaque Caraïbe, résulte d'un phénomène de subduction, les plaques américaines plongeant sous celle de la Caraïbe avec une vitesse de 2 cm/an. Les Antilles Françaises représentent la région française où le risque sismique est le plus important. Ce travail dont l'objectif est d'améliorer la connaissance de l'aléa sismique dans les Antilles Françaises, repose sur les données du Réseau Accélérométrique Permanent (RAP) et sur celles du « Centre de Données des Antilles Françaises ». L'analyse de ces données permet de mieux contraindre la sismicité de l'arc. Deux zones de très faible sismicité sont mises en évidence : au nord près des Iles Vierges et au sud entre Sainte-Lucie et Grenade. D'autres points sont aussi résolus : imagerie de la subduction le long de l'arc, relations entre la sismicité superficielle et la tectonique active, variations de la pente (b-value) de la loi de Gutenberg-Richter. Le séisme majeur du 21 novembre 2004 Mw=6.3 est au cœur des deux derniers chapitres. Plusieurs aspects y sont présentés : macrosismicité avec l'évaluation d'intensités EMS98 obtenues du dépouillement de formulaires individuels recueillis pour les Iles des Saintes, et relocalisation par la méthode de maître/esclave du choc principal et de sa plus forte réplique du 14 février 2005, de façon à mieux contraindre l'imagerie de la source du choc principal, étape primordiale pour la dernière partie portant sur la modélisation des signaux du choc principal des Saintes. Nous tentons dans cette dernière partie de modéliser les enregistrements de mouvements forts avec une approche semi-empirique en se basant sur un modèle stochastique large-bande et proposons l'utilisation de plusieurs Fonctions de Green Empiriques (FGE) sélectionnées parmi les répliques du séisme des Saintes.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00409021

tel-00409021
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00409021/file/these_BengoubouMendy_2008.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Montpellier : CIRAD
Résumé :  
Cette étude a pour objet l'extraction d'information sur les pistes forestières en milieu tropical par l'utilisation de l'imagerie satellitaire. Un procédé simple a été mis au point afin d'analyser des images entières de façon aisée et rapide. Le résultat, qui se veut robuste, consiste en la réalisation d'un plan vecteur intégrable dans un système d'information géographique. L'actualisation régulière de ce vecteur permet alors de contrôler l'extension du réseau et de l'impact de l'exploitation sur le massif forestier.
ISSN: 0006-579X

hal-01032117
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032117

Éditeur(s) : Université d'Angers
Résumé : In oyster farming areas, organic matter fluxes toward sediment is increased. Pacific oysters (Crassostrea gigas) reject organic-rich faeces and pseudofaeces as a result of filtration process. Organic matter can be consumed by benthic fauna, but in excess it can entails the reduction of benthic faunal species richness, abundance and biomass. Organic matter degradation also induces hypoxic (or anoxic) conditions in the sediment, and production of ammonia and sulfides in toxic concentrations. The main objective of this study is to assess the effects of oyster farming on benthic intertidal ecosystems in the Pertuis Charentais. Benthic macrofauna, living (stained) foraminifera, and physicochemical characteristics of the water column and sediment were used as indicators to evaluate these effects. A multidisciplinary approach was conducted across the Pertuis Charentais at 3 different spatial scales: an oyster trestle (micro-scale), an oyster culture area (meso-scale) and various sites across the Pertuis Charentais (macro-scale). The study was also realised at 4 different temporal scales: some months for the spatial micro-scale, every two weeks for 2 years at meso-scale and once per season during one year at macro-scale. In this study, I found that oyster farming enriches sediment in fine particles, organic matter (up to 12 %), particulate organic carbon (15-20 µg mg 1) and leads to high microphytobenthic biomass. Moreover, the association of seasonnal warming (during spring and summer), remineralisation of accumulated organic matter and short-term hypoxic conditions leads to sulfides and ammonium production. Consequently, the benthic biodiversity decreases and the population dynamic is disturbed. The population dynamic disturbance is characterised by fast abundance rises followed by high mortality rates. In these conditions, tolerant benthic macrofaunal (Cirratulidae, Spionidae and Capitellidae) and foraminiferal (Ammonia tepida and Cribroelphidium gunteri) species are promoted. AMBI index confirms "medium" ecological quality of oyster farming areas. On the contrary, across the control sites, sensible species are maintained (Amphipods, Rosalina cf. vilardeboana). Comparison of oyster farming techniques shows that on-bottom culture is less disturbing for benthic ecosystem than off-bottom culture. Axial tomodensitometry, an innovative method, was used to describe in 3D the sedimentary column organisation. I show that oyster farming modifies the sedimentary column functioning. Indeed, the macrofaunal diversity decrease leads to the modification of the functional diversity of assemblages. Thus, the vertical distribution of living foraminifera is limited in oyster farming areas, because their distribution is tightly related to macrofaunal bioturbating modes.
Dans les zones ostréicoles, les flux de matière organique sont importants, l'huître Crasssotrea gigas rejetant sous forme de pseudo-fécès et de fécès de grandes quantités de matière organique. De ce fait, bien que cette matière organique puisse être consommée par la faune benthique, sa surabondance peut provoquer une réduction de la richesse spécifique, de l'abondance et de la biomasse et provoquer sur le plan des processus biogéochimiques des déplétions en oxygène et l'apparition de substances comme l'ammonium et les sulfures dont les concentrations peuvent devenir toxiques. L'objectif principal de cette étude était donc de déterminer l'impact de l'ostréiculture, grâce à plusieurs indicateurs, sur le compartiment benthique d'un écosystème littoral comme les pertuis charentais. Pour évaluer ces effets, la macrofaune benthique et les foraminifères vivants benthiques ont été utilisés en association avec des mesures des paramètres physico-chimiques de la colonne d'eau et du sédiment. Une approche pluridisciplinaire a ainsi été menée dans les pertuis charentais à trois échelles spatiales différentes : à l'échelle d'une table ostréicole (micro-échelle), à l'échelle d'un site ostréicole (méso-échelle) et à l'échelle des pertuis charentais (macro-échelle). Dans les trois cas, un suivi dans le temps a été associé à une étude de distribution spatiale, quelques mois à micro-échelle, tous les quinze jours pendant deux années à méso-échelle et une fois par saison pendant une année à macro-échelle. Ces différentes approches ont permis d'avoir une vision pertinente de la dynamique et de la réponse fonctionnelle de la faune benthique aux changements induits par la présence de l'ostréiculture. La présence des cultures ostréicoles dans les pertuis charentais enrichit les sédiments en particules fines, en matière organique (12 %), en carbone organique particulaire (15-20 µg mg-1) et favorise une production microphytobenthique élevée. Pendant la période chaude de l'année printemps-été, la reminéralisation de la matière organique accumulée associée à des hypoxies temporaires a favorisé la production de sulfures et d'ammonium. Dans les stations soumises à l'ostréiculture, la diversité des assemblages diminue. La dynamique des espèces est caractérisée par des augmentations rapides des abondances suivies d'épisodes de mortalité. Les espèces tolérantes de la macrofaune benthique (Cirratulidae, Spionidae et Capitellidae) et des foraminifères vivants benthiques (Ammonia tepida et Cribroelphidium gunteri) sont favorisées. Le calcul de l'indice AMBI confirme la qualité écologique moyenne de ces sites. Au contraire, dans la station témoin, les espèces sensibles sont favorisées (Amphipodes, Rosalina cf. vilardeboana). La comparaison de la technique de culture sur table et de culture à plat a montré que la culture des huîtres à plat est moins perturbante pour le milieu. L'étude de la bioturbation a montré l'influence qui existe entre le mode de bioturbation des différents groupes de la macrofaune et la répartition verticale des foraminifères vivants dans la colonne sédimentaire. La diminution de la diversité des assemblages de la macrofaune dans les zones soumises à l'ostréiculture modifient la diversité fonctionnelle de ces assemblages et affectent le fonctionnement de la colonne sédimentaire, limitant la répartition verticale des foraminifères dans ces zones.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/these-2582.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2582/

Résumé : In an effort to implement new fishing activities for the small scale fisheries of Reunion Island, a prospecting cruise targeting deep demersal fish (200 to 600 m) was set up on the west coast of Reunion Island in 2000. This project was carried out by the Regional Fishery Committee and the French Institute for the Exploration of the Sea (Ifremer). Large commercial stocks were identified, and numerous professional or recreational fishermen started employing electric winches to exploit these deep resources. However, the deep demersal species are a fragile resource due mainly to low growth rates and late sexual maturation. Due to the rapid increase in fishing pressure, Ifremer was asked to set up a new study and two scientific campaigns were carried out in 2011 (68 fishing trips being conducted with 559 dropline operations). The first cruise was conducted at the same sites, using the same types of fishing gear and methods used in 2000. A marked drop of greater than 90% was observed in the catches of commercial species, together with a decrease of most fish sizes, attesting the overexploitation of these stocks. Only, catches of the small non-commercial shark (Squalus megalops) remained important (50% in number and weight of total catches). The second cruise extended the prospection area to all waters surrounding Reunion Island . The overexploitation was confirmed in the west of Reunion Island, and in to a lesser degree in the north. Yields were better along the east and the south coasts. Concurrently, the efficiency of 2 hook sizes was compared : small hooks caught significantly more fish but of significantly smaller body sizes, resulting in comparable total weight of fish. We conclude that medium size hooks (i.e. type 7/0) have a significant selectivity on the fish size without loss in the global catch yield. Various types of baits were also tested with the flesh of small local pelagic fish species (Selar crumenophtalmus and Decapterus macarellus) appearing to be the most efficient. This study provides helpful indicators for the management of demersal fish stocks in Reunion island, which have been poorly surveyed and poorly regulated until now. However, the total fishing effort, especially from recreational fishermen, remains the most important factor to be quantified.
Dans la perspective de diversifier la Petite Pêche réunionnaise, une campagne de prospection des stocks de poissons démersaux profonds (200 à 600 m) avait été réalisée en 2000 par le Comité Régional des Pêches Maritimes (CRPM) et l'Institut Français de Recherche pour L'Exploitation de la Mer (Ifremer) dans l'ouest de l'île de La Réunion. Elle a montré l'existence de stocks commercialement intéressants et de nombreux pêcheurs, professionnels et plaisanciers se sont équipés en moulinets électriques pour exploiter ces ressources profondes. Cependant les poissons démersaux profonds représentent une ressource fragile du fait, notamment, de leur croissance lente et de leur maturité sexuelle tardive. Aussi, face à cette augmentation rapide de la pression de pêche, Ifremer a été sollicité pour mener une nouvelle étude ; et deux nouvelles campagnes expérimentales ont été réalisées en 2011 (68 marées ayant permis la réalisation de 559 filages). La première campagne a repris les mêmes sites de pêche, le même matériel et la même méthodologie qu’en 2000. Elle montre que les rendements en espèces commerciales ont diminué de façon très nette (plus de 90%) ainsi que la taille de certaines espèces, indicateurs caractéristiques d'une surexploitation des stocks. Seules les captures de requins zépines (Squalus megalops,) non commercialisées à La Réunion, restent comparables à celles de 2000 avec la moitié des captures totales. La 2e campagne a étendu la prospection à tout le tour de l'île. La surpêche (baisse des rendements et des tailles de poisson) est confirmée dans l'ouest et à un moindre degré sur la côte nord. Les rendements sont meilleurs dans l'est et le sud. Parallèlement, 2 tailles d'hameçons ont été comparées : les petits hameçons capturent un nombre significativement plus élevé de poissons par filage, mais de tailles plus petites, ce qui se traduit par un poids global comparable. Les hameçons de taille moyenne (type 7/0) ont donc une sélectivité significative sur la taille des poissons capturés sans nuire au rendement global. Des comparaisons ont aussi porté sur les types d'appât : Les laizes de petits pélagiques locaux (pêche-cavale et bancloche) se révèlent les plus efficaces et les plus sélectives vis-à-vis des espèces commerciales. Cette étude fournit des indicateurs utiles à la gestion des stocks démersaux jusqu'ici peu étudiés et peu encadrés. Mais la grande inconnue reste l'effort de pêche total sur cette ressource et notamment celui des pêcheurs plaisanciers.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00098/20902/18837.pdf
DOI:10.13155/20902
http://archimer.ifremer.fr/doc/00098/20902/

Résumé : Une étude de typage moléculaire par AP-PCR de souches de Vibrio impliqués dans des épisodes de mortalité d'élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie (Syndrome 93) et au Japon a été réalisée fin 1996 avec le concours de l' Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie. Elle nous a permis une identification rapide des isolats en terme de génospecies ainsi que des discriminations d' intérêt épidémiologique entre les isolats du génospecies majoritaire. Ainsi, des sous-groupes ont été identifiés au sein de l' espéce majoritaire : V. penaeicida. Certains de ces sous-groupes correspondent à des topotypes et permettent de discriminer les isolats du Japon de ceux de Nouvelle-Calédonie, ainsi que ceux de deux baies différentes de Nouvelle Calédonie, distinctes de 50 km seulement. D'autres sous-groupes ont pu être identifiés au sein de l' un des topotypes calédoniens, sans qu'il soit possible de l'expliquer par des éléments épidémiologiques. L' analyse des géotypes et des données zootechniques permettent de qualifier cette vibriose de maladie hydrique, c'est à dire dont le pathogène est véhiculé par l'eau. Des recommandations d' ordre zoosanitaires en sont déduites, qui tendent principalement à limiter les transferts d'animaux entre les différents sites d'élevage. Cette technique d'AP-PCR est utilisée pour la première fois dans l'étude épidémiologique d' une vibriose de crevettes. Sa rapidité, sa fiabilité et les informations d'ordre épidémiologique qu' elle fournit en font une technique de choix pour ce type d'étude

Droits : 1997 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00274/38541/37061.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00274/38541/

Éditeur(s) : The 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : New Caledonian shrimp farming feasibility studies started in the mid-seventies. Today ca. 2000 tons of Litopenaeus stylirostris, introduced in 1978, are semi-intensively produced each year. Since fifteen years, production has been impacted by two seasonal vibriosis, the “Summer” syndrome caused by Vibrio nigripulchritudo in relation to pond bottom and water column quality, and the “Winter Syndrome” caused by Vibrio penaeicida in relation to drastic temperature drops . With the ambition of elucidating processes possibly leading to mortality outbreaks in ponds, Ifremer has been conducting a research program since 2003 under the DESANS project (2003-2006) and the present DEDUCTION project, equally funded by the South and North Provinces and by the Government of New Caledonia. This program has been designed in a multidisciplinary approach integrating the suspected multifactorial origin of shrimp mortalities. Environment quality in ponds (either sediment or water column) plays a major role in the shrimp ecophysiological status, influencing sensitivity to pathogens . DEDUCTION focuses on a better knowledge of phytoplankton composition and biogeochemical fluxes at the sediment-water interface in ponds. Impact of farm discharges is also investigated. In addition, a more fundamental work is conducted to understand the pathogenicity mechanisms of these two Vibrio species but also to prevent the occurrence of viral infections through a RNA interference approach. Markers of the ecophysiological status of broodstock, larvae, post-larvae and reared animals, such as enzymes testifying from an oxidative stress, are developed. Gain of performance (resistance to pathogens and growth) were obtained on hybrids of the New Caledonian and introduced Hawaiian strains. Finally the database Stylog is exploited in view of discriminating “good” from “bad” rearings on the basis of relevant indicators.
Les études de faisabilité de l'aquaculture de crevettes ont débuté en Nouvelle-Calédonie dans les années soixante dix. Aujourd'hui environ 2000 tonnes de Litopenaeus stylirostris, introduite en 1978, sont produites chaque année de façon semi-intensive. Depuis quinze ans la production a été impactée par deux vibrioses : le syndrome d'été provoqué par Vibrio nigripulchritudo en relation avec la qualité de la tranche d'eau et des fonds de bassins et le syndrome d'hiver provoqué par Vibrio penaeicida en relation avec des chutes rapides de température. Dans le but d'élucider les processus entrainant des mortalités dans les élevages, Ifremer a conduit un programme de recherche depuis 2003 dans le cadre du projet DESANS (2003-2006) puis du présent projet DEDUCTION co-financé par les provinces Nord et Sud et le Gouvernement de la Nouvelle-Calédonie. Ce programme se construit dans une démarche multidisciplinaire intégrant les origines supposées multifactorielles des mortalités de crevettes. La qualité environnementale dans les bassins (les fonds et la colonne d'eau) joue un rôle majeur dans l'état physiologique des animaux, influençant leur sensibilité aux pathogènes. DEDUCTION se focalise sur une meilleure compréhension de la composition phytoplanctonique et des flux bio-géochimiques à l'interface eau/sédiment dans les bassins.L'impact des rejets des fermes est également étudié. En outre, un travail plus fondamental est conduit pour connaître les mécanismes de pathogénicité de ces deux espèces de Vibrio mais aussi pour prévenir les occurences d'infections virales par des approches ARN Interférence. Des marqueurs de l'état physiologique des oeufs, larves, post-larves et animaux en élevage, tels que les enzymes du stress oxydant sont utilisés.Les gains de performance (résistance aux pathogènes et croissance) sont obtenus sur des hybrides issus du croisement de la souche locale avec une souche hawaienne. Finalement la base de données STYLOG est exploitée dans le but de distinguer les bonnes des mauvaises pratiques sur la base d'indicateurs fiables.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/23591.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00143/25438/

Résumé : Le cycle biologique du principal stock de crevettes pénéïdes (Penaeus subtilis) exploité sur le plateau continental guyanais est court (18 mois environ). Les variabilités intra et inter annuelles de l'abondance des individus appartenant aux différentes composantes des premières phases du cycle (larves, post-larves, juvéniles) sont considérées comme très fortes, ce phénomène étant exacerbé par le double changement de milieu au cours du cycle, passage d'un habitat en eau salée à celui en eau douce, puis retour au premier. La pêcherie de la flottille crevettière guyanaise est ainsi basée sur un stock au renouvellement rapide et variable, aussi l'optimisation de sa gestion implique une meilleure compréhension des mécanismes de recrutement des crevettes et notamment leur facteurs de variation. Ainsi, depuis octobre 1992 une étude est conduite pour analyser ces mécanismes de recrutement. Elle s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC, et elle est menée par l'IFREMER dans la Zone Economique Exclusive française et par le laboratoire du Département des pêches du Surinam sur le plateau surinamien. Le programme prévoit une série de huit campagnes en mer qui seront conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires Français et Surinarnien sur les plateaux de Guyane (campagnes RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano-surinamien). Deux campagnes annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre. La périodicité de ces campagnes est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis qui ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Cette campagne est la quatrième de la série initiée en octobre 1992. L'étude n'est pas limitée à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle incluse également l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a également été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d’en estimer l’importance réelle.

Droits : 1994 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18750/16321.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18750/

Éditeur(s) : Centre Océanologique de Bretagne
Résumé : Après une période de croissance rapide depuis la seconde guerre mondiale, l'exploitation des ressources vivantes des océans est stabilisée depuis quelques années entre 60 et 65 millions de tonnes par an, pour l'ensemble des océans. Ces chiffres recouvrent l'ensemble des produits tirés de la mer, qu'il s'agisse de vertébrés ou d'invertébrés, d'animaux ou de végétaux. De même, la distinction entre produit de la pêche et produit de la culture ou de l'élevage n'est pas faite. En réalité, si les poissons représentent une partie importante de ce total, l'homme exploite également la plupart des groupes zoologiques d'invertébrés marins, quelques reptiles et les mammifères marins (cétacés et pinnipèdes), et des algues (en particulier des algues rouges et des algues brunes). Dans la plupart des cas, ces groupes sont exploités en vue de l'alimentation humaine ; il existe toutefois d'autres formes d'utilisation de certaines espèces, l'une des plus connues étant l'utilisation des algues pour la production d'alginates, de carragen et d'agar-agar. L'utilisation de certaines espèces de gastéropodes marins pour la fabrication de colorants remonte en Méditerranée a l'époque antique (la pourpre). L'utilisation de coquillages à des fins décoratives ou même en tant que monnaie d'échange a été très répandue chez les populations des îles du Pacifique ; la collection de l'amateur moderne, comportant des pièces atteignant une valeur élevée, peut être considérée comme un dérivé récent de ces usages traditionnels. Afin de ne pas alourdir l'exposé, nous limiterons volontairement cet inventaire aux algues et aux invertébrés, utilisés dans l'alimentation humaine, à l'exclusion des autres formes d'utilisation (1). [OCR NON CONTRÔLE]
Recueil des travaux du Centre Océanologique de Bretagne (Centre Océanologique de Bretagne), 1971 , N. 5 , P. 527-537

Droits : Centre Océanologique de Bretagne
http://archimer.ifremer.fr/doc/1971/publication-5110.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/5110/

Résumé : La tuberculose, maladie très ancienne, est plus que jamais présentée sur la scène sanitaire mondiale avec 9 millions de nouveaux cas par an. Cette maladie, qui demeure une cause majeure de mortalité, est un des problèmes les plus difficiles à résoudre en santé publique et à échelle internationale. Les diverses programmes de lutte, lancés par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), pour prévenir et garantir la guérison des patients tuberculeux, se heurtent à des difficultés qui hypothèquent leur efficacité. En effet, l'expansion du virus de rinimunodéficience humaine (VIII) et son influence néfaste sur la susceptibilité à la tuberculose, l'accroissement rapide de la tuberculose multirésistante, la pauvreté ainsi que la croissance démographique, sont un ensemble de facteurs préjudiciables à l'application des mesures préventives et curatives. Les contextes économiques difficiles conduisant indubitablement au cumul de ces facteurs, ont fait une césure entre les pays riches et les pays pauvres quant à l'incidence et la révolution de la tuberculose à échelle mondiale. Pour atténuer la disparité des résultats des luttes antituberculeuses, les méthodologies employées en épidémiologie de la tuberculose doivent s'inscrire dans une démarche d'efficacité. Les marqueurs moléculaires, indispensables à l'identification et à la classification des souches appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis (MTC) ont chacun des potentialités qui leur sont propres dont il convient de cerner pour une utilisation adéquate dans les études épidémiologiques et phylogénétiques. Le but de cette thèse consiste à extraire des connaissances nouvelles des résultats de génotypage stockées dans les bases de données, connaissances relatives au polymorphisme du support génomique pour estimer la contribution de chaque marqueur dans la classification de MTC. Le recours à différentes méthodes de reconstruction phylogénétique et de modélisation des données fut indispensable. A la lumière des résultats obtenus, cette thèse propose une nouvelle méthodologie de classification, pour rétablissement d'une phylogéographie robuste de MTC en relation avec l'histoire des migrations humaines qui aurait débutée en Afrique subsaharienne. Chaque méthode de génotypage ayant une efficience et un cout propres, qu'il convient de mesurer par rapport aux moyens disponibles et aux résultats escomptes, il est donc intéressant de renforcer la connaissance des marqueurs et de proposer différentes alternatives menant à la classification des mycobactéries. Ainsi, les résultats obtenus dans cette thèse apportent plus de cohérence aux solutions proposées pour la caractérisation des clones de MTC circulant dans le monde.
Tuberculosis, very old disease, is more than ever presented on the global health scene with 9 million new cases per year. This disease, which remains a major cause of mortality is one of the most intractable public health and international issues. The various control programs, launched by the World Health Organization (WHO) to prevent and guarantee the cure of tuberculosis patients face difficulties that undermine their effectiveness. Indeed, the expansion of human virus rinimunodéficience (VIII) and its negative influence on susceptibility to tuberculosis, the rapid growth of multidrug-resistant tuberculosis, poverty and population growth, are a set of factors detrimental to application of preventive and curative measures. The difficult economic circumstances undoubtedly leading to accumulation of these factors have a break between rich and poor countries about the impact and the revolution of tuberculosis worldwide. To address the disparity of the results of tuberculosis struggles, the methodologies used in epidemiology of tuberculosis must be part of a process efficiency. Molecular indispensable to the identification and classification of strains belonging to the Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) markers each have their own potentials that need to be identified for proper use in epidemiological and phylogenetic studies. The purpose of this thesis is to extract new knowledge of the results of genotyping data stored in databases, knowledge of the polymorphism of genomic carrier to estimate the contribution of each marker in the classification of TCM. The use of different methods of phylogenetic reconstruction and modeling data was essential. In light of the results obtained, the thesis proposes a new classification methodology for a robust recovery phylogeography of TCM in connection with the history of human migration have started in sub-Saharan Africa. Each genotyping method with cost efficiency and equity, should be measured in relation to the resources available and discounts results, it is interesting to strengthen the knowledge of markers and propose alternatives leading to the classification of mycobacteria. Thus, the results obtained in this thesis bring more coherence to the proposed characterization of clones MTC circulating worldwide solutions.

http://www.theses.fr/2012AGUY0518/document

Éditeur(s) : Université de Pau et des Pays de l'Adour
Résumé : In a context of decline of European eel (Anguilla anguilla L.) and search for biological markers of habitat use and quality, a multidisciplinary approach was engaged on the Adour estuary and its associated wetlands. Two axes were developed. The first axe aimed at highlighting the successive presence of the species in different ecosystems based on the otolith elemental composition. The second aimed at the evaluation of the chemical pressure underwent by eels based on the contaminant bioconcentration in soft tissues and the early molecular response to the chemical stress. With a view to the analyses of otolith elemental composition taking into account the 3D structure, the low elemental concentration in the matrix and keeping the finest spatial resolution, four micro sampling strategies and multi elemental analyses using femtosecond laser ablation ICP-MS were tested (crater, 1D scan, 2D scan, flash ablation). The strategy showing the best compromise according to the objectives (continuous recording, multi elemental approach) was applied on otolith of yellow eels from the Adour. The simultaneous use of Sr and Ba profiles, after validation, represents a new tool, easy, fast and reliable for the reconstruction of freshwater and brackish ecosystems use by eel avoiding misinterpretation due to vaterite inclusions. Three major behaviors were highlighted on the Adour: a residency in brackish water, a residency in freshwater and nomad behavior. The last one is illustrated by a shift to brackish water after three to four years spent in freshwater. Simultaneously, the study of inorganic and organic contamination of eel soft tissues showed that sampled wetlands are moderately contaminated. These results were confirmed by the first estimation, in wild conditions, of the early response to the chemical stress using the hepatic expression of CYP1A1 gene measured by real time RT-PCR. Conversely, in the downstream part of the Adour estuary, Hg loads in eels, especially methyl mercury, and PCBs analyses indicate values that need further investigations considering the European norms of consumption. The comparison of the different markers used (heavy metal and organochlorinated compounds contamination of soft tissues, condition index) support a lower quality of the estuary despite higher eel growth rate on this site. This study supports the use of numerous markers in integrated studies in order to understand and specify the relationships between eels and their continental growth zones.
Dans un contexte de déclin de l'anguille européenne (Anguilla anguilla L.) et de recherche de marqueurs biologiques retraçant la fréquentation des divers habitats et renseignant sur la qualité de ceux-ci, une approche pluridisciplinaire a été mise en place sur l'estuaire de l'Adour et ses zones humides. Deux axes ont été privilégiés. Le premier cherchait à visualiser la présence successive de l'espèce dans différents écosystèmes en se basant sur la composition élémentaire des otolithes. Le deuxième avait pour but d'évaluer la pression chimique inorganique et organique subie par l'anguille dans les zones d'études en s'appuyant sur la bioconcentration des contaminants dans les tissus mous et la réponse moléculaire précoce au stress chimique. En vue des analyses de la composition élémentaire des otolithes et pour répondre au mieux à la structure en trois dimensions, à la faible concentration des éléments dans la matrice tout en conservant une résolution spatiale la plus fine possible, quatre stratégies de micro-échantillonnage et d'analyses multiélémentaires par ablation laser femtoseconde ICP-MS ont été testées (cratère, scan 1D, scan 2D, ablation flash). La méthodologie présentant le meilleur compromis par rapport aux objectifs fixés (enregistrement continu, approche multiélémentaire) a ensuite été appliquée sur les otolithes d'anguilles jaunes du Bas-Adour. L'utilisation simultanée des profils continus de Sr et de Ba, après validation, constitue un outil facile d'utilisation, rapide et fiable pour reconstruire les historiques de fréquentation des différents écosystèmes estuariens et dulçaquicoles par l'anguille tout en s'affranchissant des problèmes potentiels liés aux inclusions de vatérite, un polymorphe du carbonate de calcium. Trois grands types de comportement ont pu être mis en évidence sur l'Adour : résidence en eau saumâtre, résidence en eau douce et nomadisme. Ce dernier est plus particulièrement illustré par un mouvement marqué vers l'eau saumâtre pour des individus ayant passé de trois à quatre ans dans l'eau douce. Parallèlement, l'étude de la contamination organique et inorganique des tissus mous de l'anguille a permis de déduire à la faible contamination des zones humides échantillonnées. La première estimation en condition naturelle de la réponse précoce au stress chimique par évaluation de l'expression hépatique du gène CYP1A1 par RT-PCR en temps réel confirme ces résultats. En revanche, dans la partie estuarienne aval de l'Adour, les niveaux en Hg, présent en majorité sous sa forme méthylée dans les anguilles, et l'analyse des PCBs indiquent des valeurs qui suscitent un examen plus approfondi au regard des normes européennes en vigueur. La confrontation des différents descripteurs (contamination des tissus mous par les métaux lourds et organochlorés, indice de condition) utilisés conforte la qualité moindre de la zone estuarienne malgré des performances de croissance de l'anguille favorisées sur ces sites. Ainsi, cette étude supporte l'intérêt de la mise en oeuvre de descripteurs multiples utilisés (niveaux de métaux lourds et organochlorés dans les tissus mous, réponse moléculaire au stress chimique, microchimie de l'otolithe, indice de condition, taux de croissance) dans des approches intégrées pour comprendre et préciser les relations existantes entre l'anguille et ses zones de croissance continentales.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
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Éditeur(s) : HAL CCSD LET-OTELO
Résumé : International audience
Localisée à une centaine de kilomètre de l'extrémité méridionale de la péninsule coréenne,l'île de Cheju a connu un développement touristique récent et rapide. Ce territoire insulaire est sorti d'un séculaire isolement pour s'ouvrir sur l'économie mondiale. Avant d'aborder les mécanismes de la mise en tourisme de Chejudo, il convient de préciser que la nouvelle organisation territoriale qui découle de cette dernière fonction du territoire s'inscrit dans un contexte historique particulièrement chargé...
La mise en tourisme des lieux et des espaces, processus, périodisations et variations régionales

hal-01406750
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Résumé : On verra, au cours de ce rapport, dans quelles conditions l'Exposition internationale d'Océanographie, des Pêches maritimes et des Produits de la Mer prit naissance à l'Exposition coloniale de Marseille et quelles circonstances la firent naître. Il y avait donc là une tentative nouvelle à faire : résumer, généraliser et essayer de répandre les progrès industriels de la pêche, depuis l'application de la vapeur au chalutage, et, cela, non seulement en ce qui concerne la pêche en elle-même, mais encore les adjuvants qui s'y rattachent, sans lesquels la pêche, même abondante, ne donnerait aucun résultat pratique : la question de l'emballage et du transport rapide du poisson frais.

Droits : 1907 Barlatier imprimeur, éditeur
http://archimer.ifremer.fr/doc/00016/12682/9605.pdf
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Éditeur(s) : Université de Rennes 1
Résumé : Le devenir des bactéries entériques rejetées en mer a été étudié sur cinq zones côtières du littoral français : la côte Ouest du Cotentin, la rade de Brest, l'estuaire de Morlaix, la rade de Toulon et la Baie de Fort de France. Sur chaque site, une étude a permis de déterminer les concentrations en coli formes thermotolérants et en streptocoques fécaux dans les principaux apports. Les salmonelles ont également été recherchées sur trois de ces secteurs. Un calcul de flux permet d'apprécier l'importance des rejets urbains. Dans ces eaux généralement très chargées en contamination fécale, la présence de salmonelles a presque toujours été détectée. La qualité des eaux littorales et des sédiments côtiers a ensuite fait l'objet d'observations. Les caractéristiques des sites et des eaux rejetées déterminent les niveaux de contamination : nature des rejets (rivière ou rejets urbains), géométrie du site (côte ouverte, estuaire ou baie), hydrodynamisme. (mer à marée ou sans marée), présence de vasières, conditions climatiques, tous ces facteurs jouent un rôle important sur le devenir des bactéries. Ainsi, la variation des temps de survie d'Escherichia coli est due à la qualité du milieu récepteur: dans les eaux oligotrophes bien ensoleillées, l'effet de la lumière visible provoque une décroissance rapide des numérations bactériennes. Le T90 -temps nécessaire pour que 90 % des bactéries ne cultivent plus -est alors inférieur à deux ou trois heures. ln vitro, il a été démontré que la lumière visible agissait sur E. coli en présence d'oxygène par la production endogène d'espèces toxiques (principalement le peroxyde d'hydrogène et l'anion superoxyde). Cependant, la perte de cultivabilité des entérobactéries ne s'accompagne pas toujours d'une perte de la viabilité. De plus, il semblerait que le pouvoir pathogène puisse alors être conservé. Le rôle majeur de la lumière est atténué, voire annulé, par la présence de matières en suspension. Ces dernières jouent un rôle très important, en arrêtant les rayons lumineux, elles protègent les bactéries de l'effet bactéricide de certaines longueurs d'onde. Les T90 peuvent alors atteindre plu ieurs dizaines d'heures voire quelques jours. (...)

Droits : 1995 The author, Univ. Rennes 1
http://archimer.ifremer.fr/doc/00052/16319/13822.pdf
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Éditeur(s) : Pêche thonière et dispositifs de concentration de poissons, Caribbean-Martinique, 15-19 Oct 1999
Résumé : The volcanic island of Mayotte (374 km super(2)) is part of the Comoros Archipelago, which is situated on the North of Mozambic's Canal (Indian Ocean). Mayotte is composed of two islands and some thirty small islands distributed in a lagoon of more than 1,000 km super(2). Being one of the French Republic's Territorial Collectivity, this island is characterized by a very fast demographic evolution (growth rate : 5.8 %), which constitutes the foundation of the development problematic. Most of local halieutic production comes from the reef (nearly 2,000 t in 1999), the technic of "palangrotte" (deep line) is still dominating. The fishing fleet is composed of monoxyl pirogues and polyester fishing boats for the 1,200 fishermen. The first FADs (Fish Aggregating Devices) were installed in 1989. Now, 5 FADs are situated in the lagoon whereas 10 others have been installed out of it. If it is very hard to evaluate economic impact of FAD in Mayotte, their success seems to be limited because of several local constraints : fear to fish out of the lagoon, little interest in tuna, lack of formation. Nevertheless, faced to the demographic evolution and the decrease of the reef ressources, a program of fishing development on FAD has been initiated in 1998, with those following themes : realization of a new prototype of FAD, experimental fishing program with vertical drift "long line", teaching programs for the local fishermen. Today, it is too early to analyze the informations already collected, but the results are very promising, and validate the technical improvement of the new prototype.Original Abstract: L'ile volcanique de Mayotte (374 km super(2)) fait partie de l'archipel des Comores situe au Nord du canal du Mozambique (ocean Indien). Mayotte comprend deux iles et une trentaine d'ilots repartis dans un lagon de plus de 1 000 km super(2). Collectivite territoriale de la Republique francaise, l'ile se caracterise par une evolution demographique tres rapide (taux de croissance: 5,8 %), qui constitue le socle de toutes les problematiques de developpement. L'essentiel de la production halieutique provient du milieu recifal (environ 2 000 t en 1999), la peche a la ligne de fond reste la technique dominante. La flottille de peche est constituee de pirogues monoxyles et de barques polyester pour une population de 1 200 pecheurs. Les premiers DCP mahorais furent installes en 1989. A ce jour, on denombre cinq DCP dans le lagon et dix hors lagon. Il semble que leur succes soit reste limite en raison de plusieurs contraintes locales : peur de la peche hors lagon, peu d'interet pour les poissons pelagiques, manque de formation. Neanmoins, face a l'explosion demographique et a l'appauvrissement des ressources lagonaires, un nouveau programme de developpement de la peche sur DCP a ete initie en 1998. Ce programme comporte trois axes : realisation d'un nouveau prototype de DCP, lancement d'un programme de peches experimentales a la palangre verticale derivante et formation des pecheurs. A ce jour, les informations obtenues sont trop parcellaires pour etre analysees mais les donnees et observations realisees sur les nouveaux dispositifs permettent de valider leur conception technique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15290/12647.pdf
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Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : La pêcherie de crevettes pénéidés du plateau des Guyanes et du nord-est brésilien est, sur le plan mondial, l'une des plus importantes (entre 15 000 et 20 000 t de crevettes entières ces dernières années). Les flottilles de crevettiers sont nombreuses et de nationalités diverses, mais ne comptent toutefois aucun armement français, les quelques tentatives faites jusqu'ici par des navires métropolitains n'ayant pas abouti à des résultats concrets. Une première analyse de la pêche sur le plateau de la Guyane française a été faite par l'équipe du laboratoire de Cayenne depuis 1974(1), mais compte tenu de l'évolution rapide de l'exploitation depuis la mise en application de la loi portant création d'une zone économique des 200 milles, ces données ont dû être reprises sous un angle différent.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1979-12 , Vol. 297 , P. 1-18

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1979/publication-7165.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7165/

Éditeur(s) : HAL CCSD Publisher : Paris : Baillière [1980-. Latest Publisher : Paris : Elsevier
Résumé : National audience
Introduction L’hypertension artérielle pulmonaire précapillaire constitue l’une des premières causes de décès au cours de la sclérodermie systémique. Le pronostic dépend de la précocité du diagnostic et de l’introduction rapide du traitement ciblé. En 2013, l’algorithme DETECT a été élaboré en vue d’un dépistage plus précoce de l’hypertension artérielle pulmonaire. Le but de notre étude est d’évaluer l’impact de l’utilisation de l’algorithme DETECT en comparant les pratiques actuelles d’un centre de compétence français à celles recommandées par ce nouvel outil de dépistage. Patients et méthodes Il s’agit d’une étude transversale monocentrique. Les patients sclérodermiques ayant bénéficié d’un bilan viscéral au cours de l’année 2014–2015, contenant les données nécessaires au calcul du score DETECT, ont été inclus. Conformément aux pratiques habituelles du service, l’ensemble des patients avait bénéficié d’une échographie cardiaque transthoracique et l’indication du cathétérisme cardiaque droit était posée au cours d’une réunion de concertation pluridisciplinaire. En parallèle, l’algorithme DETECT était calculé avec une première étape posant ou non l’indication théorique de l’échographie cardiaque transthoracique, puis une seconde décidant de l’indication théorique d’un cathétérisme droit. Les résultats des deux étapes de l’algorithme étaient inconnus des médecins participant à la prise en charge des patients ou à la réunion de concertation pluridisciplinaire. À la fin de la période d’inclusion, les décisions proposées par l’algorithme étaient comparées à celles issues de la réunion de concertation pluridisciplinaire. Résultats Cent dix-sept patients ont été inclus dans l’étude. Quatre-vingt-onze pour cent (n = 106) répondaient aux critères ACR 2013. Si l’algorithme DETECT était appliqué à l’ensemble de la population, l’indication de l’échographie cardiaque transthoracique était retenue chez 80 % d’entre eux (n = 94). Parmi les 94 patients sélectionnés à la première étape, il était retenu l’indication d’un cathétérisme droit chez 70 d’entre eux, soit 60 % de la population initiale. Au cours du suivi annuel, l’indication du cathétérisme droit avait été retenue par la réunion de concertation pluridisciplinaire chez 15 des 117 patients. Le diagnostic d’hypertension artérielle pulmonaire avait été retenu chez 9 d’entre eux, dont 7 avec une hypertension artérielle pulmonaire précapillaire. Si l’algorithme DETECT n’était appliqué qu’aux patients répondant aux critères initialement proposés pour la mise au point de l’algorithme (patients avec DLCO inférieure à 60 % de la valeur prédite, et symptômes – autres que phénomène de Raynaud – évoluant depuis plus de 3 ans), 42 patients étaient alors éligibles (36 % de la population totale). Les épreuves fonctionnelles respiratoires retrouvaient une DLCO moyenne à 46 % de la valeur prédite. L’indication de l’échographie cardiaque transthoracique était retenue chez 36 patients (31 % de la population totale). Parmi les 36 patients sélectionnés à la première étape, l’algorithme retenait l’indication d’un cathétérisme droit chez 31 d’entre eux (26 % de la population totale). Au cours du suivi annuel, l’indication avait été retenue par la réunion de concertation pluridisciplinaire chez 13 des 42 patients. Le diagnostic d’hypertension artérielle pulmonaire avait été posé chez 9 d’entre eux, dont 7 avec une hypertension artérielle pulmonaire précapillaire. Discussion L’application de l’algorithme DETECT à la cohorte d’un centre de compétence français confirme son efficacité en termes de dépistage de l’hypertension artérielle pulmonaire dans la population suivie pour une sclérodermie systémique car elle permet de retenir la réalisation d’un cathétérisme droit diagnostique chez tous les patients pour lesquels l’indication avait été portée en réunion de concertation pluridisciplinaire. Ces résultats sont confortés par ceux récemment publiés par une équipe tchèque. D’après nos résultats, il semble que l’application de l’algorithme à une population plus restreinte (selon les critères de l’étude DETECT) fasse aussi bien que l’application de l’algorithme à tous les patients sclérodermiques (indifféremment de la DLCO ou de l’ancienneté des symptômes). Il reste maintenant à déterminer quel suivi et quel dépistage proposer aux patients ayant une DLCO de plus de 60 %. Enfin, il restera à déterminer si l’algorithme permettra un dépistage plus précoce de l’hypertension artérielle pulmonaire chez les patients sclérodermiques, et donc d’améliorer à terme la survie. Conclusion Jusqu’en 2016, les patients suivis pour sclérodermie systémique bénéficiaient d’un dépistage de l’hypertension artérielle pulmonaire selon les recommandations internationales. L’application du nouvel algorithme DETECT aux patients sclérodermiques (avec une DLCO de plus de 60 % et les premiers symptômes autres que phénomène de Raynaud de plus de 3 ans) permettrait de limiter le nombre d’ échographies cardiaques transthoraciques (moins 70 % environ) et augmenterait le nombre de cathétérismes cardiaques droits (par un facteur 3 environ). Il permettrait donc un dépistage au moins aussi efficace que celui réalisé jusqu’à présent, avec cependant un coût probablement plus élevé et un caractère plus invasif
ISSN: 0248-8663

hal-01321852
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01321852
DOI : 10.1016/j.revmed.2016.04.300

Éditeur(s) : Université de la Méditerranée
Résumé : This study was supported by the Atlantic working site of the « Programme National d’Océanographie Côtière » (PNOC, PNEC since 1999). The objectives were (1) to check the existence and to understand the mechanisms of winter phytoplankton blooms in the bay of Biscay influenced by the Gironde waters (2) to determine the limiting nutrient of the primary production associated to these blooms and to follow the seasonal evolution of the limiting nutrient, (3) to understand the consequences of this early limitation on the structuration of algal populations in spring. Since phosphorus was supposed to be the major limiting nutrient of algal growth in the Gironde plume, the different forms of the phosphorus cycle as well as the bacterial compartment, central in this cycle, were also studied in term of stocks and fluxes. The sampling strategy consisted in three cruises in 1998, BIOMET 2 (January), BIOMET 3 (beginning of March), PEGASE (June) and six cruises in 1999, PLAGIA 1 to 6 (late February, late April, late May, late June, the middle of July and the beginning of October). Winter algal blooms, essentially diatoms, were actually observed both in the typical waters of the plume (S < 34.5) and at the limit of the plume and adjacent atlantic oceanic waters (S > 34.5) in the successives years 1998 and 1999. These blooms were initiated by the occurrence of short anticyclonic windows in winter, acting on physical processes which dominate the evolution and characteristics of the Gironde plume (runoff, wind direction and speed) and, ultimately, on the evolution of the depth of the mixed layer (haline stratification) and available light (decrease of turbidity). The algal growth was actually phosphorus limited in the typical waters of the plume at the end of the winter bloom, in spring and became nitrogen and phosphorus limited in summer until the first autumn gales restored the nutritive balance. More oceanic waters (S > 34.5) were probably N+P limited from the end of the winter-the beginning of spring to autumn. Phosphorus limitation of winter blooms, associated with girondine unbalanced nutritive supplies (high NO3/PO4 ratios) favoured the development of small cells at the beginning of spring and the later presence of spring blooms (June 1998, late May 1999) composed of pico and nanophytoplankton (nanoflagellates), instead of typical diatom spring blooms for temperate waters. This size reduction of algal communities is strongthened by the competition between phytoplankton and bacteria for the phosphate uptake, bacteria being more competitives at low concentrations and being phosphorus limited sometimes in spring. The decreasing size of algal cells probably acted on the structuration of the whole food web. The study of the different forms of phosphorus displayed the importance of the Dissolved Organic Phosphorus (DOP) pool. The potential biological lability and the capacity of algae and bacteria to use the DOP in spring when phosphate are undetectable was shown by the very high specific activities of alkaline phosphatases and the very rapid cycling of phosphate monoesters. According to the few estimations of actual phosphatasic activity and phosphate assimilation fluxes, the hydrolysis of DOP associated with the coupled assimilation of liberated phosphate would represent 91 to 99 % of the phosphorus fluxes into algal and bacterial cells when phosphate were exhausted. In such conditions DOP could satisfy most of microorganisms phosphorus needs.
Cette thèse s’inscrit dans le cadre du Chantier Atlantique du Programme National d’Océanographie Côtière (PNOC, PNEC depuis 1999). Les objectifs de ce travail étaient (1) de vérifier l’existence et comprendre le déterminisme de blooms phytoplanctoniques hivernaux dans les eaux du Golfe de Gascogne influencées par la Gironde, (2) de préciser le facteur limitant de la production primaire associée à ces blooms et de suivre l’évolution saisonnière de ce facteur et (3) de comprendre les conséquences de cette limitation précoce sur la structuration des populations algales au printemps. Le phosphore étant supposé être le principal élément limitant de la croissance algale dans le panache de la Gironde, les différentes composantes du cycle du phosphore ainsi que le compartiment bactérien, central dans ce cycle, ont été étudiés en terme de stock et de flux. La stratégie d’échantillonnage a consisté en trois campagnes en 1998, BIOMET 2 (janvier), BIOMET 3 (début mars), PEGASE (juin) et six campagnes en 1999, PLAGIA 1 à 6 (fin février, fin avril, fin mai, fin juin, mi-juillet et début octobre). Des efflorescences algales hivernales, constituées essentiellement de diatomées, ont effectivement été observées de façon récurrente dans les eaux typiques du panache (S < 34,5) et à la limite du panache et des eaux océaniques atlantiques adjacentes (S > 34,5) au cours des deux années successives 1998 et 1999. Ces blooms ont été engendrés par l’apparition de courtes fenêtres anticycloniques en période hivernale, ces fenêtres interférant sur les processus physiques qui prévalent sur l’évolution et les caractéristiques du panache de la Gironde (régime des débits, orientation et force du vent) et, de façon ultime, sur l’évolution de la profondeur de la couche de mélange (halostratification) et la disponibilité en lumière (diminution de la turbidité). La croissance algale était limitée par le phosphore dans les eaux typiques du panache à la fin du bloom hivernal, au printemps et devint limitée en azote et en phosphore en période estivale et ceci jusqu’à ce que les premières tempêtes automnales rétablissent l’équilibre nutritif des eaux. Les eaux à caractère plus océanique (S > 34,5) étaient plus probablement limitées par N+P dès la fin de l’hiverdébut du printemps et ce jusqu’à l’automne. La limitation des blooms hivernaux par le phosphore, associée à des apports nutritifs girondins déséquilibrés en phosphate (rapports NO3/PO4 élevés) a favorisé le développement de cellules de petite taille au début du printemps et la présence ultérieure de blooms printaniers (juin 1998, fin mai 1999) composés de pico- et de nanophytoplancton (nanoflagellés), blooms « atypiques » pour des eaux tempérées à cette saison. Cette structuration des communautés algales est renforcée par la compétition entre le phytoplancton et les bactéries pour l’acquisition du phosphate, les bactéries étant plus compétitives aux faibles teneurs en phosphate et pouvant être elles-mêmes limitées par le phosphore à certains moments du printemps. La diminution de taille des cellules algales a probablement une incidence sur la structure de taille de l’ensemble du réseau trophique. L’étude des différentes composantes du phosphore montre l’importance du pool de Phosphore Organique Dissous (POD), sa labilité biologique potentielle et la capacité des communautés algales et bactériennes à utiliser ce pool au printemps quand les phosphates sont indétectables (activités spécifiques des phosphatases alcalines très élevées, recyclage très rapide des monoesters de phosphate). Au vu des quelques estimations de l’activité phosphatasique réelle et des flux d’assimilation de phosphate, l’hydrolyse du POD associée à l’assimilation couplée du phosphate libéré représenterait 91 à 99 % des flux de phosphore vers les cellules algales et bactériennes, quand les phosphates du milieu sont déficients. Dans de telles conditions, le POD pourrait satisfaire l’essentiel des besoins des microorganismes en phosphore.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00013/12463/9298.pdf
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Résumé : Le pâturage, principal mode d’alimentation en zone tropicale, est souvent dévalorisé car il est associé à des performances animales jugées insuffisantes, et peut avoir des effets néfastes sur l’environnement. Même si l’alimentation à l’auge permet de meilleures productions, ce mode de conduite présente également des inconvénients, en termes d’investissements, de rentabilité économique, d’impact des rejets sur l’environnement et de qualité des produits. Une intensification de la conduite au pâturage semble donc une voie d’avenir, mais nécessite une meilleure connaissance de ce mode de conduite et de ses conséquences sur l’alimentation et les performances des animaux. Il apparait également nécessaire de comparer l’élevage au pâturage et à l’auge sur des critères homogènes, en dissociant les composantes de ces modes de conduite.L’objectif de la thèse est d’évaluer et de comparer la conduite au pâturage et la conduite hors sol, en tenant compte également de la distribution ou non de concentré, sur l’alimentation, la croissance, les caractéristiques d’abattage et la consommation d’eau. Dans un premier temps, nous avons étudié au cours d’une expérimentation, les effets de ces deux modes de conduite sur la croissance, les caractéristiques d’abattage et de carcasse de taurillons Créoles abattus à deux âges (précoce vs tardif). Les taurillons à l’auge avaient une croissance plus rapide, des poids de carcasse plus élevés, ainsi que des carcasses plus grasses. Nous avons observé qu’abattre plus tardivement au pâturage (17 et 21 mois vs 14 et 17 mois à l’auge), permettait d’atteindre des poids finaux similaires à ceux obtenus à l’auge et des carcasses de meilleure qualité, plus riche en muscle. Nous avons expliqué la majorité de nos résultats par les effets combinés des modes de conduite et de l’alimentation et avons voulu étudier leurs effets respectifs. Dans un second temps, l’étude des effets du mode de conduite a été faite dans un premier temps, par le biais d’une méta-analyse. Les performances des animaux à l’auge étaient meilleures qu’au pâturage, mais ces effets dépendaient de la stratégie de complémentation. De cette méta-analyse est également apparu le manque d’études auge vs pâturage sur l’alimentation et à ration égale. Afin d’étudier les effets respectifs du mode de conduite et de la stratégie de complémentation, un dispositif analytique avec des taurillons élevés à l’auge et au pâturage complémentés ou non avec du concentré a été mis en place. Dans un premier temps, une étude méthodologique menée grâce à ce dispositif nous a permis d’identifier que la SPIR permettait la meilleure estimation de la dMO, l’OMI et la MODI au pâturage. Les résultats de l’étude analytique ont montré que les animaux au pâturage utilisaient mieux leur alimentation pour leur croît que ceux à l’auge et la stratégie de complémentation influençait davantage ces variables que le mode de conduite. Avec une stratégie de complémentation appropriée, les animaux au pâturage peuvent atteindre des performances similaires à celles obtenues à l’auge.
Grazing, main way of feeding ruminants in the tropics, is often undervalued because it is associated with animal performance deemed insufficient, and may have adverse effects on the environment. Even if stall feeding allows better production, this way of feeding has drawbacks in terms of investment, profitability, impact of emissions on the environment and product quality. Intensification of grazing seems a way forward, but requires a better understanding of this way of feeding and its impact on feeding and animal performance. It also appears necessary to compare grazing and stalls feeding on homogeneous criteria, separating the components of these modes of management.The aim of the thesis is to evaluate and compare stalls and pasture feeding environment, taking into account also the distribution or not of concentrate on feeding, growth, slaughter characteristics and water consumption. At first , we studied in an experiment , the effects of these two feeding systems on growth, slaughter and carcass characteristics of Creoles bulls slaughtered at two ages (early vs. late ). Bulls fed in trough grew faster, had greater carcass weight and fatter carcasses. We observed that a later slaughter of grazing animals (17 and 21 months vs. 14 and 17 months in stalls), allowed to reach final weights similar to those obtained in stalls and carcasses richer in muscle. We explained most of our results by the combined effects of feeding environment and complementation strategy and wanted to study their effects. In a second step, the study of the effects of feeding environment was made in first instance, through a meta-analysis. Stalls fed animals had greater performances than pasture fed ones, but these effects depended on complementation strategy. This meta-analysis also highlighted the lack of knowledge on intake and digestibility at pasture, which is a limitation on attempts to compare with measurements carried out in trough-fed animals. To investigate the relative effects of feeding environment and complementation strategy, we conceived an analytical trial with Creole bulls reared in stalls and at pasture, supplemented or not with concentrate. First of all, this analytical trial was the support of a methodological study, which identified that the NIRS method allows the best estimate of the OMD, OMI and DOMI at pasture. The analytical trial showed that grazing animals had better feed efficiency feed for their growth than stall fed ones and complementation strategy influenced more these variables than feeding environment. With an appropriate strategy for complementation, grazing animals can achieve similar performance to those obtained at the trough.

http://www.theses.fr/2013AGUY0675/document

Résumé : Le programme d'amélioration des techniques d'élevage de la Chevrette Macrobrachium rosenbergii en Guyane constitue la deuxième phase du programme d'expérimentation mené sur la station IFREMER de Kourou. Jusqu'en 1988, l'effort a porté sur l'analyse du système continu classique utilisé par l'ensemble des producteurs de Macrobrachium aux Antilles et en Guyane. A partir de 1988, il apparut que la résolution des problèmes posés par son application passait par l'utilisation de schémas de gestion de la population en mode discontinu. Les expérimentations ont donc porté sur les principales conditions d'élevage susceptibles d'améliorer l'efficacité du schéma d'exploitation de la population. En prégrossissement, il s'agissait d'obtenir le meilleur compromis densité/croissance en jouant sur des facteurs tels que l'aliment artificiel ou la stimulation de la productivité naturelle, tout en produisant un juvénile pour toute post larve ensemencée. En grossissement, la contrainte essentielle est l'organisation sociale de la population qui se traduit par une croissance rapide et hétérogène des mâles et une croissance lente mais homogène des femelles. Nous avons essayé de dégager les schémas permettant de tirer le maximum de profit de ces spécificités de croissance avec un minimum de coût. Pour cela nous avons testé différentes procédures en jouant sur le poids moyen initial, les caractéristiques de la population introduite (monosexe, lot de tête ou de queue issus d'un tri), la densité et la durée d'élevage,le mode de récolte.

Droits : 1992 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00041/15262/12611.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00041/15262/

Éditeur(s) : EDP Sciences
Résumé : The necessity to move from a traditional fishery management to an ecosystem approach is now acknowledged. Indicators are required to support the development of this approach. For example, community indicators have been proposed to assess the impact of fishing. We tested here the applicability of one such community indicator, the abundance-biomass comparison (ABC method), as a measure of the impact of bottom trawling (years of sampling: 2001 and 2003) on the benthic invertebrates-typically starfishes, crabs, squat lobsters, shrimps and large hard-shelled molluscs-of "Grande Vasiere", a major French fishing zone, in the Bay of Biscay. The ABC method is generally used as an impact indicator for different types of physical, biological and anthropogenic disturbances on benthic communities. This method is based on the assumption that increasing disturbance shifts communities from dominance by large-bodied species with low turnover rates toward dominance by small-bodied species with high turnover rates. At less disturbed areas the average biomass of individuals is greater than at more heavily disturbed areas. The ABC method measures this effect by comparing the ranked distributions of abundance and biomass within a given community. We applied the ABC method and compared the size structure and the species diversity at two areas exposed to moderate and high bottom trawl effort. Species diversity was lower in the most exploited area. The highly trawled area was dominated by opportunistic organisms, mainly one species of swimming crab Liocarcinus depurator, one species of squat lobster Munida rugosa and Norway lobsters Nephrops norvegicus, which are large-bodied species. Consequently, the results of the ABC method were inconsistent with the theoretical expectation for these particular macrofaunal communities and the measured levels of fishing intensity.
La nécessité de passer d'une gestion monospécifique des pêches à une approche écosystémique est largement reconnue. Pour mettre en place une telle approche, des indicateurs ont été proposés afin d'estimer l'impact de la pêche sur les communautés. Nous avons testé l'efficacité de l'un de ces indicateurs, la comparaison abondance-biomasse (méthode ABC), pour mesurer l'impact du chalutage de fond (année d'échantillonnage : 2001 et 2003) sur les communautés de la macrofaune benthique de la Grande Vasière, golfe de Gascogne (typiquement des crabes, étoiles de mer, des galathées, de gros mollusques à coquille dure). La méthode ABC est généralement utilisée comme un indicateur d'impact de différents types de perturbations physiques, biologiques et anthropiques sur les communautés benthiques. Cette méthode est basée sur l'hypothèse qu'un régime de perturbation croissant entraîne une modification de la structure des communautés qui deviennent graduellement dominées par des espèces opportunistes de petite taille caractérisées par un renouvellement rapide. Dans une communauté modérément perturbée, la biomasse moyenne des individus est ainsi plus grande que dans une communauté fortement perturbée. La méthode ABC mesure cet effet en comparant les distributions en biomasse et densité dans chaque communauté. Nous avons appliqué la méthode ABC et étudié la structure en taille et la diversité spécifique des communautés benthiques en comparant deux zones, l'une soumise à un effort de pêche modéré et l'autre à un important effort de pêche. La diversité spécifique était plus faible sur les sites fortement chalutés. Ces sites étaient dominés par des organismes opportunistes de grande taille, principalement une espèce de crabe nageur Liocarcinus depurator, une espèce de galathée Munida rugosa et des langoustines Nephrops norvegicus. Dans ces conditions, les résultats de la méthode ABC n'étaient pas cohérents avec la théorie pour ces communautés de macro-invertébrés benthiques et les efforts de pêche mesurés.
Aquatic Living Resources (0990-7440) (EDP Sciences), 2006-07 , Vol. 19 , N. 3 , P. 219-228

Droits : 2006 EDP
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2133.pdf
DOI:10.1051/alr:2006022
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/2133/