Éditeur(s) : HAL CCSD Elsevier
Résumé : International audience
Mapping forest aboveground biomass (AGB) has become an important task, particularly for the reporting of carbon stocks and changes. AGB can be mapped using synthetic aperture radar data (SAR) or passive optical data. However, these data are insensitive to high AGB levels (>150 Mg/ha, and >300 Mg/ha for P-band), which are commonly found in tropical forests. Studies have mapped the rough variations in AGB by combining optical and environmental data at regional and global scales. Nevertheless, these maps cannot represent local variations in AGB in tropical forests. In this paper, we hypothesize that the problem of misrepresenting local variations in AGB and AGB estimation with good precision occurs because of both methodological limits (signal saturation or dilution bias) and a lack of adequate calibration data in this range of AGB values. We test this hypothesis by developing a calibrated regression model to predict variations in high AGB values (mean >300 Mg/ha) in French Guiana by a methodological approach for spatial extrapolation with data from the optical geoscience laser altimeter system (GLAS), forest inventories, radar, optics, and environmental variables for spatial inter-and extrapolation. Given their higher point count, GLAS data allow a wider coverage of AGB values. We find that the metrics from GLAS footprints are correlated with field AGB estimations (R 2 =0.54, RMSE=48.3 Mg/ha) with no bias for high values. First, predictive models, including remote-sensing, environmental variables and spatial correlation functions, allow us to obtain "wall-to-wall" AGB maps over French Guiana with an RMSE for the in situ AGB estimates of ~51 Mg/ha and R²=0.48 at a 1-km grid size. We conclude that a calibrated regression model based on GLAS with dependent environmental data can produce good AGB predictions even for high AGB values if the calibration data fit the AGB range. We also demonstrate that small temporal and spatial mismatches between field data and GLAS footprints are not a problem for regional and global calibrated regression models because field data aim to predict large and deep tendencies in AGB variations from environmental gradients and do not aim to represent high but stochastic and temporally limited variations from forest dynamics. Thus, we advocate including a greater variety of data, even if less precise and shifted, to better represent high AGB values in global models and to improve the fitting of these models for high values.
ISSN: 0303-2434

Droits : http://creativecommons.org/licenses/by/
hal-01381116
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01381116/document
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01381116/file/Fayad2016a.pdf
DOI : 10.1016/j.jag.2016.07.015

Éditeur(s) : Institut National Polytechnique de Toulouse
Résumé : La flottille crevettière qui exploite les stocks de Pénéidés du plateau continental de Guyane Française comptait en 1981 81 chalutiers, en majorité de nationalité étrangére, et avait débarqué l'équivallent de 5700 tonnes de crevettes entières pour l'année entière. Lors des opérations de pêche, d'autres organismes marins sont capturés en même temps que les crevettes par les chaluts. En majorité ce sont des poissons osseux. Trois campagnes de pêche expérimentale effectuées en 1981 ont permis d'estimer au moyen d'une technique d'échantillonnage stratifié, la biomasse accessible au chalut à crevettes. Il apparait que dans la zone du plateau continental exploitée par la flottille, les crevettes ne representent guère qu'entre 1/30 et 1/20 ème de la biomasse totale, en moyenne. D'autre part, les espéces de la faune associée sont nombreuses et les poissons capturés sont en majorité de petite taille. La part de la biomasse totale qui pourrait être commercialisée facilement, sans necessiter de transformation, ne dépasserait pas la moitié de la biomasse des crevettes. Partant de ces estimations, il a été possible d'évaluer le volume des captures totales pour l'année 1981 de l'ensemble de la flottille basée à Cayenne. Celui-ci représenterait prét de 71000 tonnes, c'est à dire que la pêche d'un kilo de crevette s'accompagnerait de celle de 11 à 12 kilos de poissons, en moyenne. Ces résultats ont conduit à s'interesser aux effets de la pêche crevettière sur les stocks de 7 espèces de la faune associée, prises comme exemple. Le modéle de Beverton et Holt utilisé ici a montré que pour certain d'entre eux des risques de surexploitation existaient. Ces divers constatations ont conduit à une discussion axée dans deux dirrections: - la première consiste à envisager la valorisation de cette ressource inutilisée : les diverses possibilitées sont passées en revue et sont discuttées; en particulier les implications sur l'organisation de la pêcherie sont abordées. - la seconde s'attache à réduire la collecte des captures accessoires dans le but de rationaliser l'exploitation de l'ensemble des ressources du plateau continental. Des mesures d'aménagement sont proposées; elles s'appuient sur la réglementation par zones d'interdiction saisonnière au chalutage à la crevette et le passage à un maillage réglementaire de 6Ornm. Enfin, il s'est révélé indispensable de developper la recherche dans certains domaines (biologie, technologie des engins de pêche, et économie) pour mettre au point un plan d'aménagement cohérent dans cette région.

Droits : 1984 Institut National Polytechnique de Toulouse
http://archimer.ifremer.fr/doc/00137/24796/22873.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00137/24796/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : International audience
This article seeks to take stock of the concept of digital health literacy that tends to emerge as a result of crossing several areas of expertise such as digital skills, information literacy and health literacy.
literacy) qui tend à émerger du fait d’un croisement de plusieurs champs de compétences que sont les compétences digitales, les compétences informationnelles et les compétences en matière de santé.
Les écosystèmes numériques et la démocratisation informationnelle : Intelligence collective, Développement durable, Interculturalité, Transfert de connaissances
Schoelcher, France

hal-01258315
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258315
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258315/document
https://hal.univ-antilles.fr/hal-01258315/file/Olivier%20Le%20Deuff.pdf

Résumé : For several years the fishermen of the West Indies have directed their activities towards new fishing grounds, notably the bathyales zones adjacent to island plateaux up to approximately 1000 metres in depth. Explorations earned out since 1989 have shown that diverse crustacean populations could be exploited. However, populations and exploitable stocks arc not well known. The use of crustaceans traps as a fishing technique permits the capture of shellfish, shrimps and prawns of which at least six species could have commercial interest. The main objective of this work is do draw up an inventory of the principal commercial species as well as the accompanying species belonging to the subordres Decapoda macrura, anomura, brachyura, and to the orders Isopoda and Amphipoda. It is intended for fishermen and other socio-professionals of the fishing industry. It should enable them to identify and name these previously unexploited varieties of crustacea to facilitate their sale in local markets.
Depuis quelques années, des pécheurs antillais orientent leurs activités vers de nouveaux secteurs de pèche, notamment les zones bathyales adjacentes aux plateaux insulaires, jusque vers 1000 mètres de profondeur. Des campagnes exploratoires menées depuis 1989. on montré que diverses populations carcinologiques pouvaient l'aire l'objet d'une exploitation. Toutefois, populations et stocks exploitables ne sont pas bien connus. L'emploi du casier comme technique de pêche, permet la capture de crustacés: crevettes et langoustines, dont au moins 6 espèces peuvent avoir un intérêt commercial. Ce travail nomenclatural a pour premier objectif de dresser l'inventaire ces principales espèces commerciales ainsi que des espèces accompagnatrices appartenant aux infra-ordres des Décapodes macroures, anomoures, brachyoures et aux ordres des Isopodes et des Amphipodes. Il est destine aux pécheurs et aux autres personnes des catégories socioprofessionnelles de la filière pêche. II devrait leur permettre d'identifier et de nommer ces produits nouveaux pour faciliter leur vente sur les marchés locaux.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/1993/rapport-992.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/992/

Résumé : Depuis octobre 1992 une étude est conduite par le laboratoire "Ressources Halieutiques" de l'IFREMER Cayenne pour analyser les mécanismes de recrutement du stock de crevettes pénéïdes (Penaeus subtilis) du plateau guyanais. En effet, le cycle de cette espèce étant très court, ces mécanismes conditionnent directement les rendements de la flottille industrielle crevettière guyanaise. Les variabilités intra et inter annuelles du recrutement sont considérées comme très fortes, aussi une optimisation de la gestion de cette pêcherie passe par une meilleure compréhension de ces mécanismes et notamment de leurs facteurs de variation. Cette étude s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC. Elle est respectivement menée par l'IFREMER et le laboratoire du Département des pêches du Surinam dans leurs Zones Economiques Exclusives. Ce programme prévoyait une série de huit campagnes en mer, précédées par une campagne commune de mise au point, qui devaient être conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires français et surinamien sur les plateaux de Guyane (campagnes RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano-surinamien). Deux campagnes annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre, et ce sur deux années (1993 et 1994). Cette périodicité est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis. Ceux-ci ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Les résultats présentés ici proviennent de la cinquième et dernière campagne de la série initiée par l'IFREMER en octobre 1992. La première campagne avait servi de mise au point pour notamment standardiser la méthodologie entre les équipes de l'IFREMER et celle du Département des pêches du Surinam. L'étude ne s'est pas limitée à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle a également inclue l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons dont certains d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a aussi été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d'en estimer l'importance réelle.

Droits : 1995 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18749/16320.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18749/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : The Nephrops trawl fishery is one of the most important fisheries in the Bay of Biscay. The fishery management essentially relies on conservation measures, a total at I owed catch (TAC) for Nephrops together with a mini mum landing size (MLS) and minimum trawl mesh size (70 mm stretched mesh). These measures have failed to prevent high discard levels of many species that characterize the fishery. Nephrops trawlers thus discard about half of their Nephrops catches in numbers (a third in weight) of which only 30% survive. Nephrops discards mainly occur in younger Nephrops age groups below the MLS. This is a waste for the already overexploited Nephrops stock as well as for the fleet. Based on a bio-economic simulation model, the paper analyses the consequences of several scenarios of improving Nephrops selectivity. The potential impacts of these scenarios on Nephrops biomass, landings, discards and economic indicators (e.g. rent) are examined and a cost-benefit analysis of each scenario is carried out. We show that a better exploitation pattern would benefit fisheries that have high level of discards. Reducing non-commercial Nephrops discards leads to positive net present values of rent with better value realized from the production potential and limited short-term losses for the fishing units. By taking account of the economic dynamics of increasing effort however, we show that selectivity measures are insufficient. Regulating access to the fishery is also required to ensure the sustainability of the fishery and a better exploitation of the production potential. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
Fisheries Research (0165-7836) (Elsevier), 2008-07 , Vol. 92 , N. 1 , P. 76-89

Droits : 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-4478.pdf
DOI:10.1016/j.fishres.2007.12.021
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/4478/

Éditeur(s) : Elsevier
Résumé : Genetic variation was surveyed at 11 microsatellite loci and at 517 bp of the mitochondrial control region to investigate the presence of genetic stock structure in swordfish (Xiphias gladius) in four proximal localities of the southwest Indian Ocean. One aim of this study was to serve as a preliminary examination for congruency of structure detected by these two genetic markers, prior to conducting a more comprehensive basin-wide survey of the Indian Ocean and nearby surrounding areas. Analyses of multilocus microsatellite genotypes and mitochondrial control region sequences both revealed a great homogeneity between samples. Genetic diversity detected at the regional scale was not significantly higher than detected at the local scale. Results suggest that the southwest Indian Ocean globally functions as a unique panmictic population. However, some discrete genetic differences appeared that could possibly indicate influence from a second genetic pool in the northern part of the Indian Ocean. This structure appeared to be sex-dependent with genetic differences higher among female than among male samples. This result may indicate a higher level of spawning area fidelity for females with a subsequent sampling bias tending to homogenise male genotypic distributions. (c) 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
Fisheries Research (0165-7836) (Elsevier), 2009-05 , Vol. 97 , N. 3 , P. 263-269

Droits : 2009 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/publication-6455.pdf
DOI:10.1016/j.fishres.2009.03.004
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/6455/

Éditeur(s) : HAL CCSD
Résumé : The forests of French Guiana occupy a central part of the region’s potential resource base, but as yet remain almost completely unexploited. This stems from the forestry industry struggling to valorize wood stocks of a high diversity with an extremely heterogeneous distribution. Indeed, identifying essences for future propagation is an issue of both environmental and socio-economic importance for the region. Bagassa guianensis Aubl. and Cordia alliodora (Ruiz & Pav.) Oken. go against conventional models, in that they display the life history characteristics of rapid growth and wood of high quality, and thus are species of high potential for future plantations. Firstly, our study of growth characteristics reveals a defined strategy half way between long-lived species and pioneer species. It is the variability of basic density of wood which is a key trait allowing for such a development, favoring rapid growth in initial years whilst allowing for tree longevity. Secondly, the analysis of a range of wood properties (shrinkage, modulus of elasticity, durability) in relation to tree growth confirms the technologic quality of the two species. It also enables the emergence of new results like the effect of extractives on wood stability, the control of growth as a result of basic density variation, the evolution of leaf traits throughout tree development or the improvement of trunk maintenance thanks to interlocked grain. The knowledge gained in relation to the developmental traits of these two species, and to the quality of their wood allows for the elaboration of plantation projects and what will be required for their success. The results of this study can orientate future studies on novel species for commercialization in French Guiana.
La ressource forestière en Guyane occupe une place maîtresse au sein de la région et est encore majoritairement préservée, mais la filière bois parvient difficilement à valoriser la biodiversité locale en raison de l’hétérogénéité de la ressource. Identifier les essences à planter demain représente aujourd’hui un enjeu à la fois environnemental, économique et social pour la Guyane. Bagassa guianensis Aubl. et Cordia alliodora (Ruiz & Pav.) Oken. vont à l’encontre des modèles usuels en associant vitesse de croissance et qualité du bois et sont identifiées comme prometteuses pour la plantation. Dans un premier temps, l’étude de la dynamique de croissance des deux espèces révèle un modèle écologique singulier, à la fois pionnières et longévives. La variabilité de l’infradensité dans l’arbre est l’élément clé qui permet un tel développement, favorisant une croissance rapide dans les premières années tout en assurant la longévité de l’individu. Dans une seconde partie, l’analyse d’un large panel de propriétés du bois (retrait, module, durabilité) en lien avec le développement de l’arbre confirme les qualités technologiques des deux espèces et permet l’émergence de résultats novateurs tels que le rôle des extractibles sur le retrait, le contrôle de la croissance grâce aux variations d’infradensité, l’évolution des traits foliaires au cours de l’ontogénie ou encore la mise en place de contrefil dans l’arbre pour assurer son maintien. La connaissance acquise vis-à-vis du mode de développement de ces deux espèces et des facteurs influençant la qualité de leur bois permet aujourd’hui de définir avec plus de précision le cadre d’un projet de plantation et les conditions de son succès. Les résultats de cette étude permettent finalement d’orienter la recherche de nouvelles espèces d’avenir pour la plantation en Guyane.
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01430243

Droits : info:eu-repo/semantics/OpenAccess
NNT : 2015YANE0002
tel-01430243
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01430243
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01430243/document
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01430243/file/julie-bossu.pdf

Éditeur(s) : HAL CCSD Wiley
Résumé :  
The lack of information on the ways seasonal drought modifies the CO2 exchange between Neotropical rainforest ecosystems and the atmosphere and the resulting carbon balance hinders our ability to precisely predict how these ecosystems will respond as global environmental changes force them to face increasingly contrasting conditions in the future. To address this issue, seasonal variations in daily net ecosystem productivity (NEPd) and two main components of this productivity, daily total ecosystem respiration (REd) and daily gross ecosystem productivity (GEPd), were estimated over 2 years at a flux tower site in French Guiana, South America (511605400N, 5215404400W). We compared seasonal variations between wet and dry periods and between dry periods of contrasting levels of intensity (i.e. mild vs. severe) during equivalent 93-day periods. During the wet periods, the ecosystem was almost in balance with the atmosphere (storage of 9.0 gCm_2). Seasonal dry periods, regardless of their severity, are associated with higher incident radiation and lower REd combined with reduced soil respiration associated with low soil water availability. During the mild dry period, as is normally the case in this region, the amount of carbon stored in the ecosystem was 32.7 gCm_2. Severe drought conditions resulted in even lower REd, whereas the photosynthetic activity was only moderately reduced and no change in canopy structure was observed. Thus, the severe dry period was characterized by greater carbon storage (64.6 gCm_2), emphasizing that environmental conditions, such as during a severe drought, modify the CO2 exchange between Neotropical rainforest ecosystems and the atmosphere and potentially the resulting carbon balance.
ISSN: 1354-1013

hal-01032067
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01032067
DOI : 10.1111/j.1365-2486.2008.01610.x

Éditeur(s) : Inter-research
Résumé : Exploitation of Trochus niloticus is important for Pacific islanders. The shell yields valuable mother of pearl of wich 2.000 tons were exported from New Caledonia in 1978. Knowledge of the exploitable stock requires a good estimate of the surface area occupied by this gastropod which colonises dead coral reefs. Because trochus environments in New Caledonia are very extensive and access is difficult, synoptic methods of estimation are called for. High resolution remote sensing appears to be a particularly suitable method. Simulation of images to be obtained from the French SPOT satellite was carried out in New Caledonia in decemlber 1983. This paper deals with the method used to process the digital high resolution images that will be produced by SPOT. Results are presented as thematic maps of the main reef environment types, with their respective surface areas. Among hard reef bottom covers, the trochus environment was finely analysed and areas identified were compared with ground truth observations and with areial photograph interpretation. The potential usefulness of high resolution SPOT images is confirmed for thematic mapping and evaluation of shallow living reef resources.
Marine Ecology Progress Series (0171-8630) (Inter-research), 1986-12 , Vol. 34 , N. 3 , P. 243-249

Droits : Inter Research/Printed in F. R. Germany
http://archimer.ifremer.fr/doc/00090/20084/17721.pdf
DOI:10.3354/meps034243
http://archimer.ifremer.fr/doc/00090/20084/

Éditeur(s) : Public Library Science
Résumé : Background: Resolving threats to widely distributed marine megafauna requires definition of the geographic distributions of both the threats as well as the population unit(s) of interest. In turn, because individual threats can operate on varying spatial scales, their impacts can affect different segments of a population of the same species. Therefore, integration of multiple tools and techniques - including site-based monitoring, genetic analyses, mark-recapture studies and telemetry - can facilitate robust definitions of population segments at multiple biological and spatial scales to address different management and research challenges. Methodology/Principal Findings: To address these issues for marine turtles, we collated all available studies on marine turtle biogeography, including nesting sites, population abundances and trends, population genetics, and satellite telemetry. We georeferenced this information to generate separate layers for nesting sites, genetic stocks, and core distributions of population segments of all marine turtle species. We then spatially integrated this information from fine-to coarse-spatial scales to develop nested envelope models, or Regional Management Units (RMUs), for marine turtles globally. Conclusions/Significance: The RMU framework is a solution to the challenge of how to organize marine turtles into units of protection above the level of nesting populations, but below the level of species, within regional entities that might be on independent evolutionary trajectories. Among many potential applications, RMUs provide a framework for identifying data gaps, assessing high diversity areas for multiple species and genetic stocks, and evaluating conservation status of marine turtles. Furthermore, RMUs allow for identification of geographic barriers to gene flow, and can provide valuable guidance to marine spatial planning initiatives that integrate spatial distributions of protected species and human activities. In addition, the RMU framework - including maps and supporting metadata - will be an iterative, user-driven tool made publicly available in an online application for comments, improvements, download and analysis.
Plos One (1932-6203) (Public Library Science), 2010-12 , Vol. 5 , N. 12 , P. -

Droits : 2010 Plos One
http://archimer.ifremer.fr/doc/00028/13926/11308.pdf
DOI:10.1371/journal.pone.0015465
http://archimer.ifremer.fr/doc/00028/13926/

Éditeur(s) : ISTPM
Résumé : Cette première campagne de la "Thalassa" sur les bancs occidentaux du Groënland pendant le mois de juillet et la première quinzaine d'août 1970 nous a permis de tirer d'intéressantes conclusions sur l'état actuel du stock de morue, la biologie des différentes espèces rencontrées et les conditions de milieu marin. Elle représente en outre une fructueuse expérience en ce qui concerne la technique de chalutage sur ces fonds particulièrement tourmentés, dans des conditions de navigation souvent difficiles. L'extension de la banquise issue de la région orientale du Groënland ne nous a pas permis d'étudier les bancs du premier tiers sud et nos travaux n'ont pu commencer qu'à hauteur du banc Dana. Les observations hydrologiques montrent que pendant l'été 1970 les eaux arctiques de la couche supérieure sont demeurées très froides et que le réchauffement superficiel était à peine marqué à partir du banc Fyllas pour atteindre un maximum de 4°20 sur le banc Disko. Quant à la formation sousjacente, originaire de la Mer d'Irminger, sa température maximale, de 5°, était proche de celle de la moyenne des années précédentes. Ce refroidissement de la couche supérieure, que l'on constatait déjà en 1966 et qui semble avoir atteint son degré le plus bas en 1968 et 1969, n'est pas sans avoir une incidence sur la répartition de la morue - notamment au moment de la ponte - et sur l'appauvrissement du stock. C'est sur le banc Dana seulement que les captures de morue ont atteint un aspect commercial par le bon rendement obtenu et aussi par un fort pourcentage de poissons de taille moyenne. Plus au N, sur le banc Fiskenaes, le rendement a fortement diminué pour devenir très faible sur le banc Fyllas et presque nul sur les bancs Lille et Store Hellefiske. Dans le secteur le plus septentrional, quelques individus seulement ont été pêchés au S du banc Disko. A partir de ce secteur, la prospection a d'ailleurs montré que la détection était nulle et, comme la plupart des fonds étaient impraticables, les chalutages ont été très réduits en nombre et en durée.
Science et Pêche (0036-8350) (ISTPM), 1970-12 , Vol. 198 , P. 1-26

Droits : Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/1970/publication-7004.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/7004/

Éditeur(s) : Actes du 6e colloque national BRG, La Rochelle, 2-3-4 octobre 2006
Résumé : Previous studies have shown heritable variation in larval developmental traits in the Pacific oyster Crassostrea gigas. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors, specific to hatcheries, were examined: the effect of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and the effect of temperature (20°C versus 26°C). A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of larval populations and family assignment, limiting possible environmental bias and allowing the study of a relatively large number of families using a limited number of larval tanks. Our results show that three multiplexed highly polymorphic microsatellite markers are a powerful tool for family assignment and, consequently, for the study of bivalve larvae genetics. Culling, by selective sieving of the smallest larvae is an advantageous practice at a phenotypic scale as it reduced variance in larval size, variance of developmental rate and time to settlement. Culling of 50% of the larval population only led to 15% less spat, showing a positive phenotypic correlation between larval growth and settlement success. However, culling represents a substantial risk for diversity loss, because it increases the variance of reproductive success among parental oysters. The effective population sizes of early settling cohorts of settlement were lower than those of later ones. Our results show that the settlement of slow growing larvae significantly contributes to minimizing the variability of reproductive success and therefore to maximizing genetic diversity. These results corroborate the low estimations of variability of broodstocks sampled in several French commercial hatcheries, relative to natural populations. The genetic composition of the larval population and the resulting spat was significantly different between the two tested temperatures, revealing genotype x environment interaction for survival. Similarly, genotype x environment interaction was also observed for larval growth as a higher temperature exerted a positive influence on the expression of genetic variability for this trait. Consequently, we can conclude that a temperature of 26°C coupled with culling, to common practice in oyster hatcheries, is likely to amplify the selection pressure for fast growing larvae. To test for this hypothesis, we compared larval developmental traits in the progeny of a hatchery broodstock closed for 7 generations, with the progeny of wild oysters and the two possible hybrids. Our results show that selection of fast growing larvae can counteract presumed inbreeding depression, due to higher mean relatedness among hatchery broodstock than in the wild. Genetic effects of intensive rearing conditions at larval stage are significant and should be taken into account in hatchery practices, especially in terms of genetic diversity management.
Afin d'étudier les conséquences génétiques des pratiques de production en écloserie d'huître creuse, deux facteurs ont été examinés : l'élimination des petites larves et la température. Nos résultats montrent que l'assignation de parenté par marqueurs microsatellites est un outil performant pour les études génétiques en phase larvaire de familles élevées en mélange. Bien qu'avantageux d'un point de vue phénotypique, le tamisage sélectif représente un risque de perte de diversité. La fixation des larves à croissance lente permet en effet de minimiser la variabilité du succès reproducteur et de fait, de maximiser la variabilité génétique. Ces résultats corroborent les estimations de variabilité sur les stocks d'écloseries françaises où l'on constate une diversité allélique inférieure à celle de populations issues du milieu naturel. La température exerce également une influence sur la précocité de l'expression de la variabilité génétique pour la croissance larvaire. Ainsi une température élevée associée à une procédure de tamisage peut amplifier l'effet sélectif. Enfin, la sélection de larves à croissance rapide semble démontrée, s'opposant à la dépression de consanguinité présumée. Les conditions d'élevage peuvent donc avoir un effet génétique significatif qui devrait être pris en considération dans les pratiques d'écloserie, notamment dans la gestion de la diversité génétique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-1505.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00000/1505/

Éditeur(s) : HAL CCSD Ecological Society of America
Résumé : CABI:20153174020
Understanding how plants are constructed - i.e., how key size dimensions and the amount of mass invested in different tissues varies among individuals - is essential for modeling plant growth, carbon stocks, and energy fluxes in the terrestrial biosphere. Allocation patterns can differ through ontogeny, but also among coexisting species and among species adapted to different environments. While a variety of models dealing with biomass allocation exist, we lack a synthetic understanding of the underlying processes. This is partly due to the lack of suitable data sets for validating and parameterizing models. To that end, we present the Biomass And Allometry Database (BAAD) for woody plants. The BAAD contains 259634 measurements collected in 176 different studies, from 21084 individuals across 678 species. Most of these data come from existing publications. However, raw data were rarely made public at the time of publication. Thus, the BAAD contains data from different studies, transformed into standard units and variable names. The transformations were achieved using a common workflow for all raw data files. Other features that distinguish the BAAD are: (i) measurements were for individual plants rather than stand averages; (ii) individuals spanning a range of sizes were measured; (iii) plants from 0.01-100 m in height were included; and (iv) biomass was estimated directly, i.e., not indirectly via allometric equations (except in very large trees where biomass was estimated from detailed sub-sampling). We included both wild and artificially grown plants. The data set contains the following size metrics: total leaf area; area of stem cross-section including sapwood, heartwood, and bark; height of plant and crown base, crown area, and surface area; and the dry mass of leaf, stem, branches, sapwood, heartwood, bark, coarse roots, and fine root tissues. We also report other properties of individuals (age, leaf size, leaf mass per area, wood density, nitrogen content of leaves and wood), as well as information about the growing environment (location, light, experimental treatment, vegetation type) where available. It is our hope that making these data available will improve our ability to understand plant growth, ecosystem dynamics, and carbon cycling in the world's vegetation.
ISSN: 0012-9658

hal-01535227
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01535227
DOI : 10.1890/14-1889.1
PRODINRA : 306122

Résumé : Le cycle biologique du principal stock de crevettes pénéïdes (Penaeus subtilis) exploité sur le plateau continental guyanais est court (18 mois environ). Les variabilités intra et inter annuelles de l'abondance des individus appartenant aux différentes composantes des premières phases du cycle (larves, post-larves, juvéniles) sont considérées comme très fortes, ce phénomène étant exacerbé par le double changement de milieu au cours du cycle, passage d'un habitat en eau salée à celui en eau douce, puis retour au premier. La pêcherie de la flottille crevettière guyanaise est ainsi basée sur un stock au renouvellement rapide et variable, aussi l'optimisation de sa gestion implique une meilleure compréhension des mécanismes de recrutement des crevettes et notamment leur facteurs de variation. Ainsi, depuis octobre 1992 une étude est conduite pour analyser ces mécanismes de recrutement. Elle s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC, et elle est menée par l'IFREMER dans la Zone Economique Exclusive française et par le laboratoire du Département des pêches du Surinam sur le plateau surinamien. Le programme prévoit une série de huit campagnes en mer qui seront conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires Français et Surinarnien sur les plateaux de Guyane (campagnes RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano-surinamien). Deux campagnes annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre. La périodicité de ces campagnes est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis qui ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Cette campagne est la quatrième de la série initiée en octobre 1992. L'étude n'est pas limitée à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle incluse également l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a également été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d’en estimer l’importance réelle.

Droits : 1994 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18750/16321.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00076/18750/

Résumé : Depuis octobre 1992 une étude est conduite pour analyser les mécanismes de recrutement du stock de crevettes pénéïdes (Pelloeus subtilis) du plateau guyanais. En effet, le cycle de cette espèce étant très court, ces mécanismes conditionnent directement les rendements de la flottille industrielle crevettière guyanaise. Les variabilités intra et inter-annuelles du recrutement sont considérées comme très fortes, aussi une optimisation de la gestion de cette pêcherie passe par une meilleure compréhension de ces mécanismes et notamment de leurs facteurs de variation. Cette étude s'intègre dans un programme de coopération régionale entre l'IFREMER et le Ministère de l'Agriculture, de l'Elevage et des Pêches du Surinam financé par des fonds FEDER et du FIC, et elle est menée par l'IFREMER dans la Zone Economique française et le laboratoire du Département des pêches du Surinam sur le plateau de ce pays. Ce programme prévoit une série de huit campagnes en mer qui seront conduites en parallèle par chacun des deux laboratoires Français et Surinamien sur les plateaux de Guyane (campagnes RESUBGUY) et du Surinam (campagnes RESUBSUR) afin d'analyser le phénomène de recrutement sur la plus large échelle possible d'observation (plateau guyano-surinamien). Deux campagnes annuelles ont été programmées pour chaque pays, en mai et en octobre. La périodicité de ces campagnes est fonction des résultats des travaux conduits par l'IFREMER et l'ORSTOM sur la phase pré-recrutée de Penaeus subtilis qui ont mis en évidence deux principales périodes annuelles distinctes de recrutement (avril-mai; septembre-octobre). Cette campagne est la troisième de la série initiée en octobre 1992. L'étude n'est pas limitée à l'examen des seules captures de crevettes Penaeus subtilis, puisqu'elle inclue également l'analyse de la composition des prises accessoires des crevettiers. Les "by-catches" considérées dans ce travail sont surtout représentées par la crevette "sea-bob", Xiphopenaeus kroyeri, ainsi que par les principales espèces de poissons d'intérêt commercial (ou ayant une forte probabilité de le devenir dans un futur proche). Enfin, une attention particulière a aussi été portée sur les captures accidentelles de tortues marines afin d'en estimer l'importance réelle.

Droits : 1993 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18148/15707.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00070/18148/

Résumé : The tropical seabass Lates calcarifer was introduced in Tahiti in 1984 and then was domesticated without other introduction. Three successive generations have been obtained in captivity. Tissue samples of the 38 animaIs which represent the total Tahitian broodstock were preserved in alcohol to be genotyped with four microsatellite markers (Yue et al., 2001). Three of four described markers were successfully transferred to the laboratory of genetics of Tahiti (marker LcaM01, LcaM02, LcaM03), as the revelation technology available locally did not allow the use of LcaM04 in routine. The results show that the genetic diversity of the tahitian broodstock is not equivalent of the one of the species, which could be explained by the small size of the founder population, which is consistant with the history of the Tahitian population. The structuration of the 4th generation into several batches obtained from different parents appears to be the minimum management procedure to limit inbreeding.
Le loup tropical Lates calcarifer a été introduit à Tahiti en 1984 puis domestiqué sans apport d'animaux extérieurs. Trois générations successives ont été obtenues en captivité. Des prélèvements de tissus sur les 38 géniteurs qui constituent l'intégralité du stock de reproducteurs tahitiens sont conservés dans l'alcool pour être génotypés à l'aide de quatre marqueurs microsatellites (Yue et al., 2001). Trois des quatre marqueurs décrits ont pu être transférés avec succès au laboratoire de génétique de Tahiti (marqueurs LcaM01, LcaM02, LcaM03), la technique de révélation disponible localement ne permettant pas d'utiliser LcaM04 en routine. Les résultats montrent qu'on ne dispose pas à Tahiti de toute la variabilité génétique de l'espèce, ce qui pourrait s'expliquer, compte tenu de l'histoire de cette population, par un faible nombre de géniteurs fondateurs. La structuration de la 4ème génération en plusieurs lots issus de parents différents apparaît comme la mesure de gestion minimale pour limiter la consanguinité au sein de cette population.

Droits : 2003 Ifremer
http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25300/23372.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25300/

Éditeur(s) : PSIC 11 - 11th Pacific Science Inter-Congress : Pacific Countries and their Ocean: Facing Local and Global Changes / 2nd Symposium on French Research in the Pacific. March 2 - 6, 2009 Tahiti, French Polynesia
Résumé : Shrimp farming in New Caledonia relies on the culture of a domesticated strain of Litopenaeus stylirostris introduced from Mexico at a time when genetic principles were of little or no consideration. Since then, advances in agriculture and for some aquatic species of importance led caledonian shrimp farmers to reconsider the appropriateness of a genetic improvement strategy adapted to local biotechnical and economical constraints. This questioning involves many different and interrelated aspects: scientific and technologic (genetics, biosecurity, quarantine, ), economic and organizational (financing, diffusion of genetic improvement) and pedagogic (awareness of farmers). Local institutions, producers associations, research centre and sanitary services associated to carry on the test of a first improvement strategy based on the crossing of different strains of L. stylirostris. This conceptually simple approach aimed at eliminating inbreeding, the first genetic limitating factor of improvement in captive populations. A second domesticated strain was obtained from Hawaii by the caledonian farmers, imported through a quarantine under the control of the zoosanitary local authorities, and reproduced and tested as pure or crossbred stocks by Ifremer within the framework of an interdisciplinary research project financed by caledonian institutions. Present results for hybrids (better growth and survival in the absence of virus) demonstrate the validity of this approach. They also bring out the importance to simultaneously integrate in a development scheme, a breeding centre to maintain and reproduce disease free breeders. This strategy and organization, tested in New Caledonia, could possibly be of benefit to other small scale aquaculture activities in the pacific islands.
La filière crevetticole de Nouvelle-Calédonie s’est développée jusqu’à aujourd’hui à partir d’un stock domestiqué de Litopenaeus stylirostris introduit d’Amérique à une époque où les principes de base en génétique n’étaient pas ou peu appliqués en aquaculture. Les avancées récentes en agriculture et chez quelques espèces aquacoles d’importance mondiale ont conduit les acteurs de cette filière à se poser la question de la mise en place d’une stratégie d’amélioration génétique adaptée aux contraintes biotechniques et économiques locales. Cette réflexion comportait à la fois des aspects scientifiques et technologiques (génétique, biosécurité, quarantaine, conservatoire), économiques et organisationnels (coût de l’opération, modalité de diffusion du progrès attendu), pédagogiques (sensibilisation des fermiers). Des acteurs d’horizons différents (institutions locales, association de producteurs, centre de recherche, police zoosanitaire) se sont associés pour monter une opération de testage d’une première stratégie d’amélioration par croisement de souches de la même espèce. Cette stratégie conceptuellement simple visait l’élimination du premier facteur génétique de limitation des performances d’élevage d’une population captive, à savoir une consanguinité d’autant plus élevée que le nombre de géniteurs fondateurs était faible. Une seconde souche domestiquée a ainsi été acquise à Hawaii par les producteurs calédoniens, contrôlée en quarantaine par les services vétérinaires calédoniens en charge de la réglementation sanitaire, reproduite et testée pure et en croisement par l’Ifremer dans le cadre d’un projet de recherche pluridisciplinaire plus large financé par les institutions du Pays. Les résultats obtenus démontrent l’intérêt de la démarche (meilleure croissance, meilleure survie en l’absence de virus). Mais ils montrent aussi l’utilité d’intégrer simultanément dans le plan de développement de la filière une stratégie de conservation des souches parentales afin de disposer de géniteurs exempts de pathogènes. Cette stratégie et cette organisation testées en Nouvelle-Calédonie pourraient vraisemblablement être profitables à d’autres filières aquacoles modestes, en particulier dans les pays insulaires du Pacifique.

Droits : info:eu-repo/semantics/openAccess
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/29247.pdf
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30879/

Résumé : L'importance des forêts tropicales dans le cycle du carbone à l'échelle planétaire est majeure, tant en terme de stock qu’en terme de flux de CO2. Plusieurs études mettent en évidence des changements au sein des forêts tropicales au cours des 20 dernières années, notamment des changements de la dynamique forestière et une augmentation de la biomasse aérienne. Les déterminants de ces variations sont aujourd’hui discutés et nous proposons ici d’apporter une contribution à ce débat. Les données utilisées dans ce travail proviennent du dispositif de suivi forestier à long terme de Paracou, Guyane Française, mis en place en 1984 et qui recouvre plus de 120 ha de forêt tropicale humide. Les données météorologiques proviennent de la tour à flux du dispositif, Guyaflux. Les mesures de diamètre proviennent de la base Guyafor pour les données annuelles et bisannuelles, et des mesures de 260 arbres à proximité de la tour à flux pour les mesures diamétriques intra-annuelles.Cette thèse se divise en deux grandes parties. La première concerne l’analyse de la biomasse du dispositif de suivi forestier de Paracou en Guyane et l’implication des changements de structure de cette forêt sur le bilan de carbone. Cette partie est constituée de deux points. (i) Quelles échelles temporelles et spatiales sont pertinentes pour analyser les composantes de structure (biomasse, aire basale et nombre de tiges) et de dynamique (croissance, recrutement et mortalité) des forêts tropicales afin de minimiser les effets d’échantillonnage ? Nous avons établi une méthodologie permettant de relier les intervalles de temps et la surface de mesure aux coefficients de variation de chacune des variables de structure et de dynamique de la forêt. (ii) Quels processus démographiques sont prépondérants dans l’explication des variations de biomasse et comment se redistribue la biomasse accumulée dans le système ? L’augmentation de la biomasse observée sur le dispositif de Paracou serait liée à la rareté des évènements de mortalité des gros arbres qui portent une part très importante de la biomasse.La deuxième partie de la thèse concerne l’analyse de l’effet du climat à moyen terme, inter et intra-annuel, et les effets directs du climat dans les changements de dynamique de la forêt. Cette partie se divise en 3 points. (i) Comment quantifier le stress hydrique en forêt tropicale humide ? Nous avons réalisé un modèle journalier de réserve en eau du sol pour les arbres en forêt tropicale. (ii) Quelles variables sont explicatives de la croissance des arbres en forêt guyanaise ? Nous avons montré que l’eau dans le sol est le facteur le plus explicatif du déterminisme climatique parmi un panel de variables climatiques. (iii) Quels traits fonctionnels sont prédicteurs de la réponse des arbres aux variations climatique ? Nous avons déterminé que des traits spécifiques, densité du bois et la hauteur maximale, ainsi que le diamètre de l'arbre au moment de la mesure, modulent la croissance des arbres en réponse au climat.
At a global scale tropical forest play a major role in term of carbon stock as well as in term of CO2 fluxes. Several studies have highlighted changes in tropical forest functioning during the last 20 years including a faster turnover and an increase of above ground biomass. The drivers of these changes are discussed and throughout this thesis we propose to contribute to this debate. We use the data from the Paracou experimental site in French Guiana established in 1984 on 120 hectares of moist tropical forest. Meteorological data come from the flux tower of the site, Guyaflux. We use annual and bisannual diameter measurements from the Guyafor database, and intra-annual diameter increments from the measurements of 260 trees near the flux tower.This thesis has two main parts. In the first part we present the biomass analysis of the Paracou permanent plots and the impact of structural changes in this forest on the carbon budget. The first part is constituted by two points. (i) Which temporal and spatial scale used to analyze the structure (biomass, basal area and stem density) and dynamics (tree growth, recruitment and mortality)components of tropical forest in order to minimized sample bias ? We establish a simple method to rely measurement interval between census and surface of measurement to the coefficient of variation of forests structure and dynamic components (ii) Which demographic process are involved in the explanation of biomass variation and how the biomass is distributed in the system ? The observed increase of biomass at Paracou could be link to the rarity of big trees mortality events. These big trees represent the larger part of the biomass. In the second part, we present the analysis of intra and inter-annual climate variation effects on forest dynamic changes. This part is divided in two points. (i) How to model drought stress in moist tropical forest ? We built a daily water balance model for tropical trees. (ii) Which climate variables explain the tree growth in guianian forests? We shown that soil water availability is the determinant factor of tree growth among a panel of climate variables. (iii) Which functional traits are involved in the tropical tree growth responses to climate? In this analysis, we determined that wood specific gravity, maximum tree height and tree diameter modulate the tree growth response to climate variations.

http://www.theses.fr/2011AGUY0481/document

Éditeur(s) : Elsevier Science Bv
Résumé : The study was conducted to (1) estimate the effects of polyculture of blue shrimp Litopenaeus stylirostris with goldlined rabbitfish Siganus lineatus on production, environmental quality and water and sediment metabolism and (2) to determine if blue shrimp and goldlined rabbitfish polyculture is possible. The experiment was carried out for 12 weeks in a mesocosm system that consisted of 12 circular outdoor mesocosm fiberglass tanks (1.7 m2, 1275 L water volume). Shrimp (2.9 g) were randomly stocked at density of 15 shrimp.m− 2 without rabbitfish (control), with rabbitfish (25.5 g) at low density (1.2 fish.m− 2) (LDRB) and high density (2.4 fish.m− 2) (HDRB). Results indicated that goldlined rabbitfish S. lineatus did not affect shrimp growth performance. At the end of the experiment, the combined shrimp and rabbitfish yields in the LDRB (213 g.m− 2) treatment and the HDRB (295 g.m− 2) treatment were significantly greater (P < 0.05) than the shrimp yield in the control (143 g.m− 2). Most of the water and sediment parameters were similar among treatments. There was no significant difference (P > 0.05) in gross primary productivity and respiration between the HDRB treatment and the control. It was concluded that the polyculture of blue shrimp with goldlined rabbitfish is technically possible without degradation of the environment in the culture system.
Aquaculture (0044-8486) (Elsevier Science Bv), 2014-09 , Vol. 433 , P. 340-347

Droits : 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30968/29344.pdf
DOI:10.1016/j.aquaculture.2014.06.014
http://archimer.ifremer.fr/doc/00198/30968/